genome.fa.s984.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold278
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156311

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677267--677320	21	2.6	21	85	5	74	7	44	11	37	1.68
682903--683158	16	15.9	16	72	18	130	32	1	19	45	1.61
682976--683112	34	4.2	34	75	16	108	32	2	20	45	1.63
683014--683158	25	5.4	26	77	14	93	35	1	18	44	1.59
683223--685030	16	102.1	16	64	24	98	35	2	19	42	1.66
685046--685106	16	3.6	17	77	16	56	31	1	22	44	1.63
685083--685161	21	3.8	21	86	6	124	34	1	17	46	1.56
683074--685100	71	28.5	71	99	0	3957	35	2	19	42	1.66
686983--687066	23	3.6	22	78	10	80	39	2	34	23	1.68
687507--687565	22	2.7	22	82	7	68	35	45	1	16	1.58
687560--687643	13	6.1	14	70	10	57	40	27	4	27	1.76
687730--687790	21	2.9	21	80	7	70	32	40	8	18	1.80
687716--687799	42	2.0	42	81	11	100	30	44	5	19	1.74
687702--687792	14	6.4	14	71	14	60	32	40	5	20	1.76
687737--687803	21	3.1	22	77	12	77	32	43	5	17	1.74
687822--687866	13	3.4	13	84	6	63	51	33	2	13	1.53
687952--687996	23	2.0	24	86	8	67	40	28	6	24	1.80
688697--689135	125	3.5	124	86	3	612	25	19	22	31	1.98
689822--689847	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
690646--690688	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
690782--691115	43	7.7	42	85	6	411	31	31	18	17	1.95
691263--691302	19	2.0	20	85	4	55	67	5	0	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696898--697052	9	17.8	9	70	14	110	31	3	19	45	1.66
696943--696981	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
696963--697068	25	4.2	24	75	10	88	30	1	20	47	1.61
696936--697052	52	2.3	50	83	7	137	29	0	21	47	1.56
697056--697099	19	2.3	19	92	0	70	36	0	18	45	1.49
697766--697796	16	1.9	16	100	0	62	51	6	3	38	1.44
698262--698319	26	2.2	26	93	0	98	39	3	17	39	1.66
699101--699158	26	2.2	26	93	0	98	39	3	17	39	1.66
697789--699468	839	2.0	837	97	0	3191	36	18	16	28	1.92
700264--700307	24	1.9	22	90	9	70	22	0	40	36	1.54
700265--700306	12	3.6	12	77	3	50	19	0	42	38	1.51
701063--701103	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
701201--701248	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
701847--701950	15	6.9	15	74	12	88	32	46	0	21	1.52
701846--701928	22	3.7	21	80	16	94	33	46	0	19	1.50
701847--701953	7	14.3	7	70	13	70	31	47	0	20	1.50
701885--701964	29	2.7	29	86	5	99	33	45	0	21	1.52
701917--701958	22	1.9	22	100	0	84	33	42	0	23	1.55
701917--701975	22	2.8	21	87	7	66	32	44	0	23	1.54
702515--702650	41	3.3	41	76	4	114	41	22	14	21	1.89
705238--705286	26	2.0	25	84	8	64	36	4	0	59	1.17
708161--708393	118	2.0	118	85	0	313	27	13	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710897--710944	22	2.1	23	84	7	62	50	2	10	37	1.49
713309--713371	26	2.6	25	79	18	64	60	6	3	30	1.37
713356--713390	18	1.9	18	88	11	54	57	5	8	28	1.52
713437--713469	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
714148--714173	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
716535--716746	43	4.9	43	83	5	250	35	25	18	20	1.95
716535--716746	87	2.5	86	83	6	268	35	25	18	20	1.95
719363--719408	22	2.1	22	95	0	83	30	30	23	15	1.95
720453--720485	15	2.3	14	94	5	57	30	51	3	15	1.58
720453--720485	7	4.6	7	92	7	57	30	51	3	15	1.58
720453--720509	14	3.9	15	79	6	55	33	47	1	17	1.58
720477--720517	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
723826--723907	40	2.0	40	95	0	146	12	13	24	50	1.76
724720--724797	40	2.0	40	92	0	129	42	11	0	46	1.40
