genome.fa.s1821.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1680050

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774106--774168	27	2.4	26	80	12	76	74	7	11	6	1.21
774524--774571	21	2.3	21	79	17	55	22	2	2	72	1.05
774699--774859	76	2.2	75	83	6	204	26	8	1	63	1.33
774835--774863	15	1.9	15	100	0	58	24	6	0	68	1.13
774918--774961	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
779319--779351	7	4.6	7	96	3	57	33	0	0	66	0.92
780215--780240	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
786557--786605	11	4.6	11	77	10	57	0	12	16	71	1.14
786559--786603	20	2.2	20	92	0	72	0	13	17	68	1.20
790760--790785	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
792461--792492	16	1.9	17	93	6	57	68	18	6	6	1.32
793497--793528	16	1.9	17	93	6	57	6	6	18	68	1.32
795862--795919	28	2.1	28	90	0	89	41	18	13	25	1.88
798500--798526	12	2.2	12	100	0	54	22	37	14	25	1.93
800144--800171	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
801187--801272	21	4.0	22	73	8	79	17	20	20	40	1.91
806159--806213	19	2.8	20	78	8	60	47	9	3	40	1.53
806158--806223	19	3.5	19	75	15	57	50	9	6	34	1.59
806355--806391	11	3.5	11	85	10	51	59	2	0	37	1.12
806397--806453	30	1.9	29	85	3	78	56	0	7	36	1.27
806537--806595	18	3.0	21	78	16	63	35	5	0	59	1.20
806619--806651	16	2.0	17	88	5	50	57	0	3	39	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806811--806858	17	2.8	17	87	3	60	37	4	0	58	1.18
808638--808682	17	2.6	17	83	10	56	28	2	2	66	1.15
809114--809161	19	2.7	18	81	9	62	33	0	0	66	0.92
809444--809494	26	2.0	26	84	7	68	29	1	1	66	1.13
809135--809755	310	2.0	311	99	0	1235	40	11	9	38	1.74
811081--811139	24	2.5	24	91	5	93	27	0	1	71	0.96
811086--811130	14	3.6	14	75	25	55	31	0	0	68	0.89
814134--814187	24	2.2	24	90	0	81	50	9	3	37	1.52
814939--814987	23	2.1	23	85	7	64	42	2	2	53	1.24
816815--816850	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
831820--831864	24	1.9	24	86	13	67	37	0	2	60	1.09
831961--831988	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
834018--834063	2	23.5	2	91	4	76	52	0	0	47	1.00
837027--837051	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
841524--841684	69	2.4	67	96	3	297	36	0	2	60	1.15
841550--841651	23	4.4	24	65	12	77	29	0	1	67	1.08
843735--843773	19	2.0	21	90	10	64	30	0	5	64	1.15
864931--865082	75	2.0	76	97	1	288	47	5	5	42	1.48
874450--874837	194	2.0	193	97	0	740	32	18	15	34	1.92
881236--881337	27	3.7	27	72	14	100	61	0	1	35	1.14
881222--881334	57	2.0	58	98	1	219	58	1	1	38	1.19
881229--881355	57	2.2	55	83	8	173	61	1	2	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881342--881376	7	5.1	7	89	6	54	74	0	0	25	0.82
883316--883367	25	2.1	25	89	7	79	25	25	9	40	1.85
885615--885642	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
886979--887021	3	14.7	3	95	4	79	67	0	0	32	0.91
895353--895400	19	2.7	18	73	20	55	58	4	0	37	1.18
895361--895511	75	2.0	76	98	1	295	54	11	3	29	1.55
898924--899074	74	2.0	75	98	1	295	51	9	1	37	1.42
898939--899056	37	3.2	37	67	13	116	50	9	1	38	1.45
899209--899268	32	1.9	32	83	10	79	56	8	0	35	1.29
898999--899423	227	1.9	226	99	0	841	43	11	5	39	1.64
904402--904472	31	2.2	32	82	7	83	26	12	12	47	1.77
904431--904509	31	2.5	30	82	10	79	25	11	12	50	1.73
906724--906764	17	2.3	18	88	12	59	60	2	0	36	1.10
907086--907133	25	2.0	25	84	8	64	58	6	0	35	1.23
921243--921277	19	1.9	17	88	11	52	57	0	2	40	1.14
