genome.fa.s1582.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1162828

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1376--1502	33	3.8	33	86	4	193	42	18	22	15	1.89
1377--1502	66	1.9	66	96	0	234	42	19	23	15	1.89
1663--1699	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
3050--3116	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
3050--3172	42	2.9	41	78	7	104	22	17	36	22	1.95
5176--5234	20	3.0	19	78	9	64	44	18	23	13	1.86
5225--5261	14	2.6	14	95	0	65	40	24	24	10	1.87
5284--5329	19	2.4	19	88	0	74	6	17	23	52	1.68
5882--5934	20	2.7	20	90	0	79	26	18	28	26	1.98
5943--5996	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
5883--6017	61	2.2	61	80	2	146	22	19	24	33	1.97
6067--6107	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
9602--9640	19	2.1	19	90	0	60	23	35	15	25	1.94
9588--9748	65	2.5	65	84	3	200	31	26	15	26	1.96
13535--13572	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
15558--15596	19	2.1	19	85	9	53	51	0	2	46	1.14
23836--23890	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
25038--25095	17	3.4	17	73	15	57	41	0	0	58	0.98
26516--26597	27	3.0	27	74	3	83	26	10	1	60	1.37
37045--37148	1	104.0	1	76	0	100	88	11	0	0	0.52
37042--37139	8	12.2	8	100	0	196	87	12	0	0	0.54
37950--38832	105	8.4	105	94	0	1410	33	24	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40163--40201	20	2.0	20	84	0	51	17	38	38	5	1.72
40773--40861	27	3.3	27	76	3	90	24	10	1	64	1.32
46096--46590	245	2.0	246	85	7	678	29	12	18	39	1.88
48314--48377	27	2.3	27	78	10	67	60	4	0	34	1.17
49895--49931	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
55096--55140	14	3.4	14	82	14	51	80	0	20	0	0.72
55066--55139	24	3.2	22	67	25	55	77	0	22	0	0.78
57496--58695	216	5.6	216	94	0	2048	34	14	19	32	1.92
57820--57921	42	2.5	41	81	1	123	24	24	21	29	1.99
58251--58352	42	2.5	41	81	1	123	24	23	22	29	1.99
57496--58695	431	2.8	430	94	1	2046	34	14	19	32	1.92
62163--62188	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
62947--63038	3	30.0	3	80	8	105	60	0	3	35	1.13
62922--63030	13	8.7	13	81	10	104	58	2	4	33	1.33
63080--63132	11	4.7	11	76	19	56	58	1	3	35	1.27
63080--63132	14	3.8	14	75	9	54	58	1	3	35	1.27
64539--64600	2	31.5	2	96	3	117	48	0	0	51	1.00
68390--68425	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
78365--78483	60	2.0	60	94	0	211	27	13	20	38	1.90
81755--81788	3	11.7	3	87	6	52	64	0	0	35	0.94
88628--88969	183	1.9	183	93	0	594	52	14	18	14	1.75
91658--92063	62	6.6	62	78	8	402	30	20	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92103--92941	89	9.4	90	84	3	971	32	15	20	30	1.94
92205--92359	43	3.5	43	72	13	134	32	16	26	24	1.96
92111--92943	179	4.7	177	82	3	913	32	15	21	30	1.95
92796--92987	47	4.2	47	73	9	155	30	17	19	32	1.95
92791--93077	136	2.1	136	82	5	348	32	16	20	30	1.95
92701--93167	226	2.1	226	84	4	593	31	16	20	31	1.95
92920--93322	90	4.5	90	83	2	436	31	18	20	30	1.96
92928--93322	179	2.2	178	83	4	481	31	17	20	30	1.95
93345--93521	47	3.6	47	76	12	167	27	19	20	32	1.97
93393--93625	55	4.4	54	77	10	232	28	18	19	33	1.96
93325--93587	102	2.6	102	88	1	368	26	19	19	33	1.96
93844--93880	3	13.0	3	83	11	51	35	0	0	64	0.94
102075--102118	21	2.1	21	87	4	63	63	0	20	15	1.31
112692--112731	19	2.1	19	90	0	62	30	0	17	52	1.45
114774--115154	199	1.9	200	87	1	559	30	13	20	35	1.91
117344--117377	13	2.9	11	84	16	50	35	8	0	55	1.31
