genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold165.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1724686

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126307--126385	29	2.8	29	80	5	81	31	7	3	56	1.45
127539--127580	13	3.2	13	86	6	57	23	0	0	76	0.79
127540--127579	7	5.7	7	90	0	62	22	0	0	77	0.77
127879--127948	31	2.2	32	84	2	88	42	8	2	45	1.49
130428--130469	21	2.0	21	85	0	57	66	0	4	28	1.12
130504--131048	280	1.9	280	100	0	1090	33	20	13	32	1.92
134769--134823	20	2.8	20	77	5	58	41	0	5	52	1.24
136866--137230	195	1.9	188	84	3	478	24	15	26	32	1.95
137047--137263	69	3.1	69	83	0	263	23	14	28	33	1.94
140980--141025	13	3.4	14	77	22	53	23	0	0	76	0.79
148050--149415	684	2.0	684	97	0	2588	31	25	16	25	1.97
161317--161347	15	2.1	14	94	5	53	9	12	0	77	0.99
162107--162200	26	3.6	26	72	13	68	28	8	5	57	1.50
166509--166548	21	1.9	21	89	0	62	32	30	12	25	1.92
168639--168692	23	2.3	24	78	15	60	38	18	9	33	1.83
171783--171857	37	2.0	37	94	0	132	26	30	4	38	1.75
172111--172269	82	1.9	82	83	5	205	19	18	28	33	1.96
172111--172269	41	3.9	39	79	6	158	19	18	28	33	1.96
173999--174187	87	2.2	87	91	0	306	41	17	28	12	1.86
174174--174223	21	2.4	21	82	0	64	36	16	42	6	1.72
176298--176366	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
176298--176366	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176347--176437	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
176601--176635	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
176721--176755	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
176584--177206	120	5.2	120	95	0	1131	49	4	2	43	1.36
176841--176875	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
184152--184189	7	5.6	7	90	6	51	31	0	0	68	0.90
184152--184189	13	2.8	14	88	4	51	31	0	0	68	0.90
185165--185218	26	2.1	26	96	0	99	20	18	20	40	1.91
190929--190986	21	2.8	21	83	0	71	29	29	3	37	1.74
191877--191907	14	2.1	15	94	5	55	45	19	3	32	1.66
191876--191910	15	2.3	16	85	14	56	45	17	2	34	1.63
201352--201385	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
208460--208493	10	3.4	10	87	0	50	52	23	2	20	1.60
211657--211702	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
212679--212716	5	7.6	5	96	0	67	57	0	2	39	1.12
221147--221694	274	2.0	274	98	0	1069	38	13	10	37	1.80
224802--224832	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
224886--224922	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
228369--228421	20	2.9	17	77	20	54	24	32	0	43	1.55
228385--228424	20	2.0	20	90	9	64	20	37	0	42	1.52
231827--231882	23	2.4	23	91	5	87	62	3	5	28	1.34
232751--232798	13	3.8	13	79	15	57	52	10	0	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258350--258389	15	2.4	16	84	16	55	67	0	0	32	0.91
261769--261820	13	3.7	13	77	22	52	44	1	0	53	1.11
261763--261820	30	2.0	29	90	10	91	43	3	0	53	1.17
261763--261810	13	3.1	16	80	20	66	41	4	0	54	1.20
271004--271047	22	2.0	21	86	4	61	63	0	0	36	0.95
278407--278600	63	3.1	63	78	1	210	31	21	26	19	1.97
286411--286476	32	2.1	32	94	0	114	30	22	16	30	1.96
294889--294959	35	2.0	35	94	0	124	26	19	25	28	1.99
304050--304382	174	1.9	170	84	7	440	33	20	20	26	1.97
305996--306101	53	2.0	53	96	0	194	16	22	22	37	1.94
306532--306573	19	2.1	21	86	8	61	40	7	0	52	1.29
309887--309958	36	2.0	36	100	0	144	36	16	30	16	1.91
319033--319365	174	1.9	170	84	7	440	33	20	20	26	1.97
324272--324359	43	2.0	43	93	0	149	34	12	9	44	1.74
325274--325314	18	2.2	18	86	4	55	65	4	0	29	1.13
