genome.fa.s1711.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003454_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4148933

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208208--2208282	20	3.7	19	71	16	62	32	13	26	28	1.94
2208208--2208279	22	3.5	20	82	15	78	31	13	26	27	1.94
2208136--2208358	95	2.4	95	80	8	233	34	15	21	29	1.94
2208689--2208855	59	2.9	58	79	5	183	31	11	21	35	1.90
2209182--2209575	68	5.8	68	89	0	608	33	14	22	29	1.94
2209278--2209382	32	3.2	32	67	24	81	30	14	21	33	1.93
2209525--2209979	81	5.7	80	82	7	525	35	13	23	26	1.93
2209541--2209979	158	2.8	160	84	5	586	36	13	23	26	1.92
2212438--2212483	12	3.9	12	80	11	51	23	13	2	60	1.43
2215967--2216010	19	2.3	20	84	7	65	13	15	0	70	1.17
2217124--2217172	23	2.1	23	92	0	80	20	16	28	34	1.94
2218803--2218959	54	2.9	53	80	9	185	28	16	19	35	1.93
2223612--2223646	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2224915--2224961	10	5.5	8	82	14	51	25	25	34	14	1.94
2224933--2224961	15	1.9	15	100	0	58	24	27	34	13	1.93
2224954--2225006	18	2.9	18	91	0	88	16	18	47	16	1.83
2228759--2228793	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2230060--2230106	10	5.5	8	82	14	51	25	25	34	14	1.94
2230078--2230106	15	1.9	15	100	0	58	24	27	34	13	1.93
2230099--2230151	18	2.9	18	88	0	79	16	18	45	18	1.86
2233827--2233861	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2235167--2235219	18	2.9	18	94	0	88	13	16	50	18	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237360--2237891	54	9.9	54	85	2	631	30	17	18	33	1.94
2241758--2241787	14	2.2	13	94	5	51	70	3	6	20	1.25
2255758--2255813	22	2.5	22	100	0	112	19	30	21	28	1.98
2257380--2257425	23	2.0	22	88	12	67	52	0	0	47	1.00
2269320--2269362	19	2.3	18	80	7	59	37	0	0	62	0.95
2269636--2269710	23	3.2	23	81	10	73	46	8	1	44	1.41
2269630--2269709	24	3.3	24	81	8	83	48	7	1	42	1.39
2271553--2271689	73	1.9	74	84	4	188	33	16	19	30	1.94
2272091--2272243	59	2.6	57	79	5	155	32	10	19	37	1.86
2272565--2273209	68	9.5	68	92	0	977	33	12	22	31	1.91
2273195--2273633	81	5.4	81	85	1	569	36	12	24	26	1.91
2273695--2273727	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
2276327--2276373	23	2.0	24	84	12	62	17	0	34	48	1.47
2281474--2281510	19	1.9	19	100	0	74	18	10	5	64	1.43
2282075--2282149	20	3.7	19	71	16	62	32	13	26	28	1.94
2282075--2282146	22	3.5	20	82	15	78	31	13	26	27	1.94
2282017--2282206	95	2.0	95	80	8	217	34	15	21	28	1.94
2282055--2282243	95	2.0	95	79	8	206	33	14	22	29	1.94
2283138--2283261	47	2.7	46	84	6	146	30	22	7	39	1.81
2289462--2289588	47	2.8	45	85	5	166	29	22	7	40	1.82
2291101--2291261	59	2.8	58	78	4	162	34	10	19	36	1.86
2291589--2291982	68	5.8	68	89	0	599	33	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291948--2292385	81	5.5	81	82	4	536	36	13	23	26	1.92
2291948--2292380	157	2.7	160	85	4	572	36	13	24	26	1.92
2293489--2293551	20	3.2	20	77	6	67	25	14	30	30	1.95
2294786--2294832	12	4.1	11	86	5	58	23	12	2	61	1.42
2294780--2294848	23	3.1	23	79	8	63	20	11	2	65	1.38
2298324--2298366	18	2.3	20	80	11	56	13	13	0	72	1.13
2299387--2299431	24	1.9	23	81	4	54	62	6	4	26	1.39
2299484--2299527	23	1.9	23	95	0	79	20	18	27	34	1.96
2301130--2301685	54	10.3	54	83	0	639	29	17	18	34	1.94
2301155--2301685	108	4.9	108	88	0	731	29	16	18	35	1.93
2307150--2307681	54	9.9	54	89	1	737	28	18	20	32	1.96
2307150--2307681	108	4.9	108	90	0	814	28	18	20	32	1.96
2312112--2312141	14	2.2	13	94	5	51	70	3	6	20	1.25
2349648--2349686	17	2.3	17	86	8	53	2	12	0	84	0.72
2365822--2366008	102	1.9	100	87	2	275	59	13	10	17	1.61
2365935--2366008	22	3.1	22	68	20	58	59	13	9	17	1.60
2365914--2365997	28	3.2	28	69	20	81	59	13	9	17	1.60
2365926--2366008	25	3.3	25	70	20	73	61	12	9	16	1.56