117346--117373	13	2.2	13	100	0	56	28	7	0	64	1.20
120371--120430	29	2.1	29	87	0	84	23	20	6	50	1.71
120403--120951	81	6.8	81	87	2	732	27	20	12	39	1.89
120400--120958	161	3.5	161	86	3	743	28	20	12	38	1.89
120405--120951	239	2.3	240	88	1	774	27	20	12	38	1.89
120913--121166	68	3.7	67	84	3	285	30	23	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121482--121543	30	2.1	30	90	0	97	43	20	9	25	1.83
122024--122075	21	2.6	19	84	9	59	26	21	17	34	1.95
122046--122102	21	2.8	21	79	12	64	31	12	15	40	1.85
125965--126024	29	2.1	29	87	0	84	30	23	3	43	1.70
125995--126392	81	4.9	81	89	0	573	29	20	10	39	1.86
126389--126587	68	2.9	68	87	0	290	27	23	15	33	1.94
126852--127026	59	3.0	59	89	0	262	36	17	12	34	1.86
127450--127494	22	2.0	23	82	4	56	26	31	11	31	1.91
141760--141804	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
141829--141877	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
143350--143567	103	2.1	103	97	1	411	26	13	23	37	1.91
143583--143640	23	2.5	23	82	0	80	20	25	25	27	1.99
148612--148671	27	2.2	27	100	0	120	41	6	13	38	1.70
148951--149307	130	2.7	131	85	3	488	34	10	15	38	1.83
150289--150371	44	2.0	39	84	11	103	26	14	22	36	1.93
150875--150959	38	2.3	38	91	2	145	38	37	10	12	1.79
151108--151199	38	2.5	39	89	8	147	36	41	11	9	1.75
152809--152877	33	2.1	32	81	7	77	47	11	1	39	1.49
153000--153066	31	2.2	30	84	7	82	26	10	4	58	1.50
154426--154562	65	2.1	65	97	0	256	47	8	11	32	1.71
156046--156088	18	2.5	17	82	10	52	65	2	9	23	1.34
156687--156730	23	2.0	22	86	4	61	63	4	15	15	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161180--161288	48	2.3	48	75	3	112	48	14	15	21	1.80
165306--165354	18	2.6	19	84	12	66	61	4	8	26	1.42
166572--166611	2	20.5	2	89	5	64	47	0	2	50	1.14
169705--169767	28	2.2	28	97	0	117	46	22	3	28	1.67
170068--170129	2	31.0	2	93	0	106	48	1	1	48	1.21
170816--170987	57	3.0	56	81	9	197	37	30	16	15	1.90
171045--171108	24	2.7	24	75	0	65	40	18	12	28	1.87
174859--174899	21	1.9	22	85	5	57	48	2	0	48	1.14
174917--174948	15	2.2	15	94	5	57	34	6	0	59	1.23
175123--175147	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
175246--175367	52	2.4	49	80	14	131	52	2	0	44	1.20
175312--175376	29	2.3	27	80	15	76	52	1	0	46	1.10
175293--175379	30	2.9	30	81	8	97	51	2	1	44	1.21
175386--175441	20	2.7	20	76	15	60	53	0	1	44	1.11
183114--183191	2	39.5	2	97	2	149	51	0	0	48	1.00
185019--185084	30	2.2	30	97	2	123	40	12	6	40	1.67
187359--187398	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
193435--193500	30	2.2	30	97	2	123	40	12	6	40	1.67
198445--198497	28	2.0	27	85	7	72	60	3	7	28	1.41
198996--199177	2	92.5	2	70	17	123	45	2	2	48	1.31
199007--199192	55	3.5	52	78	12	173	45	3	3	48	1.34
199072--199271	20	9.7	20	72	16	117	44	4	5	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199217--199296	42	1.9	41	82	7	99	48	2	3	45	1.33
199319--199392	20	3.7	19	77	8	76	50	2	6	40	1.43
200562--200595	17	1.9	18	94	5	61	47	20	11	20	1.81
200830--200923	2	47.0	2	78	12	95	53	1	3	42	1.24
200960--201200	20	12.2	20	69	22	99	54	2	7	35	1.43
201015--201162	8	18.0	8	72	20	76	54	2	6	35	1.41
201061--201199	42	3.5	39	75	20	123	51	2	8	37	1.45
201027--201158	42	3.2	42	80	13	132	54	3	6	35	1.42
201279--201318	20	2.0	21	90	5	64	37	7	0	55	1.29
201286--201337	13	3.8	14	80	10	63	40	7	0	51	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6