genome.fa.s2276.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002276.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004630_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  831455

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7426--7468	19	2.2	20	84	12	54	18	13	0	67	1.23
7434--7474	20	2.1	20	82	13	50	19	17	0	63	1.31
12399--12437	16	2.4	16	84	12	53	53	10	0	35	1.35
12634--12688	27	2.0	27	89	0	83	23	23	20	32	1.98
16254--16302	23	2.2	23	85	7	66	18	46	20	14	1.83
16274--16317	18	2.4	18	96	0	79	15	54	18	11	1.70
16295--16319	13	1.9	13	100	0	50	16	52	16	16	1.76
16324--16464	29	5.0	29	79	11	143	33	2	17	47	1.59
16789--16832	21	2.0	22	91	4	72	13	36	27	22	1.92
16825--16858	13	2.6	13	90	0	59	14	47	20	17	1.83
16865--17008	29	5.1	28	81	8	152	33	2	15	48	1.57
16960--17033	29	2.5	30	76	10	82	39	1	17	41	1.58
17942--18066	42	3.0	41	88	4	171	17	21	24	36	1.95
25816--25887	35	2.1	35	100	0	144	43	2	26	27	1.69
30410--30464	28	1.9	29	81	3	67	50	0	5	43	1.25
31067--31098	12	2.7	12	95	0	55	0	56	0	43	0.99
32364--32420	31	1.9	28	89	10	87	35	28	17	19	1.94
32366--32436	36	2.0	36	86	5	99	32	28	18	21	1.96
32541--32618	38	2.1	36	82	15	90	51	2	0	46	1.14
33237--33341	44	2.4	42	78	6	111	29	12	7	50	1.67
38562--38640	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
38702--38776	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38853--38937	24	3.6	22	81	10	98	36	20	16	27	1.93
57321--57351	3	10.3	3	92	0	53	70	0	0	29	0.87
63115--63206	18	4.9	18	80	7	103	69	7	14	8	1.35
63114--63206	38	2.5	38	92	1	152	69	7	13	8	1.34
63985--64076	37	2.4	38	83	1	123	43	10	15	30	1.81
64050--64102	22	2.4	23	78	9	65	50	13	11	24	1.73
66734--66773	18	2.3	18	86	4	55	47	5	0	47	1.24
71792--71829	19	2.0	20	84	5	51	34	2	13	50	1.55
77344--77393	14	3.6	13	79	12	55	76	8	4	12	1.15
77407--77459	23	2.2	23	83	12	63	73	0	13	13	1.10
77742--77814	3	25.7	3	76	20	61	71	0	4	24	1.04
77737--77783	7	6.4	7	85	9	58	76	0	2	21	0.89
78166--78347	37	4.9	37	93	0	319	34	10	13	41	1.79
78800--79825	84	12.3	84	77	7	943	25	20	23	30	1.98
78997--79825	249	3.3	249	91	0	1289	25	20	23	30	1.98
78771--79742	414	2.3	417	85	3	1275	25	20	23	30	1.98
78794--79787	165	6.0	164	79	7	949	25	20	23	30	1.98
80969--81195	95	2.6	88	81	10	259	31	20	19	27	1.97
81017--81216	95	2.1	96	87	3	296	31	18	18	31	1.95
85020--85085	32	2.0	31	86	13	89	74	3	7	15	1.17
85206--85245	17	2.2	19	86	8	57	70	0	10	20	1.16
85237--85294	10	5.3	10	75	17	53	79	0	6	13	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85218--85305	20	4.2	20	74	22	74	76	0	7	15	1.01
85162--85304	9	15.0	9	68	20	51	73	1	8	16	1.15
85548--85676	18	7.2	17	73	14	66	71	0	2	26	0.98
85566--85650	3	28.3	3	74	17	61	70	0	2	27	0.99
85548--85632	43	2.0	44	86	6	120	72	0	1	25	0.91
86015--86122	37	2.9	37	87	0	162	37	9	10	42	1.71
90510--90537	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
97384--97448	23	2.8	23	72	9	69	29	21	26	23	1.99
97467--97671	103	2.0	103	94	0	356	38	23	11	26	1.89
106546--106584	20	2.0	20	84	0	51	46	30	0	23	1.53
106546--106618	28	2.7	27	82	4	92	45	27	0	27	1.54
106603--106668	28	2.4	28	97	2	125	39	30	0	30	1.57
108922--108962	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
110232--110747	36	14.9	36	71	14	347	42	12	18	26	1.86
110528--110584	15	3.1	19	71	23	59	43	5	19	31	1.73
110507--110567	15	3.8	15	72	16	50	37	9	22	29	1.87
