genome.fa.s1912.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold136
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1085849

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2795--2857	12	5.2	12	90	0	90	20	44	19	15	1.87
2795--2881	24	3.6	24	84	0	84	22	43	19	13	1.86
2795--2881	36	2.4	36	80	0	93	22	43	19	13	1.86
2844--2899	24	2.3	24	84	6	69	28	41	19	10	1.85
3962--4004	21	2.0	21	86	0	59	51	11	9	27	1.69
9041--9240	39	5.1	39	80	1	195	19	18	28	34	1.95
9042--9240	78	2.6	78	83	3	231	19	18	28	34	1.95
12685--13007	168	1.9	169	96	0	594	45	9	15	28	1.78
16203--16430	47	4.9	48	92	3	369	42	8	20	28	1.81
20147--20228	12	6.8	12	70	9	60	48	8	14	28	1.73
20152--20229	24	3.2	24	78	10	68	51	8	14	25	1.71
20155--20220	25	2.7	25	81	9	73	45	10	15	28	1.79
20147--20276	12	10.2	12	66	12	55	49	7	14	28	1.71
20265--20302	19	2.0	19	85	10	51	63	7	13	15	1.51
24130--24182	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
28345--28381	18	2.1	18	89	0	56	59	13	2	24	1.47
28619--28707	28	3.2	28	85	1	108	30	20	21	28	1.98
29060--29231	54	3.2	54	86	3	222	16	13	23	46	1.83
29059--29231	27	6.4	27	82	5	199	16	13	23	46	1.83
29059--29215	81	1.9	81	87	5	228	17	14	22	44	1.86
32580--32821	120	2.0	121	99	0	477	47	9	19	23	1.78
35798--35851	28	1.9	28	92	0	90	38	1	16	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36356--36382	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
37237--37388	68	2.2	68	90	0	232	28	15	26	28	1.96
37427--37477	24	2.1	24	96	0	93	49	5	23	21	1.71
43925--44144	68	3.1	68	61	22	153	38	5	5	50	1.49
43910--44200	145	2.0	145	99	0	573	38	5	5	50	1.50
45487--45551	16	4.1	16	95	0	121	38	6	35	20	1.77
55416--55492	38	2.0	38	100	0	154	42	7	20	28	1.80
56988--57040	20	2.7	20	78	0	70	30	11	26	32	1.91
62815--62941	41	3.1	41	63	17	102	28	25	8	37	1.86
62814--62978	81	2.0	82	98	1	323	28	26	9	35	1.88
67245--67293	14	3.4	14	78	13	55	34	8	6	51	1.57
67560--67602	21	2.0	21	86	0	59	65	4	0	30	1.13
67572--67600	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
67635--67693	31	1.9	31	82	0	73	49	6	5	38	1.52
69397--69458	8	7.5	8	75	13	63	66	0	0	33	0.92
69463--69518	20	2.9	19	75	12	53	60	1	7	30	1.33
69576--69941	200	1.8	202	82	8	478	29	9	14	45	1.77
78180--78222	21	2.0	21	90	0	68	27	13	30	27	1.95
78220--78262	21	2.0	21	90	0	68	23	2	30	44	1.66
83976--84000	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
84350--84396	24	1.9	25	86	4	69	38	17	23	21	1.93
84337--84440	24	4.3	24	72	10	68	32	21	27	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87356--87476	42	2.9	43	81	2	138	18	22	16	42	1.88
87374--87490	42	2.8	42	81	2	128	17	21	17	43	1.88
88320--88379	29	2.1	29	96	0	111	25	43	13	18	1.86
88918--88949	13	2.4	14	85	15	50	40	15	0	43	1.47
96925--96988	27	2.4	26	89	2	92	39	1	6	53	1.36
97757--97808	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
102240--102291	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
123341--123393	2	27.0	2	96	3	99	49	0	50	0	1.00
124888--124919	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
126009--126086	22	3.4	22	71	20	70	74	5	3	16	1.15
129108--129146	16	2.6	15	88	8	53	46	0	5	48	1.24
139862--139898	19	2.0	19	89	5	58	62	8	5	24	1.44
140052--140090	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
145300--145325	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
150678--150738	25	2.4	26	75	8	63	63	3	0	32	1.10
151899--151931	16	2.1	16	88	11	50	69	0	3	27	1.03
