genome.fa.s2616.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002616.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005294_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1287628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691497--691536	2	21.5	2	80	14	50	52	2	0	45	1.14
692534--692573	19	2.1	19	95	0	71	27	25	22	25	2.00
693281--693482	99	2.0	100	86	4	284	22	16	25	36	1.94
694681--694713	14	2.3	15	90	10	52	0	9	6	84	0.76
705148--705199	3	17.3	3	91	0	86	65	1	1	30	1.14
712492--712530	20	2.0	19	85	14	53	56	7	7	28	1.55
713875--713920	24	1.9	24	82	8	58	30	2	6	60	1.34
715960--716002	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
715982--716131	66	2.3	67	91	3	241	29	28	26	16	1.96
716743--716801	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
722835--722877	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
722857--723006	66	2.3	67	91	3	241	29	28	26	16	1.96
723618--723676	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
726484--726523	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
728526--728599	32	2.4	30	86	6	94	28	17	18	35	1.94
729805--729876	31	2.4	30	75	9	76	38	11	8	41	1.71
729961--730034	29	2.6	28	80	2	85	37	12	13	36	1.82
735404--735434	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
744579--744616	19	2.1	19	90	5	60	28	2	15	52	1.56
745413--745456	22	2.0	22	100	0	88	18	13	9	59	1.60
746827--746860	16	2.1	16	89	10	52	73	0	2	23	0.97
747695--747861	91	1.8	92	88	3	257	26	21	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747901--747953	17	3.1	17	70	20	56	24	16	11	47	1.80
747905--747960	16	3.4	16	68	18	51	19	21	8	50	1.75
748497--748983	36	13.2	36	79	7	340	38	14	20	26	1.91
748622--748777	40	3.9	39	89	3	186	39	16	15	29	1.89
748784--748827	15	2.9	15	82	0	61	31	18	31	18	1.95
748533--748967	76	5.8	76	73	10	265	38	14	20	27	1.91
748827--749021	76	2.6	76	83	3	205	40	11	20	27	1.87
748972--749049	40	2.0	40	89	0	120	42	11	15	30	1.82
754338--754380	20	2.2	20	86	0	59	62	6	9	20	1.48
755567--756005	31	14.2	31	95	0	779	34	14	11	39	1.83
755747--755830	15	5.5	15	64	25	50	32	15	13	39	1.86
755762--755844	16	5.3	16	63	25	52	32	16	12	38	1.86
755948--756001	16	3.4	16	67	23	51	31	16	12	38	1.87
759161--759192	13	2.5	13	95	5	57	78	0	0	21	0.76
760492--760524	15	2.1	16	88	5	50	75	3	3	18	1.06
760953--761006	29	1.9	29	88	7	85	35	1	40	22	1.65
761031--761127	44	2.2	44	83	7	117	29	17	23	28	1.97
761313--761342	13	2.3	13	100	0	60	50	13	0	36	1.42
767765--767903	31	4.5	31	72	12	97	31	17	16	34	1.92
769403--769450	24	2.0	24	95	0	87	31	29	18	20	1.97
775433--775542	2	55.0	2	98	0	211	49	0	0	50	1.00
775536--775799	38	7.0	36	74	14	173	43	3	9	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775536--775805	77	3.6	72	77	12	213	43	3	9	43	1.54
775679--775753	34	2.5	30	81	16	84	41	4	6	48	1.48
775692--775758	34	2.0	33	94	5	116	43	2	7	46	1.47
775615--775805	72	2.6	76	82	10	234	43	3	7	46	1.47
782405--783315	164	5.5	163	82	6	879	31	24	19	24	1.98
782390--783315	84	11.2	84	77	6	752	31	24	19	24	1.98
782397--783315	329	2.8	327	82	4	965	31	24	19	24	1.98
782390--783253	413	2.1	409	84	3	1090	30	25	19	24	1.98
783959--784491	36	14.2	36	80	13	333	44	4	6	44	1.50
784038--784485	76	5.9	75	80	11	449	44	4	6	45	1.48
784201--784260	11	5.3	11	75	13	59	43	6	3	46	1.46
784348--784374	12	2.2	12	100	0	54	37	7	7	48	1.59
784586--784622	7	5.0	7	87	12	56	18	0	0	81	0.70
784562--784652	43	2.1	43	81	4	103	27	2	2	68	1.13
785647--785707	27	2.3	26	80	8	68	18	4	1	75	1.06
