genome.fa.s1711.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003454_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4148933

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1929933--1930185	81	3.1	81	83	2	319	36	11	23	28	1.90
1929934--1930252	162	2.0	162	81	3	383	38	11	23	26	1.88
1933573--1933698	47	2.8	45	88	5	182	38	7	22	31	1.83
1940416--1940533	47	2.6	44	83	7	146	39	8	19	32	1.82
1944172--1944218	20	2.3	20	100	0	94	36	17	31	14	1.90
1944261--1944331	20	3.5	20	79	9	72	30	15	25	28	1.96
1944261--1944331	22	3.5	19	78	12	70	30	15	25	28	1.96
1944645--1944844	59	3.4	59	91	5	332	37	12	18	32	1.87
1944640--1944998	132	2.9	118	78	14	400	37	12	17	32	1.87
1944832--1944861	14	2.1	14	100	0	60	50	0	13	36	1.42
1944777--1944917	73	1.9	73	89	2	221	39	9	17	34	1.82
1944850--1945002	59	2.6	59	85	2	200	37	13	16	32	1.88
1944718--1945107	132	3.0	127	82	6	406	37	12	18	32	1.88
1944655--1944998	191	1.8	191	86	5	507	37	12	17	32	1.87
1944986--1945018	16	2.1	16	100	0	66	24	12	18	45	1.83
1944933--1945077	75	1.9	75	92	0	245	34	14	19	31	1.92
1945002--1945129	58	2.2	59	94	1	222	35	12	19	32	1.89
1945431--1945743	81	3.9	81	73	4	238	38	13	21	25	1.90
1949056--1949169	57	2.0	57	94	3	203	35	7	22	34	1.84
1949802--1949853	20	2.7	19	77	16	54	32	13	30	23	1.93
1950278--1950679	59	6.8	59	91	1	601	33	13	19	33	1.90
1951977--1952006	14	2.1	15	93	6	53	26	6	20	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952448--1952530	44	1.9	43	87	7	123	13	24	28	33	1.93
1952447--1952530	21	3.8	22	89	7	118	13	23	28	34	1.92
1955652--1956410	54	14.1	54	86	1	1009	27	20	19	33	1.96
1962852--1963444	54	11.0	54	81	3	595	28	17	19	35	1.94
1965314--1965369	29	1.9	29	92	0	94	39	7	26	26	1.82
1965855--1965923	27	2.5	27	90	2	102	30	13	18	37	1.89
1966796--1966851	28	2.0	28	100	0	112	21	35	17	25	1.95
1971170--1971335	90	1.9	89	92	3	280	39	10	6	44	1.63
1982360--1982388	15	1.9	15	100	0	58	37	0	20	41	1.53
1988224--1988329	56	1.9	54	88	9	160	28	12	4	54	1.57
1991638--1991663	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1991934--1991963	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1994655--1994700	7	6.4	7	95	5	83	0	28	2	69	1.00
1994655--1994700	22	2.1	21	96	4	83	0	28	2	69	1.00
1998652--1998683	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
1998763--1998823	22	2.9	22	71	22	58	59	22	8	9	1.56
1998753--1998817	16	4.1	16	85	0	85	60	23	7	9	1.53
2010379--2010418	16	2.5	15	84	11	53	80	0	17	2	0.83
2012996--2013703	124	5.7	124	88	1	1012	38	15	19	27	1.91
2013945--2013990	3	15.7	3	86	4	67	28	0	0	71	0.86
2014137--2014267	62	2.1	62	82	2	156	20	39	14	25	1.90
2018233--2018278	7	6.6	7	97	0	83	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018627--2018656	16	1.9	15	93	6	51	33	3	3	60	1.30
2018818--2018866	23	2.1	23	88	0	71	34	2	0	63	1.06
2021949--2021988	19	2.2	19	86	13	57	32	0	7	60	1.25
2028068--2028148	21	3.7	22	75	6	67	32	20	14	32	1.93
2030320--2030353	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
2037742--2037819	23	3.6	21	83	6	77	24	30	23	21	1.99
2037742--2037804	23	2.8	23	90	2	92	22	31	22	23	1.98
2042039--2042079	16	2.6	16	96	0	73	41	21	14	21	1.89
2044104--2044164	24	2.6	24	82	12	65	42	8	4	44	1.55
2044150--2044182	2	17.0	2	87	6	50	48	0	3	48	1.17
2045407--2045451	23	2.0	23	81	0	54	40	40	0	20	1.52
2048683--2048758	2	38.5	2	94	2	136	48	1	0	50	1.09
2056652--2056731	3	26.7	3	76	9	65	56	1	3	38	1.25
2056902--2057168	37	7.3	36	67	6	135	37	14	17	30	1.90
2056885--2057185	73	4.1	73	93	1	478	36	13	17	31	1.90
