genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1321709

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2430	4	623.2	4	89	8	3725	49	26	0	23	1.54
533--623	6	15.2	6	75	17	55	47	39	1	12	1.48
537--591	2	28.0	2	81	3	67	49	43	0	7	1.30
3032--3182	53	2.8	53	89	2	223	37	18	15	28	1.91
3133--3416	143	2.0	143	87	1	408	41	15	15	27	1.87
3647--3683	16	2.3	16	100	0	74	24	32	5	37	1.78
6008--6050	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
28161--28198	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
28619--28859	53	4.5	53	91	0	383	35	21	15	27	1.94
29946--29989	20	2.1	21	83	4	54	45	29	2	22	1.65
36447--36795	194	1.8	193	85	1	502	38	11	11	38	1.79
37688--37732	18	2.4	19	88	3	65	64	4	0	31	1.13
39311--39335	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
39982--40031	18	2.7	19	84	6	66	46	0	12	42	1.41
40028--40122	45	2.1	45	96	0	172	50	0	9	40	1.35
40034--40110	22	3.5	22	72	10	75	51	0	5	42	1.24
40989--41120	45	2.7	48	87	12	198	41	6	0	52	1.26
41043--41200	22	6.8	22	68	14	93	42	6	0	50	1.34
41122--41171	18	2.7	19	84	6	66	42	12	0	46	1.41
63864--63889	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
64149--64180	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
65254--65830	82	7.1	82	88	0	775	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65254--65830	163	3.5	163	87	1	791	32	21	11	34	1.89
65277--65830	245	2.3	245	88	0	788	31	22	11	34	1.89
65897--66031	55	2.5	55	80	6	141	30	21	12	35	1.91
69576--69612	19	1.9	19	88	0	56	40	16	0	43	1.48
70877--71428	162	3.5	162	81	9	662	29	21	12	36	1.90
70877--71272	82	4.9	82	88	1	555	29	20	12	36	1.90
71206--71413	75	3.0	66	80	13	256	30	21	11	36	1.88
72868--72946	37	2.1	38	84	11	101	51	0	3	44	1.19
75576--75601	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
78913--79258	54	6.4	54	88	3	502	28	17	21	33	1.96
78933--79252	161	2.0	162	91	1	518	28	16	20	34	1.94
78913--79254	108	3.2	108	91	1	553	27	17	21	33	1.96
81617--81826	64	3.3	64	81	9	216	27	18	24	29	1.98
82313--82342	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
87727--87762	17	2.1	17	100	0	72	27	30	11	30	1.91
88854--88902	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
88854--89063	64	3.3	64	78	8	187	28	17	23	30	1.97
94070--94363	54	5.4	54	89	1	421	28	15	21	34	1.94
98262--98301	21	2.0	20	85	5	53	30	10	17	42	1.82
103227--103313	9	9.3	9	92	7	51	67	0	1	31	0.98
103239--103342	3	34.7	3	87	7	149	68	0	1	28	1.07
103613--103659	3	15.0	3	83	16	60	61	0	4	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104015--104155	37	3.8	37	92	1	230	34	12	14	39	1.84
104015--104155	73	1.9	74	92	1	239	34	12	14	39	1.84
107116--107150	12	2.8	13	86	8	54	0	20	5	74	1.02
107097--107159	13	4.9	12	79	14	56	1	15	6	76	1.07
110156--110212	25	2.2	25	81	9	62	66	1	17	14	1.33
110695--110739	19	2.3	19	84	3	54	73	2	4	20	1.11
110733--110788	3	18.0	3	82	14	69	60	0	3	35	1.14
111148--111259	37	3.0	37	96	0	206	32	15	13	39	1.86
114128--114173	19	2.4	19	92	0	74	17	28	19	34	1.94
114568--116114	515	3.0	516	91	1	2503	33	22	12	30	1.92
120803--120865	9	6.7	9	76	8	63	15	25	30	28	1.96
120803--120865	19	3.3	20	80	10	87	15	25	30	28	1.96
120868--120923	5	10.8	5	83	7	67	21	53	19	5	1.65
128070--128138	19	3.7	18	76	5	66	18	27	26	27	1.98
128140--128177	17	2.2	17	95	0	67	18	47	21	13	1.82
132265--132314	18	2.8	18	93	0	91	40	40	12	8	1.72
