genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397270.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_55.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4719911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1158 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625539--2625579	21	2.0	21	85	9	57	63	14	0	21	1.30
2639143--2639180	20	2.0	20	89	5	60	18	21	10	50	1.76
2657003--2657033	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2667795--2667829	18	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
2670819--2671027	78	2.7	78	87	0	301	33	20	13	32	1.92
2681426--2681458	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
2683994--2684029	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2685232--2685260	15	1.9	15	100	0	58	27	20	24	27	1.99
2691922--2692052	62	2.1	62	82	0	154	38	8	20	32	1.83
2694010--2694049	21	1.9	21	84	0	53	45	10	20	25	1.81
2694302--2694402	21	4.8	21	75	9	89	47	16	4	30	1.68
2694482--2694532	21	2.4	22	78	21	63	50	17	5	25	1.68
2705305--2705337	16	2.1	16	88	5	50	63	0	6	30	1.18
2705539--2705586	15	3.2	15	96	0	87	31	20	10	37	1.87
2708897--2708989	22	4.3	22	84	5	118	22	7	22	47	1.76
2709001--2709079	23	3.5	23	86	8	99	35	30	12	21	1.91
2709001--2709104	22	4.6	23	84	3	115	37	28	12	21	1.90
2708999--2709104	45	2.4	45	82	7	126	37	28	12	21	1.90
2709133--2709174	22	1.9	22	85	0	57	52	16	11	19	1.74
2717891--2717942	27	1.9	27	92	0	86	32	7	17	42	1.77
2717321--2718006	359	1.9	360	88	3	1033	40	5	18	35	1.74
2718411--2718472	22	2.7	23	73	9	65	50	6	6	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723528--2723704	78	2.3	76	85	4	232	35	9	14	40	1.78
2724601--2724630	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
2741795--2741876	40	2.0	40	97	0	155	19	14	13	52	1.74
2750146--2750174	15	2.0	15	93	6	51	44	0	6	48	1.29
2767195--2767251	21	2.7	21	83	0	78	28	12	17	42	1.85
2768185--2768233	20	2.5	20	93	0	80	16	18	12	53	1.73
2784080--2784130	24	2.1	24	100	0	102	35	19	7	37	1.81
2790880--2790962	28	2.9	28	80	8	87	34	18	10	36	1.85
2797415--2797456	17	2.5	17	92	0	66	54	9	19	16	1.69
2810075--2810116	21	2.1	19	86	8	57	59	9	0	30	1.29
2811754--2811797	20	2.2	20	87	0	61	27	6	20	45	1.76
2812212--2812332	63	1.9	63	83	3	154	44	16	14	24	1.85
2812219--2812350	63	2.1	63	80	5	142	43	18	13	25	1.86
2812823--2812910	30	3.0	30	77	11	94	37	11	20	30	1.88
2812916--2812982	28	2.2	30	87	10	93	23	11	29	34	1.91
2812916--2812996	28	2.7	28	80	16	90	25	12	29	32	1.92
2815908--2815947	15	2.7	15	84	0	53	47	7	2	42	1.45
2824495--2824537	19	2.3	19	83	0	59	30	9	6	53	1.59
2828727--2828767	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
2832657--2832823	71	2.4	71	80	7	189	36	22	14	26	1.92
2832657--2832846	70	2.7	71	77	7	199	37	21	15	25	1.93
2838301--2838557	137	1.9	135	83	4	333	40	16	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841450--2841509	20	3.1	18	75	15	57	38	0	0	61	0.96
2845748--2845789	19	2.2	19	100	0	84	9	4	11	73	1.22
2845748--2845797	19	2.7	19	93	3	75	12	4	10	74	1.21
2846948--2846985	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
2854018--2854048	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2854463--2854523	15	4.0	15	71	12	52	39	3	3	54	1.33
2855370--2855401	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2865045--2865075	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2865285--2865380	35	2.7	35	83	0	111	25	21	10	42	1.84
2869801--2869863	20	3.1	20	75	20	76	58	1	0	39	1.07
2869803--2869866	16	4.5	15	70	22	57	57	1	0	40	1.08
2869823--2869898	24	3.2	23	72	18	59	63	0	0	36	0.95
