genome.fa.s3047.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1398653

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701814--701898	42	2.0	43	93	2	145	42	5	10	41	1.64
709952--710059	57	2.0	54	84	14	141	7	53	2	36	1.43
713115--713169	27	2.0	27	96	0	101	40	5	34	20	1.75
713906--713933	13	2.2	13	100	0	56	28	0	25	46	1.53
715358--715384	13	2.1	13	100	0	54	29	40	14	14	1.86
715628--715789	27	6.0	27	79	5	150	37	20	19	23	1.95
715639--715789	54	2.8	54	82	2	178	37	19	19	23	1.94
715951--716015	27	2.4	27	83	14	82	20	24	23	32	1.98
716059--716293	32	7.4	32	76	10	178	18	19	23	38	1.93
716061--716263	64	3.2	63	76	9	207	17	19	25	38	1.93
718296--718589	146	2.0	146	95	0	525	33	9	18	38	1.83
729137--729213	22	3.6	21	76	11	68	25	0	22	51	1.48
735454--735727	139	2.0	139	93	0	467	25	17	20	36	1.94
737277--737307	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
740355--740384	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
760936--760970	15	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
761027--761082	22	2.6	21	75	11	51	51	5	3	39	1.42
763099--763152	23	2.3	23	90	3	81	18	5	7	68	1.33
776183--776350	42	4.0	42	100	0	336	19	4	28	47	1.69
784266--784339	34	2.3	33	80	17	84	60	2	22	13	1.45
794673--794727	22	2.5	22	82	5	58	21	12	23	41	1.88
795498--795532	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795654--795688	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
795478--800949	156	35.1	156	99	0	10917	46	6	3	43	1.45
795810--795844	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
795966--796000	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796122--796156	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796278--796312	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796434--796468	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796590--796624	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796746--796780	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
796902--796936	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797058--797092	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797214--797248	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797370--797404	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797526--797560	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797682--797716	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797838--797872	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
797994--798028	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
798150--798184	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
798306--798340	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
798462--798496	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
798618--798652	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
798774--798808	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798930--798964	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799086--799120	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799242--799276	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799398--799432	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799554--799588	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799710--799744	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
799866--799900	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800022--800056	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800178--800212	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800334--800368	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800490--800524	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800646--800680	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
800802--800836	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
802780--802992	109	2.0	109	96	0	390	31	12	15	41	1.83
808467--808670	68	3.0	68	76	2	196	25	22	15	37	1.93
811338--811366	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
813452--813502	21	2.4	21	100	0	102	23	11	21	43	1.85
818138--818166	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
821882--821955	21	3.7	20	77	12	71	37	4	1	56	1.27
833895--834062	84	2.0	84	96	0	309	41	13	14	30	1.84
836261--836310	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
836264--836329	29	2.2	30	86	10	91	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836319--836355	19	1.9	19	88	0	56	48	2	0	48	1.15
839064--839108	21	2.1	22	84	12	58	60	2	0	37	1.09
840049--840128	42	1.9	42	86	0	115	32	26	22	18	1.97
841553--841614	31	2.0	31	100	0	124	32	19	6	41	1.77
849098--849131	11	3.1	11	91	0	50	17	23	5	52	1.66
849103--849134	11	2.9	11	95	0	55	18	21	6	53	1.67
849140--849183	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
851039--851077	18	2.2	18	95	0	69	23	30	7	38	1.83
851486--851517	9	3.7	9	95	4	57	34	0	9	56	1.32
851516--851563	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851566--851602	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
851486--852288	85	9.4	85	100	0	1606	38	0	13	47	1.44
851601--851648	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851651--851687	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
851686--851733	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851736--851772	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
851771--851818	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851821--851857	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
851856--851903	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851906--851942	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
851941--851988	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
851991--852027	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852026--852073	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
852076--852112	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
852111--852158	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
852161--852197	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
852196--852243	25	1.9	25	95	0	87	43	0	16	39	1.48
852246--852282	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
852296--852365	17	3.9	17	72	15	61	44	5	1	48	1.35
852406--852478	37	2.0	37	81	10	87	45	8	1	45	1.42
855475--855824	125	2.8	124	87	3	508	33	21	15	30	1.94
858578--858651	38	1.9	38	97	0	139	21	17	13	47	1.82
868359--868415	27	2.1	27	83	0	69	21	33	17	28	1.96
868807--868859	24	2.2	24	86	0	70	37	5	9	47	1.60
868814--868870	24	2.4	24	82	5	62	36	7	10	45	1.66
873011--873062	24	2.2	24	85	0	68	34	3	11	50	1.57
882270--882524	27	9.5	27	78	9	254	43	20	15	20	1.88
882328--882524	53	3.7	52	84	11	240	43	20	16	19	1.88
882270--882522	80	3.1	80	84	5	314	43	20	15	20	1.87
882729--882809	26	3.1	26	82	5	92	24	22	19	33	1.97
882912--882999	28	3.1	28	93	0	158	22	23	22	30	1.99
884708--884748	19	2.2	19	86	4	57	46	9	17	26	1.79
891825--891860	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
894296--894321	10	2.6	10	100	0	52	69	11	0	19	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895044--895077	6	5.8	6	86	6	52	0	14	0	85	0.60
895043--895081	20	2.0	20	90	10	62	0	15	0	84	0.62
895043--895080	11	3.4	11	85	7	58	0	13	0	86	0.56
897497--897528	16	2.0	16	100	0	64	31	0	43	25	1.55
897845--897902	30	2.0	30	83	10	75	48	6	6	37	1.57
904050--904090	20	2.0	21	95	4	75	53	4	9	31	1.55
906378--906407	7	4.3	7	100	0	60	56	0	0	43	0.99
906989--907027	12	3.4	12	82	13	55	74	0	25	0	0.82
909110--909171	30	2.1	30	93	0	106	32	29	24	14	1.94
912458--912593	42	3.3	42	82	4	150	25	16	19	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5