genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold149
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2538714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1441863--1441938	27	2.8	27	78	4	82	26	36	19	17	1.94
1442817--1443039	69	3.3	69	81	3	249	32	21	9	36	1.86
1443825--1443950	60	2.1	61	80	5	141	44	5	11	38	1.65
1454687--1454751	25	2.7	25	79	15	66	52	0	38	9	1.34
1455926--1455955	2	14.5	2	93	6	51	50	46	0	3	1.18
1458166--1458218	16	3.2	16	86	2	70	18	7	5	67	1.35
1464734--1464787	27	2.0	26	82	10	65	37	0	14	48	1.45
1465103--1465232	35	3.7	36	68	8	106	23	26	21	28	1.99
1465066--1465261	71	2.8	71	82	0	248	26	23	21	29	1.99
1470443--1470467	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
1478780--1478874	48	2.0	48	89	0	145	26	38	12	22	1.90
1478914--1479227	66	4.8	66	86	2	425	21	40	19	19	1.92
1482249--1482295	18	2.6	18	80	6	51	44	21	10	23	1.83
1482263--1482297	18	1.9	18	94	0	61	42	17	11	28	1.83
1482271--1482327	17	3.3	17	82	2	60	45	14	10	29	1.78
1482285--1482328	17	2.6	17	85	0	61	47	13	9	29	1.74
1484321--1484396	40	1.9	39	83	2	98	35	22	26	15	1.94
1484496--1484817	41	7.8	42	84	2	364	15	24	26	33	1.95
1484498--1484817	84	3.9	83	82	2	349	15	24	26	32	1.95
1498005--1498069	21	3.1	21	79	0	67	36	18	41	3	1.66
1498009--1498109	42	2.4	42	83	0	112	39	15	40	3	1.66
1498030--1498109	21	3.8	21	79	0	88	40	16	40	3	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1498282--1498377	43	2.2	43	96	0	174	30	31	20	17	1.96
1498282--1498406	43	2.9	42	84	7	162	31	29	20	18	1.96
1499412--1499478	32	2.1	31	83	8	82	37	7	0	55	1.28
1501127--1501167	16	2.6	16	100	0	82	39	4	36	19	1.73
1504874--1504904	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
1504958--1504994	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1505937--1505967	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
1506231--1506270	21	1.9	21	89	0	62	25	17	25	32	1.97
1513119--1513200	28	2.9	28	70	21	73	31	9	1	57	1.39
1515083--1515120	17	2.2	17	90	0	58	31	5	0	63	1.17
1519092--1519121	13	2.2	14	94	5	53	80	0	20	0	0.72
1519131--1519172	7	6.0	7	81	18	52	71	0	14	14	1.15
1519131--1519172	21	2.0	21	90	9	68	71	0	14	14	1.15
1521908--1523222	131	10.0	131	98	0	2519	32	18	23	25	1.97
1529335--1529364	15	2.1	15	93	6	53	86	0	13	0	0.57
1530209--1530237	15	1.9	15	100	0	58	82	0	6	10	0.83
1531326--1531356	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
1531672--1532312	44	14.7	44	72	11	331	29	19	23	27	1.98
1531674--1532312	87	7.3	88	71	10	393	29	19	23	27	1.98
1531624--1532183	264	2.1	264	93	0	978	29	19	23	27	1.98
1531942--1532343	175	2.3	174	87	4	571	30	19	21	28	1.98
1531547--1532494	218	4.3	219	80	6	974	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1532617--1532827	44	4.9	44	74	6	180	31	21	20	26	1.98
1532626--1532855	44	5.4	41	71	10	131	29	21	21	27	1.99
1532621--1532855	129	1.8	129	91	1	391	29	22	21	27	1.99
1532621--1532934	129	2.4	130	82	5	343	29	21	22	26	1.99
1538947--1539006	28	2.1	28	90	0	93	35	8	28	28	1.86
1540623--1540664	19	2.2	19	83	8	50	4	19	28	47	1.69
1541945--1541974	15	2.0	15	100	0	60	66	6	6	20	1.38
1545898--1545931	17	2.0	17	88	0	50	35	0	11	52	1.38
1546560--1546609	21	2.5	20	87	9	68	58	0	4	38	1.17
1546595--1546629	8	4.5	8	92	7	63	65	0	0	34	0.93
1546595--1546629	15	2.3	15	95	5	61	65	0	0	34	0.93
1547906--1547973	23	2.7	27	82	10	76	33	19	25	22	1.97
1555567--1555613	19	2.5	19	81	18	55	42	17	0	40	1.49
1564757--1564791	11	3.0	11	84	15	52	17	8	0	74	1.06
