genome.fa.s801.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold173
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1189743

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755447--755537	3	29.3	3	73	16	62	60	1	6	31	1.29
756833--756934	43	2.4	43	88	0	150	23	28	16	31	1.96
757094--757518	44	9.4	44	69	14	165	29	20	18	31	1.96
757550--757747	44	4.5	44	76	5	175	24	26	19	29	1.98
757545--757747	89	2.3	89	88	3	309	24	26	19	30	1.98
757778--758228	90	5.0	90	89	1	654	30	25	16	27	1.97
757779--758229	45	10.0	46	83	4	571	30	25	16	27	1.97
759933--759975	22	2.0	22	90	0	68	25	11	6	55	1.60
760005--760067	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
764331--764447	59	1.9	58	86	6	162	50	4	4	41	1.41
764421--764518	17	5.8	17	68	20	55	53	3	3	40	1.32
769118--769165	18	2.7	17	81	9	60	41	4	16	37	1.68
769787--769848	21	3.0	21	74	25	62	58	6	3	32	1.40
770650--770732	17	4.4	18	72	23	64	48	1	2	48	1.22
770683--770732	6	8.7	6	77	14	52	50	2	0	48	1.12
770683--770732	11	4.3	12	78	12	52	50	2	0	48	1.12
771823--771895	34	2.1	34	92	0	119	42	27	19	10	1.84
778725--778763	20	2.0	20	89	0	60	74	5	2	17	1.12
780182--780254	19	3.8	18	74	13	56	52	1	4	42	1.29
780225--780345	40	3.0	41	72	14	108	60	0	3	35	1.19
780262--780316	19	2.7	19	81	13	58	63	1	1	32	1.15
780663--780743	29	2.7	29	80	5	90	32	8	14	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780663--780747	31	2.8	30	76	7	91	32	8	15	43	1.76
781407--781476	7	10.0	7	76	6	61	45	38	0	15	1.47
781407--781476	35	2.0	35	82	0	86	45	38	0	15	1.47
781507--781707	90	2.2	90	98	0	384	43	26	2	26	1.69
782007--782756	114	6.6	114	81	5	734	26	23	18	31	1.98
782007--782756	227	3.3	223	82	5	828	26	23	18	31	1.98
783081--783120	21	1.9	20	89	5	53	55	0	10	35	1.34
783081--783129	22	2.3	21	82	10	55	59	0	8	32	1.27
784321--784363	23	1.9	22	90	4	68	30	0	2	67	1.03
791325--791351	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
795948--795987	20	2.1	19	85	4	53	55	5	2	37	1.35
800273--800306	8	4.2	8	88	0	50	23	0	26	50	1.50
800458--800615	43	3.5	43	67	16	122	41	0	20	37	1.57
800299--800807	96	5.4	95	91	4	716	40	1	19	38	1.62
800299--800807	94	5.4	94	90	4	712	40	1	19	38	1.62
800844--801253	125	3.3	124	88	1	572	35	16	19	28	1.93
804260--804537	54	4.7	59	70	21	210	47	7	3	41	1.48
804260--804537	116	2.4	116	95	0	502	47	7	3	41	1.48
804641--804701	21	2.9	20	82	4	59	6	19	42	31	1.77
807307--807346	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
807315--807381	34	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
807330--807369	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816344--816383	18	2.2	18	86	8	55	62	7	2	27	1.35
822107--822223	58	2.0	58	100	0	234	52	6	25	15	1.67
831032--831082	23	2.2	23	85	0	66	29	7	19	43	1.79
846367--846434	34	2.0	33	91	2	109	33	25	5	35	1.80
856999--857128	42	3.1	42	81	0	134	40	14	26	19	1.90
859581--859630	20	2.5	20	83	6	66	42	14	14	30	1.84
865423--865493	19	3.6	19	84	5	88	39	0	7	53	1.28
872575--872628	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
872828--872863	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
872406--872863	253	1.8	253	100	0	916	33	15	11	39	1.83
877448--877487	22	1.9	21	90	10	64	67	2	0	30	1.04
895917--895946	15	2.0	15	93	0	51	63	13	13	10	1.52
907469--907504	16	2.2	17	90	5	56	58	11	13	16	1.63
915006--915099	49	1.9	48	95	2	170	34	18	13	34	1.90
922605--922645	21	2.0	21	85	0	55	70	4	9	14	1.30
926470--926530	32	1.9	32	100	0	122	24	6	21	47	1.74
