genome.fa.s1174.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001174.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6754--6819	20	3.2	20	83	14	66	77	0	6	16	0.96
6765--6822	11	5.5	11	82	14	61	79	0	3	17	0.87
6765--6832	20	3.5	20	86	9	79	77	0	5	16	0.95
7815--8561	55	13.7	55	86	2	1015	28	14	28	28	1.96
7813--8561	108	6.9	110	88	2	994	28	14	28	28	1.96
7813--8561	163	4.6	162	88	4	1010	28	14	28	28	1.96
18028--18052	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
26588--26632	16	3.0	16	71	18	51	35	0	4	60	1.17
27436--27553	3	38.7	3	91	1	164	37	2	0	60	1.11
40341--40371	11	2.8	11	95	0	53	87	0	12	0	0.55
40711--40752	19	2.2	20	91	4	68	30	4	11	52	1.59
41487--41809	83	3.9	84	93	4	545	27	13	21	37	1.91
42528--42977	116	4.0	116	86	6	600	36	14	19	29	1.91
42528--42944	224	1.8	227	86	5	603	36	14	19	28	1.92
43282--43379	3	32.7	3	82	11	121	33	2	0	64	1.05
43282--43397	22	5.3	22	83	10	123	36	1	0	62	1.06
43369--43402	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
43831--43867	19	1.9	19	100	0	74	70	5	24	0	1.08
43833--43875	19	2.3	19	91	0	68	69	6	23	0	1.12
44134--44662	263	2.0	265	97	2	1003	28	22	25	23	1.99
45005--45044	18	2.2	19	86	4	55	37	2	2	57	1.26
45656--45729	21	3.2	21	72	20	67	58	13	12	16	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45631--45741	48	2.3	48	76	0	123	49	14	12	23	1.77
47706--47799	5	17.6	5	74	22	68	20	6	2	71	1.19
47730--47790	23	2.6	24	82	7	72	21	3	3	72	1.14
52471--52620	24	6.3	24	83	0	176	21	22	24	31	1.98
52477--52615	72	1.9	72	86	0	197	21	22	25	30	1.99
66070--66173	5	19.0	5	69	20	57	21	7	1	69	1.24
69393--69418	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
69923--69959	16	2.2	18	85	9	51	29	2	8	59	1.40
69922--69961	17	2.3	19	79	16	50	30	2	7	60	1.38
71899--71946	23	2.1	23	84	0	60	22	22	22	31	1.99
71909--72003	23	4.0	24	72	15	81	20	23	26	30	1.98
76761--76813	20	2.7	20	96	0	97	26	16	30	26	1.97
76876--76928	20	2.7	20	96	0	97	26	16	30	26	1.97
76732--76962	115	2.0	115	100	0	462	30	14	25	29	1.95
77922--77967	23	2.0	23	82	0	56	21	21	23	32	1.98
81537--81617	30	2.7	31	81	7	96	22	13	11	53	1.71
81686--81710	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
86230--86275	12	3.8	12	80	5	56	63	15	4	17	1.47
88518--88551	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
88514--88552	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18
89541--89578	20	1.9	19	85	15	51	73	0	2	23	0.95
89587--89655	29	2.3	29	75	7	68	78	10	2	8	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89648--89727	3	26.3	3	83	9	92	66	2	2	28	1.18
89906--89959	2	28.0	2	90	7	85	53	0	0	46	1.00
89941--90062	3	41.3	3	73	19	73	67	0	1	30	1.06
89909--90076	20	8.4	20	73	19	86	64	0	1	33	1.06
90002--90084	28	3.0	28	75	18	77	66	2	0	31	1.05
90120--90173	19	2.8	19	75	5	56	74	0	7	18	1.05
90205--90271	34	2.0	34	82	5	82	73	0	4	22	1.01
94790--94951	87	1.9	87	94	2	290	41	11	12	33	1.79
94946--95643	200	3.5	199	81	6	743	30	15	13	40	1.86
98106--98139	17	2.0	17	88	0	50	47	23	0	29	1.52
99731--100612	200	4.4	199	87	2	1149	31	16	15	36	1.89
99731--100607	401	2.2	399	84	3	1154	32	16	14	36	1.89
101202--104408	4	804.8	4	99	0	6330	49	25	0	24	1.50
105584--105649	33	2.0	33	87	0	96	22	43	0	33	1.54
105684--105747	21	3.0	21	90	0	101	14	34	9	42	1.77
106201--106230	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
107991--108037	20	2.3	20	78	7	60	19	21	10	48	1.78