924101--924154	17	3.4	17	70	19	62	35	1	0	62	1.06
924098--924176	30	2.6	30	88	6	106	36	2	0	60	1.10
924147--924186	21	2.0	20	85	5	53	40	2	0	57	1.12
926390--926431	20	2.1	20	100	0	84	30	23	14	30	1.94
935073--935123	24	2.1	24	85	0	66	45	7	3	43	1.51
936168--936332	82	2.0	83	98	1	323	35	20	2	41	1.66
940527--940584	20	3.1	20	71	19	70	44	1	1	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940515--940584	36	1.9	37	97	2	133	44	4	2	48	1.37
940515--940574	17	3.4	17	72	17	59	48	5	3	43	1.41
941342--941370	13	2.1	14	93	6	51	41	0	10	48	1.37
943159--943184	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
944972--945038	34	1.9	35	84	3	91	44	16	8	29	1.78
950010--950453	104	4.2	106	87	6	612	38	14	16	30	1.88
950608--950882	112	2.6	101	82	12	372	33	18	14	32	1.92
954148--954191	20	2.2	20	84	8	54	61	4	4	29	1.36
963138--963176	16	2.4	16	87	8	53	17	15	0	66	1.25
970761--970788	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
974670--974714	23	2.0	23	90	0	72	22	6	22	48	1.73
976782--976815	4	8.2	4	93	6	59	26	0	73	0	0.83
980688--980756	29	2.4	29	79	11	79	65	4	1	28	1.21
980715--980756	21	2.0	20	86	4	57	66	4	2	26	1.23
985355--985394	19	2.1	19	86	9	55	62	2	2	32	1.22
988886--988921	18	2.0	18	88	0	54	41	2	19	36	1.66
988845--988959	59	2.0	58	91	5	187	45	4	13	36	1.64
995135--995230	37	2.6	37	79	8	115	31	23	1	43	1.61
1000253--1000278	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1000567--1000641	31	2.4	31	84	0	96	36	12	14	37	1.83
1001866--1001905	19	2.2	19	86	4	55	47	0	2	50	1.14
1005760--1005816	29	1.9	30	89	3	89	40	0	5	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005760--1005827	30	2.3	29	85	7	84	39	1	4	54	1.30
1005767--1005827	16	4.1	14	76	21	54	39	1	3	55	1.26
1013614--1013670	31	1.9	28	83	16	71	26	14	19	40	1.89
1014480--1014517	20	1.9	19	89	5	58	47	5	5	42	1.48
1021374--1021418	21	2.2	20	84	7	56	44	17	0	37	1.49
1022320--1022352	7	4.7	7	100	0	66	0	12	15	72	1.12
1023055--1023110	29	1.9	29	82	7	69	50	3	8	37	1.51
1035799--1035857	19	3.1	19	75	18	59	27	8	3	61	1.41
1035899--1035949	20	2.6	19	72	6	57	33	5	1	58	1.33
1035956--1036010	23	2.2	27	87	12	82	29	0	1	69	0.99
1036617--1036655	17	2.2	17	86	9	51	25	0	2	71	0.98
1046504--1046535	15	2.1	15	100	0	64	37	28	0	34	1.57
1061205--1061246	21	2.0	21	81	9	50	42	4	7	45	1.52
1062427--1062485	26	2.3	25	80	13	66	61	1	1	35	1.16
1072153--1072188	18	1.9	19	88	5	56	58	13	22	5	1.56
1076406--1076447	4	10.5	4	100	0	84	50	23	0	26	1.50
1079618--1079702	37	2.3	38	87	2	118	54	4	3	37	1.39
1083123--1083352	114	2.0	115	99	0	453	44	5	6	44	1.51
1089043--1089074	16	2.0	16	93	0	55	56	12	3	28	1.51
1091060--1091089	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1103933--1103996	31	2.1	31	84	0	83	34	12	9	43	1.75
1106119--1106144	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1108801--1108832	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
1115698--1115742	16	2.8	16	93	0	72	26	22	11	40	1.87
1120593--1120775	90	2.0	91	98	1	359	54	9	3	32	1.50
1150092--1150243	73	2.1	71	81	2	178	23	30	18	28	1.97
1155267--1155325	24	2.5	24	77	0	64	28	40	16	13	1.87
1159567--1159616	24	2.1	24	82	14	59	52	6	10	32	1.59
1160630--1160741	31	3.7	31	86	4	122	50	14	4	31	1.63
1160652--1160748	31	3.1	31	89	0	140	48	13	5	32	1.64
1164711--1164796	44	2.0	44	100	0	172	25	18	12	43	1.86
1174036--1174080	20	2.2	21	84	4	56	48	0	4	46	1.22

Tables:   1   2   3   4   5