genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  960516

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201--281	37	2.2	37	90	0	126	41	14	8	34	1.77
990--1014	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
1907--1946	6	6.7	6	88	8	55	12	5	0	82	0.82
2903--2976	32	2.2	33	81	9	80	41	10	1	45	1.47
5936--5979	22	2.0	22	100	0	88	40	18	18	22	1.91
16432--16562	49	2.7	49	92	0	217	30	19	20	29	1.97
18658--18693	5	7.2	5	100	0	72	19	0	0	80	0.71
34339--34474	30	4.7	29	78	7	125	33	19	5	41	1.76
34821--34864	3	14.0	3	95	4	70	68	0	31	0	0.90
34857--34904	16	2.9	17	85	11	57	83	0	10	6	0.81
34825--34893	6	11.3	6	81	10	52	76	0	21	1	0.86
35572--35681	20	6.0	19	71	19	83	40	7	10	42	1.66
35582--35681	38	2.7	37	86	6	132	36	8	11	45	1.69
35582--35684	36	2.8	36	85	8	136	36	8	10	43	1.70
41731--41774	8	5.6	8	89	5	72	88	11	0	0	0.51
41731--41794	9	6.9	9	82	10	58	85	7	6	0	0.73
41737--41795	12	5.4	11	78	11	50	86	6	6	0	0.71
42627--44061	73	19.1	76	74	13	759	27	16	19	36	1.93
43225--45911	153	17.6	150	80	9	2320	27	16	19	35	1.94
44055--45925	233	8.1	229	82	7	1879	28	16	19	35	1.94
45745--46106	181	2.0	180	90	1	573	28	18	17	35	1.94
45934--46242	75	4.1	75	82	2	332	25	18	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45923--46242	76	4.2	76	81	4	351	25	18	20	36	1.95
45593--46204	332	1.8	330	86	4	874	27	17	19	35	1.95
46416--46591	30	6.0	29	75	4	163	32	19	5	43	1.73
46939--46982	3	14.0	3	85	4	52	72	0	27	0	0.85
46939--46983	12	3.8	12	85	14	67	73	0	26	0	0.84
46989--47021	7	5.0	7	92	7	52	84	0	0	15	0.61
46990--47019	6	4.8	6	95	4	51	86	0	0	13	0.57
49587--49649	13	4.6	13	75	9	54	26	9	9	53	1.64
49630--49711	25	3.4	25	75	10	80	23	17	9	50	1.75
49593--49716	12	9.9	12	70	14	72	25	15	8	50	1.73
64521--64678	84	1.9	82	82	10	194	43	16	5	34	1.70
65628--65657	15	2.1	15	93	6	53	76	0	6	16	0.99
67855--67895	20	2.0	20	90	9	66	48	0	19	31	1.49
70242--70283	20	2.2	20	87	8	61	52	9	0	38	1.34
74394--74458	32	2.0	32	100	0	130	41	12	21	24	1.87
79092--79231	42	3.3	42	82	5	147	26	16	25	31	1.96
83818--83845	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
90467--90637	51	3.2	51	86	11	252	28	24	14	32	1.94
90566--90597	7	4.6	7	96	0	55	18	31	9	40	1.83
90566--90602	14	2.6	14	86	0	56	21	29	10	37	1.88
90515--90637	58	2.1	58	98	0	237	27	24	14	33	1.94
96491--96539	21	2.3	20	80	16	55	65	14	0	20	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108986--109019	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
112378--112406	15	1.9	15	100	0	58	31	0	13	55	1.39
113639--113703	23	2.8	23	92	0	112	10	9	32	47	1.70
113822--113860	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
117274--117321	3	15.7	3	78	4	51	60	0	6	33	1.22
117346--117386	16	2.6	16	88	7	57	56	0	14	29	1.39
118790--118972	43	4.3	43	75	7	169	33	26	13	26	1.94
121043--121249	31	6.7	31	82	3	249	32	9	15	42	1.79
121043--121249	61	3.4	61	84	3	265	32	9	15	42	1.79
121043--121250	92	2.3	93	83	3	242	32	9	15	42	1.79
121367--121471	43	2.4	43	88	1	156	26	17	24	31	1.97
124301--124504	44	4.7	44	80	15	221	25	17	29	27	1.97
132206--132247	22	1.9	22	85	0	57	76	2	9	11	1.12
132223--132255	16	2.1	16	94	0	57	78	6	12	3	1.04
133036--133088	17	3.1	17	81	13	63	43	0	22	33	1.54
133190--133255	23	2.9	23	93	0	114	9	7	36	46	1.64
137009--137138	27	4.8	27	83	3	154	30	24	16	29	1.96
