genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1321709

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702753--703072	47	6.7	47	89	4	457	32	18	22	27	1.97
702753--703072	147	2.3	138	88	6	453	32	18	22	27	1.97
704965--705294	75	4.4	75	88	0	446	29	21	16	32	1.95
710782--710900	34	3.5	34	97	0	229	66	8	8	16	1.43
710782--710888	20	5.9	20	66	24	76	65	8	8	17	1.44
710987--711043	21	2.7	21	88	0	87	56	10	17	15	1.67
710985--711042	7	8.3	7	80	14	66	58	10	17	13	1.62
714906--714947	20	2.0	20	82	13	50	66	2	4	26	1.23
716709--716784	3	25.0	3	81	2	89	60	0	1	38	1.05
719627--719666	20	2.0	21	85	5	55	52	12	0	35	1.39
726076--726112	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
726668--726730	30	2.1	31	94	5	112	33	15	19	31	1.93
726678--726739	30	2.1	30	81	6	81	40	12	17	29	1.87
729208--729425	109	2.0	108	98	0	418	18	31	24	25	1.98
730227--730286	21	2.9	20	92	5	93	26	28	21	23	1.99
737146--737227	21	4.0	21	93	4	132	26	28	20	24	1.99
737324--737374	22	2.4	22	80	12	61	27	19	1	50	1.58
737830--737864	17	2.1	17	94	0	61	22	31	14	31	1.94
739375--739421	21	2.2	21	84	0	58	57	6	4	31	1.43
744879--744938	22	2.8	22	80	9	72	16	11	0	71	1.14
745097--745171	32	2.4	32	86	2	98	48	4	6	41	1.48
745111--745265	2	78.5	2	75	15	128	46	3	3	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747846--747886	19	2.1	20	86	4	57	53	4	21	19	1.63
749071--749110	2	20.0	2	90	10	64	47	2	0	50	1.14
749794--749834	12	3.5	12	80	12	50	31	0	7	60	1.24
755687--755964	137	2.0	137	80	4	310	35	26	12	25	1.92
756612--756670	3	19.7	3	83	0	73	30	3	1	64	1.20
759086--759125	21	2.0	21	85	5	55	40	7	0	52	1.30
760274--760479	5	41.2	5	100	0	412	39	0	0	60	0.97
783010--783167	64	2.5	64	77	8	160	32	21	18	26	1.97
783953--784170	103	2.1	103	93	0	373	26	12	23	37	1.91
784177--784238	23	2.7	23	74	2	61	25	22	20	30	1.98
786623--786667	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
789813--790030	103	2.1	103	94	0	382	26	12	23	37	1.91
790069--790113	23	2.0	23	91	8	74	22	17	26	33	1.96
792289--792328	21	1.9	21	85	10	55	72	2	15	10	1.21
795144--795215	24	2.9	24	91	4	108	38	12	18	30	1.87
798979--799006	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
804559--804593	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
804999--805062	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
808143--808288	42	3.5	40	79	14	125	30	18	21	30	1.97
808189--808417	44	5.2	44	84	3	232	27	23	18	30	1.98
808147--808417	88	3.1	87	80	5	246	29	22	18	29	1.97
811614--811683	20	3.5	20	96	0	131	52	4	10	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812094--812166	22	3.3	22	92	1	110	26	26	28	19	1.98
812094--812175	22	3.7	22	91	1	101	23	29	26	20	1.99
812998--813069	34	2.2	32	87	7	99	31	15	30	22	1.94
817420--817456	15	2.5	15	100	0	74	13	13	24	48	1.78
818225--818294	2	35.5	2	83	8	90	55	0	1	42	1.08
818194--818344	49	3.1	48	83	11	179	60	0	1	36	1.13
819418--819508	39	2.4	36	87	5	119	27	9	23	39	1.86
819494--819727	36	6.6	36	78	13	218	38	13	20	26	1.90
819528--819714	102	1.8	102	86	6	272	38	12	20	27	1.90
819792--819980	37	5.4	37	70	16	141	40	13	17	28	1.88
819765--820004	102	2.4	102	92	1	401	37	12	18	32	1.87
819913--820178	87	3.1	87	94	0	469	36	12	19	32	1.89
819913--820233	174	1.9	170	82	8	402	37	12	19	30	1.89
820454--820590	63	2.2	63	83	0	166	26	18	24	31	1.97
821202--821291	32	2.8	32	91	0	144	38	20	11	30	1.87
822367--822426	13	4.8	13	82	17	74	1	16	3	78	0.97