134874--135038	88	1.9	88	97	0	312	35	22	9	32	1.87
137204--137271	24	2.8	24	80	4	75	51	13	14	20	1.76
139729--139763	15	2.2	16	90	10	54	22	28	34	14	1.93
139753--139793	18	2.3	18	95	0	73	12	19	51	17	1.76
141871--141941	24	3.0	24	85	0	97	50	16	12	19	1.77
141873--141941	12	5.8	12	71	6	50	50	17	13	18	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141876--141977	24	4.3	23	75	14	66	50	15	13	20	1.78
144436--144465	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
144442--144487	18	2.6	18	86	6	58	15	19	45	19	1.85
152382--152428	18	2.7	17	84	15	53	53	0	0	46	1.00
153048--153146	48	2.1	48	100	0	198	21	16	23	39	1.92
157856--157904	22	2.3	22	82	3	64	18	10	10	61	1.55
159156--159203	14	3.5	13	83	8	60	72	12	0	14	1.11
160486--160512	12	2.2	12	100	0	54	25	7	7	59	1.51
167917--167992	17	4.4	16	71	20	55	81	0	15	2	0.80
167918--167996	28	3.0	24	77	16	86	79	0	16	3	0.87
167918--167992	8	8.8	8	76	17	71	81	0	16	2	0.80
167953--167992	15	2.7	15	88	3	64	85	0	15	0	0.61
170184--170263	42	1.9	42	84	0	106	25	20	20	35	1.96
170436--170545	42	2.7	41	81	2	130	24	20	22	32	1.97
170056--170765	259	2.8	259	89	1	1043	34	14	16	34	1.89
171102--171450	182	1.9	182	92	1	583	41	3	9	45	1.53
173178--173213	17	2.1	17	89	0	54	38	2	0	58	1.13
174053--174113	28	2.2	28	93	0	104	39	4	21	34	1.75
174841--174911	37	1.9	37	85	5	99	32	19	28	19	1.97
175596--175663	23	3.0	23	86	0	100	16	25	27	30	1.96
182428--182530	23	4.7	23	78	12	110	22	34	25	17	1.95
182448--182552	44	2.4	44	96	0	192	23	35	24	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182469--182551	21	3.9	21	75	12	87	25	36	25	13	1.92
191834--191899	23	2.9	23	83	0	87	18	24	24	33	1.97
194208--194273	34	1.9	34	90	6	107	21	12	21	45	1.84
196993--197330	130	2.5	131	79	6	358	27	16	29	26	1.97
197431--197676	36	6.8	36	78	9	202	33	12	14	39	1.83
197448--197677	71	3.2	71	75	12	211	32	13	13	40	1.83
197671--197763	31	3.0	31	73	4	80	36	12	12	37	1.82
202473--202508	10	3.6	10	88	0	54	77	5	2	13	1.05
203302--203426	28	4.5	28	76	5	103	50	5	4	40	1.45
205632--205684	24	2.2	25	83	10	65	35	11	3	49	1.57
205862--205887	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
206199--206259	27	2.2	28	83	13	74	37	1	1	59	1.17
206345--206401	27	2.1	28	83	9	73	56	0	1	42	1.10
206940--207163	43	5.2	43	86	1	297	32	20	22	23	1.98
206940--207163	85	2.6	86	84	2	297	32	20	22	23	1.98
211656--211964	159	1.9	158	90	1	494	38	11	23	26	1.88
211935--212461	41	13.0	41	73	9	222	37	16	17	29	1.91
211918--212131	86	2.6	81	81	3	239	39	15	15	29	1.89
212182--212461	83	3.4	81	78	9	248	37	17	18	26	1.93
212362--212461	40	2.5	41	86	1	130	41	19	19	21	1.91
214587--214624	8	4.8	8	84	12	51	60	0	2	36	1.11
215387--215419	17	1.9	17	100	0	66	48	6	6	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217254--217294	17	2.6	16	88	7	57	56	0	0	43	0.99
219225--219262	17	2.2	18	90	4	60	65	7	2	23	1.32
219313--219342	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
219402--219493	44	2.1	45	81	6	107	64	1	13	21	1.34
219446--219529	14	5.6	14	70	8	51	59	1	13	26	1.41
221115--221511	163	2.4	164	84	5	493	28	20	15	35	1.93
221362--221742	208	1.8	208	86	1	557	28	21	16	34	1.95
227469--227513	3	15.7	3	95	4	76	71	0	0	28	0.87
228591--228814	86	2.6	85	83	6	283	34	20	21	23	1.97
228552--228814	43	6.1	42	79	7	244	33	20	21	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6