genome.fa.s1709.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003435_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1326839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119413--119469	21	2.7	20	80	17	62	49	0	1	49	1.11
119431--119613	15	11.5	15	70	20	90	49	2	3	44	1.33
119595--119636	22	2.0	21	90	9	68	50	9	4	35	1.56
119723--119825	20	5.1	19	70	25	61	42	7	7	41	1.62
119814--119884	37	1.9	37	88	5	108	39	11	8	40	1.71
119902--119947	7	6.6	7	84	0	56	17	0	32	50	1.47
119902--119941	21	1.9	21	89	0	62	20	0	30	50	1.49
120333--120490	82	1.9	81	92	1	262	43	5	2	49	1.38
120468--120668	13	14.1	14	67	22	91	43	3	4	47	1.43
120458--120499	15	2.6	16	81	11	50	38	7	4	50	1.51
120469--120663	28	6.9	27	68	21	93	43	4	5	47	1.44
120335--120523	82	2.3	82	86	4	249	43	5	3	48	1.41
120623--120705	11	7.4	11	75	15	71	45	1	1	51	1.16
120624--120678	18	3.1	18	74	10	58	47	0	1	50	1.11
120488--120674	100	1.9	98	92	4	315	44	3	4	47	1.40
125188--125267	24	3.3	24	79	6	74	23	15	12	48	1.78
129879--129996	12	9.8	12	73	14	100	15	16	18	50	1.79
129883--129998	7	19.3	6	68	28	70	15	15	18	50	1.78
129883--129998	24	4.8	24	93	0	187	15	15	18	50	1.78
129863--129998	48	2.8	47	81	4	173	17	16	16	49	1.80
131580--131629	12	4.0	12	76	19	57	16	2	4	78	1.00
139538--139599	31	2.1	29	85	11	81	41	4	1	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139665--139729	29	2.2	29	83	0	76	50	3	3	43	1.33
139693--139742	23	2.2	23	89	3	75	50	0	4	46	1.20
141999--142057	31	1.9	31	86	6	84	25	10	18	45	1.81
142027--142133	40	2.6	41	80	4	119	26	14	17	41	1.89
142227--142406	28	5.9	28	75	16	171	32	43	3	20	1.69
142198--142367	35	5.1	35	83	9	219	32	44	4	18	1.69
142198--142405	63	3.3	63	80	9	244	32	43	3	20	1.70
142198--142395	98	2.0	98	90	0	306	33	43	3	19	1.68
145976--146319	43	8.2	42	75	9	265	25	22	19	33	1.97
145982--146216	122	1.9	120	82	5	294	25	20	18	36	1.95
146024--146174	80	1.9	78	81	5	178	25	19	17	37	1.94
146415--146453	21	2.0	21	85	10	55	48	23	12	15	1.79
148141--148174	9	3.8	9	92	7	52	2	0	5	91	0.51
148107--148173	17	3.9	17	75	7	57	7	1	7	83	0.87
150695--150756	31	2.1	29	85	11	81	41	4	1	51	1.33
150850--150899	23	2.2	23	89	3	75	50	0	4	46	1.20
154388--154434	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
154447--154537	45	2.0	46	93	2	157	26	19	26	27	1.99
154557--154594	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
159940--160005	12	5.6	12	83	3	71	13	13	46	25	1.80
160005--160061	24	2.3	25	77	17	66	43	0	0	56	0.99
160092--160128	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160179--160203	6	4.2	6	100	0	50	0	64	16	20	1.30
161689--161728	21	1.9	21	90	10	64	30	7	7	55	1.56
163732--163813	8	9.6	8	69	19	51	26	23	24	25	2.00
163731--163794	24	2.6	25	92	5	103	28	25	23	23	2.00
163841--163878	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
165573--165634	30	2.1	30	85	11	83	40	4	1	53	1.32
165697--165764	29	2.3	29	84	0	82	52	4	2	39	1.36
165734--165778	23	2.0	23	90	0	72	48	2	4	44	1.35
166973--167018	20	2.3	20	88	0	74	23	2	26	47	1.63
168071--168175	36	2.9	36	94	0	183	34	20	24	20	1.96
168385--168430	20	2.3	20	88	0	74	23	2	26	47	1.63
171218--171359	74	1.9	74	89	0	221	32	18	7	41	1.79
173865--173915	26	2.0	26	84	0	66	31	21	21	25	1.98
175026--175062	14	2.6	14	95	0	65	27	35	24	13	1.93
175596--175761	74	2.2	74	85	1	215	31	19	9	40	1.82
184796--184850	28	2.0	28	96	0	101	30	25	7	36	1.83