152918--152958	6	6.8	6	94	0	73	19	0	46	34	1.50
153418--153697	126	2.2	126	91	0	452	31	18	22	27	1.98
156864--156916	11	4.7	11	79	11	54	49	1	26	22	1.60
156866--156918	22	2.5	22	82	11	65	50	1	26	20	1.58
160443--160536	46	2.0	47	97	2	181	51	2	4	42	1.33
162319--162380	23	2.7	23	85	2	81	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162356--162395	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
162583--162626	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
163149--163294	12	11.2	13	71	18	63	24	13	8	54	1.66
163210--163255	23	2.0	22	88	12	67	21	15	10	52	1.73
163203--163307	12	8.3	12	69	19	63	25	12	7	54	1.64
165997--166038	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
170972--171013	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
176242--176518	50	5.4	50	84	7	358	25	20	30	22	1.99
179562--179835	127	2.1	127	97	1	512	26	10	27	35	1.89
183440--183644	56	3.8	56	89	5	298	26	20	27	25	1.99
183440--183644	106	1.9	108	86	8	290	26	20	27	25	1.99
186851--186896	15	3.0	15	84	15	51	52	0	2	45	1.13
186872--186902	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
187900--187956	25	2.3	26	76	11	66	38	0	0	61	0.96
187880--187954	36	2.1	37	82	7	91	41	2	0	56	1.13
190959--191099	75	1.9	75	92	0	237	24	19	21	34	1.96
194956--195096	75	1.9	75	92	0	237	24	19	21	34	1.96
201251--201318	28	2.5	28	86	9	88	52	11	0	35	1.38
209050--209093	17	2.6	17	96	0	79	31	18	13	36	1.90
209748--209812	29	2.2	29	91	0	103	24	23	21	30	1.99
209956--210065	20	5.7	19	71	19	61	59	0	2	38	1.12
210540--210586	16	2.9	16	81	12	60	29	0	2	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212561--212591	9	3.4	9	90	0	53	41	19	9	29	1.83
214229--214270	22	1.9	22	95	0	75	45	11	21	21	1.84
215752--215777	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
215825--215852	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
221343--221369	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
221383--221610	68	3.4	68	98	0	438	38	17	12	32	1.87
221629--221684	28	2.0	28	96	0	103	17	25	16	41	1.89
226514--226608	41	2.3	42	82	7	113	22	18	25	33	1.97
226577--226677	43	2.4	43	76	5	116	25	17	28	27	1.98
233261--233311	24	2.2	23	89	3	75	35	0	15	49	1.45
233269--233315	24	2.0	24	95	4	87	34	0	17	48	1.47
236226--236265	21	1.9	21	90	10	64	55	10	10	25	1.64
241999--242268	97	2.8	97	89	5	413	39	19	1	40	1.59
245882--245921	7	5.7	7	100	0	80	30	0	42	27	1.56
256196--256281	32	2.8	30	78	8	84	75	6	10	6	1.18
264468--264496	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
268037--268122	45	1.9	45	92	0	145	27	30	16	25	1.97
268184--268367	93	2.0	90	94	3	323	25	25	22	27	2.00
270208--270262	29	1.9	29	85	10	78	27	12	1	58	1.45
270422--270466	23	2.0	23	82	8	56	53	6	11	28	1.61
274256--274306	27	2.0	27	92	7	88	43	5	0	50	1.26
282534--282584	27	2.0	27	92	7	88	43	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283355--283462	38	2.9	37	90	4	171	41	21	2	34	1.67
284196--284235	5	8.2	5	88	5	64	35	0	0	65	0.93
284196--284240	15	3.1	14	90	6	63	35	0	0	64	0.94
284187--284661	221	2.1	222	96	2	886	41	5	6	46	1.52
284648--284697	15	3.3	15	80	0	64	30	16	2	52	1.55
286836--286896	30	2.0	30	90	0	95	39	29	6	24	1.80
314514--314632	58	2.0	60	95	3	215	46	19	9	25	1.79
317122--317312	96	2.0	96	98	0	373	28	17	21	31	1.97
318613--318742	35	3.7	35	77	6	109	46	15	11	26	1.79
326693--326757	28	2.3	27	76	7	76	32	23	23	21	1.98

Tables:   1   2   3   4