genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  960516

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625136--625227	40	2.3	40	83	5	107	38	26	17	18	1.93
625484--625564	43	1.9	42	82	2	99	23	1	33	41	1.62
625391--625747	7	50.1	7	71	12	93	20	1	33	43	1.62
625647--625747	43	2.3	43	80	6	116	18	0	36	44	1.50
625652--625747	29	3.4	27	82	7	93	18	0	35	45	1.50
626732--626776	21	2.1	21	87	0	63	11	28	11	48	1.73
627207--627231	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
629703--629751	23	2.1	23	96	0	89	22	20	28	28	1.98
630079--630420	9	37.4	9	69	14	157	45	19	2	33	1.64
630070--630215	75	1.9	75	80	2	168	43	19	2	34	1.65
630097--630457	56	6.3	57	74	8	259	45	18	2	33	1.64
637063--637096	17	1.9	18	94	5	61	55	20	5	17	1.62
637538--637586	12	4.4	11	80	12	55	61	2	6	30	1.32
640151--640313	28	5.8	28	84	0	191	31	19	18	30	1.95
640165--640313	14	10.6	14	68	0	91	31	18	20	29	1.96
640151--640317	56	3.0	56	84	1	219	31	18	18	31	1.95
640151--640312	84	1.9	84	89	0	252	32	18	18	30	1.95
646154--646206	20	2.7	19	75	18	63	41	18	30	9	1.82
646231--646312	20	4.1	20	72	12	71	42	19	26	10	1.84
646162--646349	60	3.2	59	85	3	243	39	19	28	12	1.88
655833--656016	51	3.6	51	78	5	160	24	16	27	30	1.97
658021--658231	94	2.2	94	84	4	255	33	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658021--658250	47	4.9	47	77	6	207	34	17	21	25	1.96
659489--659532	22	2.0	22	100	0	88	50	4	13	31	1.62
661316--661364	15	3.0	15	73	21	53	51	2	0	46	1.12
662013--662046	13	2.5	13	90	4	50	64	5	0	29	1.17
663213--663313	31	3.3	31	100	0	202	23	11	15	48	1.79
663942--663976	18	1.9	18	88	0	52	2	8	2	85	0.79
675973--676087	44	2.6	44	82	5	126	27	20	20	30	1.98
676009--676128	44	2.7	44	84	2	134	30	20	20	29	1.98
676251--676415	49	3.6	45	82	4	181	26	24	18	29	1.98
676351--676554	88	2.3	88	79	5	216	25	26	21	26	1.99
676695--677527	89	9.4	89	86	1	1053	23	22	24	29	1.99
676695--677433	355	2.1	356	88	1	1115	23	22	24	29	1.99
676697--677614	222	4.1	223	79	4	965	23	22	24	29	1.99
676695--677526	355	2.3	356	86	2	1080	23	22	24	29	1.99
677327--677685	89	4.0	89	79	1	337	24	21	23	30	1.99
678615--678661	12	3.9	12	78	15	53	4	17	0	78	0.90
678615--678663	17	2.8	18	84	9	57	4	16	0	79	0.88
683877--683931	6	9.2	6	77	18	53	78	3	1	16	0.98
683877--683931	13	4.6	12	75	20	53	78	3	1	16	0.98
685139--685166	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
688692--688731	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
690574--690609	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694438--694468	12	2.6	12	100	0	62	29	25	0	45	1.54
695833--695859	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
696721--696757	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
698537--698609	19	3.5	19	70	20	65	20	1	36	41	1.61
698596--698620	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
716484--716615	60	2.2	60	84	2	167	40	17	15	25	1.89
718264--718351	25	3.6	25	80	10	101	34	25	17	23	1.96
718597--718649	25	2.1	25	82	6	63	28	26	0	45	1.54
723641--723798	34	4.6	34	74	4	156	43	16	12	27	1.83
725988--726018	13	2.5	13	94	5	55	61	0	35	3	1.12
727668--727727	10	5.9	10	75	9	59	56	1	3	38	1.26
727681--727741	20	2.9	21	83	9	63	57	1	3	37	1.25
727670--727728	30	1.9	31	86	3	84	55	1	3	38	1.26
727716--727758	17	2.4	18	84	3	61	60	0	0	39	0.97
737422--737455	10	3.5	10	88	4	52	41	8	38	11	1.73
