genome.fa.s2616.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002616.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005294_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1287628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5511--5608	44	2.1	47	88	7	148	28	11	20	39	1.87
15250--15376	7	16.4	7	70	15	56	74	1	17	6	1.10
15298--15322	10	2.5	10	100	0	50	84	8	8	0	0.79
15294--15353	18	3.5	18	73	11	63	75	3	16	5	1.12
15318--15377	16	3.9	15	83	12	68	78	0	15	6	0.95
15297--15389	9	11.1	8	70	20	57	76	2	16	5	1.07
15308--15376	23	2.9	23	82	8	77	78	1	14	5	1.01
15333--15383	16	3.2	16	86	2	68	78	0	15	5	0.93
16699--17165	51	8.9	51	83	7	476	29	14	25	29	1.95
16977--17173	55	3.6	56	82	6	226	29	15	23	31	1.95
21994--22069	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
22386--22443	31	1.9	31	89	3	91	31	10	17	41	1.83
22543--22609	35	1.9	34	81	3	80	41	13	13	31	1.83
23219--23252	16	2.1	16	94	0	59	44	5	14	35	1.70
26361--26485	61	2.0	61	90	0	196	47	12	15	24	1.80
37230--37305	15	5.3	15	71	9	68	53	2	1	42	1.23
37229--37320	42	2.2	42	96	1	168	51	3	2	43	1.30
40363--40442	42	1.9	41	92	2	133	53	3	1	41	1.27
40364--40439	15	5.3	15	69	15	61	55	2	1	40	1.22
46325--46361	15	2.4	16	82	17	60	48	5	0	45	1.25
47041--47101	32	1.9	32	83	9	81	31	16	19	32	1.94
49861--49899	21	1.9	20	100	0	69	38	2	0	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50590--50636	21	2.2	21	100	0	94	27	19	4	48	1.67
62432--62490	23	2.6	24	70	19	56	66	15	1	16	1.34
63615--63680	30	2.2	29	81	5	78	36	0	4	59	1.18
72954--72999	21	2.0	24	84	12	62	26	19	2	52	1.58
74911--74947	6	6.2	6	96	0	56	32	21	0	45	1.52
74945--74999	28	2.0	28	88	0	83	18	20	5	56	1.61
74993--75031	20	2.0	20	94	0	69	15	25	12	46	1.81
76020--76080	28	2.2	28	82	11	72	40	32	4	21	1.74
83910--83948	21	2.0	20	90	10	62	12	23	41	23	1.88
90436--90475	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
93801--93872	23	3.1	23	100	0	144	25	22	30	22	1.99
96374--96428	25	2.2	25	81	12	60	70	3	9	16	1.27
105641--105803	65	2.5	66	82	3	197	27	15	25	30	1.96
106462--106500	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
106448--106610	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
108230--108288	20	2.9	21	77	7	68	20	22	10	47	1.79
109732--109777	14	3.5	13	85	11	58	78	0	21	0	0.76
109727--109804	21	3.6	23	76	11	76	78	0	21	0	0.76
109703--109778	16	5.0	15	75	13	66	76	1	18	3	1.01
109729--109809	14	5.9	13	73	13	56	77	0	22	0	0.76
112819--112861	20	2.2	20	87	8	61	37	20	9	32	1.85
113730--114220	54	9.1	54	88	1	682	29	10	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114941--114977	18	2.1	18	100	0	74	35	21	16	27	1.94
115642--115930	122	2.3	124	84	4	379	33	17	19	29	1.95
117488--117525	2	19.0	2	88	0	58	50	0	2	47	1.15
117557--117622	30	2.2	29	81	5	78	36	0	4	59	1.18
120181--120224	7	6.4	7	86	2	63	27	11	15	45	1.81
120307--120389	37	2.2	37	80	0	94	32	38	9	19	1.84
122580--122617	15	2.4	17	86	8	53	26	23	28	21	1.99
122863--122905	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
127421--127471	27	2.0	25	85	14	68	60	1	0	37	1.08
131325--131358	18	1.9	17	88	5	50	70	0	2	26	1.01
136049--136119	31	2.2	32	85	11	94	43	2	9	43	1.52
138672--138713	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
148700--148761	22	2.7	22	88	9	90	35	14	16	33	1.89
148699--148833	24	5.5	25	82	9	136	35	14	17	32	1.90
148722--148821	26	3.9	26	85	8	125	32	16	17	35	1.91
