genome.fa.s1912.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold136
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1085849

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704551--704582	6	5.3	6	96	0	55	81	0	0	18	0.70
723085--723190	45	2.4	45	84	10	130	22	32	16	28	1.96
723209--723524	44	7.2	44	66	11	191	27	23	19	29	1.98
723203--723537	131	2.5	132	96	0	609	26	23	20	29	1.98
724201--724455	45	5.7	45	79	1	316	27	21	17	34	1.95
724202--724475	89	3.1	89	95	0	485	29	21	16	32	1.95
726834--726875	21	2.0	21	90	0	66	69	7	11	11	1.37
727296--727339	22	2.0	22	100	0	88	22	13	27	36	1.92
728771--728812	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
728844--728869	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
732748--732948	44	4.7	43	70	17	141	27	22	21	28	1.99
732709--732946	128	1.9	128	92	0	404	28	21	21	28	1.99
732917--733022	45	2.4	45	81	10	121	22	31	18	27	1.97
733041--733225	44	4.2	44	64	12	119	28	24	20	27	1.99
738629--738653	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
739041--739070	13	2.3	13	94	0	51	16	20	0	63	1.31
744396--744778	132	2.9	132	93	1	644	28	23	19	28	1.98
757243--757319	31	2.6	30	79	6	84	35	11	14	38	1.82
759802--759856	27	2.0	27	96	0	101	41	5	9	43	1.59
759805--759864	27	2.2	27	90	0	93	41	5	10	43	1.60
759886--759930	16	2.7	17	86	6	65	44	0	8	46	1.34
770688--770722	18	2.1	16	89	10	52	68	0	8	22	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786401--786446	3	15.0	3	86	4	65	32	2	2	63	1.19
786401--786454	9	5.8	10	85	8	62	29	1	3	64	1.21
787376--787722	109	3.2	109	94	0	595	30	15	18	35	1.92
788068--788600	228	2.3	228	97	0	1005	26	19	15	38	1.92
794790--795238	223	2.0	224	99	0	891	40	8	8	42	1.66
797997--798115	61	2.0	61	86	3	168	38	6	5	48	1.54
798220--798413	101	1.9	100	89	4	302	48	12	5	32	1.64
806691--806733	21	2.0	22	90	4	70	16	4	34	44	1.68
811065--811089	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
812632--812678	23	2.0	24	83	4	60	36	19	4	40	1.71
812655--812789	19	6.7	21	89	10	219	37	14	10	38	1.80
812648--812789	40	3.6	40	97	1	261	36	14	9	38	1.80
813892--813974	41	2.0	41	100	0	166	36	19	12	32	1.88
816502--816552	18	2.8	18	88	8	68	31	0	3	64	1.11
816505--816553	17	2.8	18	85	11	66	32	0	4	63	1.13
817388--817420	13	2.4	14	85	10	50	54	15	15	15	1.71
824806--824849	12	3.7	11	82	14	52	29	4	0	65	1.12
824831--824876	4	12.2	4	88	4	53	23	2	0	73	0.94
826508--826533	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
827354--827388	18	1.9	18	94	0	61	20	42	22	14	1.88
831438--831931	243	2.0	244	97	1	931	44	7	9	38	1.66
832921--832976	2	28.0	2	88	0	85	0	55	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832915--832969	14	4.1	14	88	9	78	0	60	0	40	0.97
832921--832976	22	2.5	22	97	0	103	0	55	0	44	0.99
832976--833004	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
846836--847081	43	5.7	43	77	8	171	28	30	20	20	1.98
847330--847561	41	5.7	41	75	3	198	31	20	21	25	1.98
850337--850388	3	17.0	3	88	4	68	34	5	0	59	1.21
856036--856229	93	2.0	95	91	3	311	27	15	8	48	1.73
856897--856934	16	2.5	15	87	8	58	44	21	2	31	1.66
857125--857580	89	5.1	89	84	0	570	32	22	23	21	1.98
857118--857579	179	2.6	178	85	0	618	32	22	23	21	1.98
857125--857651	89	5.9	88	83	2	543	31	22	23	22	1.98
860477--860528	3	17.0	3	88	4	68	34	5	0	59	1.21
863823--863890	31	2.2	31	86	0	91	35	16	5	42	1.72
866603--866639	18	2.2	16	90	9	56	27	0	2	70	1.01
