genome.fa.s4147.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold222
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1154749

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--867	42	20.5	42	77	4	722	17	28	34	20	1.95
1--867	85	10.2	85	78	4	757	17	28	34	20	1.95
61--867	169	4.8	169	77	5	677	16	28	34	20	1.94
36--867	254	3.3	250	77	7	750	16	28	34	19	1.94
46--823	296	2.6	294	79	7	822	16	28	34	20	1.94
2229--3792	43	36.8	43	76	5	1162	15	26	35	21	1.94
2228--3792	85	18.4	83	82	4	1188	15	26	35	21	1.94
2229--3767	170	9.1	169	81	3	1346	16	26	35	21	1.94
2279--2898	128	4.9	127	81	5	328	17	26	35	20	1.95
2229--3606	212	6.5	213	77	6	758	16	26	35	21	1.94
4295--4446	42	3.6	41	83	10	182	19	30	31	18	1.96
4282--4439	85	1.8	86	86	4	230	17	29	32	20	1.96
7907--7968	23	2.7	23	82	2	79	8	40	30	20	1.82
8102--8370	42	6.4	42	77	9	255	15	27	37	18	1.92
8102--8372	85	3.2	84	80	7	300	15	27	37	18	1.92
8094--8372	127	2.2	127	81	8	329	15	27	37	18	1.91
8417--8579	42	3.8	42	91	2	245	17	31	32	19	1.94
8417--8579	85	1.9	86	89	1	256	17	31	32	19	1.94
12663--12740	24	3.3	24	83	7	97	8	41	32	17	1.81
12840--13559	42	17.0	42	84	3	879	16	28	34	20	1.94
12840--13559	127	5.7	127	84	2	876	16	28	34	20	1.94
12840--13543	169	4.2	167	85	2	872	15	28	34	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13820--13885	23	2.8	23	88	2	87	9	36	31	22	1.86
13988--14541	85	6.5	85	82	5	692	16	28	35	19	1.93
15458--15534	24	3.2	24	79	3	84	10	36	31	22	1.88
15638--15785	42	3.5	41	80	8	172	16	29	32	21	1.96
18472--18521	24	2.1	24	88	0	73	12	36	28	24	1.91
18644--19692	43	24.8	42	81	4	1173	15	26	37	20	1.93
18644--19692	85	12.4	85	84	3	1262	15	26	37	20	1.93
18644--19675	127	8.1	126	82	4	1164	15	26	37	20	1.93
21502--21547	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
27848--28019	43	4.0	43	82	1	184	15	30	36	17	1.91
27891--28000	42	2.6	43	82	2	123	15	30	34	19	1.93
28491--28615	43	2.9	42	84	7	171	18	31	32	18	1.95
28964--30020	43	24.8	43	82	3	1237	16	26	36	20	1.94
28964--30020	85	12.4	85	84	2	1268	16	26	36	20	1.94
28964--30020	383	2.8	382	85	3	1327	16	26	36	20	1.94
37445--37609	43	3.9	43	76	12	144	17	32	33	15	1.92
38080--38246	42	3.9	42	83	5	201	19	29	31	19	1.96
38082--38239	85	1.8	86	86	1	228	18	29	32	20	1.96
41755--42626	43	20.8	42	81	6	921	15	26	36	20	1.93
41755--42626	85	10.4	85	82	5	999	15	26	36	20	1.93
42450--42516	35	1.9	35	100	0	134	14	25	41	17	1.88
49939--50058	43	2.8	43	82	1	143	17	30	36	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50493--50659	42	3.9	42	84	5	210	17	29	32	19	1.95
50495--50659	85	1.9	86	83	3	217	18	29	32	20	1.96
50868--50924	24	2.4	24	84	0	87	8	38	29	22	1.85
51018--51900	43	20.7	42	82	3	994	16	26	36	20	1.94
51018--51900	85	10.4	84	83	1	994	16	26	36	20	1.94
61369--61536	43	3.9	43	80	3	187	14	32	35	16	1.90
62027--62131	42	2.5	43	85	1	131	19	30	31	19	1.96
63526--63570	21	2.1	21	100	0	90	40	15	26	17	1.90
65704--65776	36	2.0	37	97	2	139	21	19	20	38	1.94
67795--67955	42	3.8	41	83	5	180	16	29	32	20	1.95
68588--68664	24	3.2	24	85	3	111	7	40	32	19	1.80
68760--68974	42	5.0	43	80	2	254	17	28	34	18	1.94
68764--68974	85	2.5	85	82	0	278	17	28	34	18	1.94
69220--70216	42	23.5	42	84	3	1156	15	26	37	21	1.93
69220--70216	85	11.7	85	85	1	1191	15	26	37	21	1.93
69220--70216	127	7.8	126	83	5	1089	15	26	37	21	1.93
