genome.fa.s1174.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001174.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753381--753498	42	2.8	42	85	0	146	26	34	15	23	1.94
755107--755142	16	2.2	16	90	0	54	19	0	13	66	1.24
755208--755296	20	4.4	20	92	2	135	12	20	22	44	1.84
758772--758847	40	1.9	40	88	0	116	38	11	18	31	1.87
758770--758837	20	3.4	20	76	8	75	35	13	20	30	1.91
758770--758859	40	2.2	40	80	0	108	36	11	20	32	1.87
758891--758983	20	4.6	21	72	11	77	18	9	29	43	1.82
758891--758983	41	2.3	40	81	9	109	18	9	29	43	1.82
768695--768838	72	2.0	72	97	0	270	30	11	13	44	1.79
774154--774206	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
777590--777639	25	2.0	25	100	0	100	48	16	12	24	1.79
777594--777647	25	2.2	24	90	6	83	46	16	12	24	1.82
777804--777847	21	2.0	23	82	13	56	56	18	0	25	1.41
777894--777951	21	2.8	21	97	0	107	25	15	29	29	1.96
782330--782530	60	3.5	58	75	14	202	41	16	11	30	1.84
784709--784901	59	3.4	56	75	15	164	40	19	10	29	1.84
784710--784913	111	1.8	111	85	3	284	40	19	10	29	1.85
784822--784942	59	2.1	59	81	9	140	40	18	6	34	1.76
786913--786967	25	2.2	24	84	12	76	9	12	0	78	0.97
786927--786978	25	2.0	26	82	10	63	15	15	1	67	1.32
794041--794145	41	2.5	41	77	7	104	34	17	19	29	1.94
794367--794422	20	2.7	21	75	13	62	35	16	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794329--794422	41	2.3	41	84	1	116	31	17	24	26	1.97
794489--794719	60	4.0	59	73	15	135	39	17	9	32	1.83
796654--796737	10	9.0	9	76	8	80	3	14	1	80	0.90
796658--796756	9	11.6	8	73	16	67	5	13	2	79	0.98
796654--796748	19	5.1	19	75	20	85	5	14	1	78	0.97
796660--796755	17	5.6	16	74	15	68	5	13	2	79	1.00
796660--796756	42	2.3	42	80	7	106	5	13	2	79	0.99
803042--803148	42	2.6	41	79	2	124	28	18	21	30	1.97
805386--805449	18	3.5	19	73	18	55	3	18	1	76	1.00
807733--807780	22	2.2	22	100	0	96	12	27	25	35	1.92
808914--808964	26	2.0	26	88	0	75	47	19	7	25	1.76
813413--813449	18	2.2	17	86	13	51	59	0	5	35	1.20
815940--815967	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
816641--816684	19	2.2	20	88	4	63	50	0	0	50	1.00
823124--823186	23	2.7	24	83	11	78	41	4	0	53	1.22
823284--823339	19	2.9	20	80	15	73	66	0	0	33	0.92
823286--823336	20	2.5	20	81	9	59	66	0	0	33	0.92
824918--824942	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
838571--838977	55	7.5	55	89	2	599	29	15	27	27	1.96
838555--838977	108	3.9	108	91	2	661	29	14	27	27	1.95
838550--838977	163	2.6	162	86	5	619	29	14	27	27	1.96
843946--843977	14	2.3	14	100	0	64	43	28	15	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849332--849366	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
850243--850279	11	3.2	12	81	18	51	13	13	8	64	1.48
850245--850286	11	3.7	11	79	17	50	9	16	9	64	1.49
850214--850296	23	3.7	23	74	15	66	14	18	6	61	1.53
854964--855010	19	2.4	20	85	3	60	38	4	14	42	1.66
855104--855161	21	2.8	21	91	0	89	32	15	24	27	1.95
867170--867214	20	2.2	20	96	0	81	22	22	26	28	1.99
870479--870526	21	2.3	21	88	0	69	41	18	16	22	1.90
870576--870633	21	2.8	21	81	0	71	36	12	18	32	1.88
874640--874689	24	2.1	24	84	0	64	78	4	6	12	1.08
874757--874790	4	8.5	4	93	0	59	76	2	0	20	0.92
875880--876048	84	2.0	84	83	2	214	22	19	24	33	1.97
876050--876135	34	2.4	36	88	7	124	32	9	17	40	1.81
876087--876237	67	2.2	67	82	8	171	35	11	20	31	1.89
876212--876274	19	3.4	18	68	27	51	46	11	17	25	1.81
876190--876321	37	3.6	37	81	8	162	43	14	16	25	1.86
