genome.fa.s4147.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold222
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1154749

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
590814--590867	26	2.1	26	92	0	90	38	25	18	16	1.92
590982--591068	24	3.6	24	87	0	111	43	21	9	25	1.82
591089--591314	27	8.4	27	88	1	229	22	21	19	37	1.95
591089--591327	81	3.0	81	81	2	264	21	20	20	37	1.95
591224--591337	27	4.2	27	87	6	133	19	16	18	45	1.85
591224--591337	54	2.1	54	85	6	151	19	16	18	45	1.85
599724--599965	50	4.7	50	74	9	170	28	21	26	23	1.99
611425--611452	12	2.3	12	100	0	56	28	35	10	25	1.89
613219--613317	42	2.3	44	76	13	109	40	16	14	29	1.87
619673--619778	42	2.5	43	79	13	139	41	19	12	26	1.87
626447--626560	42	2.7	43	75	8	126	27	14	17	40	1.89
636191--636234	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
638472--638505	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
640821--640853	17	1.9	17	100	0	66	42	24	6	27	1.78
642738--642809	29	2.4	29	81	4	81	25	12	15	47	1.80
643333--643409	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
646480--646585	35	3.0	35	81	0	131	28	17	29	24	1.98
648821--648877	29	2.0	29	86	6	80	42	1	3	52	1.28
649311--649397	26	3.4	26	78	13	74	72	3	20	3	1.14
650045--650082	14	2.7	14	100	0	76	50	0	13	36	1.42
656205--656278	27	2.7	27	83	4	78	36	22	12	28	1.90
659347--659386	21	1.9	21	84	0	53	52	2	7	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660460--660607	43	3.5	43	80	7	176	29	18	25	26	1.98
674165--674201	18	2.1	18	94	0	65	29	27	16	27	1.97
676866--677198	27	12.4	27	88	3	485	35	18	21	24	1.95
679258--679445	45	4.2	45	82	4	202	21	14	27	36	1.92
683748--683976	81	2.8	79	84	3	287	44	23	14	17	1.86
683738--683992	81	3.2	78	82	4	285	44	21	16	18	1.87
683738--684003	27	9.9	27	86	3	259	43	21	15	19	1.88
684385--684451	29	2.2	31	86	7	93	28	16	14	40	1.88
696541--696827	42	6.8	40	82	9	315	35	20	19	25	1.96
696541--696827	127	2.3	127	86	7	388	35	20	19	25	1.96
696542--696834	85	3.5	84	84	6	362	34	20	19	25	1.96
697295--697350	21	2.7	21	91	0	85	5	39	19	35	1.75
705556--705597	19	2.2	19	86	0	57	19	2	50	28	1.60
707027--707067	7	5.9	7	88	0	64	43	51	0	4	1.23
707423--707462	14	2.9	14	80	0	53	40	45	0	15	1.46
708009--708663	114	5.8	114	78	5	562	27	23	22	25	2.00
708149--708638	227	2.1	231	83	4	627	26	23	23	27	2.00
711212--711370	27	5.9	27	85	0	210	35	21	20	22	1.96
711211--711370	81	2.0	81	87	2	232	35	21	20	22	1.96
711540--711620	26	3.1	26	85	3	110	23	19	18	38	1.93
711732--711815	27	3.1	28	84	5	109	22	17	23	35	1.95
712083--712124	17	2.5	17	100	0	84	40	11	9	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717216--717254	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
718395--718427	17	1.9	17	88	11	50	45	3	18	33	1.65
719027--719526	252	2.0	251	90	1	788	27	8	23	40	1.83
738914--739082	27	6.3	27	85	0	230	43	23	14	17	1.86
738938--739109	54	3.2	52	77	14	161	41	22	16	19	1.90
739230--739336	26	4.1	26	88	0	142	22	22	22	32	1.98
746416--746475	20	2.9	19	80	16	59	68	1	18	11	1.28
754265--754297	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
754427--754468	20	2.2	20	86	4	59	57	0	0	42	0.99
754940--754990	18	2.9	17	77	14	50	56	0	3	39	1.18
755361--755425	30	2.2	30	97	0	121	23	3	15	58	1.51
755545--755575	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
755804--755836	12	2.5	13	90	9	50	66	3	6	24	1.28
768968--769181	107	2.0	107	99	0	419	26	15	14	43	1.85
