genome.fa.s1711.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003454_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4148933

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7053--7086	16	2.2	16	89	5	52	0	2	8	88	0.62
7035--7072	11	3.4	11	88	3	58	2	2	15	78	0.97
11907--11958	26	2.0	26	96	0	95	42	15	17	25	1.88
23529--23571	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
25802--25855	23	2.3	24	87	3	83	62	11	16	9	1.52
25802--25861	24	2.6	23	81	7	77	63	10	18	8	1.50
32371--32474	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
38046--38149	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
43723--43826	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
45309--45360	24	2.2	24	82	6	61	34	19	11	34	1.88
48184--48216	12	2.8	12	100	0	66	36	9	33	21	1.85
51097--51143	24	2.0	24	82	0	58	27	23	17	31	1.96
52558--52595	14	2.6	15	79	8	51	2	15	5	76	1.08
52620--52661	6	6.7	6	86	8	57	0	16	2	80	0.81
52620--52661	13	3.3	12	83	9	57	0	16	2	80	0.81
53433--53475	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
56094--56145	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
56853--56904	21	2.5	20	79	17	54	76	3	17	1	1.02
56862--56915	27	2.1	26	83	13	67	75	5	16	1	1.07
56851--56909	19	3.2	17	81	13	64	77	3	16	1	0.98
60135--60186	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
62810--62839	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70432--70461	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
77404--77458	24	2.3	24	70	14	60	7	14	10	67	1.41
80815--80845	12	2.6	12	100	0	62	6	9	6	77	1.12
83412--83479	24	2.9	24	88	2	102	10	10	17	61	1.55
88493--88525	15	2.2	15	100	0	66	33	24	15	27	1.95
91128--91167	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
91578--91629	19	2.6	21	87	6	72	46	3	13	36	1.62
92616--92654	20	2.0	19	85	5	51	41	10	17	30	1.83
93626--93683	8	7.2	8	78	18	59	1	18	3	75	1.03
93620--93685	16	3.7	18	71	20	59	1	18	3	77	0.98
93620--93685	26	2.5	27	79	16	84	1	18	3	77	0.98
93637--93678	18	2.4	18	88	11	61	2	16	4	76	1.07
93940--93984	17	2.6	19	83	16	55	64	0	17	17	1.29
95248--95290	15	2.8	16	82	3	52	58	4	4	32	1.39
111842--111867	10	2.6	10	100	0	52	7	11	0	80	0.89
112745--112846	36	2.9	36	92	1	161	29	3	35	31	1.76
116136--116188	19	2.6	20	85	8	63	41	5	15	37	1.70
117098--117157	30	2.0	31	83	3	77	56	8	8	26	1.57
120394--120446	19	2.6	20	85	8	63	41	5	15	37	1.70
121356--121415	30	2.0	31	83	3	77	55	10	8	26	1.61
122976--123019	17	2.5	19	85	10	58	0	13	6	79	0.92
122974--123020	19	2.6	18	77	12	51	0	14	6	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122974--123026	18	2.9	18	78	18	56	0	13	9	77	0.99
123366--123428	13	5.1	13	76	18	55	28	3	38	30	1.73
123371--123454	36	2.3	36	97	0	159	28	4	36	29	1.78
134140--134225	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
134122--134226	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
137298--137347	13	4.2	12	76	19	50	36	36	0	28	1.58
137295--137411	36	3.2	36	83	0	153	30	36	3	29	1.74
138882--138932	25	2.1	25	88	3	77	58	13	13	13	1.63
148673--148717	21	2.3	19	84	7	54	0	13	6	80	0.91
149090--149157	35	1.9	36	90	3	111	30	2	35	30	1.73
161690--161749	28	2.1	28	81	6	66	8	11	15	65	1.47
167006--167048	13	3.5	13	75	18	56	37	27	16	18	1.92
167005--167055	23	2.2	23	100	0	102	33	25	17	23	1.96
170354--170408	24	2.3	24	84	3	76	60	14	12	12	1.60
172152--172237	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
172134--172238	36	2.9	36	92	1	167	30	4	34	30	1.78
