genome.fa.s1497.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001497.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002919_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1780709

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673192--673235	10	4.1	10	78	16	52	9	11	15	63	1.51
674374--674427	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
675719--675753	17	2.1	16	89	5	52	37	0	5	57	1.23
675711--675753	16	2.7	16	82	10	52	41	0	6	51	1.29
688247--688282	19	1.9	18	88	5	54	52	5	8	33	1.55
688740--688773	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
692257--692310	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
693749--693845	34	2.8	34	85	4	124	56	3	3	37	1.31
694248--694853	128	4.7	128	94	0	1043	33	20	23	21	1.97
694248--694853	255	2.4	256	94	0	1043	33	20	23	21	1.97
694934--694974	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
711494--711544	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
726733--726802	35	2.0	35	88	0	104	44	21	0	34	1.53
739079--739113	16	2.1	17	89	5	54	54	11	11	22	1.68
740226--740262	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
740262--740289	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
741436--741711	133	2.1	130	88	6	400	51	6	5	36	1.50
742093--742240	72	2.1	72	97	0	278	34	16	19	29	1.94
747108--747156	23	2.2	22	82	17	57	36	6	2	55	1.37
753435--753824	186	2.1	184	93	1	656	45	7	3	43	1.50
755615--755660	23	2.0	23	87	8	67	28	2	13	56	1.48
760800--760873	21	3.5	22	80	7	82	27	20	37	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761957--762480	56	9.3	57	80	4	400	26	10	14	47	1.77
761947--762423	113	4.2	113	75	5	365	26	11	14	47	1.78
761952--762369	57	7.4	58	78	6	225	26	11	14	47	1.77
762154--762304	27	5.4	28	64	15	78	24	11	13	49	1.76
762595--762722	57	2.2	57	86	5	170	23	13	17	45	1.84
762625--762844	57	4.1	55	72	15	179	23	15	18	43	1.87
762894--762918	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
763571--763614	16	2.8	16	78	0	52	34	13	9	43	1.76
765696--765726	7	4.4	7	100	0	62	54	0	0	45	0.99
774301--774738	219	2.0	219	99	0	858	35	23	14	26	1.93
784018--784064	22	2.1	22	92	0	76	40	4	2	53	1.32
792305--792345	16	2.6	16	88	3	57	31	19	9	39	1.84
792995--793054	16	3.6	16	95	4	102	30	20	5	45	1.72
795271--795347	26	2.9	26	75	16	86	49	3	2	44	1.34
795476--795511	19	1.9	19	88	5	56	30	0	5	63	1.17
795523--795563	13	3.3	13	73	13	50	58	0	0	41	0.98
795508--795575	24	2.9	24	93	2	120	58	0	0	41	0.98
795502--795577	16	4.7	17	71	14	54	56	0	0	43	0.99
795579--795629	21	2.3	23	83	16	81	72	0	0	27	0.85
795592--795656	29	2.2	29	83	5	78	69	3	1	26	1.12
795842--795871	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
799287--799324	20	1.9	20	94	0	67	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799301--799334	13	2.5	14	85	4	52	58	0	0	41	0.98
804185--804219	18	2.0	18	88	5	54	22	14	28	34	1.93
805612--805648	20	1.9	19	89	10	58	18	21	10	48	1.78
816698--816781	31	2.8	29	78	10	96	38	4	4	52	1.44
828343--828438	48	2.0	48	93	0	165	30	12	9	47	1.73
828817--828901	24	3.5	25	80	13	88	28	16	16	38	1.90
836404--836437	15	2.3	15	100	0	68	23	11	23	41	1.87
836574--836621	24	2.0	24	95	0	87	10	37	20	31	1.87
840231--840259	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
851385--851516	62	2.1	61	83	5	167	33	13	14	38	1.85
851596--851737	59	2.4	59	78	1	149	39	13	15	31	1.86
854846--854937	42	2.2	40	83	7	112	44	1	1	53	1.15
855228--855256	14	2.1	14	100	0	58	51	20	6	20	1.70
857115--857162	19	2.5	19	86	3	60	35	27	14	22	1.93
857137--857221	40	2.1	41	82	6	102	27	28	14	30	1.95