926979--927045	20	3.3	20	91	0	107	46	4	25	23	1.71
932687--932760	20	3.7	20	85	0	103	52	2	24	20	1.59
932687--932763	40	1.9	40	89	0	118	54	2	23	19	1.56
934071--934120	21	2.2	23	89	10	77	24	14	8	54	1.66
934071--934122	12	4.6	12	79	13	65	25	13	7	53	1.65
935566--935646	27	3.0	27	100	0	162	14	18	7	59	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936623--936669	13	3.5	14	77	8	53	51	14	14	19	1.77
937167--937200	17	1.9	18	94	5	61	11	35	32	20	1.89
949050--949222	42	4.1	42	78	2	197	31	20	16	31	1.95
949050--949222	84	2.1	83	87	3	249	31	20	16	31	1.95
962103--962179	36	2.1	36	83	9	95	29	9	24	36	1.86
962113--962183	36	2.0	36	88	5	108	28	11	22	38	1.88
965649--965705	28	2.0	28	100	0	114	28	14	10	47	1.76
983935--984022	43	2.0	45	84	4	117	51	3	22	22	1.63
984854--984904	26	2.0	26	84	7	68	19	29	5	45	1.74
992830--992855	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
994033--994073	22	1.9	21	85	5	55	31	14	14	39	1.87
995382--995466	43	2.0	43	90	4	136	50	2	23	23	1.61
1005993--1006094	42	2.4	42	76	0	105	13	37	26	22	1.92
1008945--1008996	7	7.6	7	95	2	88	76	0	0	23	0.78
1010667--1010745	33	2.3	34	80	4	88	37	25	16	20	1.93
1010705--1010770	28	2.4	27	82	7	87	36	24	18	21	1.95
1011102--1011212	27	4.0	27	76	11	84	25	18	22	34	1.96
1011133--1011251	27	4.3	27	79	6	123	21	16	25	36	1.94
1011133--1011251	54	2.2	56	84	3	161	21	16	25	36	1.94
1014441--1014552	35	3.2	34	82	7	143	43	19	6	30	1.76
1014430--1014540	36	3.1	36	84	5	154	45	18	5	29	1.72
1017772--1017906	13	11.1	12	67	25	52	53	17	2	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1017799--1017839	18	2.4	18	88	8	59	60	9	0	29	1.28
1017770--1017948	63	2.9	61	80	3	173	53	17	3	25	1.60
1017824--1017921	13	7.8	13	67	18	55	52	20	4	23	1.64
1017793--1017950	63	2.5	62	78	8	192	54	18	3	23	1.60
1018716--1018745	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
1018917--1018986	29	2.5	28	90	4	106	47	17	15	20	1.83
1023586--1023650	29	2.2	29	83	0	85	38	13	23	24	1.91
1028552--1028651	35	2.8	35	78	4	94	28	25	25	22	1.99
1035126--1035168	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
1035582--1035651	21	3.3	21	83	0	86	5	41	17	35	1.73
1035649--1035779	66	2.0	66	87	3	192	14	24	19	41	1.88
1037761--1037882	62	2.0	61	96	1	226	27	23	18	31	1.97
1037969--1038106	71	1.9	71	97	0	258	31	18	17	32	1.94
1041402--1041474	25	2.9	25	84	8	103	34	0	20	45	1.52
1041387--1041478	9	10.7	9	77	9	93	33	1	20	44	1.59
1041676--1041833	9	19.9	8	68	28	65	33	1	15	48	1.56
1041677--1041709	16	2.1	16	94	0	57	33	3	15	48	1.60
1041718--1041795	21	3.5	21	71	19	68	34	2	12	50	1.55
1041693--1041821	46	2.8	47	88	8	169	33	1	15	49	1.54
1041570--1041774	62	3.3	62	81	4	263	36	1	12	49	1.52
1041739--1041833	16	5.9	16	75	16	90	33	1	16	48	1.54
1043457--1043667	101	2.1	101	88	4	307	26	12	13	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1043617--1043871	135	1.9	130	86	7	363	26	15	15	41	1.87
1043836--1044046	101	2.1	101	89	2	314	26	12	13	47	1.78
1043365--1044115	379	2.0	380	95	1	1364	26	14	14	44	1.83
1044223--1044279	15	3.9	15	71	13	55	35	36	0	28	1.58
1044278--1044304	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
1044389--1045111	115	6.3	115	84	3	908	27	26	20	25	1.99
1044389--1045111	228	3.2	224	82	5	889	27	26	20	25	1.99
1044392--1045111	343	2.1	341	83	3	926	27	26	20	25	1.99
1056321--1056554	35	6.6	34	69	11	116	33	23	21	20	1.97
1056445--1056519	34	2.2	34	82	2	87	34	22	20	22	1.96

Tables:   1   2   3   4