genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397270.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_55.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4719911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1158 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168164--2168228	29	2.2	30	80	5	78	30	10	16	41	1.83
2176093--2176139	21	2.1	23	81	14	55	44	2	6	46	1.40
2180220--2180274	28	2.0	28	92	0	92	23	0	10	65	1.24
2221450--2221478	14	2.1	14	100	0	58	20	13	13	51	1.75
2222582--2222882	141	2.1	142	81	3	338	53	11	10	24	1.68
2223147--2223234	41	2.1	41	78	15	101	68	5	14	11	1.38
2223156--2223235	43	1.9	39	87	9	115	70	5	13	11	1.32
2223163--2223235	21	3.4	21	73	16	78	69	4	15	10	1.31
2225610--2225667	30	2.0	29	93	3	98	63	3	20	12	1.42
2227054--2227205	64	2.4	64	82	2	189	28	15	26	28	1.96
2227480--2227565	29	3.0	29	76	8	79	26	3	26	43	1.71
2229425--2229464	20	2.0	20	90	0	62	37	22	7	32	1.82
2238083--2238124	20	2.1	20	86	8	59	61	9	2	26	1.39
2241368--2241445	38	2.1	38	100	0	156	41	15	17	25	1.89
2247385--2247582	78	2.5	78	84	7	251	31	14	21	32	1.93
2263046--2263199	81	1.9	80	85	4	211	42	17	16	23	1.88
2264806--2264928	35	3.3	35	67	20	88	30	11	24	34	1.90
2264813--2265004	76	2.5	76	90	1	296	30	12	24	32	1.92
2268592--2268671	38	2.1	39	95	2	144	28	5	21	45	1.73
2271548--2271586	2	19.5	2	83	0	51	0	0	58	41	0.98
2271531--2271582	6	8.7	6	93	0	77	1	0	61	36	1.07
2275766--2275974	105	2.0	105	91	0	337	37	19	14	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276840--2276893	24	2.1	26	83	10	67	14	14	7	62	1.51
2278550--2278590	22	1.9	21	95	5	73	31	14	19	34	1.92
2283854--2283977	61	2.0	61	95	0	221	33	16	13	36	1.88
2296675--2296706	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2297085--2297122	16	2.4	16	86	4	51	50	0	0	50	1.00
2299103--2299174	30	2.5	30	84	4	94	38	1	0	59	1.06
2299107--2299170	29	2.3	27	81	10	74	35	1	0	62	1.05
2302079--2302103	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
2302963--2302994	14	2.3	14	100	0	64	12	0	28	59	1.34
2302900--2302989	37	2.4	37	90	0	144	23	4	23	48	1.68
2305411--2305479	28	2.4	28	87	2	93	21	1	14	62	1.40
2307123--2307157	8	4.2	8	88	3	52	82	0	17	0	0.66
2307113--2307167	22	2.3	24	78	15	69	70	0	27	1	0.97
2308326--2308386	30	2.1	31	81	9	74	36	1	4	57	1.30
2308378--2308412	17	2.1	17	88	0	52	54	2	8	34	1.46
2310743--2310773	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
2311142--2311213	37	1.9	37	97	0	135	34	13	29	22	1.93
2311146--2311224	37	2.1	37	88	0	113	39	13	26	20	1.90
2311829--2311866	15	2.5	15	100	0	76	31	13	15	39	1.86
2312330--2312374	22	2.0	22	86	0	63	40	11	17	31	1.85
2312334--2312508	83	2.1	83	91	2	289	32	16	20	30	1.94
2312661--2312711	20	2.5	20	100	0	102	33	9	25	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317707--2317746	20	2.0	19	90	9	62	52	2	0	45	1.14
2319329--2319373	22	2.1	21	91	4	72	20	0	6	73	1.05
2319329--2319373	14	3.1	14	84	6	54	20	0	6	73	1.05
2326293--2326330	20	1.9	20	84	10	51	34	0	5	60	1.19
2330192--2330216	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2331197--2331255	31	1.9	30	86	6	82	27	0	1	71	0.96
2331194--2331254	10	6.2	10	75	20	58	27	0	1	70	0.97
2336835--2336868	16	2.2	16	89	5	52	17	2	8	70	1.25
2336886--2337277	198	2.0	199	95	1	707	41	10	11	36	1.76
2366778--2366935	76	2.1	76	88	7	232	42	8	10	38	1.70
2372450--2372908	231	2.0	231	86	0	648	41	11	17	28	1.85
2385158--2385213	11	5.4	11	74	18	57	32	1	1	64	1.14
2387983--2388142	80	2.0	80	98	1	313	43	8	10	37	1.69
2389923--2389982	24	2.5	24	88	0	93	41	8	21	28	1.82