857196--857249	21	2.6	21	87	0	90	24	24	18	33	1.97
857258--857304	20	2.3	20	92	0	76	29	27	19	23	1.98
857472--857506	17	2.1	17	94	0	61	34	31	5	28	1.81
858162--858215	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
860474--860508	12	2.9	12	95	0	61	54	17	5	22	1.64
860488--860522	18	1.9	18	88	0	52	57	22	0	20	1.41
860693--860877	20	9.9	20	77	13	196	34	21	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860721--860858	34	3.9	34	78	13	152	34	23	19	22	1.96
860701--860803	54	1.9	54	92	4	172	33	23	18	24	1.96
860693--860877	74	2.5	74	90	1	282	34	21	19	24	1.97
860775--860882	54	2.0	54	90	0	171	34	21	21	23	1.97
860910--861081	73	2.5	65	81	16	163	51	16	2	30	1.57
861568--861639	15	4.9	15	82	3	101	41	6	19	31	1.78
861568--861639	30	2.4	30	97	2	137	41	6	19	31	1.78
861622--861691	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
861858--861922	28	2.3	27	84	10	85	49	1	1	47	1.20
861876--861980	52	2.1	51	80	8	117	48	0	0	49	1.14
861946--861989	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
861961--862023	23	2.6	24	78	19	60	47	0	0	52	1.00
861950--862006	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
862195--862314	42	2.9	42	98	0	231	44	19	20	15	1.87
863218--863340	42	2.9	42	78	7	133	23	17	36	21	1.95
863218--863287	21	3.3	21	70	4	61	21	20	35	22	1.96
872450--872503	20	2.5	22	85	11	69	25	3	0	70	1.04
872451--872511	20	3.1	19	84	13	63	31	3	0	65	1.09
872468--872509	22	1.9	22	85	9	59	35	2	0	61	1.09
874359--874603	20	12.2	20	88	1	267	19	18	24	36	1.94
874590--874672	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
874570--874668	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874918--875074	21	7.8	20	72	7	84	38	24	17	19	1.92
875041--875233	20	9.6	20	83	4	228	35	25	20	18	1.95
875734--875791	21	2.9	20	82	7	64	43	18	25	12	1.85
876708--876743	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
876846--876943	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
876846--876962	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
876952--877173	19	12.7	19	75	18	232	14	20	18	46	1.83
876958--877145	52	3.6	52	94	0	322	14	20	17	47	1.82
876976--877187	33	6.2	33	75	14	189	13	20	18	47	1.82
877850--877919	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
878202--878243	21	2.0	21	100	0	84	23	28	23	23	2.00
878279--878318	21	1.9	21	100	0	80	15	30	42	12	1.83
878355--878433	21	4.0	21	76	18	89	13	27	36	21	1.92
878377--878406	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
878356--878427	36	2.0	36	91	0	117	15	27	34	22	1.94
878523--878582	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
878741--878810	22	3.1	22	93	4	122	34	1	8	55	1.39
880763--880787	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
881720--882004	20	14.2	20	89	1	329	19	18	24	37	1.94
881991--882073	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
881971--882069	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
886905--886943	20	2.0	20	85	5	53	66	2	0	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886905--886965	32	1.9	32	90	6	97	65	4	1	27	1.22
888028--888079	25	2.1	25	92	3	88	50	9	7	32	1.64
898082--898171	45	2.0	46	97	2	173	38	3	20	37	1.69
904061--904133	35	2.0	37	84	10	98	49	4	1	45	1.29
910017--910049	10	3.3	10	100	0	66	45	9	9	36	1.68
910330--910370	21	1.9	22	85	5	57	39	14	19	26	1.90
916250--916824	112	5.1	111	90	2	841	46	13	13	25	1.80
916798--917130	168	2.0	168	93	0	567	44	11	14	29	1.80
924774--924801	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
925256--925299	18	2.5	18	82	14	56	27	45	9	18	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8