genome.fa.s1339.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1506968

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211--2253	23	2.0	23	81	9	54	65	2	0	32	1.06
2493--2547	21	2.6	21	88	8	85	30	38	7	23	1.82
3382--3429	25	1.9	25	84	16	64	45	2	2	50	1.25
5239--5269	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
20556--20742	67	2.8	66	90	3	293	27	14	8	49	1.71
23650--24105	227	2.0	228	99	0	905	34	15	17	32	1.91
34916--35394	242	2.0	242	92	0	805	35	10	19	33	1.86
39333--39478	67	2.2	67	87	0	202	23	26	13	36	1.92
40225--40253	14	2.1	14	100	0	58	58	27	6	6	1.50
42931--42971	22	1.9	22	90	5	66	26	7	14	51	1.69
50591--50637	23	2.0	23	84	8	60	38	2	0	59	1.09
53567--53750	51	3.6	51	76	5	167	24	19	27	29	1.98
67329--67543	29	7.4	29	76	9	152	23	25	12	38	1.90
67329--67543	58	3.7	58	73	7	168	23	25	12	38	1.90
67387--67572	87	2.1	87	82	2	221	24	24	12	38	1.90
73636--73761	48	2.6	48	84	0	144	24	20	32	22	1.98
78249--78283	16	2.2	16	89	0	52	20	20	20	40	1.92
80128--80157	15	2.0	15	93	0	51	80	3	3	13	0.97
82389--82773	89	4.3	89	84	0	421	27	23	23	25	2.00
82437--82582	44	3.3	43	67	10	114	23	27	23	24	2.00
82884--83346	44	10.7	43	74	8	294	31	19	20	28	1.97
82875--83391	174	3.0	173	83	4	605	30	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82927--83388	85	5.4	84	71	10	297	30	19	20	29	1.97
83054--83293	129	1.9	129	84	3	322	30	19	18	30	1.96
84714--84963	24	10.7	24	71	13	155	34	6	4	54	1.47
84669--84864	47	4.2	46	73	11	123	34	6	4	55	1.44
84742--84863	46	2.7	46	76	13	117	35	7	2	54	1.41
84788--84941	69	2.2	69	79	8	172	35	7	4	53	1.49
85012--85056	23	2.0	23	86	8	65	33	6	4	55	1.46
86957--87026	26	2.7	26	75	0	68	32	20	22	24	1.97
90912--90942	7	4.4	7	91	0	53	41	12	3	41	1.59
102618--102648	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
106406--106554	43	3.5	42	82	3	172	40	23	12	24	1.88
114165--114213	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
114419--114604	50	3.7	50	81	9	193	21	26	22	29	1.99
118479--118509	14	2.2	14	100	0	62	45	25	0	29	1.54
126731--126788	27	2.1	27	93	0	98	22	22	25	29	1.99
127944--127973	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
130314--130428	62	1.9	59	83	5	149	41	3	3	51	1.36
131074--131100	14	1.9	14	100	0	54	29	0	25	44	1.54
132763--132827	24	2.7	24	87	0	94	24	41	20	13	1.88
135896--135940	22	2.0	22	95	0	81	40	22	13	24	1.90
147900--147967	21	3.2	21	75	8	66	42	35	11	10	1.76
154240--154272	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162842--162869	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
166552--168363	906	2.0	906	99	0	3615	38	10	13	37	1.80
168362--168429	29	2.3	29	80	5	75	39	2	0	57	1.14
168377--168442	29	2.3	29	81	0	69	37	1	3	57	1.23
168845--168896	26	2.0	26	100	0	104	23	19	19	38	1.93
170841--170968	29	4.3	29	78	8	96	41	7	12	38	1.72
170858--170968	29	3.8	29	78	7	116	41	8	12	37	1.73
174615--174649	18	1.9	18	88	0	52	62	8	2	25	1.38
178577--178665	31	2.9	31	73	11	85	38	7	5	48	1.56
178580--178662	29	2.9	28	74	15	71	38	8	4	48	1.55
180446--180478	15	2.2	15	89	10	50	12	18	24	45	1.83
190842--190899	24	2.4	24	85	0	71	34	10	24	31	1.89
191168--191757	44	13.8	43	69	8	346	31	23	19	25	1.98
191167--191789	85	7.3	84	71	12	322	31	23	19	25	1.98
191167--191760	129	4.6	129	91	1	935	31	23	19	25	1.98
191680--191837	85	1.9	85	83	0	208	31	23	19	25	1.98
