genome.fa.s801.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold173
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1189743

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--60	30	2.0	29	87	9	84	61	3	1	33	1.23
10276--10339	30	2.1	31	97	2	121	40	6	26	26	1.79
10274--10324	15	3.3	16	72	10	61	43	5	25	25	1.77
14905--14968	30	2.1	31	91	2	103	42	4	25	28	1.75
14903--14952	15	3.2	16	72	11	59	44	6	24	26	1.76
20342--20397	30	1.9	30	88	3	87	30	12	3	53	1.55
22910--22964	27	2.0	27	96	0	101	20	16	3	60	1.51
24192--24265	13	5.8	13	76	10	64	81	0	17	1	0.77
24192--24268	22	3.5	22	79	10	86	80	0	18	1	0.78
24204--24263	15	3.6	16	75	14	59	80	0	20	0	0.72
24194--24265	32	2.3	32	81	11	87	80	0	18	1	0.78
25573--26894	100	13.3	100	90	1	1856	31	24	21	22	1.98
25651--27019	50	27.5	50	70	4	848	31	24	21	22	1.98
32039--32122	36	2.3	36	87	6	116	36	21	15	26	1.93
33853--34051	99	2.0	98	94	0	344	43	14	18	23	1.86
37365--37597	108	2.1	108	79	7	249	34	13	24	27	1.93
42880--42953	27	2.8	27	80	10	89	28	16	8	47	1.75
43101--43129	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
45139--45195	27	2.1	27	96	0	105	38	3	12	45	1.59
46355--46507	21	7.3	21	74	3	85	19	22	16	41	1.90
46378--46471	42	2.2	42	83	3	118	19	19	17	44	1.87
46355--46534	63	2.9	63	77	2	157	17	22	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56141--56190	23	2.2	23	82	3	57	18	18	20	44	1.88
61785--61885	50	2.0	50	100	0	202	32	5	15	45	1.71
62003--62046	23	2.0	22	82	13	54	40	11	2	45	1.53
71399--71698	65	4.6	65	78	6	293	41	12	17	30	1.85
78052--78760	23	30.3	23	75	12	536	40	17	13	28	1.88
78054--78786	47	15.7	47	81	3	827	40	17	13	28	1.88
78052--78761	93	7.6	93	95	0	1222	40	17	13	28	1.88
79508--79633	28	4.5	28	84	0	162	30	26	12	30	1.93
84528--84665	50	2.8	50	88	0	186	28	21	28	22	1.99
92698--92742	23	2.0	23	95	0	81	42	11	4	42	1.60
92699--92748	23	2.2	23	88	0	73	40	12	8	40	1.72
93594--93631	19	2.0	19	100	0	76	31	26	0	42	1.56
114851--114897	12	3.8	12	77	22	53	34	6	0	59	1.23
122327--122388	26	2.4	26	91	0	97	32	14	17	35	1.90
132493--132568	34	2.2	35	92	4	136	40	3	15	39	1.66
134025--134066	20	2.1	20	90	0	66	40	23	0	35	1.55
135971--136027	25	2.3	25	90	0	87	24	15	29	29	1.96
139512--139581	26	2.7	26	90	0	104	34	22	21	21	1.97
141935--142012	38	2.1	38	95	0	138	50	7	15	26	1.71
143892--143946	28	2.0	27	82	10	67	38	0	12	49	1.41
183432--183497	25	2.5	26	87	4	89	57	22	4	15	1.56
183404--183661	27	9.6	27	76	5	173	44	22	13	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183430--183655	54	4.2	54	77	5	206	45	23	12	18	1.84
185238--185394	32	4.9	32	75	4	120	23	18	18	39	1.92
185238--185394	64	2.5	64	84	4	183	23	18	18	39	1.92
195250--195285	14	2.7	13	83	8	54	77	0	22	0	0.76
195250--195299	17	3.0	17	85	8	59	72	0	24	4	1.02
197197--197260	9	7.0	9	72	15	51	59	3	3	34	1.29
197186--197254	18	3.8	18	82	5	77	60	4	2	31	1.31
197249--197293	23	2.0	23	86	4	65	62	4	4	28	1.34
199917--200023	12	9.0	11	73	16	72	26	18	11	43	1.83
199909--200023	23	4.9	23	76	16	94	25	17	10	46	1.79
199944--199985	14	3.2	14	83	9	54	21	16	9	52	1.72
208724--208769	6	7.8	6	85	4	58	28	2	0	69	1.00
208725--208768	23	1.9	23	90	0	70	27	2	0	70	0.99
208725--208784	29	2.1	29	83	0	75	30	1	0	68	0.99
208780--208814	6	5.8	6	93	0	61	31	2	0	65	1.07
209051--209103	22	2.5	21	84	9	63	26	37	0	35	1.57