2394177--2394289	36	3.1	35	83	2	118	37	25	7	30	1.83
2409197--2409231	13	2.8	13	91	8	56	54	0	0	45	0.99
2409310--2409353	12	3.6	12	87	3	61	0	25	0	75	0.81
2409500--2409535	18	2.1	18	89	5	56	16	8	0	75	1.04
2410861--2410914	28	1.9	28	88	0	81	22	1	14	61	1.43
2411671--2411743	33	2.1	35	90	7	114	28	4	0	67	1.09
2411734--2411797	33	2.0	33	87	6	96	28	7	1	62	1.32
2412136--2412175	19	2.2	18	90	4	62	67	5	0	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412127--2412174	18	2.7	18	78	18	55	66	4	0	29	1.10
2412126--2412181	26	2.2	26	80	6	60	69	3	1	25	1.14
2428792--2428833	21	2.0	21	85	0	57	30	23	26	19	1.98
2428800--2428853	21	2.6	21	84	0	63	33	25	24	16	1.96
2429576--2429630	27	2.1	27	86	3	76	69	7	0	23	1.14
2435871--2435903	7	4.7	7	96	0	57	57	15	0	27	1.38
2436200--2436260	22	2.7	22	84	2	77	57	4	8	29	1.49
2437284--2437326	21	2.0	21	100	0	86	41	13	13	30	1.84
2441582--2441630	23	2.1	24	92	3	82	34	2	8	55	1.41
2445478--2445534	22	2.6	22	97	0	105	33	10	24	31	1.89
2453870--2453944	31	2.4	31	77	0	78	26	9	10	53	1.66
2455077--2455156	35	2.3	35	82	4	99	57	6	6	30	1.48
2469494--2469523	4	7.5	4	92	0	51	23	0	3	73	0.98
2483821--2483848	11	2.5	11	100	0	56	60	10	0	28	1.30
2490104--2490137	18	1.9	17	88	5	50	79	5	5	8	1.05
2493322--2493414	31	3.0	31	93	3	152	30	18	15	36	1.91
2503155--2503196	10	3.8	11	78	9	50	80	16	2	0	0.81
2505886--2505930	20	2.2	20	84	7	56	20	2	8	68	1.27
2506862--2506950	38	2.3	39	94	3	162	46	15	11	26	1.80
2520125--2520166	20	2.1	20	90	0	66	45	9	9	35	1.69
2527217--2527300	33	2.5	33	86	1	114	28	5	1	64	1.24
2527710--2527791	28	2.8	29	81	7	94	26	7	17	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540987--2541063	40	1.9	41	94	2	138	19	20	23	36	1.95
2554112--2554240	69	1.9	69	80	3	152	25	17	13	43	1.85
2565622--2565649	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2573137--2573193	21	2.6	22	73	15	55	75	5	15	3	1.12
2575281--2575315	15	2.2	16	85	15	54	40	14	11	34	1.82
2575286--2575315	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
2577433--2577745	72	4.3	70	81	7	250	25	20	20	33	1.97
2577504--2577745	72	3.4	71	84	5	274	25	19	21	33	1.97
2578705--2578770	23	2.9	22	80	8	78	22	31	15	30	1.95
2578827--2578883	21	2.6	21	83	13	71	28	24	8	38	1.85
2578800--2578953	23	7.0	22	72	16	97	24	27	11	37	1.89
2578912--2578963	23	2.3	23	86	0	68	21	28	15	34	1.94
2578869--2578954	43	2.0	43	83	0	109	22	27	12	37	1.91
2579060--2579161	23	4.4	23	79	4	98	25	31	15	27	1.96
2579188--2579478	23	12.9	23	73	8	186	26	37	10	25	1.89
2579320--2579510	69	2.7	69	92	1	310	26	37	12	24	1.90
2579367--2579493	23	5.5	23	75	3	94	25	37	11	24	1.90
2600069--2600140	22	3.3	22	82	5	83	25	16	19	38	1.92
2600139--2600183	23	2.0	23	86	0	63	20	4	33	42	1.72
2600183--2600230	23	2.1	23	84	7	62	35	10	25	29	1.89
2605889--2605930	15	2.8	15	85	0	57	38	33	4	23	1.76
2606300--2606361	30	2.1	30	81	0	70	8	33	35	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613605--2613634	12	2.4	13	88	11	53	86	13	0	0	0.57
2617345--2617373	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2617566--2617633	15	4.7	15	68	23	56	42	0	4	52	1.21
2617562--2617640	21	3.8	21	75	6	88	45	0	3	50	1.19
2617740--2617850	54	2.0	55	98	1	215	21	26	9	42	1.84
2618702--2619039	47	7.4	47	70	7	239	31	3	11	44	1.58
2619628--2619752	32	3.6	32	68	23	90	44	7	11	36	1.68
2619596--2619743	73	2.0	73	100	0	296	45	6	12	35	1.68
2623504--2623573	15	4.8	15	67	13	56	38	4	2	54	1.35
2623504--2623617	43	2.7	42	87	2	149	42	3	3	50	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10