326152--326209	21	2.8	21	79	7	57	44	25	6	22	1.77
332321--332368	11	4.7	10	80	12	53	2	37	0	60	1.09
333464--333504	12	3.4	12	82	0	55	9	46	26	17	1.79
337518--337558	12	3.4	12	82	0	55	9	46	26	17	1.79
340402--340448	24	2.0	24	95	0	85	40	17	0	42	1.49
344848--344891	19	2.5	17	75	13	52	50	4	0	45	1.22
344855--344892	20	2.0	20	89	5	60	52	5	0	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344900--344957	18	3.2	17	75	20	55	65	3	0	31	1.09
347450--347488	16	2.4	16	86	0	51	48	0	25	25	1.51
347581--347640	30	2.0	31	83	3	77	43	1	36	18	1.60
360218--360277	25	2.4	25	88	8	86	36	16	25	21	1.94
360231--360288	25	2.3	24	82	5	62	34	17	27	20	1.95
360294--360359	25	2.6	25	85	0	87	31	18	31	18	1.95
361573--361630	25	2.3	25	96	0	107	58	0	0	41	0.98
361884--361919	13	2.8	13	91	8	56	38	8	5	47	1.57
367255--367282	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
367445--367499	28	2.0	28	81	0	65	29	18	10	41	1.84
367755--367851	48	2.0	48	100	0	194	43	11	16	28	1.83
382595--382666	36	2.0	36	94	0	126	43	15	9	31	1.79
383949--384029	39	2.0	41	83	4	103	59	0	1	39	1.05
387878--387903	6	4.3	6	100	0	52	15	34	50	0	1.45
393172--393196	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
394161--394222	25	2.5	25	89	2	99	37	3	0	59	1.13
395356--395544	35	5.4	35	68	20	117	50	7	5	35	1.54
395271--395431	81	2.0	81	91	2	261	46	5	8	39	1.57
395421--395542	13	9.7	13	78	9	119	52	7	4	36	1.49
396302--396351	25	2.0	25	100	0	100	48	16	4	32	1.64
396296--396364	25	2.5	28	81	15	99	46	15	4	33	1.66
397623--397671	7	7.1	7	81	4	64	36	0	48	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397623--397671	20	2.4	21	86	3	64	36	0	48	14	1.44
397720--397746	5	5.4	5	100	0	54	0	44	55	0	0.99
398467--398628	80	2.1	75	83	8	195	26	12	12	48	1.77
403926--403959	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
405426--405516	42	2.2	41	84	7	114	16	32	25	25	1.96
406381--406426	16	2.8	16	83	3	56	36	2	2	58	1.22
412198--412222	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
413256--413304	6	8.2	6	95	0	89	48	16	2	32	1.57
418221--418258	18	2.1	19	90	5	60	21	0	5	73	1.02
419733--419960	121	1.9	122	87	1	341	33	13	19	34	1.90
429981--430016	17	2.1	18	94	5	65	38	22	8	30	1.83
430232--430287	19	3.2	19	75	14	66	42	0	5	51	1.24
434709--435004	149	2.0	147	97	1	565	31	22	15	29	1.95
435899--436068	42	4.0	42	88	3	241	50	7	17	25	1.70
435895--436081	84	2.2	87	85	8	276	48	8	17	25	1.74
437995--438046	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
441546--441917	94	4.3	84	80	11	383	46	9	18	25	1.80
441546--441917	42	8.5	42	80	10	399	46	9	18	25	1.80
447305--447397	18	5.2	18	90	0	150	32	17	23	26	1.96
447305--447397	36	2.6	36	96	0	168	32	17	23	26	1.96
450940--451312	139	2.6	142	80	7	422	34	10	26	28	1.90
451378--451422	18	2.6	18	85	3	65	44	13	17	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
456499--456617	43	2.8	42	73	16	111	52	1	3	42	1.28
463936--463960	7	3.6	7	100	0	50	12	40	0	48	1.40
465308--465358	26	2.0	26	100	0	102	29	19	7	43	1.79
468172--468211	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
485982--486083	37	2.6	38	75	6	98	28	28	20	22	1.99
487062--487118	26	2.2	26	84	9	71	3	28	1	66	1.18
487217--487263	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
492210--492269	31	1.9	32	87	12	90	45	5	15	35	1.68
492678--492720	22	2.0	22	85	0	59	58	11	13	16	1.64
496072--496104	15	2.1	16	88	5	50	21	21	54	3	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8