genome.fa.s251.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000251.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000453_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  648719

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167017--167074	19	3.0	19	85	12	82	48	10	12	29	1.73
168217--168264	19	2.4	21	80	13	57	31	10	6	52	1.60
169712--169770	29	2.0	31	86	6	86	45	16	3	33	1.64
173494--173543	18	2.7	19	87	9	68	74	0	22	4	0.99
179205--179257	26	2.0	26	82	13	65	39	5	3	50	1.44
181925--181966	20	2.1	20	100	0	84	50	9	14	26	1.73
183042--183141	32	3.3	32	63	35	78	24	11	2	63	1.38
183023--183131	56	2.0	56	94	5	197	22	11	1	64	1.35
183152--184035	438	2.0	447	92	4	1504	24	15	19	41	1.89
184731--184834	45	2.3	45	77	14	115	49	1	5	43	1.37
187534--187609	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
187789--187839	3	16.7	3	79	4	57	41	0	0	58	0.98
189577--189651	39	1.9	39	89	5	116	41	1	1	56	1.16
189635--189666	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
189632--189695	16	4.0	16	76	13	51	35	0	1	62	1.05
190907--190942	17	2.1	18	94	5	65	22	2	0	75	0.94
190904--190928	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
192665--192703	17	2.2	17	86	4	51	28	12	2	56	1.50
194215--194273	28	2.1	28	100	0	118	33	6	20	38	1.79
194729--194862	72	1.9	72	82	3	171	28	18	15	37	1.92
198881--198957	22	3.5	22	85	0	118	32	12	10	44	1.77
199639--200502	76	11.4	76	94	0	1498	23	18	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200657--200722	3	21.7	3	84	3	78	39	1	0	59	1.07
202455--202538	39	2.1	38	82	10	96	39	1	2	57	1.20
202552--202772	123	1.8	120	81	7	275	38	7	9	45	1.65
204518--204590	36	2.0	36	97	0	137	36	5	19	38	1.75
204961--205009	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
205158--205196	13	3.0	13	84	0	60	35	20	17	25	1.95
206559--206596	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
206559--206593	15	2.3	15	95	0	61	48	0	0	51	1.00
206563--206595	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
208246--209006	135	5.6	134	81	6	766	30	19	18	31	1.96
209282--209347	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
214816--215587	72	11.0	72	71	19	272	43	11	22	22	1.85
214873--215516	46	13.9	46	82	10	270	43	11	22	22	1.85
215011--215352	92	3.7	92	88	4	497	42	11	23	22	1.85
214816--215182	158	2.3	160	87	3	515	44	10	22	22	1.83
214848--215587	26	31.5	25	71	19	435	43	11	22	22	1.85
215503--215629	46	2.8	46	80	2	148	45	11	21	21	1.83
214816--215620	118	6.9	118	78	12	593	44	11	22	22	1.84
225462--225513	21	2.5	21	93	0	86	25	17	28	28	1.97
232196--232235	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
243427--243502	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
243895--244142	130	1.9	130	93	0	424	36	15	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243909--244173	130	2.0	129	81	4	309	39	13	13	33	1.83
244380--244426	25	2.0	25	83	8	62	51	2	2	44	1.25
244469--244560	28	3.2	28	87	4	96	43	2	3	51	1.30
244483--244560	28	2.8	28	92	1	122	41	2	2	53	1.28
252278--252373	50	1.9	49	89	2	147	40	6	11	41	1.66
254179--254232	23	2.3	24	75	9	58	44	1	0	53	1.11
254186--254241	22	2.7	21	77	5	60	39	1	0	58	1.08
254194--254258	18	3.6	18	74	12	53	41	1	0	56	1.08
256207--256366	64	2.5	63	86	6	207	33	18	21	26	1.96
257779--257862	21	4.0	21	92	3	132	26	26	23	23	2.00
261122--261282	64	2.5	65	85	7	195	33	18	21	27	1.96
262699--262761	21	3.0	21	83	4	81	28	25	22	23	1.99
262698--262769	22	3.3	22	82	3	92	29	23	19	27	1.98
