genome.fa.s1466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001466.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1236886

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543--2633	30	3.0	30	81	7	96	35	20	16	27	1.94
3309--3366	21	2.8	21	91	0	98	18	39	20	20	1.92
3428--3482	20	2.8	20	97	0	101	18	38	20	23	1.93
11990--12041	25	2.1	25	100	0	104	59	0	11	28	1.32
17715--17851	36	3.8	36	93	0	211	19	25	24	29	1.98
18663--18701	17	2.3	17	100	0	78	15	30	23	30	1.95
20555--20617	11	5.9	11	73	14	51	57	3	1	38	1.24
20543--20598	25	2.3	24	81	6	69	55	5	0	39	1.23
23647--23771	31	4.0	31	93	2	198	20	18	23	37	1.94
24252--24294	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
26902--26957	18	3.0	19	79	12	62	69	0	5	25	1.09
26899--26980	39	2.2	38	75	12	91	67	0	12	20	1.23
28512--29008	105	4.8	105	93	1	833	21	18	26	32	1.97
29656--29813	67	2.4	67	88	5	232	36	11	20	31	1.88
29688--29959	36	7.9	35	70	18	187	37	13	21	27	1.91
29755--29941	101	1.9	101	88	4	288	37	12	21	28	1.90
29866--29959	35	2.6	36	89	5	145	39	14	23	22	1.91
30401--30436	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
30851--30899	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
30863--30906	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
31546--31615	8	8.9	7	75	18	50	0	14	7	78	0.95
31569--31621	17	3.2	16	79	10	54	0	13	7	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34971--35026	18	3.0	19	79	12	62	69	0	5	25	1.09
34968--35049	39	2.2	38	75	12	91	67	0	12	20	1.23
38087--38304	31	7.0	31	95	1	375	20	18	22	38	1.93
60366--60399	16	2.1	16	88	0	50	32	11	26	29	1.92
61150--61181	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
69440--69489	3	16.7	3	95	0	91	68	2	0	30	1.01
70096--70155	31	1.9	31	89	0	93	26	23	10	40	1.86
70688--70759	34	2.1	34	100	0	144	43	12	13	30	1.82
72298--72374	34	2.3	34	83	0	100	33	10	18	37	1.85
72544--72592	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
74752--74777	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77052--77114	31	2.0	31	90	6	101	17	19	25	38	1.93
77376--77409	17	1.9	18	88	5	52	29	0	17	52	1.45
80232--80452	64	3.5	62	78	11	209	34	20	19	25	1.96
87052--87089	15	2.6	15	83	4	51	34	7	2	55	1.43
87163--87280	55	2.1	55	96	0	218	33	18	11	36	1.86
90921--90961	18	2.3	18	100	0	82	51	4	4	39	1.45
103961--104001	20	2.0	20	86	9	57	39	0	2	58	1.11
103963--104021	28	2.1	28	81	6	66	40	0	5	54	1.23
104127--104156	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
104750--104812	25	2.4	27	75	15	62	36	9	0	53	1.33
110485--110555	35	2.0	36	91	2	117	42	7	18	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112484--112547	23	2.8	23	80	0	83	34	26	23	15	1.95
112955--113014	30	2.0	30	81	12	70	41	20	6	31	1.78
120563--120622	31	1.9	31	89	0	93	28	11	15	45	1.81
122577--122664	31	2.8	31	85	0	122	44	5	5	44	1.51
124838--124897	30	2.0	30	100	0	120	53	6	10	30	1.60
127915--127981	33	2.0	33	100	0	134	38	2	14	43	1.61
135950--135999	24	2.1	24	92	0	82	32	8	10	50	1.65
145289--145316	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
147982--148019	6	6.7	6	91	5	53	52	0	7	39	1.31
148007--148064	22	2.7	21	71	5	53	56	1	3	37	1.26
156934--156997	3	21.0	3	83	3	83	34	1	1	62	1.14
158334--158371	12	3.2	12	81	3	51	28	2	2	65	1.19
158379--158411	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
163977--164012	18	1.9	19	94	5	65	86	11	0	2	0.68
166093--166321	115	2.0	115	88	0	341	32	14	20	31	1.93
168249--168408	59	2.9	54	81	9	203	37	16	22	23	1.93