185240--185448	46	4.8	46	82	10	269	32	22	5	39	1.77
192953--192986	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
194159--194228	12	5.8	12	76	6	70	15	15	18	50	1.79
194159--194230	24	3.0	24	89	0	117	16	15	18	50	1.79
194122--194230	48	2.3	49	84	6	134	19	16	16	47	1.83
197994--198027	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199200--199259	12	5.0	12	78	8	68	16	16	18	48	1.82
199163--199266	48	2.2	48	82	6	122	18	16	16	49	1.81
199200--199271	24	3.0	24	87	0	108	18	13	18	50	1.79
203117--203166	25	2.0	25	96	0	91	24	20	18	38	1.93
207689--207738	25	2.0	25	92	0	82	22	18	22	38	1.94
215155--215195	19	2.2	19	87	12	59	36	9	2	51	1.48
218416--218458	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
221907--221962	22	2.7	20	80	5	58	33	16	21	28	1.95
221830--222028	95	2.1	94	87	2	283	33	17	24	25	1.96
222426--222709	45	6.3	45	89	1	419	40	8	19	31	1.82
225246--225278	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
225575--225622	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
229386--229475	19	4.5	19	77	17	85	35	25	17	21	1.95
229309--229495	20	9.4	20	73	16	124	38	24	18	18	1.93
229386--229495	39	2.8	39	91	5	168	35	25	19	20	1.95
230434--230621	20	9.4	20	70	17	122	20	20	21	37	1.95
230434--230581	39	3.7	39	93	2	242	20	20	23	35	1.96
230454--230521	19	3.5	19	77	18	86	20	19	25	35	1.96
233943--234027	31	2.7	31	79	1	98	29	31	24	14	1.94
243844--243882	18	2.2	18	86	9	53	20	10	0	69	1.17
247574--248755	201	5.8	200	81	6	1367	31	15	14	38	1.88
248297--248331	15	2.3	15	100	0	70	14	8	31	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248297--248338	15	2.7	15	92	3	57	14	9	26	50	1.73
247896--248732	416	2.0	416	87	0	1190	30	15	15	38	1.88
247574--248755	617	1.9	602	87	3	1706	31	15	14	38	1.88
249134--249183	19	2.5	20	87	9	68	60	10	2	28	1.40
250727--250766	18	2.2	18	95	0	71	7	35	2	55	1.42
251121--251153	15	2.2	15	94	0	57	12	63	3	21	1.41
253491--254151	182	3.6	180	83	6	796	27	16	13	43	1.85
255273--255467	42	4.6	43	77	6	164	34	17	20	27	1.95
264327--264401	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
264695--264776	15	5.5	15	85	2	112	36	7	19	36	1.80
264695--264776	30	2.8	29	90	5	128	36	7	19	36	1.80
264759--264808	20	2.5	20	100	0	100	40	10	16	34	1.81
265075--265106	17	1.9	17	93	6	57	46	0	3	50	1.17
265121--265184	26	2.5	24	83	16	76	51	1	1	45	1.20
265124--265272	54	2.7	53	71	21	128	52	1	0	45	1.14
265189--265234	18	2.6	19	83	10	53	43	2	0	54	1.12
265200--265253	14	3.4	16	72	20	51	50	0	0	50	1.00
265233--265286	19	2.6	21	80	11	58	53	0	0	46	1.00
265475--265594	42	2.9	42	94	0	213	45	18	20	16	1.86
269737--269880	37	3.9	37	86	4	202	46	19	17	16	1.84
270049--270136	22	3.9	21	72	24	72	43	1	0	55	1.07
282221--282277	21	2.7	21	97	2	105	22	31	31	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285030--285102	36	2.0	36	86	5	103	30	17	8	43	1.78
285060--285105	24	1.9	24	86	0	65	28	15	8	47	1.74
301543--301572	15	2.0	15	93	0	51	63	13	3	20	1.43
304414--304443	15	2.0	15	93	0	51	63	13	3	20	1.43
304616--304671	21	2.8	20	76	10	60	73	3	3	19	1.13
304612--304671	20	3.1	19	79	13	68	73	3	3	20	1.12
308996--309055	20	3.0	20	95	2	102	20	33	16	30	1.94
314527--314611	32	2.7	30	78	10	89	10	28	32	28	1.90
316476--316545	27	2.6	27	100	0	140	35	11	18	34	1.87
317085--317165	35	2.3	35	86	0	117	41	22	18	17	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8