genome.fa.s1573.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2193984

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  6  of  6  ( 704 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028611--2028645	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2028804--2028900	44	2.2	44	87	3	133	34	29	4	31	1.77
2029439--2029602	81	2.0	81	97	0	310	48	2	11	37	1.53
2033153--2033195	8	5.1	8	86	8	59	0	13	2	83	0.74
2033153--2033197	9	5.2	9	86	5	58	0	15	2	82	0.77
2035367--2035414	22	2.2	22	84	0	60	29	4	39	27	1.75
2035612--2035674	6	10.8	6	88	6	94	66	0	1	31	1.01
2035605--2035671	18	3.9	16	88	5	62	67	0	2	29	1.06
2041644--2041687	21	2.1	21	83	8	54	59	6	4	29	1.44
2044523--2044594	37	1.9	37	83	5	92	26	8	12	52	1.67
2049222--2049259	9	4.2	9	89	0	58	13	0	26	60	1.33
2049222--2049259	18	2.1	18	95	0	67	13	0	26	60	1.33
2049374--2049816	126	3.5	126	87	2	617	31	16	22	28	1.96
2052824--2052927	53	2.0	53	92	0	172	43	3	8	44	1.53
2052927--2053290	43	8.5	43	84	2	437	23	1	27	47	1.59
2052927--2053287	65	5.6	65	81	4	417	24	1	26	47	1.58
2053565--2053608	21	2.1	21	83	8	54	2	22	43	31	1.66
2054547--2054578	7	4.6	7	96	0	55	59	15	0	25	1.36
2054743--2054780	20	1.9	20	84	10	51	52	7	5	34	1.53
2055778--2055854	11	6.9	11	73	19	63	44	0	29	25	1.55
2055778--2055853	33	2.3	35	80	13	88	43	0	30	26	1.55
2056033--2056109	40	1.9	40	83	0	100	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056598--2056636	11	3.7	10	86	6	51	23	2	2	71	1.10
2056648--2056681	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
2057006--2057048	20	2.1	21	91	4	70	72	2	4	20	1.14
2058673--2058711	21	1.9	21	89	5	62	51	0	7	41	1.31
2058684--2058774	45	2.0	45	97	0	173	41	2	13	42	1.56
2058673--2058757	20	4.0	20	69	16	64	45	1	10	42	1.46
2059137--2059190	25	2.2	24	90	6	90	61	0	0	38	0.96
2060742--2060810	32	2.2	32	83	0	84	23	28	24	23	1.99
2061039--2061092	11	5.1	11	78	10	51	68	0	29	1	1.00
2061050--2061092	22	2.0	22	86	9	61	69	0	30	0	0.88
2061390--2061414	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
2061824--2061858	11	3.2	11	83	0	52	48	0	0	51	1.00
2061799--2061846	24	1.9	24	83	8	60	41	2	0	56	1.11
2063280--2063641	41	8.9	41	80	3	383	20	18	29	32	1.96
2063282--2063641	80	4.4	79	79	6	328	20	18	29	32	1.96
2063877--2063921	15	3.1	15	87	6	65	22	0	42	35	1.54
2063880--2063928	14	3.4	14	91	2	71	24	0	40	34	1.55
2064162--2064240	15	5.5	15	77	10	67	27	0	34	37	1.57
2064218--2064287	21	3.3	22	80	6	90	24	0	40	35	1.56
2066092--2066182	47	1.9	47	93	4	157	38	9	23	28	1.86
2069289--2069515	43	5.3	43	88	2	323	25	18	26	29	1.98
2070972--2071100	44	2.9	44	82	0	159	42	10	15	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074500--2074544	22	2.0	22	100	0	90	42	26	13	17	1.86
2075991--2076048	25	2.3	25	90	0	89	18	25	18	36	1.95
2080515--2080590	33	2.2	35	88	4	111	44	11	6	36	1.67
2081740--2081799	31	1.9	31	83	6	77	15	23	1	60	1.44
2081797--2081840	18	2.4	18	85	11	54	2	20	4	72	1.13
2088881--2088949	25	2.8	25	86	0	93	17	30	21	30	1.96
2088888--2088970	25	3.3	25	87	0	103	20	27	20	31	1.97