785639--785696	20	2.9	19	74	20	57	20	1	1	75	0.97
785736--785786	5	10.4	5	75	12	52	19	3	1	74	1.07
787799--787900	50	2.0	50	84	1	132	42	16	8	32	1.79
792518--792601	23	3.7	23	86	0	123	28	23	26	21	1.99
799424--799476	23	2.3	23	86	0	70	37	24	20	16	1.93
799432--799492	23	2.7	23	86	0	86	31	27	22	18	1.97
805114--805152	17	2.3	17	82	8	53	33	2	2	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809675--809722	25	1.9	25	91	0	78	29	0	16	54	1.43
809827--809916	31	3.1	30	78	12	89	54	2	2	41	1.25
809849--809965	26	4.6	26	78	16	95	56	0	2	41	1.13
809858--809947	27	3.5	26	81	14	98	55	0	3	41	1.16
809891--809923	17	2.0	17	88	5	50	60	0	3	36	1.12
809894--809965	24	3.0	24	86	10	85	56	0	2	40	1.13
809900--809979	24	3.4	24	80	15	62	55	0	2	42	1.13
811352--811381	11	2.7	11	89	0	51	13	16	13	56	1.67
827565--827631	31	2.2	31	100	0	134	40	20	14	23	1.90
833726--833851	49	2.5	49	73	8	121	41	9	11	37	1.75
835195--835244	22	2.3	22	85	0	73	40	22	16	22	1.91
841182--841253	22	3.3	22	82	0	90	43	23	12	20	1.86
842972--843017	23	2.0	23	95	0	83	21	19	21	36	1.95
854149--854189	21	2.0	21	90	4	66	17	14	31	36	1.90
864528--864577	26	1.9	26	95	0	91	36	8	12	44	1.71
864674--864724	21	2.4	21	80	0	57	25	33	3	37	1.74
864994--865042	21	2.3	21	85	0	62	26	16	32	24	1.96
865008--865059	21	2.5	21	83	0	68	25	15	34	25	1.95
871363--871472	35	3.2	34	80	14	102	35	0	2	61	1.10
871375--871472	35	2.8	35	80	13	103	37	0	2	60	1.09
871614--871667	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
873252--873363	21	5.3	21	89	4	163	18	31	27	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873885--873991	34	3.1	34	84	0	142	56	3	3	36	1.35
874387--874724	128	2.6	128	98	0	649	33	21	24	20	1.97
881840--881875	17	2.0	19	89	10	58	55	5	2	36	1.38
886549--886591	19	2.3	19	88	4	61	16	13	30	39	1.87
888104--888146	19	2.3	19	88	4	61	16	13	30	39	1.87
888177--888209	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
889656--889698	19	2.3	19	88	4	61	16	13	30	39	1.87
890409--890442	4	8.8	4	93	6	61	76	0	0	23	0.79
890460--890493	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
890831--890860	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
891332--891403	23	3.2	23	78	7	67	54	16	18	11	1.71
904675--904750	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
909676--909751	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
914680--914755	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
918265--918351	27	3.4	25	75	23	83	44	4	0	50	1.22
918265--918356	25	3.6	25	80	15	100	44	4	0	51	1.21
918339--918378	20	2.0	20	95	0	71	55	0	2	42	1.13
918391--918455	32	2.0	32	93	0	112	46	1	13	38	1.53
918539--918602	31	2.1	31	93	0	110	53	7	7	31	1.58
924108--924855	382	2.0	381	91	2	1216	35	12	13	38	1.82
925489--925530	21	2.0	21	85	0	57	40	7	21	30	1.80
928739--928797	24	2.5	23	81	10	66	59	8	1	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928912--929059	70	2.1	72	91	2	246	38	7	9	44	1.65
930014--930073	15	4.1	15	80	4	77	45	8	16	30	1.77
930478--930557	8	9.6	8	77	10	54	50	1	1	47	1.17
930520--930557	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
930571--930654	23	3.6	23	78	10	82	46	1	0	52	1.08
930585--930619	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
930606--930654	22	2.2	22	88	0	71	46	0	0	53	1.00
930603--930662	30	1.9	32	90	6	97	48	0	0	51	1.00
930523--930674	22	7.5	21	71	17	65	49	0	0	50	1.05
930895--930975	42	1.9	42	92	0	135	50	16	14	18	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7