genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold149
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2538714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064212--2064262	18	2.8	18	80	11	59	60	0	3	35	1.15
2064498--2064577	38	2.1	39	83	4	101	32	5	3	58	1.37
2064580--2064758	86	2.1	82	86	7	243	32	7	21	37	1.81
2066561--2066607	23	2.0	24	87	4	69	63	0	2	34	1.06
2067661--2067729	34	2.0	34	88	5	104	53	17	4	24	1.62
2070159--2070262	49	2.1	49	94	0	181	50	10	7	31	1.65
2072851--2072921	36	2.1	36	84	7	94	46	16	5	30	1.70
2074134--2074278	78	1.9	78	83	0	191	27	16	22	33	1.95
2075186--2075236	20	2.5	20	87	6	68	64	5	23	5	1.38
2076743--2076910	70	2.4	70	83	5	205	31	20	20	27	1.97
2078328--2078430	53	1.9	54	94	2	181	26	22	14	36	1.92
2080073--2080108	17	2.1	17	89	0	54	75	8	2	13	1.15
2081214--2081288	14	5.5	13	82	10	80	78	4	17	0	0.90
2081211--2081288	7	10.9	7	73	15	54	78	3	17	0	0.90
2081211--2081273	26	2.5	25	87	10	85	79	1	19	0	0.82
2081214--2081288	11	7.1	10	77	19	64	78	4	17	0	0.90
2081224--2081288	22	3.0	21	82	13	78	78	3	18	0	0.88
2083438--2083479	22	1.9	22	90	0	66	7	7	14	71	1.29
2083443--2083490	22	2.2	22	84	0	60	8	10	10	70	1.33
2089278--2089359	38	2.2	38	88	0	119	54	8	13	23	1.66
2090184--2090271	39	2.3	39	86	4	115	21	21	19	37	1.94
2090197--2090272	39	2.0	39	89	2	118	25	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090966--2091115	41	3.7	41	87	7	223	32	26	20	20	1.97
2091155--2091291	40	3.4	41	80	8	149	18	25	21	33	1.97
2092807--2092861	23	2.4	23	80	14	69	27	32	0	40	1.57
2092807--2092861	11	4.9	11	71	20	51	27	32	0	40	1.57
2092824--2092920	51	1.9	50	83	8	124	28	23	2	45	1.64
2092848--2092904	29	2.0	28	82	3	69	29	19	3	47	1.66
2095178--2095265	45	2.0	45	88	0	131	34	0	12	53	1.39
2095233--2095290	25	2.3	25	87	0	80	37	0	13	48	1.43
2098398--2098948	125	4.4	125	87	3	766	29	23	16	29	1.96
2099555--2099621	20	3.2	21	83	8	84	59	5	2	31	1.36
2099555--2099621	21	3.2	21	79	8	75	59	5	2	31	1.36
2099585--2099639	21	2.7	21	83	8	60	63	3	0	32	1.12
2104044--2104169	62	2.0	62	87	0	180	26	15	13	44	1.84
2106301--2106503	51	4.0	51	86	1	237	22	29	28	20	1.98
2113021--2113045	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2113622--2113660	19	2.0	20	85	5	53	58	2	0	38	1.12
2119337--2119487	77	2.0	77	95	0	275	38	9	26	25	1.86
2122318--2122358	12	3.6	12	83	6	50	43	0	0	56	0.99
2124587--2124694	35	3.2	34	64	12	87	40	0	12	45	1.49
2124661--2124708	25	1.9	25	95	0	87	43	0	14	41	1.45
2124572--2124723	67	2.3	67	82	5	225	42	0	11	45	1.45
2124768--2125900	21	51.9	21	79	10	1032	48	25	0	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124769--2125681	85	10.6	85	88	5	1309	48	24	0	25	1.54
2124769--2125900	170	6.6	170	85	7	1379	48	25	0	26	1.55
2124867--2125900	255	4.0	256	89	5	1336	48	25	0	25	1.55
2125574--2125791	119	1.9	116	87	8	325	50	23	0	25	1.53
2124768--2125900	44	26.0	44	80	10	469	48	25	0	26	1.55
2125905--2126147	115	2.1	116	92	2	400	40	8	6	44	1.61
2129181--2129407	124	1.8	125	85	0	321	34	20	14	30	1.92
2129181--2129433	124	2.0	125	83	1	319	33	21	13	30	1.92
2135297--2135401	54	1.9	54	82	3	131	19	27	26	26	1.99
2152518--2152965	223	2.0	223	100	0	896	21	20	14	43	1.87
2154090--2154211	23	5.3	23	81	0	163	32	22	20	23	1.98
2154097--2154211	46	2.5	46	92	0	185	33	22	20	23	1.98
2167853--2167933	42	1.9	42	89	0	126	30	25	14	28	1.95
2170288--2170342	24	2.3	24	90	0	83	14	20	45	20	1.85
2172665--2172727	33	1.9	33	83	6	83	28	20	1	49	1.58
2173800--2173855	18	3.2	18	76	5	60	57	0	3	39	1.16