2090218--2090296	27	2.9	27	96	0	140	20	24	27	27	1.99
2090375--2090432	26	2.2	27	79	14	68	65	0	31	3	1.09
2090540--2090588	25	1.9	26	84	12	66	28	2	10	59	1.41
2090655--2090685	16	1.9	16	93	0	53	25	0	16	58	1.38
2092765--2092795	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
2095976--2096008	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
2096092--2096138	15	3.0	15	84	9	58	76	0	23	0	0.78
2097228--2097341	46	2.5	46	82	1	140	30	20	18	30	1.96
2097228--2097832	179	3.4	179	88	1	908	31	21	17	28	1.96
2097228--2097799	44	12.8	44	70	8	233	32	22	17	27	1.96
2097631--2097894	133	2.0	133	92	0	438	28	23	20	28	1.99
2099457--2099496	21	1.9	21	85	10	55	22	5	2	70	1.19
2099457--2099503	12	3.9	12	81	13	53	23	4	2	70	1.16
2104667--2104777	48	2.3	48	87	1	159	30	10	10	47	1.73
2108628--2108745	43	2.8	43	83	6	141	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115646--2115693	23	2.1	23	85	11	64	41	8	10	39	1.69
2115784--2116182	199	2.0	198	93	1	674	41	11	13	33	1.80
2120603--2120674	27	2.7	27	69	26	62	41	9	9	38	1.71
2121054--2121091	17	2.3	17	90	4	60	68	0	7	23	1.16
2122881--2123360	50	9.6	49	70	3	294	23	18	22	35	1.96
2122881--2123389	100	5.1	100	88	0	696	23	19	22	34	1.96
2123801--2124243	44	10.1	43	64	13	154	25	24	20	30	1.99
2123455--2124280	131	6.3	131	93	0	1341	24	23	21	30	1.99
2125458--2125532	27	2.8	25	72	6	60	5	13	4	77	1.09
2125463--2125549	41	2.1	43	85	8	117	6	9	5	78	1.10
2125468--2125541	35	2.1	35	82	5	87	6	9	5	78	1.09
2125529--2125574	8	5.8	8	78	14	51	10	0	10	78	0.97
2125490--2125574	41	2.1	41	82	4	100	8	4	8	78	1.07
2125540--2125588	25	2.0	25	84	8	64	12	4	10	73	1.22
2125569--2125598	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
2128349--2128427	22	3.7	22	77	14	76	51	2	8	36	1.47
2128319--2128432	41	2.7	43	76	15	114	52	4	9	33	1.54
2128380--2128418	19	2.0	19	85	5	51	56	2	7	33	1.41
2129357--2129409	27	2.0	27	81	7	63	5	15	9	69	1.33
2133765--2133805	15	2.6	16	84	3	57	29	31	21	17	1.96
2137614--2137653	21	1.9	21	84	0	53	30	12	20	37	1.89
2139283--2139317	18	1.9	18	88	0	52	68	0	22	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142748--2142815	30	2.3	28	80	9	82	69	4	1	25	1.16
2159714--2159749	17	2.1	18	94	5	65	58	0	0	41	0.98
2160575--2160635	31	1.9	32	87	9	90	29	14	9	45	1.77
2161688--2161731	18	2.3	20	85	14	67	70	0	0	29	0.88
2161692--2161731	19	2.2	19	91	8	66	72	0	0	27	0.85
2162194--2162300	29	3.6	29	75	15	83	31	4	1	61	1.27
2162177--2162300	10	12.3	10	69	13	58	29	4	2	64	1.24
2162237--2162299	32	2.0	32	83	0	81	31	1	1	65	1.12
2165369--2165412	22	2.0	22	90	0	70	40	20	20	18	1.91
2170051--2170122	15	4.7	15	76	19	60	6	18	1	73	1.12
2170086--2170125	16	2.5	17	80	12	57	7	12	0	80	0.91
2170965--2171005	18	2.3	18	91	4	66	12	9	4	73	1.24
2176676--2176714	18	2.2	18	100	0	78	30	10	17	41	1.83
2179237--2179291	20	2.7	20	80	11	58	74	3	7	14	1.17
2181419--2181453	18	1.9	18	88	11	54	65	8	8	17	1.44
2189618--2192821	516	6.2	516	92	1	5162	35	20	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6

The End!