genome.fa.s3047.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1398653

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5083--5125	12	3.7	12	90	3	61	81	4	11	2	0.93
5318--5368	19	2.8	19	77	16	54	68	1	1	27	1.11
5312--5369	24	2.3	25	82	11	66	70	3	1	24	1.12
7231--7262	12	2.7	12	100	0	64	50	12	0	37	1.41
10831--10868	18	2.1	19	85	14	53	42	18	2	36	1.64
12302--12427	56	2.1	59	85	12	179	23	25	21	30	1.99
15772--15945	31	5.7	30	79	13	124	58	0	1	40	1.08
15770--15881	30	3.7	30	85	7	138	58	0	2	38	1.12
15770--15955	11	18.1	10	74	14	114	57	0	1	40	1.08
15817--15932	41	2.9	40	93	3	189	61	0	1	37	1.07
15776--15986	62	3.3	63	78	13	202	60	0	1	37	1.08
27227--27255	13	2.3	13	94	5	51	58	6	0	34	1.25
32163--32308	54	2.9	50	84	14	183	48	8	8	33	1.66
36982--37092	42	2.6	42	82	2	143	40	17	25	17	1.90
37059--37099	21	2.0	21	85	0	55	48	19	19	12	1.80
38330--38397	21	3.3	21	91	2	111	33	11	16	38	1.85
41354--41387	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
44117--44151	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
48742--48784	22	2.0	22	86	4	61	32	13	23	30	1.93
52025--52104	39	2.1	39	95	0	142	33	12	25	28	1.92
62234--62319	31	2.9	30	76	10	86	41	11	10	36	1.76
62835--62888	3	18.0	3	96	0	99	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69304--69356	25	2.2	24	93	3	88	16	22	22	37	1.94
76301--76332	7	4.6	7	96	0	55	25	28	0	46	1.53
88146--88211	31	2.1	31	89	10	100	36	1	15	46	1.55
91270--91444	50	3.5	48	75	9	163	21	18	24	36	1.95
91319--91494	50	3.5	48	73	6	136	23	18	23	34	1.96
91216--91523	100	3.1	100	83	3	361	24	17	23	34	1.96
91369--91523	50	3.1	50	65	12	120	24	20	22	32	1.97
91749--92290	44	11.8	44	70	13	306	27	20	20	32	1.97
91711--92261	142	3.9	142	89	4	868	27	20	19	32	1.97
91570--92273	277	2.6	273	89	3	1040	26	19	18	32	1.95
92379--92849	131	3.6	130	90	2	677	23	23	21	30	1.99
92876--93135	87	3.1	87	87	6	388	24	25	23	27	2.00
94587--94678	44	2.1	44	83	6	114	36	25	3	34	1.72
94660--94711	16	3.2	16	84	10	70	26	26	5	40	1.79
105525--105616	44	2.1	44	97	0	175	34	13	19	32	1.90
107950--108021	28	2.8	24	82	17	76	70	5	23	0	1.08
108428--108465	19	2.0	20	89	5	60	60	2	2	34	1.24
111053--111111	30	2.0	30	96	0	109	59	11	3	25	1.48
111143--111190	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
111144--111186	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
111151--111191	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
111224--112809	793	2.0	793	100	0	3172	34	11	18	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120582--120656	32	2.3	32	86	8	109	26	41	4	28	1.74
120737--120826	42	2.1	42	89	0	135	36	27	1	34	1.65
123757--123894	64	2.1	66	82	9	165	38	26	9	26	1.86
128697--128782	31	2.8	30	72	6	75	41	16	9	32	1.80
131468--131556	45	2.0	45	90	0	142	38	3	15	42	1.64
131616--131725	24	4.6	24	88	0	166	43	7	27	21	1.79
131820--132010	21	9.1	21	63	4	89	17	24	15	42	1.88
131835--132018	42	4.4	42	88	0	242	16	25	16	41	1.89
131820--132018	84	2.4	84	86	0	272	16	24	16	42	1.88
131820--132045	84	2.7	84	83	1	229	17	23	16	42	1.88
134186--134255	22	3.2	22	76	15	72	40	20	25	14	1.90
135793--135902	25	4.4	25	73	10	82	20	27	21	30	1.98
135792--135904	50	2.3	50	82	3	129	20	26	21	31	1.98
140317--140444	67	1.9	67	95	0	229	21	17	34	26	1.96
140570--140637	26	2.5	27	77	15	70	51	8	8	30	1.63