110202--110747	137	4.0	138	89	2	746	41	12	18	27	1.86
112041--112302	95	2.7	94	88	4	346	30	19	17	33	1.95
115933--115963	12	2.5	12	94	5	53	80	0	3	16	0.83
117833--117884	18	3.0	18	88	5	72	34	5	30	28	1.81
118458--118524	28	2.4	28	95	2	118	43	34	8	13	1.75
122828--122948	48	2.5	48	86	0	170	46	20	3	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124141--124209	23	3.0	23	73	2	66	56	4	2	36	1.34
125390--125449	17	3.5	17	83	0	75	10	25	40	25	1.86
125542--125600	8	7.4	8	73	21	52	54	1	1	42	1.20
125533--125600	19	3.6	18	75	24	68	52	1	2	42	1.25
125794--125925	36	3.7	36	88	0	192	20	21	23	34	1.97
130274--130311	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
135506--135563	20	2.7	20	81	10	62	27	20	18	32	1.97
135551--135711	64	2.5	63	83	7	191	23	26	18	31	1.97
138790--138871	34	2.5	33	82	11	89	50	15	0	34	1.45
140169--140203	18	1.9	18	100	0	70	17	22	0	60	1.37
147549--147588	18	2.2	18	86	0	53	17	25	25	32	1.97
147553--147600	18	2.7	17	81	9	51	16	25	27	31	1.97
148807--148845	18	2.2	18	86	9	53	66	0	17	15	1.25
165619--165664	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
171201--171315	42	2.8	41	85	1	131	26	18	19	35	1.94
171251--171771	221	2.4	220	85	4	717	32	15	16	34	1.91
171953--171989	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
172003--172045	20	2.1	21	91	4	70	34	23	23	18	1.96
195994--196049	21	2.6	20	78	13	58	82	0	12	5	0.83
196007--196048	16	2.5	17	88	7	59	83	0	11	4	0.79
197094--197272	91	2.0	91	95	0	322	36	16	22	24	1.94
200682--200724	16	2.7	16	100	0	86	18	20	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201398--201427	12	2.5	12	94	0	51	30	10	10	50	1.69
203500--203600	7	14.7	7	72	10	66	21	0	33	43	1.60
205277--205337	26	2.3	26	97	2	113	0	19	29	50	1.48
205709--205779	24	3.0	24	93	2	117	22	26	25	25	2.00
207789--207826	18	2.1	19	90	5	60	63	5	7	23	1.42
216865--216906	18	2.3	19	79	8	50	33	2	7	57	1.39
217241--217302	30	2.1	30	81	6	72	29	6	4	59	1.43
217962--218019	19	3.3	17	75	20	57	56	1	0	41	1.09
218001--218060	25	2.4	24	76	15	59	53	3	1	41	1.27
220202--220250	14	3.6	14	86	10	75	26	2	12	59	1.44
220211--220250	12	3.2	12	89	7	53	25	2	12	60	1.45
221007--221048	16	2.7	15	79	13	50	19	7	0	73	1.05
230777--230826	21	2.4	21	93	0	82	28	14	8	50	1.70
230778--230835	24	2.6	22	81	10	64	27	12	5	55	1.58
235582--235617	18	2.0	18	88	0	54	72	13	8	5	1.27
250558--250601	21	2.1	21	82	0	52	56	0	2	40	1.11
250550--250594	18	2.6	17	86	6	63	48	0	2	48	1.13
254480--254521	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
254480--254521	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
254996--255022	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
255026--255073	3	15.7	3	95	4	87	66	0	0	33	0.92
255232--255396	73	2.2	72	91	3	258	33	18	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255306--255807	116	4.4	114	93	2	730	29	20	13	37	1.91
256550--257010	83	5.6	83	95	0	791	36	22	13	28	1.92
270258--270299	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
270258--270299	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
270315--270343	13	2.1	14	93	6	51	0	44	3	51	1.18
270728--270761	15	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
270760--270839	3	26.7	3	97	0	151	65	0	1	33	1.01
271108--271158	20	2.5	20	93	0	93	45	7	23	23	1.79
282058--282102	16	2.6	18	82	13	58	24	8	0	66	1.20
282058--282119	16	3.9	17	74	18	53	27	8	0	64	1.21

Tables:   1   2   3   4   5