genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold165.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1724686

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829670--829698	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
829890--829965	9	8.6	9	72	13	59	60	0	0	39	0.97
829892--829988	24	4.2	24	74	24	100	59	0	0	40	0.97
829888--829989	43	2.4	44	83	14	149	58	0	0	41	0.98
831227--831255	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
831227--831255	7	4.3	7	91	8	51	27	0	0	72	0.85
831309--831348	20	2.1	19	86	9	55	30	0	7	62	1.23
838580--838628	18	2.7	18	96	3	89	46	0	0	53	1.00
838596--838636	8	4.9	8	82	11	55	43	0	0	56	0.99
838596--838661	26	2.4	27	90	5	98	45	0	0	54	0.99
838580--838670	45	2.0	44	85	8	121	47	0	0	52	1.00
838569--838667	20	4.7	20	72	21	69	44	0	0	55	0.99
838767--838823	15	3.7	16	90	9	84	38	0	0	61	0.96
838877--838944	14	4.9	14	74	12	68	38	4	0	57	1.19
838864--838960	43	2.4	39	81	10	122	42	4	0	53	1.20
838885--838944	29	2.0	31	87	6	88	40	3	0	56	1.16
838942--839010	26	2.7	26	73	10	61	33	13	0	53	1.39
839019--839218	111	1.8	110	85	4	285	50	3	2	44	1.30
839174--839232	14	4.1	14	83	16	77	64	1	0	33	1.04
839178--839222	16	2.9	16	87	9	67	62	2	0	35	1.08
839210--839269	21	2.6	22	82	10	68	61	1	0	36	1.06
839208--839263	20	2.6	22	81	16	73	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839288--839350	34	1.9	34	84	9	87	49	0	0	50	1.00
839321--839385	22	2.8	23	77	13	71	55	1	0	43	1.09
839321--839385	23	2.8	22	81	9	76	55	1	0	43	1.09
839402--839467	24	2.7	25	75	13	66	72	3	4	19	1.15
845150--845190	7	5.9	7	97	0	64	19	0	21	58	1.39
853834--853928	45	2.1	45	81	11	106	29	1	6	63	1.26
853865--853912	19	2.5	19	86	6	62	33	0	8	58	1.28
853871--853912	20	2.1	20	86	8	59	30	0	9	59	1.29
871401--871479	33	2.5	33	77	6	92	15	41	1	41	1.54
879463--879530	31	2.2	31	81	5	75	35	14	22	27	1.93
889826--889877	10	5.0	10	76	6	50	80	1	9	7	0.97
889812--889870	20	2.8	21	75	17	59	79	3	5	11	1.01
889812--889877	21	3.1	20	75	16	62	78	3	7	10	1.05
905066--905093	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
910450--910596	25	5.9	25	70	10	86	34	16	27	21	1.95
910446--910589	74	1.9	75	83	4	184	34	18	25	21	1.96
910557--910606	25	2.0	25	100	0	100	32	12	32	24	1.91
910558--910621	25	2.6	25	87	0	65	34	12	29	23	1.92
912373--912441	24	2.8	25	80	6	88	56	0	2	40	1.14
921990--922165	59	3.0	59	100	0	352	30	20	13	35	1.91
923992--924044	17	3.1	18	75	8	56	49	0	0	50	1.00
927587--927967	191	2.0	185	88	6	559	30	16	7	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931888--931932	21	2.1	21	83	0	54	13	35	24	26	1.92
931741--931976	126	1.9	126	87	0	346	20	28	23	27	1.99
934649--934703	26	2.1	27	82	3	67	27	1	5	65	1.25
935004--935029	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
944059--944125	11	6.2	11	75	3	55	17	4	8	68	1.33
946398--946455	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
946667--946698	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
946793--947034	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
946793--947042	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
959894--960144	133	1.9	133	88	3	380	32	15	20	31	1.94
960145--960229	43	2.0	43	100	0	170	28	16	30	24	1.96
960675--960729	21	2.7	20	75	5	56	21	3	34	40	1.71
962996--963051	27	2.1	27	100	0	112	14	7	14	64	1.48
964534--964566	13	2.5	13	95	0	57	36	9	6	48	1.60
964562--964600	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
964543--964662	62	1.9	62	81	3	143	35	5	11	47	1.62
964818--964896	21	3.8	21	83	5	97	40	13	6	39	1.71