876190--876337	73	2.0	73	84	5	192	42	14	16	26	1.86
876223--876442	122	1.8	121	87	3	325	39	13	18	28	1.89
876361--876430	21	3.7	20	67	21	51	35	12	22	28	1.91
876345--876452	36	3.0	36	93	0	180	37	12	22	26	1.90
876259--876422	85	1.9	86	82	3	206	37	12	18	30	1.89
880709--880768	32	1.9	31	83	10	77	80	3	5	11	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880800--880867	24	2.6	26	75	11	68	72	2	7	17	1.21
883571--883619	24	2.0	24	92	0	80	42	10	14	32	1.79
891355--891403	24	2.0	24	96	0	89	40	12	14	32	1.83
892836--892946	31	3.6	31	98	0	213	40	18	0	41	1.50
895322--895393	34	2.1	34	87	2	101	22	29	15	33	1.94
895733--895769	19	1.9	19	94	0	65	24	27	24	24	2.00
896052--896113	18	3.2	20	82	13	83	50	11	11	27	1.72
900708--900744	19	2.0	19	94	5	67	37	27	10	24	1.88
900714--900752	19	2.2	18	86	9	53	41	25	7	25	1.82
902343--902483	50	2.7	50	84	6	165	28	24	16	30	1.96
902451--902536	44	2.0	44	88	4	129	31	24	12	31	1.93
902505--902855	55	6.4	55	85	2	409	27	25	17	30	1.97
902505--902855	165	2.1	165	84	1	452	27	25	17	30	1.97
902867--902989	37	3.3	37	86	3	149	23	18	17	39	1.92
904261--904312	12	4.0	13	82	14	54	3	13	1	80	0.93
904267--904402	13	10.2	13	72	22	72	8	14	0	76	1.05
915356--915481	45	2.8	45	91	1	198	37	20	13	28	1.91
925162--925206	19	2.4	19	92	0	72	17	22	20	40	1.92
925800--925824	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
926236--926269	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
927449--927538	47	1.9	47	97	0	171	52	8	2	36	1.45
929742--929784	18	2.4	18	92	0	77	51	27	0	20	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930879--930927	20	2.6	19	90	9	82	65	4	8	22	1.37
931631--931707	12	5.8	12	71	21	55	54	7	6	31	1.54
931645--931704	16	4.0	15	75	20	63	60	6	6	26	1.47
931633--931707	28	2.7	28	100	0	150	56	8	6	29	1.54
942189--942239	20	2.5	20	84	6	68	33	15	29	21	1.94
942732--942962	47	5.0	47	83	7	269	39	12	20	26	1.89
942747--943007	47	5.7	44	83	7	188	39	11	21	27	1.88
943890--943967	37	2.1	37	83	7	95	47	1	3	47	1.28
949069--949122	22	2.6	20	82	5	54	27	16	24	31	1.96
949521--949757	92	2.6	94	87	3	338	40	10	21	27	1.86
949528--949787	139	1.9	137	84	6	355	39	10	21	28	1.87
949531--949788	45	5.7	44	80	8	275	38	10	21	29	1.87
949631--949821	45	4.2	45	79	12	149	38	12	21	28	1.89
950709--950751	21	2.1	21	87	8	63	67	0	6	25	1.15
954335--954362	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
962561--962610	2	25.5	2	87	4	75	48	0	4	48	1.20
971255--971307	24	2.2	24	96	0	97	50	11	16	20	1.76
974140--974213	3	26.0	3	76	15	77	35	0	1	63	1.03
974140--974213	17	4.5	17	79	12	84	35	0	1	63	1.03
974149--974218	20	3.5	19	82	7	79	32	0	1	65	1.01
975243--975274	13	2.3	15	89	10	50	43	37	0	18	1.51
975815--975875	16	3.8	16	86	0	86	52	22	14	9	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976104--976155	11	4.6	11	88	4	77	28	26	19	25	1.98
976975--977020	14	3.3	14	93	0	83	52	26	15	6	1.67
977226--977262	8	4.8	8	96	3	67	32	0	0	67	0.91
977226--977311	16	5.3	15	73	22	68	27	2	1	68	1.09
977225--977304	4	19.8	4	71	16	58	27	2	1	68	1.10
980863--981210	156	2.2	156	91	1	554	37	21	12	27	1.91
981019--981411	200	2.0	201	89	1	601	37	21	12	27	1.90
980700--981468	357	2.2	356	93	1	1290	37	22	12	27	1.90
981370--981572	104	2.0	104	100	0	406	35	23	11	29	1.90
981637--982008	112	3.2	112	85	6	437	37	25	14	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11