1564748--1564794	13	3.8	12	88	8	67	17	10	0	72	1.12
1564835--1564867	12	2.8	12	90	0	57	12	6	3	78	1.04
1589289--1589380	44	2.1	44	83	4	114	31	19	21	27	1.97
1589239--1589573	142	2.4	142	90	2	530	32	17	21	28	1.96
1589429--1589522	44	2.1	44	86	0	125	30	19	23	26	1.98
1590340--1590375	11	3.3	11	88	0	54	5	13	0	80	0.88
1596673--1596706	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
1596938--1596979	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1610136--1610197	21	3.0	21	92	0	97	16	19	19	45	1.86
1612018--1612097	28	2.9	29	82	12	89	42	1	2	53	1.22
1612057--1612089	17	1.9	17	100	0	66	42	0	3	54	1.15
1612878--1612920	20	2.1	21	86	4	61	39	0	0	60	0.97
1629253--1629287	13	2.7	13	95	0	61	22	5	17	54	1.64
1642604--1642637	17	1.9	17	88	5	50	58	5	0	35	1.22
1644248--1645431	590	2.0	590	99	0	2359	37	10	9	42	1.72
1649525--1649573	19	2.7	18	81	15	55	59	4	2	34	1.28
1655455--1655503	19	2.7	18	81	15	55	59	4	2	34	1.28
1657094--1657136	23	1.9	22	85	4	59	55	0	2	41	1.12
1658131--1658176	3	15.7	3	90	4	76	69	0	0	30	0.89
1658809--1658843	18	2.0	17	88	5	52	65	2	2	28	1.21
1659079--1659133	28	2.0	28	82	13	69	56	1	0	41	1.10
1659092--1659149	20	2.9	19	73	12	55	53	1	1	43	1.21
1660471--1660505	7	5.1	7	86	6	54	71	0	0	28	0.86
1660471--1660505	13	2.6	14	86	9	54	71	0	0	28	0.86
1664546--1664605	19	3.3	19	77	11	63	28	1	1	68	1.09
1664541--1664599	28	2.1	28	84	6	75	35	1	1	61	1.16
1664556--1664607	18	2.8	19	72	11	54	30	0	1	67	1.02
1672211--1672290	27	3.0	27	92	0	133	37	12	23	26	1.90
1674830--1674965	45	3.0	45	100	0	272	28	22	13	35	1.92
1674867--1674942	26	3.2	26	61	24	67	30	22	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1675967--1676017	25	2.0	26	81	11	61	47	1	3	47	1.32
1685629--1685663	5	7.0	5	93	0	61	2	60	37	0	1.12
1685717--1685742	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
1685709--1685853	40	3.6	40	75	7	125	55	1	1	42	1.17
1685790--1685836	11	4.1	11	88	5	67	46	2	2	48	1.25
1685819--1685864	19	2.4	19	85	3	56	60	0	0	39	0.97
1692900--1693025	44	2.9	44	79	2	146	27	23	17	30	1.97
1694264--1694349	43	2.0	44	83	2	111	17	23	15	44	1.86
1708507--1708551	17	2.7	17	83	10	58	44	17	11	26	1.82
1722329--1722380	24	2.2	24	89	0	77	59	13	13	13	1.61
1722853--1722904	7	7.6	7	95	4	97	13	0	0	86	0.57
1726152--1726218	34	1.9	35	84	3	91	44	14	10	29	1.79
1728961--1729082	25	4.8	25	78	5	111	21	22	21	34	1.97
1731455--1731503	21	2.6	17	79	20	53	26	4	2	67	1.19
1733138--1733211	24	3.1	24	78	3	78	48	14	8	28	1.72
1736184--1736209	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1740237--1740289	23	2.5	21	78	9	63	67	0	3	28	1.07
1740295--1740342	14	3.3	14	78	16	53	50	10	6	33	1.62
1740354--1740403	24	2.1	24	82	10	59	70	10	2	18	1.25
1747917--1747955	11	3.5	11	89	6	60	2	7	20	69	1.26
1747916--1747955	12	3.4	12	89	6	64	2	7	20	70	1.24
1748560--1748608	21	2.3	22	79	10	57	26	4	2	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754331--1754367	13	2.9	13	85	14	51	29	0	0	70	0.88
1754391--1754422	15	2.0	17	88	11	50	21	18	9	50	1.75
1767804--1767839	17	2.1	18	89	5	56	50	16	2	30	1.60
1768943--1769101	50	3.1	50	65	21	139	38	6	7	47	1.57
1768922--1769130	103	2.0	104	97	2	395	39	5	7	46	1.56
1771687--1772018	157	2.1	156	97	2	630	30	16	14	37	1.89
1776908--1776941	12	2.8	12	86	0	50	64	0	17	17	1.29
1777143--1777180	11	3.5	11	85	3	51	84	0	7	7	0.79
1780232--1780325	32	3.1	31	80	6	111	24	23	6	45	1.76
1780266--1780333	32	2.1	32	86	0	91	25	22	5	47	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8