2869801--2869908	41	2.7	41	85	7	141	62	0	0	37	1.02
2869841--2869933	47	2.0	47	83	8	118	63	0	1	35	1.02
2869833--2869889	11	5.4	11	72	8	55	66	0	0	33	0.92
2869993--2870063	27	2.6	28	86	4	99	56	4	0	39	1.19
2870112--2870196	27	3.0	28	81	8	91	52	1	3	42	1.26
2870114--2870165	16	3.3	16	76	15	54	46	0	5	48	1.26
2871258--2871489	119	1.9	119	93	0	401	38	15	10	36	1.81
2873190--2876681	585	6.0	584	81	6	3814	37	10	9	42	1.73
2882718--2882751	11	3.1	11	100	0	68	52	0	20	26	1.46
2887407--2887436	11	2.6	12	94	5	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2888388--2888455	17	3.9	17	67	17	50	35	1	0	63	1.04
2888418--2888482	34	1.9	34	93	0	112	41	0	0	58	0.98
2890878--2890925	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2892422--2892485	33	1.9	33	90	6	103	39	7	9	43	1.66
2911545--2911598	2	27.5	2	88	3	83	55	0	0	44	0.99
2913442--2913467	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2913854--2913906	15	3.6	14	74	20	54	56	0	1	41	1.10
2913849--2913909	30	2.1	29	90	6	97	57	0	1	40	1.08
2913995--2914049	21	2.6	21	88	5	76	32	14	12	40	1.84
2919156--2919217	29	2.2	29	85	5	83	35	4	17	41	1.71
2919156--2919231	29	2.7	28	83	4	82	34	5	15	44	1.69
2919296--2919565	142	1.9	142	81	3	328	32	15	15	36	1.89
2919532--2919590	24	2.5	23	83	8	82	27	16	18	37	1.93
2929742--2929776	2	17.5	2	87	0	52	57	0	0	42	0.99
2936293--2936650	1	358.0	1	90	0	563	1	95	0	2	0.35
2964210--2964244	18	1.9	18	94	0	61	48	8	2	40	1.49
2967655--2967696	18	2.3	18	91	0	66	21	2	38	38	1.67
2970016--2970056	21	2.1	19	86	9	55	60	9	0	29	1.28
2974494--2974612	39	3.1	39	100	0	238	41	17	7	33	1.78
2978669--2978712	2	22.0	2	90	0	70	52	2	0	45	1.13
2979372--2979510	48	2.9	48	96	0	251	6	17	17	57	1.60
2985029--2985083	26	2.1	27	89	3	85	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2985137--2985429	139	2.1	141	80	5	326	39	4	3	52	1.37
2989649--2989702	26	2.1	26	86	6	74	38	0	5	55	1.23
2989589--2989793	110	1.9	110	85	4	288	40	1	3	54	1.26
2989759--2989809	26	2.0	26	92	7	86	49	1	0	49	1.12
2990895--2990954	15	3.8	15	75	25	61	71	0	1	26	0.95
2990891--2990966	33	2.4	34	85	14	108	71	0	1	27	0.95
2990897--2991026	25	4.8	25	70	20	75	66	1	3	28	1.15
2991001--2991086	33	2.6	33	83	9	95	66	0	5	27	1.15
2991080--2991216	27	4.9	25	72	20	78	61	0	2	35	1.16
2991119--2991192	21	3.5	22	82	14	93	67	0	0	32	0.91
2991133--2991199	6	11.0	6	73	20	50	68	0	0	31	0.90
2991138--2991269	16	8.1	16	65	24	53	64	0	1	33	1.08
2991041--2991269	113	2.0	114	93	0	388	62	0	3	34	1.14
2991414--2991457	15	2.9	15	86	0	61	31	27	6	34	1.83
3013209--3013310	36	2.9	36	80	4	100	38	14	8	38	1.78
3013246--3013360	36	3.2	35	74	9	83	40	18	5	36	1.73
3014349--3014394	13	3.8	12	81	16	51	69	6	4	19	1.28
3014489--3014536	22	2.2	22	96	0	87	47	6	0	45	1.27
3028677--3028717	21	2.1	19	90	9	64	26	0	9	63	1.25
3032984--3033138	38	3.9	38	71	9	112	29	12	14	42	1.83
3032940--3033319	82	4.6	81	75	9	275	31	14	11	42	1.82
3033143--3033431	43	6.9	42	77	7	151	33	15	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3032943--3033449	43	12.2	41	73	13	141	32	14	12	40	1.85
3032940--3033390	124	3.6	125	73	9	373	31	14	12	41	1.84
3033025--3033431	166	2.4	165	77	3	397	33	15	12	39	1.84
3033291--3033487	42	4.6	42	81	3	198	29	18	15	37	1.91
3036545--3036630	34	2.6	34	87	5	113	25	16	26	31	1.96
3037119--3037206	44	2.0	44	88	0	131	38	15	13	31	1.87
3052513--3052552	4	10.2	4	83	5	55	27	2	22	47	1.64
3055354--3055415	27	2.3	26	79	17	65	20	1	11	66	1.32
3064737--3064819	27	3.1	26	72	5	76	50	10	4	33	1.58
3064748--3065126	128	3.1	124	76	8	360	44	10	10	34	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10