725750--725786	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
730272--730423	41	3.7	41	91	1	243	23	22	25	28	1.99
730825--730850	7	3.7	7	100	0	52	15	0	53	30	1.42
730946--730983	13	2.8	13	81	18	51	13	0	47	39	1.42
730894--731037	74	1.9	76	85	2	202	28	1	26	43	1.63
731025--731049	7	3.6	7	100	0	50	16	0	52	32	1.44
730826--731407	199	2.9	199	100	0	1164	28	2	27	41	1.67
731145--731182	13	2.8	13	81	18	51	13	0	47	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731093--731236	74	1.9	76	85	2	202	28	1	26	43	1.63
731224--731248	7	3.6	7	100	0	50	16	0	52	32	1.44
731344--731381	13	2.8	13	81	18	51	13	0	47	39	1.42
733962--733999	19	2.0	19	85	10	51	2	0	28	68	1.03
735522--735752	43	5.4	43	83	3	268	19	17	32	30	1.95
744752--744802	24	2.1	24	92	7	86	33	3	15	47	1.64
755472--755510	5	7.8	5	100	0	78	41	0	20	38	1.53
756560--756600	16	2.4	18	80	8	50	41	21	12	24	1.87
757881--757910	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
761245--761460	45	4.8	45	87	5	294	17	18	18	45	1.86
763587--763625	13	3.0	13	88	0	60	82	0	15	2	0.79
768883--768922	21	1.9	21	94	0	71	45	12	20	22	1.84
770315--770446	50	2.6	50	83	4	167	27	22	28	21	1.99
773515--773559	21	2.1	21	84	8	56	22	17	26	33	1.96
781131--781179	25	2.0	25	84	8	64	36	14	16	32	1.89
786008--786050	18	2.4	18	80	7	52	30	4	20	44	1.72
788257--788294	18	2.1	18	85	9	51	50	5	10	34	1.59
789657--789696	5	8.0	5	100	0	80	40	0	20	40	1.52
794165--794233	36	1.9	36	93	0	120	26	11	14	47	1.78
794164--794220	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
794440--794535	48	2.0	48	91	0	156	19	16	21	41	1.90
799206--799266	17	3.5	17	72	16	61	26	13	13	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799476--799568	48	1.9	48	93	0	159	20	16	21	41	1.90
804605--804675	10	7.1	10	70	17	58	25	26	0	47	1.52
804605--804834	20	11.5	20	88	1	327	20	24	1	54	1.52
815966--816005	19	2.0	19	85	9	53	17	2	12	67	1.33
819848--819974	50	2.5	50	81	7	141	21	28	22	28	1.99
824182--824219	18	2.1	18	100	0	76	18	23	5	52	1.65
869624--869665	21	2.0	22	85	4	59	11	23	4	59	1.51
872424--872511	42	2.1	42	89	0	131	23	15	31	28	1.96
872432--872551	42	2.9	41	82	7	127	25	17	28	28	1.98
874320--874819	114	4.4	114	82	5	553	25	21	25	28	1.99
875843--877175	675	2.0	671	95	0	2396	41	13	14	30	1.85
881317--881367	21	2.5	21	87	3	68	35	17	43	3	1.68
881409--881845	218	2.0	218	97	0	820	29	11	11	47	1.75
881918--882042	43	2.9	44	83	2	146	28	21	24	25	1.99
891727--891796	34	2.1	34	100	0	140	27	27	8	37	1.86
896733--896821	44	2.0	44	86	4	126	26	7	15	49	1.72
899263--899305	10	4.1	10	80	11	50	58	4	2	34	1.32
908076--908124	19	2.6	20	81	18	61	36	2	0	61	1.08
914892--914986	12	8.0	12	70	10	52	60	1	0	38	1.04
914873--914920	11	4.7	11	73	19	50	64	2	0	33	1.05
914869--914929	29	2.1	29	93	6	106	65	1	0	32	1.02
916280--916337	23	2.5	22	86	8	80	22	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916513--916549	15	2.5	15	95	0	65	24	13	10	51	1.73
917964--918003	19	2.1	19	100	0	80	30	20	17	32	1.95
919624--919666	21	2.0	21	95	0	77	48	4	11	34	1.60
920666--920767	41	2.5	41	87	6	161	50	8	22	18	1.75
920736--920835	40	2.5	40	80	6	116	52	6	22	20	1.68
922621--922663	19	2.3	19	84	4	52	18	6	9	65	1.44
928914--928948	16	2.1	17	89	5	54	40	34	0	25	1.56
929783--929984	45	4.5	44	85	3	235	18	19	15	46	1.85
943859--943900	18	2.3	18	84	8	50	38	0	9	52	1.34
950156--950188	13	2.5	13	100	0	66	27	45	21	6	1.75

Tables:   1   2   3   4