964723--964963	116	2.1	116	96	1	448	42	12	5	38	1.67
964946--965552	27	21.7	27	91	6	962	50	15	0	33	1.50
964932--965670	9	82.8	9	80	4	793	49	16	0	33	1.52
965632--965677	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
971181--971227	21	2.2	21	88	0	67	34	19	42	4	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
971613--971773	42	3.8	42	85	4	200	34	21	19	24	1.97
971597--971804	84	2.5	84	80	3	247	32	21	19	26	1.97
976067--976093	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
992073--992118	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
992798--992830	5	6.8	5	86	6	50	81	0	3	15	0.80
995678--995721	21	2.1	21	100	0	88	36	18	4	40	1.71
995686--995731	21	2.2	21	84	0	56	45	13	8	32	1.73
999280--999323	18	2.4	18	88	0	70	15	4	38	40	1.68
1001203--1001228	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
1001878--1001917	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
1002172--1002213	18	2.3	18	79	0	57	35	35	28	0	1.58
1002339--1002515	25	7.3	25	81	8	215	42	0	12	44	1.43
1002328--1002543	50	4.6	47	81	10	196	41	0	12	45	1.46
1005724--1006068	127	2.8	125	88	4	518	32	21	16	28	1.95
1009308--1009360	21	2.5	21	84	6	63	30	3	5	60	1.37
1014460--1014825	108	3.4	108	100	0	732	45	10	12	31	1.76
1017639--1017706	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
1017937--1017976	18	2.2	19	90	4	64	55	0	0	45	0.99
1018059--1018095	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
1017922--1018096	59	3.0	57	67	17	142	48	5	1	44	1.35
1018137--1018197	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
1018144--1018287	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1018112--1018319	91	2.3	90	89	4	317	46	4	3	45	1.41
1018137--1018279	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
1018162--1018300	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
1021799--1021847	24	2.0	24	84	7	64	59	4	0	36	1.17
1022193--1022240	19	2.6	19	80	3	53	31	4	4	60	1.35
1022262--1022307	19	2.4	19	85	3	56	34	0	2	63	1.07
1023959--1024109	3	52.3	3	70	9	91	35	4	1	58	1.30
1024016--1024109	23	4.0	23	78	5	100	34	4	2	59	1.29
1024017--1024106	47	1.9	46	84	6	119	34	4	2	58	1.30
1024210--1024243	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1024234--1024289	26	2.2	25	84	9	69	26	10	1	60	1.40
1025199--1025242	19	2.4	18	85	11	54	15	11	9	63	1.51
1026742--1027039	106	2.8	105	88	2	425	34	20	16	28	1.94
1029316--1029472	44	3.6	44	76	6	174	24	23	21	29	1.99
1029312--1029492	88	2.1	88	90	2	283	22	22	22	32	1.98
1029532--1029811	50	5.7	49	74	7	199	25	18	22	33	1.97
1029699--1029859	48	3.3	48	69	8	137	21	22	21	34	1.97
1029502--1029871	100	3.8	97	80	5	395	24	20	21	33	1.97
1037490--1037525	18	2.0	18	100	0	72	16	16	27	38	1.90
1041238--1041566	109	3.0	108	87	2	471	34	17	17	30	1.93
1041594--1041631	20	1.9	20	89	10	60	57	5	13	23	1.56
1043132--1043176	23	2.0	23	90	0	72	15	8	11	64	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1044664--1044981	43	7.4	42	88	4	438	24	29	17	27	1.97
1044664--1044982	130	2.5	130	85	2	374	24	29	17	28	1.97
1045178--1045216	19	2.0	20	90	5	62	58	2	10	28	1.44
1050810--1050956	16	8.8	17	74	14	119	29	1	23	46	1.61
1050810--1050888	41	1.9	41	89	0	122	26	1	21	50	1.56
1050812--1050918	41	2.6	41	80	3	115	29	1	23	44	1.64
1050868--1050954	34	2.6	34	88	0	129	29	1	25	43	1.62
1050798--1050969	25	7.0	25	75	10	126	30	1	22	45	1.60
1050944--1050968	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
1050935--1051157	21	10.5	21	71	18	115	35	3	15	45	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8