2365822--2366008	51	3.7	50	86	2	248	59	13	10	17	1.61
2366462--2366495	16	2.1	16	88	0	50	2	17	0	79	0.86
2367074--2367129	26	2.2	26	81	12	62	19	19	3	57	1.56
2370091--2370797	226	3.0	223	83	7	815	44	14	15	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370317--2370819	247	2.0	247	88	2	742	44	15	14	25	1.84
2372695--2372727	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2372655--2373183	278	1.9	273	86	4	740	41	13	10	34	1.78
2373130--2374772	226	7.3	226	88	0	2257	32	16	14	36	1.89
2374609--2374888	118	2.4	118	87	1	391	29	16	13	40	1.87
2373135--2374991	903	2.1	898	84	4	2419	32	16	13	37	1.88
2373130--2375002	452	4.1	445	82	4	1935	32	16	13	37	1.88
2375860--2375917	30	1.9	31	89	3	91	25	3	37	32	1.73
2379471--2379504	16	2.1	16	88	0	50	5	17	29	47	1.71
2381103--2381162	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2381651--2381714	19	3.4	19	70	8	58	56	1	20	21	1.51
2381642--2381714	38	1.9	38	91	0	119	52	4	21	21	1.64
2382890--2382938	22	2.2	22	82	7	55	65	6	24	4	1.33
2385898--2386023	45	2.7	47	78	6	150	29	6	23	41	1.79
2388346--2388457	25	4.5	26	82	5	124	33	20	1	43	1.62
2388350--2388454	51	2.1	50	82	5	122	31	20	1	46	1.61
2402076--2402205	45	3.0	44	86	3	172	24	22	12	40	1.88
2403297--2403392	47	2.0	47	95	0	174	36	10	18	34	1.85
2404494--2404533	20	2.0	21	90	5	64	27	7	5	60	1.45
2415128--2415232	44	2.4	44	91	1	167	24	21	12	40	1.88
2415128--2415245	44	2.7	44	89	1	157	23	21	11	43	1.85
2416891--2417235	171	2.0	173	98	1	676	39	12	15	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419100--2419131	16	2.0	16	93	0	55	40	21	0	37	1.54
2424502--2424531	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2428577--2428606	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2436036--2436065	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2439269--2439298	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2446470--2446499	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2454959--2455067	44	2.5	44	95	1	193	24	25	11	37	1.90
2458908--2458938	16	1.9	16	93	0	53	38	22	0	38	1.54
2464536--2464565	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2471238--2471267	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2479218--2479247	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2483291--2483320	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2487275--2487304	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2491924--2492023	49	2.0	50	98	1	193	42	16	2	40	1.59
2495126--2495155	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2497733--2499033	650	2.0	651	97	2	2474	33	16	11	37	1.86
2503350--2503379	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2512557--2512586	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2518569--2518821	124	2.0	127	97	2	485	47	8	11	32	1.69
2521264--2521351	26	3.2	26	63	21	61	46	19	1	32	1.57
2521244--2521359	58	2.0	59	98	1	225	45	18	1	33	1.60
2521263--2521350	29	3.1	27	67	17	79	47	19	1	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521274--2521368	29	3.4	27	68	18	77	43	18	2	35	1.63
2523235--2524266	519	2.0	512	96	3	1910	35	16	10	37	1.84
2524570--2524638	34	2.0	35	91	5	113	39	15	10	34	1.82
2526967--2526996	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2556054--2556083	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2558097--2558126	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2560135--2560164	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2562128--2562157	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
2568166--2568195	14	2.1	14	93	0	51	43	16	16	23	1.87
2576448--2576477	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13