177418--177447	12	2.5	12	100	0	60	6	10	0	83	0.81
177842--177893	22	2.3	23	93	3	88	28	3	34	32	1.76
177844--177923	36	2.2	38	78	17	98	31	5	32	31	1.79
177862--177933	36	2.0	36	97	0	135	29	5	34	30	1.80
179794--179844	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
186534--186584	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204529--204597	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
206954--207013	30	2.0	31	83	3	77	28	6	10	55	1.58
207663--207713	19	2.6	20	80	20	63	66	0	9	23	1.21
208126--208168	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
209454--209498	17	2.6	17	83	13	56	80	6	13	0	0.91
214664--214779	36	3.2	36	88	0	169	30	37	3	28	1.74
217721--217772	13	3.9	13	85	11	70	1	19	0	78	0.84
218027--218077	19	2.6	20	80	20	63	66	0	9	23	1.21
218027--218085	19	3.1	18	71	26	50	66	0	11	22	1.24
218490--218532	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
219429--219488	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
219937--220005	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
225144--225212	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
235271--235335	26	2.5	26	97	0	121	41	0	32	26	1.56
235602--235645	6	7.2	6	82	12	54	4	15	0	79	0.89
235998--236068	35	2.0	37	91	5	119	32	4	32	30	1.77
236738--236775	20	2.0	20	85	10	53	21	26	13	39	1.89
237375--237403	12	2.3	13	94	5	51	6	20	0	72	1.07
244341--244417	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
247551--247630	35	2.2	37	86	4	110	28	3	37	30	1.75
251195--251236	6	7.2	6	81	13	52	2	14	0	83	0.75
251195--251237	12	3.7	11	87	9	59	2	13	0	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251197--251228	17	1.9	17	93	6	57	3	9	0	87	0.64
251196--251246	23	2.2	23	82	6	59	1	13	3	80	0.94
251623--251702	35	2.2	37	86	4	110	28	2	38	30	1.70
253295--253349	21	2.5	23	82	14	71	52	16	14	16	1.75
254549--254591	11	3.8	11	84	3	59	74	0	9	16	1.06
258373--258423	19	2.6	20	87	3	68	43	5	13	37	1.69
259386--259645	127	2.0	127	100	0	520	43	8	17	30	1.78
260009--260119	35	3.2	35	87	2	152	32	3	36	27	1.74
260702--260742	19	2.2	19	100	0	82	9	24	21	43	1.83
262138--262169	9	3.7	9	95	4	57	81	0	18	0	0.70
264250--264335	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
264232--264336	36	2.9	36	94	1	176	29	4	36	29	1.78
271310--271360	19	2.6	20	93	3	86	33	13	5	47	1.67
271764--271874	35	3.2	35	81	2	134	33	2	34	29	1.72
276063--276173	35	3.2	35	85	2	143	33	3	36	27	1.74
278115--278155	6	6.8	6	89	10	66	85	2	12	0	0.70
279525--279564	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
283761--283800	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
296924--296964	19	2.1	20	90	4	66	39	12	4	43	1.63
296924--296973	20	2.6	19	90	3	73	38	12	4	46	1.60
301268--301372	36	2.9	36	92	1	176	31	36	3	28	1.75
301271--301355	11	7.2	11	74	22	75	32	36	2	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304971--305075	36	2.9	36	92	1	176	30	35	4	29	1.78
311645--311729	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
311642--311746	36	2.9	36	95	1	185	30	36	4	28	1.78
315701--315771	36	2.0	36	97	0	133	30	38	4	26	1.76
315738--315791	22	2.4	23	87	3	74	33	37	3	25	1.74
317803--317871	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
326000--326091	33	2.7	34	87	12	136	30	36	5	27	1.79
326024--326082	13	4.8	13	76	16	54	33	35	3	27	1.74
326000--326101	35	2.9	35	87	11	140	30	36	4	28	1.78
329940--329982	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13