775439--775506	20	3.4	19	74	11	57	8	22	1	67	1.26
778643--778678	14	2.6	14	91	8	56	0	22	0	77	0.76
781273--781317	20	2.2	20	84	11	56	51	0	8	40	1.33
783470--783567	50	2.0	50	97	0	187	33	28	2	35	1.69
797917--797968	26	2.0	26	88	0	77	34	7	17	40	1.78
804535--804602	34	2.0	35	82	5	86	29	22	26	22	1.99
810249--810283	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
811428--811511	20	4.2	20	79	8	100	7	28	25	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811432--811518	39	2.2	39	85	4	113	10	28	22	37	1.87
815565--815606	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
818621--818656	15	2.3	16	90	4	56	41	2	0	55	1.14
819278--819302	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
819464--819508	23	2.0	23	86	0	63	48	2	2	46	1.26
824074--824114	21	2.0	21	95	0	73	31	9	19	39	1.84
841774--841873	52	1.9	51	91	2	164	48	6	5	41	1.50
853011--853062	21	2.5	21	87	9	72	28	13	17	40	1.87
855584--855633	21	2.4	21	86	0	64	18	16	40	26	1.90
857014--857488	248	1.9	249	86	1	684	26	15	23	33	1.95
857912--858054	43	3.3	43	90	1	225	30	26	18	25	1.98
857910--858094	85	2.2	85	80	1	219	32	27	16	23	1.96
863908--864090	7	25.7	7	73	13	72	45	33	0	20	1.55
863908--864090	21	8.6	21	71	14	106	45	33	0	20	1.55
864065--864095	14	2.2	14	94	0	53	51	29	0	19	1.47
864158--864200	22	2.0	22	86	4	61	39	23	18	18	1.92
864220--864331	40	2.8	40	78	6	111	20	20	22	36	1.95
864337--864362	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
869669--869715	18	2.6	18	76	6	51	42	2	17	38	1.61
870692--870796	20	5.3	20	67	15	65	17	27	17	38	1.92
870679--870817	40	3.5	40	82	2	154	16	26	17	38	1.91
880007--880040	16	2.1	16	88	0	50	17	41	14	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880031--880166	50	2.7	50	88	0	200	20	30	22	27	1.98
887772--888013	50	4.9	50	82	3	258	28	21	27	21	1.99
894674--894912	50	4.8	48	72	10	178	28	19	26	25	1.99
897731--897773	9	4.6	9	86	11	59	58	2	0	39	1.11
897737--897778	20	2.1	20	95	0	75	57	0	0	42	0.99
898153--898253	10	10.3	10	73	13	52	66	2	0	29	1.13
898153--898244	31	3.1	31	77	10	84	67	2	1	29	1.09
898151--898253	39	2.6	41	76	7	95	66	2	0	30	1.13
898157--898246	10	9.0	10	70	13	60	64	2	1	32	1.13
899319--899374	18	3.2	17	85	9	78	71	0	3	25	1.02
902328--902386	13	4.5	13	81	8	75	38	27	6	27	1.81
902615--902713	10	10.0	9	70	18	54	43	3	2	51	1.28
902615--902715	20	5.1	19	74	17	73	43	2	1	51	1.28
902619--902712	30	3.1	30	77	10	86	40	3	2	54	1.28
903851--903890	20	2.0	20	85	9	55	32	5	22	40	1.76
904931--904958	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
905204--905323	6	19.5	6	75	4	60	66	10	8	15	1.43
905209--905305	12	8.4	12	76	8	76	68	11	6	14	1.39
905215--905258	9	4.9	9	91	0	70	68	9	4	18	1.34
905215--905326	9	12.6	9	81	1	64	67	8	8	15	1.40
918282--918317	19	1.9	18	88	5	54	72	2	8	16	1.21
923584--923612	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934673--934705	16	2.1	16	94	5	59	33	0	24	42	1.55
947097--947125	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
949979--950016	6	5.9	7	90	9	55	60	0	23	15	1.35
952336--952434	28	3.5	28	87	5	146	37	12	3	47	1.56
952619--952689	37	1.9	37	91	0	115	42	7	0	50	1.29
952614--952684	19	3.8	19	83	3	90	39	7	0	53	1.28
952800--953288	27	18.1	27	99	0	951	25	25	18	30	1.98
953351--953448	28	3.5	27	90	5	151	48	1	9	40	1.42
956312--956336	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
958202--958310	20	5.4	20	75	6	96	32	22	24	21	1.98

Tables:   1   2   3   4