198671--198715	22	2.0	22	91	8	74	24	0	22	53	1.46
199597--199647	16	3.5	15	82	10	61	43	13	13	29	1.83
203986--204016	12	2.6	12	94	0	53	25	35	25	12	1.92
206244--206276	14	2.3	15	89	5	50	36	0	21	42	1.53
206256--206300	22	2.0	22	87	8	65	28	0	22	48	1.50
207015--207044	12	2.5	12	88	0	51	6	23	40	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213138--213170	16	2.1	16	94	0	57	24	33	6	36	1.80
219847--220097	110	2.3	109	86	5	335	26	21	16	35	1.94
225353--225424	27	2.7	27	86	0	99	22	43	23	11	1.85
225658--225730	35	2.1	35	97	0	137	47	24	4	23	1.69
227634--227691	20	2.9	20	78	0	71	37	18	18	24	1.94
231584--231625	21	1.9	21	85	9	57	30	2	26	40	1.69
256090--256179	42	2.2	41	82	6	101	26	22	20	31	1.98
256807--256844	14	2.7	14	88	8	51	34	44	0	21	1.52
257075--257184	40	2.8	40	84	0	139	27	23	20	28	1.99
257230--257351	40	3.0	40	83	4	147	27	21	21	29	1.98
256984--257326	155	2.2	153	86	1	461	30	21	18	30	1.97
260127--260179	25	2.1	26	82	3	63	49	20	11	18	1.78
260195--260267	22	3.0	23	78	18	85	23	20	13	42	1.88
260194--260311	27	4.6	26	76	13	102	23	16	16	44	1.86
260194--260311	53	2.3	49	84	8	148	23	16	16	44	1.86
271021--271463	225	2.0	225	94	0	787	39	16	21	23	1.92
280931--280999	32	2.2	32	82	5	88	18	37	23	20	1.94
287485--287672	50	3.8	50	76	0	144	27	21	27	23	1.99
287893--287931	16	2.4	16	82	0	51	66	2	17	12	1.35
297219--297246	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
297382--297566	88	2.1	87	82	3	226	25	27	23	23	2.00
297536--297678	44	3.3	43	70	5	126	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297495--297750	87	2.9	86	80	4	291	27	22	25	24	2.00
297698--298500	44	18.6	44	69	15	371	28	20	22	27	1.99
297698--298584	217	4.1	217	91	1	1377	28	20	22	27	1.99
304743--304874	49	2.7	50	77	2	122	28	21	25	24	1.99
313395--313596	100	2.0	103	95	4	367	37	6	11	45	1.66
314252--314280	15	1.9	15	100	0	58	41	34	6	17	1.76
321776--322073	30	9.9	30	78	4	197	39	15	24	21	1.91
321819--322086	91	2.9	90	81	8	260	39	14	23	21	1.91
321792--322073	121	2.3	121	92	2	478	39	14	24	21	1.91
326983--327044	30	2.0	31	81	9	74	46	0	17	35	1.49
327457--327650	30	6.4	30	73	9	135	37	14	24	22	1.92
327431--327652	121	1.8	121	87	1	329	38	13	25	21	1.91
342326--342383	13	4.5	13	70	12	57	13	5	15	65	1.43
345703--345727	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
349697--350393	348	2.0	348	97	0	1304	35	6	17	40	1.75
350727--350751	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
352207--352270	32	2.0	32	96	0	119	48	21	4	25	1.69
355926--356010	37	2.3	37	80	8	93	42	24	14	18	1.88
358537--358604	26	2.6	26	80	0	91	29	20	20	29	1.98
359283--359339	28	2.0	29	82	3	71	45	21	3	29	1.68
368292--368418	54	2.3	55	84	6	161	39	20	18	21	1.93
368293--368472	27	6.7	26	73	8	121	39	19	17	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368313--368446	54	2.5	54	82	2	153	39	19	17	23	1.92
368526--368595	11	6.0	11	69	12	50	18	5	25	50	1.69
368518--368602	24	3.5	24	90	0	107	22	5	23	48	1.72
368777--368883	32	3.4	31	77	10	99	17	18	23	40	1.91
368909--368968	22	2.8	20	77	10	57	18	16	16	48	1.82
371219--371435	110	2.0	110	93	0	371	33	22	19	24	1.97
374754--374999	50	4.7	50	81	5	242	23	28	19	28	1.99
382082--382120	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
382373--382614	50	4.7	50	78	6	216	24	27	21	27	1.99
386522--386568	21	2.2	22	77	11	53	19	4	8	68	1.33

Tables:   1   2   3   4   5