genome.fa.s1709.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003435_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1326839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254--320	21	3.2	20	79	8	71	58	1	1	38	1.17
1857--1895	14	2.7	14	92	4	60	0	23	2	74	0.94
2383--2477	3	32.0	3	93	2	165	65	0	2	32	1.05
3296--3343	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
3498--3528	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
5278--5392	39	2.9	39	80	10	153	21	23	11	43	1.85
5320--5458	65	2.1	65	90	0	215	21	28	9	41	1.84
5359--5416	26	2.2	26	100	0	116	18	34	6	39	1.78
5385--5485	39	2.6	39	95	0	175	21	28	10	38	1.87
5281--5485	104	2.0	104	90	0	320	21	26	10	41	1.86
5936--5981	19	2.3	20	88	3	67	58	2	0	39	1.10
8272--8296	6	4.2	6	100	0	50	32	68	0	0	0.90
12617--12668	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
12657--12710	20	2.7	20	97	0	99	31	24	18	25	1.97
12654--12770	61	1.9	61	82	0	144	34	23	17	24	1.96
12733--12771	20	2.0	20	94	0	69	23	28	17	30	1.97
13327--13368	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
13364--13529	20	9.1	19	73	16	127	12	21	22	43	1.85
13417--13504	33	2.6	33	90	1	131	11	23	25	39	1.88
15585--15651	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
15558--15651	42	2.2	42	81	7	102	22	35	21	21	1.96
17008--17044	14	2.6	14	88	12	58	29	0	21	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17161--17208	20	2.5	19	86	6	69	54	16	14	14	1.72
17151--17213	19	3.3	19	82	4	72	46	19	15	19	1.85
17212--17372	33	4.9	31	87	6	205	16	21	20	40	1.91
17206--17372	66	2.5	64	84	7	228	17	21	19	40	1.91
19858--19904	24	2.0	24	91	0	76	36	21	17	25	1.94
19860--19911	24	2.2	24	85	0	68	38	23	17	21	1.93
20966--21026	20	3.0	20	100	0	122	34	26	24	14	1.94
21046--21119	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
21042--21109	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
21226--21262	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
23127--23169	20	2.2	20	86	0	59	37	23	23	16	1.94
23179--23236	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
23163--23241	32	2.4	33	93	2	133	48	24	17	10	1.78
23270--23327	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
23257--23343	32	2.7	33	92	3	149	13	18	20	47	1.83
23328--23382	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
23858--23902	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
25204--25242	20	2.0	20	89	0	60	48	17	15	17	1.81
25715--25787	20	3.7	20	88	0	110	26	17	28	27	1.98
27331--27375	19	2.3	20	88	3	65	75	8	0	15	1.03
27331--27375	10	4.6	10	88	5	74	75	8	0	15	1.03
29244--29287	22	1.9	24	86	9	65	54	6	9	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35157--35186	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
42529--42628	50	2.0	50	96	0	182	26	9	33	32	1.87
58711--58769	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
62760--62818	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
63282--63338	29	2.0	29	86	6	80	49	8	1	40	1.44
63302--63345	20	2.3	19	80	4	52	56	6	0	36	1.26
63828--63869	20	2.1	20	100	0	84	23	0	38	38	1.55
63831--63877	20	2.3	20	92	0	76	27	0	36	36	1.57
74030--74056	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
77011--77068	30	1.9	30	86	13	84	75	6	0	17	1.01
77026--77061	17	2.1	17	100	0	72	77	5	0	16	0.94
77117--77390	38	7.4	36	75	13	204	45	6	4	43	1.49
77127--77390	75	3.6	74	82	10	256	44	6	4	44	1.49
77433--77464	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78175--78243	29	2.4	29	90	2	104	39	10	11	39	1.75
