genome.fa.s1582.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1162828

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864878--864948	26	2.8	24	81	12	79	74	2	21	1	1.02
865094--865166	35	2.1	35	94	0	128	45	16	15	23	1.85
871376--872079	134	5.3	134	77	3	531	33	20	14	31	1.93
871377--872079	265	2.6	268	78	4	675	33	20	14	31	1.93
872257--872300	3	13.3	3	82	17	52	31	6	0	61	1.22
874932--875013	42	2.0	42	87	0	119	24	20	20	34	1.97
876914--876988	31	2.4	31	84	4	89	10	22	29	37	1.88
883007--883050	22	2.0	23	81	4	54	22	2	27	47	1.63
883227--883287	22	2.7	23	77	7	63	22	26	21	29	1.99
885025--885539	134	3.8	132	80	5	500	31	22	15	30	1.95
885863--885928	3	22.3	3	92	3	107	33	0	0	66	0.92
887459--887816	125	2.8	126	82	4	400	33	12	15	38	1.85
893724--893777	22	2.7	19	76	17	56	74	0	5	20	1.02
893736--893772	13	2.9	13	85	14	51	70	0	2	27	1.01
897248--897282	18	1.9	18	88	11	54	34	0	8	57	1.29
911101--911139	16	2.5	15	84	12	51	82	2	0	15	0.79
912859--913745	135	6.6	135	80	5	774	26	22	16	34	1.95
912881--913745	271	3.2	272	78	4	743	26	22	15	34	1.95
914449--914629	64	2.8	63	83	5	220	27	16	25	29	1.97
914577--914627	19	2.7	19	80	19	63	27	15	33	23	1.95
914470--914629	65	2.5	65	86	5	218	28	15	25	30	1.96
914471--914678	65	3.2	64	81	13	207	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923071--923251	64	2.8	63	80	3	200	27	16	26	29	1.97
923199--923249	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
923092--923251	65	2.5	65	83	3	198	28	15	26	30	1.96
923641--924222	136	4.3	136	83	1	709	26	21	17	34	1.95
923536--924221	272	2.6	269	83	3	814	27	20	17	33	1.96
924034--924437	215	1.9	215	84	2	542	25	20	15	37	1.93
924249--936029	136	87.5	136	79	5	10849	27	20	17	34	1.95
931681--931910	122	1.9	122	95	0	415	31	18	16	33	1.93
933765--934002	119	2.0	119	99	0	467	25	21	18	34	1.96
938798--938854	20	2.8	20	86	5	78	75	5	3	15	1.12
938890--938985	51	1.9	50	80	6	113	55	8	14	21	1.66
942059--942339	136	2.1	136	81	5	327	26	20	16	36	1.94
942700--944306	136	11.8	136	85	1	1970	27	21	15	34	1.94
942074--944306	679	3.3	674	81	6	2299	27	21	16	34	1.94
947038--947122	21	4.0	21	76	11	66	69	5	0	24	1.10
947078--947122	22	2.1	21	87	4	63	75	4	0	20	0.97
947086--947149	26	2.5	26	82	7	76	78	4	1	15	1.00
951855--951930	25	3.0	25	83	7	84	26	23	25	25	2.00
951885--951954	24	2.8	25	82	8	81	31	22	24	21	1.98
954291--954838	203	2.7	203	85	3	716	33	19	20	25	1.97
956014--956049	16	2.2	16	100	0	72	41	13	5	38	1.68
957056--957412	129	2.8	128	80	9	420	40	16	12	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958936--958990	22	2.5	22	84	3	74	18	29	32	20	1.96
967070--967098	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
967297--968299	134	7.5	133	79	6	895	30	14	21	33	1.94
967297--968299	267	3.8	263	80	6	1009	30	14	21	33	1.94
975809--976176	131	2.8	131	81	2	418	39	16	11	32	1.85
976771--976838	28	2.5	27	83	4	82	61	7	8	22	1.50
982807--982872	24	2.6	25	90	4	98	48	1	10	39	1.47
984864--984914	8	5.9	8	75	24	50	78	1	3	15	0.99
984864--984909	17	2.6	18	89	6	67	78	2	4	15	1.01
984864--984926	18	3.4	19	80	10	76	76	4	3	15	1.09
985026--985076	22	2.4	21	75	12	52	56	11	9	21	1.63
986694--986851	39	4.1	39	83	9	191	35	13	17	33	1.89
986708--986851	76	1.9	78	85	7	204	35	14	17	32	1.90
986829--986873	23	2.0	23	95	0	81	40	17	20	22	1.92
986862--986907	20	2.3	20	92	0	74	28	23	21	26	1.99
986870--986911	20	2.1	20	100	0	84	26	19	26	28	1.98