2176381--2176483	21	5.0	21	84	2	129	14	22	19	43	1.87
2197753--2197855	31	3.4	30	71	9	93	35	16	10	36	1.83
2197812--2197877	31	2.1	31	86	5	89	33	13	10	42	1.79
2198942--2198998	17	3.0	18	76	20	62	61	5	22	10	1.48
2200247--2200741	165	3.0	165	97	0	927	31	18	11	38	1.87
2202697--2202734	20	2.0	20	89	5	60	47	10	10	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202836--2202878	22	2.0	22	90	9	70	18	23	23	34	1.96
2204361--2204393	11	3.0	11	87	12	50	72	0	0	27	0.85
2207926--2207973	19	2.6	19	87	6	64	70	4	4	20	1.21
2208522--2208556	17	2.0	18	88	5	54	80	0	5	14	0.89
2220465--2220501	7	5.3	7	100	0	74	40	0	0	59	0.97
2220465--2220509	21	2.1	21	88	8	65	42	0	0	57	0.98
2225484--2225513	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
2226463--2226487	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2227652--2227677	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2230063--2230108	15	3.0	15	83	3	56	82	4	4	8	0.93
2243940--2243975	15	2.3	15	90	4	54	50	0	0	50	1.00
2244135--2244173	20	2.0	20	89	0	60	71	0	2	25	0.98
2244407--2244431	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2248312--2248398	42	2.1	42	100	0	174	29	16	13	40	1.87
2249191--2249265	27	2.8	28	80	11	86	24	12	41	22	1.87
2249218--2249264	13	3.5	13	80	5	58	23	12	44	19	1.85
2249217--2249278	27	2.3	27	80	0	70	24	12	43	19	1.86
2249258--2249323	14	4.6	14	71	17	55	30	15	31	22	1.95
2250541--2250647	56	1.9	55	84	5	144	14	42	14	28	1.85
2250662--2250692	16	2.0	15	93	6	53	22	25	6	45	1.76
2255873--2255900	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2257227--2257289	30	2.1	30	82	8	74	49	7	3	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259239--2259286	8	5.9	8	78	11	53	64	0	0	35	0.94
2259519--2259581	30	2.1	30	82	8	74	49	7	3	39	1.48
2277042--2277075	6	5.5	6	89	6	50	23	0	0	76	0.79
2281981--2282039	17	3.8	16	74	19	52	35	3	3	57	1.32
2282007--2282063	23	2.5	23	72	13	64	36	3	5	54	1.40
2282369--2282420	26	2.0	26	81	11	61	36	3	1	57	1.28
2282881--2282914	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2287151--2287184	7	4.9	7	92	0	59	88	11	0	0	0.52
2287151--2287189	14	2.7	14	88	4	60	87	12	0	0	0.55
2288184--2288436	43	5.9	43	83	2	303	27	30	18	23	1.97
2288788--2288928	65	2.2	65	84	3	176	14	28	17	39	1.89
2288821--2288949	66	2.0	65	86	4	179	15	24	17	42	1.88
2295027--2295148	9	14.4	9	71	13	80	29	4	19	46	1.68
2295023--2295137	25	5.0	23	72	21	107	29	4	19	46	1.69
2295036--2295133	41	2.4	41	85	0	142	28	5	19	46	1.71
2295148--2295197	21	2.4	21	100	0	100	44	4	6	46	1.47
2295189--2295254	25	2.6	25	78	4	71	27	4	19	48	1.68
2295884--2295917	15	2.3	15	100	0	68	47	5	5	41	1.52
2298506--2298580	29	2.6	29	82	0	96	37	45	0	17	1.49
2298535--2298581	22	2.1	22	92	0	76	40	46	0	12	1.42
2298521--2298573	15	3.6	15	79	5	63	39	45	0	15	1.46
2298510--2298633	7	17.1	7	74	6	59	35	44	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298929--2299022	39	2.4	39	89	3	136	20	22	19	38	1.94
2299350--2299391	22	1.9	22	85	0	57	47	11	11	28	1.76
2300488--2300543	29	1.9	29	100	0	112	28	12	25	33	1.92
2300473--2300534	7	8.7	7	79	10	63	27	16	27	29	1.97
2302310--2302568	109	2.4	110	90	3	391	34	17	15	32	1.91
2302542--2302584	18	2.4	17	81	11	50	32	9	6	51	1.61
2304572--2305169	125	4.8	125	94	0	1063	26	19	19	35	1.95
2304781--2304830	25	2.0	25	88	0	73	28	18	18	36	1.94
2306855--2306956	43	2.4	42	79	12	109	27	24	15	32	1.96
2307957--2308006	12	4.2	12	82	7	57	6	12	0	82	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8