152905--152983	41	1.9	42	94	2	142	46	6	17	29	1.73
153981--154006	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
154222--154246	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
156805--156854	3	16.3	3	80	12	57	62	2	0	36	1.07
161612--161663	28	2.0	25	81	11	59	53	0	3	42	1.19
161622--161676	23	2.3	26	78	12	64	54	1	3	40	1.28
161726--161770	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163350--163424	3	24.7	3	92	8	125	66	0	0	33	0.92
163784--163909	36	3.5	36	98	0	243	19	22	11	47	1.80
163819--163881	20	3.3	20	67	24	64	17	23	7	50	1.72
163964--164052	17	5.1	17	66	28	53	20	21	10	48	1.78
163964--164055	36	2.6	36	89	5	143	19	21	9	48	1.77
163819--164307	143	3.4	145	88	3	693	26	17	13	41	1.87
164107--164194	36	2.5	36	88	3	126	22	18	9	50	1.75
164138--164646	113	4.5	113	96	1	918	29	20	13	37	1.90
165374--165604	116	2.0	114	88	3	347	29	20	15	34	1.93
166874--166936	7	8.9	7	79	10	74	0	17	0	82	0.67
166882--166930	11	4.3	11	78	16	55	0	16	0	83	0.64
178226--178270	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
179858--179903	3	15.7	3	86	13	69	67	0	0	32	0.91
188041--188080	21	1.9	21	94	0	71	12	30	35	22	1.91
196543--196580	4	9.8	4	82	5	51	55	23	0	21	1.44
198835--198945	29	3.8	29	69	9	73	34	16	2	46	1.61
198837--198997	59	2.7	60	82	3	200	31	18	4	45	1.68
199357--199512	82	1.9	83	91	1	260	35	18	21	25	1.96
199386--199518	42	3.2	41	76	17	148	33	18	19	27	1.96
199505--199681	40	4.3	41	80	5	180	36	12	17	33	1.87
199523--199680	81	2.0	80	87	3	228	37	12	17	31	1.88
201024--201345	41	7.8	41	77	7	258	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201278--201400	43	3.0	41	83	4	131	31	13	16	38	1.88
210132--210176	22	2.1	22	84	12	58	22	13	4	60	1.51
210484--210617	21	6.4	21	77	6	112	43	19	35	2	1.63
210562--210630	21	3.3	19	73	18	50	43	18	31	5	1.74
211043--211293	43	5.8	42	76	10	222	31	22	16	28	1.96
211043--211293	86	2.9	86	83	4	290	31	22	16	28	1.96
211014--211281	129	2.1	129	79	6	285	31	23	17	28	1.97
225602--225653	20	2.6	20	93	0	95	26	28	19	25	1.98
225816--225870	20	2.8	20	83	5	67	36	20	16	27	1.93
229037--229092	7	7.7	7	80	7	58	62	1	0	35	1.06
229421--229472	2	27.5	2	88	11	83	50	0	0	50	1.00
241213--241275	28	2.2	29	83	8	76	65	3	1	30	1.18
241333--241379	18	2.6	18	80	6	51	59	0	0	40	0.97
241363--241413	2	27.5	2	83	15	56	54	0	0	45	0.99
241291--241482	104	1.8	106	93	4	336	54	0	2	42	1.16
242176--242232	25	2.3	25	87	0	78	40	12	5	42	1.65
242603--242768	77	2.2	77	84	4	210	38	21	16	24	1.92
242665--242712	20	2.4	20	96	0	87	35	20	16	27	1.94
242700--242830	57	2.3	57	89	2	201	42	21	12	22	1.87
243952--244076	58	2.2	58	86	1	180	34	22	16	27	1.95
244061--244128	20	3.3	20	77	4	82	38	23	10	27	1.87
244002--244185	98	1.9	99	90	1	298	36	21	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244168--244206	20	2.0	20	94	0	69	30	17	15	35	1.91
244243--244284	20	2.1	20	95	0	75	16	14	30	38	1.89
244091--244250	77	2.1	77	86	1	212	33	20	15	31	1.93
246121--246159	20	2.0	20	94	0	69	33	20	15	30	1.94
246132--246262	58	2.3	58	93	1	219	32	22	16	29	1.95
246247--246382	20	6.8	20	85	1	173	31	19	15	33	1.93
246247--246382	40	3.4	40	90	1	209	31	19	15	33	1.93
246375--246438	20	3.2	20	95	0	110	17	12	31	39	1.87
249521--249565	20	2.2	20	92	0	72	35	24	15	24	1.94
249594--249642	20	2.5	20	93	0	80	34	26	14	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7