78297--78374	37	2.1	36	88	2	111	39	11	20	28	1.87
78384--78659	36	7.7	36	88	0	356	39	11	22	26	1.88
78299--78474	96	1.8	97	91	1	291	39	12	21	26	1.89
78400--78659	107	2.4	108	85	1	360	39	11	22	26	1.89
78592--78661	21	3.6	21	65	21	62	47	12	17	22	1.81
78400--78667	143	1.9	143	89	0	419	39	12	22	26	1.89
78672--79628	84	11.6	84	80	5	1013	24	20	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78705--79627	165	5.6	165	86	3	1096	25	21	24	29	1.99
78680--79627	249	3.8	246	86	5	1144	25	21	24	29	1.99
80593--80816	95	2.5	89	81	13	257	32	20	19	27	1.97
80653--80833	95	1.9	96	94	1	319	30	19	18	30	1.96
85993--86043	12	4.2	12	80	12	59	74	5	1	17	1.11
86092--86333	37	6.7	36	78	10	210	45	7	3	43	1.50
86102--86333	75	3.2	74	82	10	246	44	7	3	44	1.50
86150--86398	75	3.4	73	80	11	215	44	7	3	44	1.49
86388--86442	2	28.0	2	77	3	58	43	3	5	47	1.44
86388--86442	12	4.5	12	86	2	74	43	3	5	47	1.44
88928--90517	4	398.2	4	99	0	3159	50	25	0	24	1.50
91455--92304	426	2.0	426	92	1	1400	27	29	15	27	1.96
94293--94346	24	2.3	23	93	3	90	33	24	25	16	1.96
94294--94369	23	3.3	23	87	5	91	31	23	26	18	1.97
94305--94427	23	5.3	23	82	2	113	31	21	26	21	1.98
94504--94612	14	7.4	14	69	13	58	40	19	8	32	1.81
94504--94645	44	3.2	44	78	2	140	38	21	8	30	1.83
102101--102429	20	16.2	20	75	7	207	37	22	19	20	1.94
102101--102429	40	8.1	40	78	8	265	37	22	19	20	1.94
102139--102392	121	2.1	122	86	1	348	36	23	19	20	1.95
102182--102433	121	2.1	121	81	3	301	38	21	19	21	1.94
102530--102586	22	2.6	22	97	2	107	26	38	8	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105851--105927	33	2.3	34	86	2	102	44	20	22	12	1.86
105881--105907	14	1.9	14	100	0	54	44	22	22	11	1.84
105957--106157	33	5.9	33	75	11	181	43	17	22	15	1.87
105865--106161	19	16.7	19	69	18	149	43	18	21	16	1.87
105832--106124	158	1.8	158	88	2	444	43	19	21	15	1.88
106174--106242	33	2.1	33	88	0	102	10	18	21	49	1.77
106353--106389	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
108215--108285	19	3.6	19	86	3	97	45	23	21	9	1.82
108290--108383	19	4.8	20	79	6	102	12	17	25	44	1.84
108431--108713	94	3.1	93	89	4	437	46	18	12	21	1.82
110398--110511	20	5.8	19	77	8	122	50	17	19	13	1.78
110528--110599	21	3.5	21	82	3	101	12	20	19	47	1.82
111136--111247	41	2.7	41	90	1	161	16	20	25	36	1.94
111177--111431	40	6.3	39	71	14	133	18	18	24	38	1.93
111136--111366	20	11.2	20	73	10	83	19	18	24	38	1.93
111379--111431	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
111136--111427	143	2.0	143	83	6	360	18	18	24	38	1.93
111483--111534	20	2.6	20	78	6	61	13	17	34	34	1.89
111815--111981	60	2.8	59	79	5	176	31	23	5	39	1.77
112170--112259	46	2.0	46	86	0	126	46	6	15	31	1.72
114569--114623	16	3.4	16	84	0	74	21	25	12	40	1.89
114800--114858	23	2.4	25	86	8	77	55	0	3	40	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114881--114927	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
114880--114929	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
115482--115525	17	2.6	17	77	0	52	45	27	25	2	1.65
118040--118251	102	2.1	102	97	0	397	50	19	9	20	1.75
118540--118778	6	40.3	6	67	4	108	9	3	41	45	1.52
118600--118646	11	4.2	11	74	15	51	6	12	40	40	1.69
118552--118656	23	4.5	23	77	10	72	8	5	42	42	1.59
118650--118755	41	2.5	40	77	7	104	10	1	42	45	1.49
119398--119482	28	3.2	26	77	20	88	48	1	1	49	1.16
119432--119509	7	10.9	7	73	17	54	47	0	2	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8