870416--870449	2	17.0	2	87	0	50	44	0	2	52	1.16
880761--880810	16	3.1	16	80	8	57	70	2	0	28	0.99
880761--880815	26	2.1	26	90	6	85	69	1	0	29	0.99
885908--885958	21	2.4	21	90	0	75	31	7	29	31	1.86
886066--886120	20	2.8	20	100	0	110	30	3	0	65	1.10
886378--886437	31	2.0	31	86	3	86	38	13	10	38	1.78
886472--886517	22	2.0	22	83	8	56	39	0	2	58	1.10
889975--890114	72	1.9	72	86	2	201	35	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890514--890596	34	2.5	32	79	9	94	53	2	7	37	1.42
892151--892338	46	4.1	45	77	6	191	28	22	18	30	1.97
892326--892736	50	8.2	50	71	1	277	23	21	22	32	1.98
892329--892736	100	4.1	100	87	0	539	23	21	22	32	1.98
892756--893105	44	7.9	43	75	10	294	23	20	25	30	1.98
892773--893132	89	4.0	89	85	0	495	23	20	25	30	1.98
894427--894475	6	7.8	6	80	14	55	0	20	0	79	0.73
894428--894472	19	2.2	20	88	7	65	0	20	0	80	0.72
895413--895491	32	2.5	32	97	0	149	54	5	15	25	1.61
897045--897324	142	2.0	142	96	0	515	22	22	17	37	1.94
898501--898640	72	1.9	72	85	2	192	35	17	17	29	1.93
899040--899122	34	2.5	32	79	9	94	53	2	7	37	1.42
901180--901258	28	2.7	28	71	15	70	43	7	11	37	1.69
905962--906005	14	3.1	14	83	0	52	70	0	11	18	1.16
906142--906186	23	2.0	23	86	8	65	64	11	0	24	1.26
906147--906194	24	2.0	24	84	8	62	66	8	2	22	1.29
907532--907579	23	2.1	22	84	3	60	68	4	0	27	1.07
909403--909437	16	2.1	17	94	5	63	48	11	2	37	1.54
915188--915225	20	2.0	19	90	10	60	39	18	15	26	1.91
918906--918951	22	2.1	22	84	8	58	32	23	0	43	1.54
920937--920961	9	2.8	9	100	0	50	44	12	12	32	1.78
922791--922892	42	2.5	42	85	4	127	41	14	19	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922838--922892	21	2.7	20	82	2	65	43	18	16	21	1.88
934952--935093	40	3.5	40	92	4	223	36	2	0	60	1.11
935002--935093	11	8.9	11	70	20	65	39	2	0	58	1.10
935033--935093	31	2.0	30	87	12	88	39	1	0	59	1.08
938195--938233	18	2.2	18	90	0	60	30	0	2	66	1.05
938195--938239	18	2.5	19	85	7	58	26	2	2	68	1.12
950062--950114	2	26.5	2	88	0	79	0	50	0	49	1.00
951059--951103	22	2.0	22	100	0	90	31	8	13	46	1.74
951792--951847	24	2.3	25	75	9	62	48	12	5	33	1.64
956634--956681	23	2.0	24	88	4	71	47	10	12	29	1.74
956639--956688	23	2.2	23	81	0	55	50	6	16	28	1.68
966187--966246	26	2.3	26	82	5	77	48	10	6	35	1.63
976401--976427	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
977919--977986	27	2.5	28	92	4	113	41	8	1	48	1.43
978043--978122	27	3.0	27	94	0	133	27	28	30	13	1.94
981115--981293	12	14.7	12	69	19	86	55	9	0	34	1.37
981244--981290	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
981441--981484	19	2.3	19	100	0	88	38	9	9	43	1.68
981597--981676	27	3.0	27	94	0	133	13	30	28	27	1.94
981734--981805	30	2.5	30	88	4	103	50	2	8	38	1.47
983097--983133	18	2.0	18	89	5	56	21	0	5	72	1.04
986530--986676	75	2.0	75	93	2	251	46	10	10	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986650--986931	138	2.1	137	91	0	456	41	8	5	44	1.58
991555--992045	152	3.2	152	93	2	803	29	11	8	50	1.67
992655--992944	125	2.3	125	98	0	553	31	14	21	33	1.93
994890--995128	132	1.8	132	88	1	372	25	28	24	21	1.99
995129--995163	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
995815--995839	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
996775--996847	25	3.1	25	70	20	59	64	4	0	31	1.12
996920--996986	31	2.2	31	89	5	100	67	0	1	31	1.00
996928--996968	21	2.0	21	85	0	55	65	0	0	34	0.93
997020--997067	22	2.2	22	85	7	62	35	4	29	31	1.76

Tables:   1   2   3   4