141656--141742	32	2.7	32	76	15	81	63	6	3	26	1.36
146683--146974	50	5.7	50	77	4	237	27	20	28	23	1.99
155902--155931	6	5.0	6	100	0	60	16	16	16	50	1.79
157205--157235	16	1.9	16	93	0	53	22	0	41	35	1.54
161271--161323	3	17.7	3	96	0	97	33	33	0	32	1.58
163926--163954	15	1.9	15	100	0	58	58	13	6	20	1.58
164430--164461	14	2.3	14	100	0	64	31	31	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164466--164496	13	2.4	13	100	0	62	54	16	0	29	1.42
165173--165254	26	3.3	25	70	14	71	34	25	25	14	1.94
169445--169479	7	5.0	7	100	0	70	14	0	0	85	0.59
172007--172124	39	3.3	39	66	22	121	33	5	10	50	1.60
171983--172181	68	2.9	68	93	0	317	36	5	8	50	1.54
173073--173160	36	2.4	36	82	0	104	21	32	28	17	1.96
174808--174857	15	3.2	15	79	20	66	34	0	14	52	1.42
174807--174875	11	6.7	11	70	20	51	34	0	14	50	1.43
174836--174878	18	2.3	19	80	8	52	37	0	11	51	1.39
174990--175121	41	3.3	40	75	7	135	26	18	24	31	1.97
174990--175097	37	2.8	40	76	8	114	26	18	23	31	1.97
177238--177291	27	1.9	29	81	7	67	57	7	1	33	1.37
191709--191742	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
192457--192510	21	2.7	21	75	16	60	33	9	12	44	1.75
194445--194469	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
194474--194519	20	2.2	20	85	11	58	58	6	2	32	1.36
195085--195122	20	1.9	20	88	0	58	34	0	2	63	1.09
195179--195236	21	2.7	22	81	7	57	39	0	1	58	1.08
195247--195302	26	2.1	27	87	6	80	30	0	1	67	1.01
199285--199316	6	5.3	6	100	0	64	65	0	0	34	0.93
207303--207428	65	1.9	65	100	0	252	42	19	19	18	1.89
207711--207766	9	6.0	9	72	15	51	17	5	5	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208804--208902	49	2.0	49	98	0	189	44	16	11	28	1.81
209845--209882	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
210325--210354	12	2.5	12	100	0	60	33	10	10	46	1.71
217997--218042	18	2.4	18	82	10	56	43	2	2	52	1.25
218054--218083	14	2.1	14	100	0	60	73	0	6	20	1.05
218080--218128	9	5.4	9	80	0	53	75	4	14	6	1.14
218071--218128	18	3.2	18	87	2	80	74	3	13	8	1.19
218876--218913	18	2.1	18	85	9	51	42	0	18	39	1.50
219033--219143	23	5.0	23	81	7	97	19	21	22	36	1.96
219046--219129	23	3.8	22	83	9	100	15	23	26	34	1.95
242845--242878	17	2.1	17	88	5	52	29	44	11	14	1.81
242967--243071	45	2.3	45	75	0	120	32	20	15	32	1.93
243025--243071	23	2.1	23	84	4	60	29	19	17	34	1.94
242967--243071	22	4.7	23	69	6	81	32	20	15	32	1.93
243099--243138	16	2.5	16	87	0	62	37	25	12	25	1.91
243114--243154	15	2.6	16	84	7	57	41	21	14	21	1.89
250434--250522	23	3.9	23	78	0	97	35	15	15	32	1.90
250768--250810	23	2.0	22	81	9	52	39	2	4	53	1.34
250819--250867	15	3.3	15	82	0	71	42	6	4	46	1.47
250827--250901	15	4.8	16	77	12	66	37	9	5	48	1.58
254534--254604	16	4.4	16	83	1	88	43	9	5	40	1.61
264274--264310	18	2.1	18	100	0	74	35	27	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265043--265077	6	5.7	6	96	3	61	51	17	17	14	1.77
265521--265566	18	2.6	18	86	3	58	13	36	30	19	1.90
267330--267363	16	2.1	16	88	0	50	64	2	14	17	1.40
271038--271111	29	2.5	29	82	6	78	10	32	10	45	1.74
272021--272060	19	2.2	19	86	8	57	42	5	0	52	1.23
272132--272163	15	2.1	15	94	0	55	40	15	0	43	1.47
273339--273374	11	3.4	11	88	3	56	0	22	13	63	1.29
276198--276224	13	2.1	13	100	0	54	29	18	7	44	1.77
277080--277150	36	2.0	35	89	8	108	38	26	1	33	1.65
284640--284715	30	2.5	30	78	0	89	31	15	21	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5