75624--75791	43	3.9	43	84	3	196	14	32	36	16	1.90
77276--77640	42	8.6	42	84	2	428	15	28	34	21	1.94
77276--77640	85	4.3	85	91	2	547	15	28	34	21	1.94
77766--77826	25	2.4	25	91	5	97	21	27	14	36	1.93
85186--85266	25	3.2	25	83	0	108	28	23	19	28	1.98
89030--89072	16	2.8	16	89	3	61	60	4	13	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103161--103203	21	2.0	21	86	0	59	34	6	34	23	1.82
105913--106031	44	2.7	45	76	17	115	26	20	26	27	1.99
109967--110071	29	3.6	29	79	7	90	23	24	13	38	1.91
110022--110091	29	2.4	29	92	0	113	27	25	10	37	1.88
112502--113619	371	3.0	371	92	0	1828	30	10	21	37	1.88
118398--118554	70	2.2	70	82	2	208	24	21	22	31	1.98
119457--119582	55	2.3	53	78	8	128	25	26	34	14	1.94
122507--122907	150	2.6	155	84	9	486	43	3	10	42	1.57
126310--126353	23	1.9	23	86	9	63	70	4	6	18	1.27
126323--126361	17	2.2	18	86	4	53	69	5	10	15	1.34
126765--126808	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
132367--132557	51	3.8	51	82	6	235	32	27	16	23	1.96
132367--132549	101	1.8	102	86	3	271	32	26	16	23	1.96
135259--135366	44	2.5	42	85	10	139	33	22	18	25	1.97
141357--141411	27	2.0	27	100	0	110	45	29	7	18	1.76
146938--146986	9	5.6	9	81	13	66	42	2	0	55	1.11
147327--147367	17	2.3	18	87	4	57	63	4	14	17	1.47
151407--151454	23	2.1	21	82	17	53	47	4	20	27	1.68
154127--154249	27	4.6	27	90	2	176	31	16	26	25	1.96
154348--154470	27	4.6	26	83	4	131	33	13	26	26	1.94
154429--154483	27	2.0	27	82	0	65	36	14	25	23	1.93
161162--161318	83	1.9	83	86	5	228	47	19	14	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162755--162781	14	1.9	14	100	0	54	7	14	25	51	1.68
164183--164235	18	2.7	21	75	16	60	58	0	3	37	1.16
164312--164378	34	1.9	35	90	3	109	47	11	8	31	1.71
167158--167194	18	2.1	18	94	0	65	45	13	32	8	1.73
170277--170375	20	5.1	20	81	3	121	6	27	22	44	1.76
170276--170375	39	2.6	39	88	0	155	7	27	22	44	1.78
172575--172615	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
174918--174994	25	3.0	26	74	10	70	19	24	22	33	1.97
175031--175078	25	1.9	25	91	0	78	18	29	22	29	1.98
175033--175092	25	2.3	25	82	5	66	20	28	26	25	1.99
178784--178852	26	2.7	26	93	0	111	24	28	21	24	1.99
185718--185762	17	2.6	18	76	16	51	44	0	20	35	1.51
187851--187878	14	2.0	14	100	0	56	21	28	21	28	1.99
193550--193604	23	2.4	23	90	0	83	38	1	12	47	1.52
196821--196870	23	2.2	23	100	0	100	34	12	4	50	1.58
212572--212598	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
212610--212645	18	2.1	17	89	5	54	75	0	2	22	0.94
214598--214638	19	2.3	19	87	8	59	24	17	2	56	1.53
220429--220501	24	3.0	24	85	0	110	13	45	5	35	1.67
226477--226512	13	2.8	13	87	4	56	91	0	8	0	0.41
226479--226509	16	1.9	16	100	0	62	90	0	9	0	0.46
226477--226515	18	2.1	19	90	4	62	89	0	10	0	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226477--226519	22	2.0	22	95	0	77	88	0	11	0	0.52
248050--248151	40	2.5	40	83	0	123	21	19	20	38	1.94
248050--248158	20	5.4	20	79	0	101	20	20	20	39	1.93
254295--254319	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
265750--265833	42	2.0	42	95	0	150	51	10	5	32	1.61
281606--281710	52	2.0	53	98	1	203	19	5	44	30	1.73
284005--284061	18	3.2	17	78	14	53	45	3	14	36	1.61
285135--285410	141	2.0	140	99	0	543	21	11	4	63	1.45
293247--293316	28	2.5	28	90	0	104	30	25	12	31	1.93
305601--306304	44	16.0	44	88	1	1011	30	14	24	30	1.94

Tables:   1   2   3   4