822366--822426	26	2.4	26	89	10	92	3	16	3	77	1.04
822377--822428	13	4.2	12	86	13	79	1	15	1	80	0.88
825598--825646	10	4.9	10	78	7	55	77	2	10	10	1.07
825556--825622	23	2.9	24	76	8	68	73	0	10	16	1.10
825665--825808	74	2.0	75	80	12	165	65	2	2	29	1.15
826503--826543	15	2.7	15	100	0	82	12	34	4	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826939--827032	45	2.1	45	100	0	188	31	6	10	51	1.62
829242--829287	22	2.1	22	87	0	65	36	4	30	28	1.76
832638--832693	22	2.7	20	84	10	76	30	16	26	26	1.96
832562--832762	95	2.1	96	86	4	273	33	15	24	26	1.95
833111--833412	55	5.3	55	86	7	401	29	19	20	30	1.97
839252--839302	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
842099--842139	20	2.0	20	95	0	73	17	36	31	14	1.90
842172--842234	20	3.0	20	79	6	81	20	38	26	14	1.91
842113--842286	95	1.8	95	97	0	330	22	28	25	22	1.99
846000--846198	95	2.1	96	83	2	249	33	14	24	27	1.94
846550--846840	55	5.3	55	85	3	381	29	20	18	31	1.96
846839--846874	17	2.1	17	90	10	56	36	36	11	16	1.84
852882--852935	22	2.6	20	77	11	63	27	14	27	29	1.95
852829--853006	95	1.9	95	84	6	245	30	13	27	28	1.94
852979--853026	20	2.3	21	85	7	62	27	14	31	27	1.95
852846--853029	95	1.9	95	83	6	239	30	12	27	29	1.93
853341--853719	55	6.9	55	89	1	557	29	20	20	30	1.97
855037--855098	29	2.1	31	81	6	74	41	8	19	30	1.80
856837--856884	24	2.0	24	100	0	96	33	12	12	41	1.80
871479--871507	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
872931--873011	35	2.3	35	85	4	101	34	13	6	45	1.69
873142--873194	21	2.5	21	93	0	88	30	32	20	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873190--873277	42	2.2	40	86	12	117	21	19	22	36	1.95
873198--873340	63	2.3	61	87	4	196	21	19	24	34	1.97
873261--873392	42	3.1	42	97	0	246	20	18	25	35	1.95
873190--873382	105	1.9	102	88	6	289	20	18	24	35	1.95
873198--873357	63	2.5	61	84	7	180	21	19	23	35	1.96
877231--877625	198	2.0	198	96	0	727	34	12	11	40	1.80
884257--884304	17	2.8	17	83	0	69	20	29	18	31	1.97
891136--891179	15	2.9	15	80	6	54	34	27	27	11	1.91
895611--895658	24	2.0	24	100	0	96	33	16	20	29	1.95
901491--901527	17	2.2	17	100	0	74	32	29	5	32	1.80
901769--901800	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
903230--903284	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
911758--911788	16	1.9	16	93	0	53	25	6	16	51	1.68
913584--913608	13	1.9	13	100	0	50	28	0	16	56	1.41
915783--915860	24	3.2	24	94	3	129	48	2	0	48	1.15
915783--915863	16	4.5	18	69	17	60	49	2	0	48	1.14
922303--922344	3	14.0	3	90	9	68	35	0	0	64	0.94
922295--922340	15	3.4	14	79	14	60	32	0	0	67	0.91
923614--923659	16	3.1	15	84	9	67	26	0	2	71	0.97
923614--923662	19	2.5	20	80	12	66	26	0	2	71	0.97
923660--923695	2	18.5	2	88	5	56	52	0	0	47	1.00
925967--926008	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925967--926008	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
929072--929107	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
929394--929471	26	3.0	26	88	5	106	73	7	16	2	1.18
929427--929507	17	4.6	17	78	7	83	82	1	14	1	0.79
929431--929507	14	5.2	15	77	10	70	83	1	14	1	0.79
929431--929507	8	9.4	8	79	9	75	83	1	14	1	0.79
929435--929499	25	2.6	24	85	9	85	83	1	15	0	0.73
931722--932060	113	3.0	114	91	0	536	34	15	19	30	1.93
934582--934636	22	2.5	22	91	8	94	34	10	16	38	1.84
935043--935808	342	2.3	339	88	2	1110	38	13	18	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6