264895--265016	3	41.7	3	93	4	214	64	0	0	35	0.94
265178--265287	40	2.7	40	81	7	123	25	17	30	26	1.97
265634--265708	31	2.5	31	83	14	86	37	13	20	29	1.90
265664--265822	66	2.4	66	80	10	182	39	13	19	27	1.89
271332--271371	15	2.7	14	81	11	53	55	0	2	42	1.13
272068--272170	35	2.8	37	85	5	122	31	14	15	38	1.88
272628--273345	109	6.9	105	79	7	651	22	21	24	32	1.98
273170--273505	160	2.1	160	94	0	582	20	22	24	32	1.98
274009--274174	65	2.6	65	96	0	305	36	12	19	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274074--274522	102	4.3	102	91	5	736	36	13	20	29	1.91
273974--274291	167	1.9	169	92	1	532	37	12	20	30	1.89
274326--274350	9	2.8	9	100	0	50	24	16	12	48	1.79
274074--274522	213	2.2	204	92	3	736	36	13	20	29	1.91
275382--275432	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
276043--276102	20	2.9	21	80	7	61	1	13	6	78	1.02
277251--277291	20	2.0	20	85	9	55	51	4	19	24	1.66
279455--279492	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
279654--279707	11	4.5	12	75	22	51	61	0	1	37	1.07
279654--279739	11	7.3	11	73	21	50	61	1	2	34	1.16
280156--280255	35	2.8	36	86	6	130	31	16	15	38	1.89
281233--281319	30	2.9	29	78	8	95	57	12	14	14	1.66
282676--282724	11	4.5	11	80	7	55	59	0	2	38	1.09
283080--283225	73	2.0	72	89	4	222	39	1	6	52	1.35
283315--283371	26	2.3	24	75	6	60	33	22	7	36	1.81
286752--286824	36	2.0	36	94	0	128	43	8	19	28	1.79
288605--288720	24	4.8	24	88	4	144	26	14	18	40	1.89
294487--294543	30	1.9	30	85	0	78	28	14	26	31	1.94
294622--294663	21	2.0	22	85	4	59	33	16	21	28	1.95
295886--296508	312	2.0	312	91	1	1009	32	11	18	36	1.88
301029--301181	30	5.0	30	72	9	110	32	16	24	27	1.96
304183--304247	19	3.4	19	78	0	67	44	4	16	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304309--304345	19	1.9	19	89	10	58	54	0	24	21	1.45
304578--304902	158	2.1	156	86	5	449	27	17	7	48	1.74
304565--304902	157	2.1	157	84	4	459	26	17	7	48	1.74
304596--304962	157	2.3	157	83	3	445	28	17	6	46	1.74
305199--305224	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
308478--308529	25	2.1	25	96	0	95	15	40	9	34	1.80
317316--317354	20	2.0	20	94	0	69	33	12	25	28	1.93
317386--317442	23	2.4	24	94	2	98	28	21	24	26	1.99
318634--318699	31	2.1	31	82	0	78	30	12	16	40	1.85
322783--322814	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
326347--326381	5	6.8	5	90	6	52	82	0	2	14	0.77
326346--326382	11	3.5	11	88	7	58	83	0	2	13	0.74
326480--326522	18	2.4	18	96	0	77	72	0	4	23	1.04
330140--330199	8	6.9	8	79	20	59	15	3	1	80	0.93
330092--330196	26	3.9	26	74	18	65	19	2	2	75	1.06
330207--330243	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
330314--330348	13	2.8	12	91	8	61	17	0	0	82	0.66
330314--330348	17	2.1	16	89	5	52	17	0	0	82	0.66
330370--330412	18	2.4	18	82	14	54	9	4	2	83	0.87
330372--330413	19	2.4	17	78	21	50	7	4	2	85	0.80
330449--330491	5	8.6	5	82	7	52	18	4	0	76	0.95
330549--330592	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335495--335545	7	7.4	7	77	4	59	9	5	1	82	0.91
335490--335556	16	4.1	16	74	14	55	10	5	2	80	0.99
335493--335553	27	2.3	28	83	8	74	9	6	3	80	1.00
335594--335637	19	2.3	19	81	14	54	13	6	2	77	1.07
335708--335748	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
336729--336798	21	3.7	21	66	23	55	48	15	2	32	1.60
336729--336799	36	2.0	35	91	2	115	47	15	4	32	1.65
339367--339494	3	43.7	3	94	4	226	65	0	0	34	0.93
349872--349900	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
351681--351754	3	24.7	3	71	15	55	64	1	0	33	1.02

Tables:   1   2   3   4