169449--170195	76	9.8	76	96	1	1345	21	20	21	35	1.96
169449--170195	381	2.0	380	97	0	1422	21	20	21	35	1.96
170349--170409	3	20.0	3	83	3	77	34	1	1	62	1.15
171171--171195	13	1.9	13	100	0	50	4	32	56	8	1.47
184797--184828	13	2.5	13	100	0	64	46	12	0	40	1.42
191970--192046	24	3.5	22	81	12	77	27	0	3	68	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197503--197529	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
200821--200944	23	5.4	23	82	3	142	49	1	26	22	1.59
202588--203036	229	2.0	227	94	0	790	45	8	7	39	1.62
203087--203144	19	3.0	19	80	10	64	51	15	15	17	1.76
203267--203313	20	2.4	19	86	10	67	55	12	14	17	1.70
205546--205610	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
205644--205709	33	2.0	33	84	0	87	30	0	45	24	1.53
207501--207549	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
207668--209235	199	7.9	199	98	0	2892	37	15	15	31	1.89
210696--210784	12	7.4	12	81	0	61	34	7	34	22	1.83
210708--210797	3	30.0	3	80	0	90	35	5	34	24	1.79
212251--212961	184	3.9	184	96	0	1289	35	14	16	33	1.89
213621--213685	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
213973--214036	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
213973--214045	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
214314--214364	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
214659--214695	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
214650--214700	24	2.1	23	82	13	66	33	3	13	49	1.61
215378--215441	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
215378--215450	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
225196--225268	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
225251--225379	63	2.1	61	87	7	188	32	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225254--225381	31	4.1	31	80	9	152	33	21	18	26	1.96
225906--225947	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
226398--226442	21	2.1	21	91	0	72	17	24	26	31	1.97
229488--229559	30	2.4	30	93	2	119	29	25	20	25	1.99
229542--229670	63	2.1	62	85	7	181	32	20	20	26	1.97
229545--229672	31	4.1	31	79	9	143	33	21	18	25	1.97
230678--230722	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
234321--234451	60	2.2	61	79	4	149	46	6	15	31	1.72
237491--237563	38	1.9	38	100	0	146	28	6	24	39	1.81
240469--240512	23	1.9	23	86	9	63	52	0	2	45	1.13
242123--242152	7	4.3	7	91	0	51	43	0	43	13	1.43
248759--248872	35	3.2	35	80	9	142	32	2	19	45	1.64
248752--248868	37	3.2	37	82	10	145	32	3	18	45	1.66
253357--253465	35	3.0	36	87	5	166	30	4	17	47	1.67
255641--255674	8	4.2	8	96	0	59	32	0	0	67	0.91
256344--256378	10	3.4	10	92	4	52	5	17	34	42	1.73
260140--260205	23	2.9	23	79	0	78	30	22	12	34	1.91
265186--265230	20	2.2	21	88	4	65	73	2	2	22	1.05
267046--267125	3	26.7	3	75	9	74	65	0	3	31	1.11
274261--274307	23	2.0	24	87	4	69	34	17	6	42	1.74
276340--276381	22	2.0	21	86	9	59	28	21	21	28	1.99
276423--276483	23	2.4	26	86	10	83	39	14	14	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277821--277882	19	3.2	20	76	23	69	14	32	17	35	1.90
284667--284715	7	7.0	7	100	0	98	14	57	0	28	1.38
289677--289725	20	2.4	21	89	3	73	38	4	0	57	1.18
292218--292390	92	1.9	91	89	3	267	39	22	9	28	1.85
293467--293505	14	2.8	14	88	0	51	41	0	53	5	1.23
296447--296528	42	1.9	43	92	2	139	21	7	26	43	1.79
297501--297539	15	2.6	15	91	0	60	30	0	2	66	1.05
297566--297608	10	4.6	10	83	11	56	34	0	0	65	0.93
297491--297600	18	6.3	18	68	15	70	30	2	2	63	1.22
297548--297608	19	3.3	18	78	13	63	31	1	1	65	1.12

Tables:   1   2   3   4   5