996306--996390	42	2.0	42	86	2	118	31	20	20	28	1.97
996454--997131	277	2.5	275	88	2	968	35	18	16	30	1.92
997019--997523	109	4.6	109	81	7	522	42	17	9	30	1.82
997018--997523	59	9.1	58	78	14	451	42	17	9	30	1.82
1005397--1005439	20	2.2	19	83	4	50	53	4	4	37	1.43
1007245--1007282	13	2.9	14	80	15	53	50	5	10	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007346--1007389	22	2.0	23	86	8	65	61	2	4	31	1.28
1010321--1010411	15	6.0	15	73	18	57	47	7	2	42	1.44
1010382--1010467	33	2.6	32	78	9	84	45	2	4	47	1.36
1010551--1010589	7	5.6	7	81	0	51	51	33	0	15	1.44
1011313--1011367	17	3.2	17	84	5	74	14	23	27	34	1.94
1011318--1011377	18	3.4	18	83	2	68	15	26	25	33	1.95
1011383--1011423	18	2.3	18	91	0	73	14	46	21	17	1.84
1012896--1012969	37	2.1	36	87	5	105	40	8	10	40	1.70
1013106--1013153	21	2.3	21	81	0	60	47	25	2	25	1.62
1013258--1013316	2	29.0	2	74	16	50	47	3	5	44	1.42
1013244--1013348	20	5.0	21	80	14	119	44	5	5	43	1.51
1013258--1013324	24	2.8	24	84	6	75	46	5	4	43	1.48
1013279--1013345	24	3.0	24	82	10	79	43	5	4	46	1.48
1013392--1013428	19	1.9	19	88	0	56	43	5	5	45	1.49
1013501--1013588	22	4.1	21	75	21	85	50	0	1	48	1.08
1013468--1013588	34	3.7	33	75	18	94	47	0	2	48	1.20
1013522--1013596	28	2.6	29	85	10	93	50	0	1	48	1.09
1013512--1013605	13	7.3	12	75	17	66	52	0	1	46	1.07
1014325--1014428	29	3.6	29	80	3	102	47	40	4	7	1.53
1014325--1014484	6	26.7	6	70	5	90	46	41	4	7	1.52
1014425--1014469	13	3.5	13	78	6	56	53	37	2	6	1.40
1014738--1014770	17	1.9	17	93	0	57	12	6	18	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1016700--1016746	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
1016698--1016747	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
1017016--1017053	16	2.4	16	90	0	58	34	15	28	21	1.94
1020753--1020791	15	2.6	15	100	0	78	33	25	20	20	1.97
1020753--1020821	15	4.9	14	85	8	63	28	26	21	23	1.99
1020820--1020946	30	4.0	30	80	13	146	23	29	18	28	1.97
1020865--1020946	17	5.3	17	64	21	54	23	30	19	26	1.98
1021699--1021781	24	3.5	24	81	0	94	49	14	14	21	1.79
1021704--1021781	12	6.5	12	75	5	77	48	15	15	20	1.81
1023926--1024011	24	3.6	24	83	0	91	51	15	11	22	1.75
1023965--1024010	12	3.8	12	76	0	56	56	13	15	15	1.68
1025433--1025516	24	3.6	24	79	3	82	51	16	10	21	1.75
1027655--1027740	24	3.6	24	87	0	109	51	18	10	19	1.75
1027688--1027739	12	4.3	12	85	0	68	53	17	15	13	1.72
1030005--1030062	14	4.1	14	80	8	64	24	22	27	25	2.00
1030021--1030066	14	3.2	14	84	6	65	19	19	30	30	1.97
1047417--1047883	135	3.5	134	80	6	518	33	18	19	29	1.95
1047417--1047883	134	3.5	133	82	3	537	33	18	19	29	1.95
1048580--1049007	45	10.0	45	78	6	269	41	18	15	23	1.89
1048854--1049457	38	15.8	38	84	4	770	39	17	18	25	1.92
1049006--1049086	42	1.9	42	82	5	101	39	14	18	27	1.90
1051373--1051457	7	11.9	7	74	9	73	3	17	0	78	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051373--1051456	22	4.0	20	76	17	73	3	17	0	78	0.89
1051370--1051459	28	3.2	28	83	14	114	3	17	0	78	0.88
1051371--1051483	37	3.0	37	79	8	97	4	19	0	76	0.96
1057549--1057711	84	1.9	84	87	4	240	33	20	15	30	1.94
1060670--1060714	16	2.8	16	100	0	90	31	20	17	31	1.96
1068252--1068330	41	1.9	42	82	7	99	29	21	20	29	1.98
1068215--1069327	237	4.7	235	81	7	1136	31	16	18	33	1.93
1068452--1068564	42	2.7	41	79	8	122	26	22	19	31	1.97
1068924--1069031	42	2.6	42	76	5	103	25	21	19	34	1.96
1068236--1069327	466	2.3	465	84	4	1415	31	15	18	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6