740058--740091	7	4.9	7	100	0	68	44	29	0	26	1.55
747254--747291	15	2.4	17	82	13	53	57	0	7	34	1.28
747591--747629	19	2.1	19	85	9	53	66	7	7	17	1.40
752140--752247	51	2.1	51	82	3	128	28	25	19	26	1.99
759057--759107	27	2.0	25	84	7	66	37	3	5	52	1.44
759891--759934	24	1.9	23	86	9	63	40	22	11	25	1.87
759890--759940	24	2.2	21	80	16	57	43	19	9	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761426--761466	21	1.9	22	85	5	57	46	2	2	48	1.28
766105--766153	20	2.5	19	87	12	73	34	4	2	59	1.28
767014--767208	101	2.0	99	92	3	329	53	10	13	21	1.70
768998--769049	24	2.2	24	100	0	104	42	11	28	17	1.84
770236--770285	21	2.4	21	78	15	68	40	10	2	48	1.48
776006--776114	22	4.6	25	76	9	88	19	22	18	39	1.92
776006--776114	47	2.3	48	77	16	120	19	22	18	39	1.92
779324--779510	92	2.0	93	98	1	367	31	8	10	49	1.67
779764--780087	86	3.8	85	76	9	261	32	12	14	41	1.83
794118--794154	18	2.1	18	89	0	56	37	0	29	32	1.58
796223--796289	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
803311--803352	15	2.7	16	78	17	52	23	7	0	69	1.13
812419--812450	10	3.2	10	95	0	55	0	15	0	84	0.63
820990--821024	17	2.1	17	89	5	54	51	8	0	40	1.33
822829--822868	18	2.2	18	86	0	53	30	5	2	62	1.29
822997--823089	42	2.2	41	81	7	98	32	7	3	56	1.43
823448--823592	74	2.0	74	91	2	238	28	19	17	35	1.94
827940--827972	14	2.3	15	89	5	50	30	15	30	24	1.95
828050--828111	6	10.7	6	81	11	67	80	0	17	1	0.79
828060--828115	14	3.9	14	79	6	60	78	0	19	1	0.84
829057--829110	24	2.2	24	96	0	99	29	12	29	27	1.94
829729--829768	21	1.9	21	89	0	62	72	2	7	17	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830041--830148	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
830035--830158	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
835521--835628	15	7.2	15	66	12	69	44	7	21	26	1.78
835515--835638	30	4.1	30	91	1	194	43	6	23	26	1.78
836471--836509	17	2.3	17	95	0	69	41	0	15	43	1.46
839194--839270	38	2.0	38	85	9	104	28	16	19	35	1.94
840492--840526	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
843933--844031	38	2.6	39	70	15	98	40	4	10	45	1.57
845074--845159	43	2.0	43	95	0	154	25	11	19	43	1.85
860967--861021	17	3.2	17	73	19	60	21	21	29	27	1.99
860965--861040	34	2.2	34	80	0	89	25	21	25	28	1.99
870084--870160	39	2.0	40	86	2	111	38	3	5	51	1.42
870133--870161	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
879493--879573	23	3.5	23	87	0	126	33	25	19	20	1.97
881382--881456	23	3.0	25	79	12	100	24	22	22	30	1.99
881400--881455	27	2.1	27	89	0	85	26	23	19	30	1.98
886889--886957	36	1.9	36	81	0	84	26	8	24	40	1.84
890455--890479	10	2.5	10	100	0	50	12	0	28	60	1.32
892165--892209	23	2.0	22	83	12	56	24	13	11	51	1.73
892109--892253	12	11.6	12	72	14	80	28	14	9	46	1.76
892194--892247	25	2.2	25	86	6	74	24	14	11	50	1.75
897209--897260	5	10.8	5	81	4	54	13	7	0	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897200--897260	23	2.8	21	78	11	59	14	6	0	78	0.94
897648--897707	17	3.6	16	76	12	59	83	5	10	1	0.87
897646--897709	18	3.4	18	79	12	67	84	4	9	1	0.83
897646--897721	36	2.1	37	85	7	102	82	6	9	1	0.88
897644--897721	34	2.2	35	82	15	99	82	6	10	1	0.91
898612--898658	12	3.8	12	83	5	58	29	14	8	46	1.74
910999--911062	34	1.9	33	83	3	83	35	0	1	62	1.05
911035--911084	24	2.1	24	81	7	57	36	4	2	58	1.29
911892--911929	20	1.9	20	84	10	51	42	18	7	31	1.79
911995--912064	9	7.9	9	70	20	58	65	2	0	31	1.07

Tables:   1   2   3   4