109703--109731	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
113237--113288	22	2.3	23	93	3	88	21	21	19	38	1.94
115279--115369	7	13.3	7	73	4	60	21	1	32	43	1.60
115285--115338	19	2.7	20	85	5	65	20	1	35	42	1.63
115488--115550	11	5.9	11	71	17	53	41	1	0	57	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120391--120480	28	3.3	28	87	6	139	42	34	7	15	1.76
122929--123200	136	2.0	136	94	0	481	34	11	13	40	1.80
128162--128199	20	2.0	19	90	10	60	31	15	26	26	1.96
128797--128836	17	2.4	17	100	0	80	45	0	17	37	1.49
128967--129067	21	4.8	21	88	0	121	24	16	28	29	1.97
133611--133648	19	1.9	20	89	10	60	57	10	5	26	1.53
134060--134140	23	3.7	22	72	18	71	22	20	33	23	1.97
137997--138216	117	1.9	117	82	5	275	29	14	9	47	1.74
142925--142974	22	2.2	22	85	3	64	28	16	26	30	1.96
146669--146894	111	2.0	111	100	0	452	30	15	21	32	1.94
149373--149422	22	2.2	23	89	3	75	30	20	24	26	1.98
152333--152556	64	3.5	64	81	4	231	33	20	18	27	1.96
152864--152899	12	3.0	12	91	0	54	30	5	25	38	1.78
153044--153076	15	2.2	15	94	0	57	15	21	33	30	1.94
159234--159457	64	3.5	64	81	4	222	33	20	18	27	1.96
159766--159806	19	2.2	19	90	0	64	29	4	26	39	1.77
159952--159999	15	3.2	15	93	0	78	14	20	33	31	1.93
162461--162502	21	2.0	21	85	0	57	23	23	23	28	2.00
163286--163339	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
165153--165178	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
169781--169806	8	3.2	8	100	0	52	88	0	11	0	0.52
176157--176470	57	5.5	57	91	1	466	36	11	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177190--177304	45	2.6	45	88	0	167	46	6	23	23	1.76
185725--185825	44	2.3	44	86	5	150	12	15	39	31	1.86
186437--186498	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
192642--192696	23	2.4	23	100	0	110	72	7	12	7	1.26
193426--193458	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
195464--195503	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
195462--195501	19	2.1	19	100	0	80	47	0	0	52	1.00
215834--215878	19	2.3	20	88	3	65	37	22	6	33	1.80
216015--216077	31	2.0	31	93	0	108	39	17	17	25	1.91
216205--216248	16	2.7	16	82	10	54	38	18	6	36	1.77
220226--220327	36	2.9	36	75	4	102	37	7	19	35	1.81
223309--223379	34	2.0	36	81	5	83	40	5	19	33	1.75
223315--223412	36	2.8	36	84	3	119	38	5	20	35	1.75
228634--228738	43	2.5	42	74	1	111	34	20	1	43	1.62
229627--229902	138	2.0	138	94	0	489	37	21	15	26	1.93
234411--234448	17	2.2	18	90	4	60	71	2	0	26	1.00
235218--235281	32	2.0	32	100	0	128	46	9	18	25	1.79
235653--235732	41	2.0	41	92	5	135	37	16	16	30	1.90
239850--240376	265	2.0	261	95	3	961	31	13	17	36	1.89
258328--258416	20	4.4	20	88	4	117	20	20	19	40	1.92
258319--258467	40	3.7	39	73	10	111	26	21	18	32	1.97
258328--258433	20	5.2	20	82	3	106	24	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258617--258665	22	2.2	23	78	10	57	26	38	8	26	1.84
258626--258690	22	3.0	22	86	0	76	23	38	13	24	1.91
259080--259199	20	6.4	20	75	13	85	15	15	22	47	1.82
259163--259206	20	2.2	20	87	0	61	13	11	20	54	1.69
262654--262702	20	2.5	20	93	0	80	34	26	20	18	1.95
262694--262769	33	2.3	34	86	2	100	46	18	19	15	1.85
262736--262773	20	1.9	20	88	0	58	47	15	21	15	1.82
262769--262811	19	2.3	19	84	8	52	16	16	23	44	1.86
262774--262812	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
262819--262885	20	3.3	20	86	12	93	17	19	25	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11