137009--137139	54	2.4	54	83	0	181	29	24	16	29	1.96
139251--139392	66	2.1	67	92	1	232	40	9	13	36	1.78
139304--139498	105	1.9	104	86	1	282	42	12	10	33	1.78
140473--140506	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
140630--140692	30	2.1	30	90	0	99	57	12	3	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140669--140701	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
156847--156909	19	3.3	19	82	10	65	20	11	28	39	1.87
156847--156923	20	3.9	18	80	13	73	22	11	28	37	1.89
156884--156938	27	2.1	26	82	3	65	30	10	27	30	1.91
157496--157595	49	2.0	49	92	0	164	30	20	20	30	1.97
173201--173308	44	2.5	44	90	0	171	24	21	24	30	1.99
173384--173597	44	4.7	45	69	16	152	29	21	17	30	1.97
173243--173650	140	2.9	140	95	0	735	28	21	18	31	1.97
173423--173648	52	4.7	51	68	20	146	29	21	18	31	1.96
179948--180170	111	2.0	112	98	0	430	21	29	13	35	1.92
189666--189872	105	2.0	105	89	0	315	32	13	13	40	1.84
191114--191322	43	4.9	43	92	0	328	31	26	18	23	1.98
195569--195608	16	2.6	16	88	7	57	45	0	35	20	1.51
195889--195987	47	2.1	48	96	1	182	46	0	7	46	1.30
195973--196025	25	2.1	26	82	3	63	18	3	5	71	1.21
195972--196025	19	2.8	18	78	10	54	20	3	5	70	1.23
198003--198045	20	2.1	21	86	4	61	27	4	2	65	1.25
197904--198379	146	3.3	146	97	0	871	24	16	15	44	1.86
198382--198550	73	2.3	72	90	2	257	26	26	23	24	2.00
198618--198643	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
205106--205215	50	2.2	48	79	9	125	37	0	36	25	1.63
205850--206032	98	1.9	98	89	2	287	31	12	22	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205849--206057	98	2.1	98	85	1	285	32	12	22	32	1.92
206150--206232	39	2.2	38	82	6	96	43	16	19	20	1.88
206150--206407	78	3.3	78	73	2	214	40	16	21	20	1.91
206176--206415	39	6.2	39	78	3	178	41	16	21	20	1.90
212033--212079	22	2.1	22	96	0	85	40	17	12	29	1.86
216452--216539	45	2.0	45	82	12	112	34	5	12	47	1.65
222836--222917	39	2.1	39	83	0	101	21	24	12	41	1.87
223297--223358	24	2.5	24	84	2	70	35	20	9	33	1.86
225271--225556	103	2.7	105	82	11	334	24	17	15	41	1.89
225720--225764	23	1.9	24	81	4	56	28	2	6	62	1.33
226803--226847	21	2.1	21	87	0	63	44	8	17	28	1.79
228315--228375	25	2.4	25	94	0	104	47	8	29	14	1.73
234001--234164	43	3.9	43	81	4	181	29	26	14	29	1.95
236154--236256	50	2.1	50	90	0	161	32	11	4	51	1.59
236565--236617	26	2.0	26	88	0	79	24	7	3	64	1.37
239935--240235	100	3.0	100	97	0	550	36	6	18	38	1.77
240332--240377	16	2.6	18	76	16	51	36	0	10	52	1.37
243768--243824	6	9.7	6	84	3	62	43	5	1	49	1.35
244167--244207	16	2.7	15	81	7	55	31	0	7	60	1.24
247027--247058	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
249627--249702	33	2.3	33	82	8	100	59	1	3	35	1.24
253392--253440	25	2.0	25	84	8	64	34	2	12	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254330--254415	43	2.0	43	88	0	127	58	0	19	22	1.40
254388--254436	19	2.6	18	83	6	62	53	0	20	26	1.46
258969--259152	88	2.1	88	79	10	200	22	23	22	31	1.98
259108--259386	87	3.2	86	69	15	268	25	23	22	28	1.99
259028--259386	171	2.1	172	91	2	578	25	22	22	29	1.99
259119--259364	84	2.9	87	68	19	242	24	23	22	29	1.99
277503--277539	18	2.0	19	89	5	58	59	5	16	18	1.55
281246--281307	26	2.3	27	81	13	74	51	8	16	24	1.71
286319--286468	75	2.0	75	97	0	282	25	21	19	34	1.96
288611--288644	10	3.3	10	91	4	50	8	20	0	70	1.13

Tables:   1   2   3   4