212196--212240	23	2.0	22	87	12	65	22	15	11	51	1.75
212198--212296	12	8.2	12	70	12	69	26	15	13	45	1.82
212225--212274	26	1.9	26	83	0	64	26	14	12	48	1.78
212256--212305	23	2.1	24	88	3	75	28	20	12	40	1.87
215337--215375	19	2.1	19	100	0	78	25	20	15	38	1.92
221570--221778	63	3.3	63	79	2	188	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223356--223531	89	2.0	89	93	2	300	44	14	2	38	1.58
224128--224191	33	1.9	33	90	0	101	17	17	32	32	1.93
224208--224393	41	4.6	42	77	8	197	23	20	23	32	1.98
224616--224675	7	8.7	7	81	3	59	15	1	40	43	1.56
224635--224674	21	1.9	21	94	0	71	12	0	42	45	1.42
224746--224787	21	2.0	21	85	0	57	21	2	26	50	1.61
224796--224851	14	3.9	14	76	9	51	16	1	33	48	1.56
226210--226289	31	2.6	31	95	0	142	18	15	21	45	1.86
228466--228563	43	2.3	43	91	3	153	24	18	29	27	1.98
235266--235301	7	5.4	7	87	12	58	16	0	0	83	0.65
235271--235298	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
235266--235316	19	2.5	20	90	6	77	21	0	0	78	0.75
238016--238046	15	2.1	15	93	0	53	25	35	0	38	1.56
240291--240357	12	5.6	12	74	0	53	43	11	1	43	1.50
240303--240361	28	2.1	28	87	0	91	42	11	0	45	1.41
245293--245373	42	1.9	42	82	0	99	33	14	27	24	1.95
246571--246784	44	4.9	44	73	6	182	30	20	23	25	1.99
246429--246801	132	2.8	132	90	0	586	31	22	21	24	1.98
246786--247349	50	11.3	50	73	2	434	31	22	20	25	1.98
246783--247365	100	5.8	100	85	2	742	31	22	20	25	1.98
247566--247855	45	6.4	46	75	13	142	32	21	20	25	1.97
247588--247758	91	1.9	91	81	7	213	32	21	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247594--247852	45	5.7	44	76	9	191	30	22	20	26	1.98
247685--247849	47	3.6	46	82	4	183	29	21	22	26	1.99
249656--249722	26	2.5	26	80	4	71	41	11	1	44	1.50
249662--249736	28	2.7	27	82	8	89	38	14	0	46	1.45
252947--253008	22	2.7	22	87	5	79	46	3	1	48	1.28
252982--253038	16	3.6	16	90	0	87	43	5	5	45	1.49
253099--253153	19	3.0	18	74	12	58	45	5	3	45	1.44
253207--253249	22	2.0	22	86	4	61	55	4	2	37	1.33
253304--253583	68	4.1	68	99	0	542	39	5	7	47	1.55
253354--253609	68	4.0	61	92	5	320	39	6	7	46	1.58
253678--253727	23	2.2	24	82	13	61	56	4	2	38	1.30
253944--254010	26	2.5	26	77	18	75	22	1	4	71	1.12
254144--254171	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
257271--257368	29	3.4	29	91	0	160	42	27	0	29	1.56
257459--257835	29	13.0	29	93	0	592	42	26	0	29	1.59
264667--264942	123	2.2	124	96	0	500	29	16	22	31	1.95
266374--266687	156	2.0	156	96	1	576	28	21	28	21	1.99
268196--268222	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
268304--268423	55	2.2	55	93	0	204	43	5	11	39	1.65
268418--268564	75	1.9	77	88	2	226	27	0	25	46	1.53
268529--268555	13	2.1	13	100	0	54	29	0	18	51	1.46
268478--268657	31	5.9	31	90	1	276	25	0	28	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273548--273611	29	2.2	29	80	8	76	23	10	17	48	1.78
278909--278947	20	2.0	20	85	5	53	51	5	2	41	1.38
278928--278993	26	2.4	29	75	12	68	53	4	3	39	1.37
293657--293705	24	2.0	25	88	4	73	63	2	4	30	1.24
294201--294249	26	2.0	26	88	8	75	51	0	2	46	1.12
299377--299435	16	3.7	16	67	15	50	38	1	0	59	1.08
299474--299505	7	4.6	7	92	0	55	12	0	3	84	0.74
300539--300564	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
302783--302826	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
306999--307040	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30

Tables:   1   2   3   4