genome.fa.s1466.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001466.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1236886

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592154--592242	41	2.2	41	95	0	124	17	23	15	42	1.88
592154--592229	21	3.7	21	73	3	82	17	23	17	42	1.89
592180--592246	20	3.3	20	75	4	80	19	22	16	41	1.90
596189--596327	69	2.0	69	97	0	260	35	12	17	34	1.88
597152--597520	183	2.0	184	99	0	731	28	21	21	28	1.98
599920--599945	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
603514--603556	20	2.2	20	100	0	86	25	18	13	41	1.88
604254--604453	56	3.6	56	86	0	256	28	18	15	39	1.90
607226--607414	65	2.9	63	81	13	215	28	19	22	30	1.98
613381--613480	49	2.0	49	88	0	146	28	11	12	49	1.74
615621--615656	18	2.1	18	89	5	56	33	5	0	61	1.19
626104--626243	60	2.3	60	85	7	187	40	5	20	33	1.76
640504--640541	20	1.9	20	84	10	51	36	7	15	39	1.77
643651--643765	57	2.0	57	98	0	221	20	18	28	32	1.96
680266--680314	3	16.0	3	95	4	89	34	0	0	65	0.93
680266--680325	22	2.8	22	87	7	61	40	0	0	60	0.97
680267--680331	28	2.4	28	84	7	80	41	0	0	58	0.98
689466--689682	83	2.6	83	94	1	373	29	14	20	35	1.92
692217--692271	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
692950--693549	76	8.0	76	92	4	1017	21	22	20	35	1.96
696100--696129	14	2.1	14	93	0	51	60	10	0	30	1.30
701421--701453	17	1.9	17	100	0	66	48	6	24	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702550--702640	45	2.0	45	86	0	128	30	16	5	47	1.69
708300--708342	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
716122--716167	18	2.6	18	89	0	65	39	6	26	28	1.81
728167--728389	105	2.1	105	80	2	252	38	21	16	24	1.92
729217--729272	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
729837--729880	21	2.1	21	82	0	52	13	27	29	29	1.94
731644--731697	15	3.9	15	71	26	55	64	3	5	25	1.32
731646--731708	26	2.4	26	94	0	108	65	3	4	26	1.28
731685--731725	10	4.0	10	81	6	55	73	2	0	24	0.96
732952--733006	29	1.9	29	88	3	85	21	5	3	69	1.25
734170--734222	25	2.1	25	85	0	70	32	0	0	67	0.91
742913--743072	64	2.5	62	85	8	189	33	18	21	26	1.96
743564--743598	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
744625--744669	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
746349--746391	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
748564--748660	19	4.8	20	80	14	76	23	26	18	30	1.98
748610--748659	19	2.6	19	100	0	100	22	30	18	30	1.97
751975--752043	23	3.0	23	82	0	93	31	26	24	17	1.97
752433--752472	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
752540--752576	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
753646--753723	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
754733--754863	61	2.1	61	97	0	244	43	3	23	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755957--756655	349	2.0	349	99	0	1389	28	13	23	34	1.93
769918--770116	97	2.1	97	98	0	380	23	21	14	40	1.90
774329--774438	48	2.2	50	87	6	161	34	17	19	29	1.94
784625--784684	27	2.2	27	88	5	86	50	6	3	40	1.45
784634--784687	9	6.0	9	80	8	65	53	9	1	35	1.44
788573--788729	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	33	1.96
792580--792613	16	2.1	16	94	0	59	61	11	2	23	1.43
804909--805004	31	3.2	31	65	11	90	38	4	22	34	1.74
804846--805054	60	3.5	60	85	5	246	42	4	19	33	1.72
805599--805695	37	2.6	37	85	0	131	40	16	11	31	1.84
806158--806192	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
806236--806284	8	5.7	9	75	18	50	38	2	0	59	1.09
806257--806283	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
806519--806601	25	3.3	25	70	18	66	21	8	2	67	1.29