2057887--2057941	20	2.7	20	94	5	92	36	14	14	34	1.87
2065345--2065423	41	1.9	41	82	5	97	30	18	20	30	1.97
2064826--2067750	258	11.4	258	84	3	3354	34	17	16	32	1.92
2076607--2076636	15	2.1	14	93	6	51	56	6	10	26	1.57
2081157--2081212	28	2.1	28	81	12	66	69	3	5	21	1.24
2082591--2083040	99	4.5	101	74	20	335	53	4	1	40	1.31
2082644--2083108	23	20.4	23	70	22	208	52	4	1	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082647--2083017	202	1.8	204	83	11	494	52	4	1	41	1.31
2082591--2083097	2	273.0	2	68	24	269	52	4	1	41	1.31
2088979--2089017	19	2.1	19	85	9	53	69	5	12	12	1.35
2089840--2089953	45	2.6	44	82	1	147	39	11	21	27	1.88
2096094--2096144	21	2.6	19	84	9	59	27	11	23	37	1.90
2096703--2096836	44	3.0	45	83	3	182	41	11	21	24	1.87
2105186--2105235	20	2.5	20	87	3	75	26	20	26	28	1.99
2106105--2106147	21	2.0	21	82	8	52	30	4	9	55	1.52
2109645--2109682	20	1.9	20	88	0	58	31	0	18	50	1.47
2113592--2113720	59	2.2	59	81	0	150	27	24	17	29	1.98
2120968--2120994	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2121048--2121090	2	22.0	2	85	4	61	44	0	4	51	1.22
2122468--2122524	23	2.5	23	86	8	73	22	5	1	70	1.17
2127382--2127422	21	2.0	21	90	0	64	29	0	24	46	1.53
2128074--2128098	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
2141267--2141319	21	2.5	21	87	0	70	49	1	3	45	1.31
2144671--2144697	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2144992--2145041	20	2.5	20	83	6	57	22	4	4	70	1.21
2146254--2146612	194	1.9	194	79	0	412	38	11	10	39	1.77
2159385--2159790	209	1.9	208	87	1	589	32	20	13	33	1.91
2161060--2161120	26	2.3	26	94	0	104	34	21	21	22	1.97
2161164--2161212	25	2.0	25	87	0	71	30	2	8	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165287--2165402	57	2.0	58	98	1	225	33	17	25	24	1.96
2166268--2166629	190	1.9	191	84	2	487	43	9	6	40	1.64
2167057--2167241	98	1.9	97	92	3	309	29	22	21	26	1.99
2169430--2170182	376	2.0	376	100	0	1506	36	17	14	31	1.91
2171305--2171609	61	4.9	63	69	17	195	45	10	4	39	1.60
2172763--2172831	37	1.9	35	82	11	86	47	0	2	49	1.16
2172788--2172831	16	2.5	18	82	10	56	43	0	2	54	1.12
2173343--2173391	18	2.8	18	90	3	73	28	30	8	32	1.86
2173855--2173929	37	2.0	37	97	0	141	40	24	9	26	1.85
2174172--2174219	25	1.9	25	83	8	62	64	12	12	10	1.50
2175894--2175972	38	2.1	38	92	0	131	31	11	15	41	1.82
2177232--2177297	27	2.5	27	85	7	73	33	7	3	56	1.43
2177601--2177653	19	2.9	18	78	15	72	45	3	11	39	1.58
2181515--2181563	21	2.5	19	87	12	64	36	12	8	42	1.72
2182376--2182408	7	4.6	7	92	7	57	87	0	12	0	0.53
2182376--2182408	15	2.3	15	94	5	59	87	0	12	0	0.53
2183457--2183528	36	2.0	36	88	0	108	44	9	23	22	1.82
2187014--2187047	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2195765--2195808	19	2.4	19	75	17	56	36	4	0	59	1.18
2196077--2196134	24	2.4	23	83	11	80	53	10	0	36	1.35
2196121--2196177	28	2.0	30	86	6	82	42	1	1	54	1.21
2198073--2198122	19	2.6	19	96	0	91	24	18	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198519--2198671	59	2.6	59	77	5	166	33	10	19	36	1.86
2198993--2199297	68	4.5	68	91	0	466	32	12	23	31	1.92
2198993--2199334	68	5.0	67	89	0	423	32	12	23	31	1.92
2199274--2199726	81	5.6	81	86	0	613	36	13	24	25	1.91
2200832--2200861	15	2.0	15	100	0	60	0	33	0	66	0.92
2202423--2202469	23	2.0	24	84	12	62	17	0	34	48	1.47
2204718--2204758	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2204786--2204943	85	1.9	85	79	2	183	29	17	18	34	1.94
2204923--2204957	13	2.7	13	86	0	52	42	11	17	28	1.83
2204939--2204979	13	3.2	13	85	0	55	34	14	19	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13