810868--810917	19	2.7	18	84	6	64	82	6	10	2	0.92
810852--810905	16	3.2	16	75	19	56	79	7	12	0	0.92
812492--813766	106	12.0	106	91	0	1942	34	24	17	22	1.95
814516--814620	37	2.8	37	83	0	129	40	15	12	31	1.84
815067--815105	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
815326--815376	16	3.2	16	76	17	54	25	3	0	70	1.04
815384--815424	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
816362--816395	16	2.1	16	100	0	68	41	17	5	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821166--821216	24	2.2	24	82	3	59	43	13	23	19	1.87
821287--821424	49	2.8	49	95	0	240	20	36	17	25	1.94
823693--823761	30	2.3	30	78	16	72	27	1	10	60	1.37
824982--825015	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
825057--825090	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
825561--825808	130	1.9	130	92	0	415	35	12	15	36	1.85
826205--826280	35	2.2	35	90	0	116	34	1	25	39	1.64
831368--831416	17	2.9	16	84	9	53	32	0	6	61	1.21
831368--831419	16	3.1	16	81	10	52	32	0	5	61	1.20
832249--832285	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
832392--832462	20	3.5	20	79	11	90	29	29	19	21	1.98
833281--833334	24	2.2	24	90	0	81	24	14	20	40	1.90
833509--833535	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
833527--833563	14	2.6	14	91	4	56	51	16	21	10	1.74
835599--835633	18	1.9	18	88	0	52	54	22	2	20	1.58
835691--835973	140	2.0	140	97	0	530	28	12	14	43	1.83
835944--836038	20	4.8	20	93	0	145	33	21	16	28	1.95
836182--836290	36	3.3	36	69	21	119	53	15	3	27	1.59
836162--836312	63	2.3	63	94	4	257	50	17	2	28	1.59
836290--836326	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
837712--837834	42	2.9	42	78	7	142	22	17	37	22	1.94
837712--837826	21	5.5	21	70	4	79	21	17	37	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838319--838361	19	2.2	20	83	4	52	48	18	13	18	1.80
838351--838390	20	2.0	20	90	0	62	35	25	20	20	1.96
838418--838448	14	2.2	14	94	0	53	51	22	19	6	1.69
838464--838533	33	2.1	34	89	2	106	14	20	18	47	1.83
838525--838570	20	2.3	20	80	0	56	19	19	23	36	1.95
840468--840541	20	4.1	20	67	22	63	54	22	12	10	1.68
840501--840567	20	3.4	20	77	2	73	41	23	16	17	1.89
840940--840991	22	2.4	22	90	0	86	23	11	42	23	1.86
841163--841209	20	2.3	20	96	0	85	17	14	23	44	1.85
843349--843478	40	3.2	38	67	23	111	44	5	6	43	1.54
843389--843513	37	3.1	37	69	20	115	40	5	8	45	1.59
843352--843513	84	1.9	84	100	0	324	41	5	8	45	1.57
845651--845689	19	2.1	19	90	0	60	69	0	0	30	0.89
847858--847897	18	2.2	19	86	4	55	37	10	17	35	1.83
848352--848421	25	2.8	25	97	0	131	21	30	31	17	1.96
849382--849674	145	2.0	146	99	0	579	25	13	17	43	1.86
853681--853730	26	1.9	25	84	15	66	48	8	20	24	1.76
857975--858369	200	2.0	200	100	0	790	28	11	21	39	1.88
858749--858778	16	1.9	16	93	6	53	26	30	0	43	1.55
859221--859260	20	2.0	21	85	5	55	35	10	7	47	1.65
869896--869944	16	3.1	15	80	8	53	55	2	0	42	1.11
869901--869944	16	2.9	15	83	9	63	56	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873019--873460	221	2.0	221	100	0	884	19	23	32	25	1.97
877462--877709	130	1.9	130	91	0	406	35	13	13	37	1.84
877476--877740	130	2.0	129	80	4	291	39	12	13	35	1.82
878037--878099	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
878170--878206	15	2.4	16	86	13	51	59	5	2	32	1.34
878329--878371	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
878340--878425	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
882506--882557	17	3.2	17	75	10	54	51	13	1	32	1.52
883008--883042	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
886781--886819	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5