genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002890.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005974_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5046466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298--324	12	2.2	12	100	0	54	14	22	0	62	1.31
1737--1816	35	2.2	36	88	2	117	28	38	3	28	1.74
2187--2224	21	1.9	21	89	10	62	81	7	10	0	0.87
2511--2543	17	1.9	17	93	0	57	33	30	0	36	1.58
6176--6222	24	2.0	24	84	15	64	31	36	6	25	1.81
6143--6230	35	2.5	36	86	1	133	29	37	4	28	1.77
8991--9033	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
18934--18966	16	2.1	16	94	0	57	72	3	18	6	1.18
22507--22549	18	2.4	18	88	7	61	76	2	18	2	1.00
29444--29483	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
57138--57167	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
59903--59946	20	2.2	20	84	8	54	2	20	6	70	1.21
65314--65343	13	2.4	12	94	5	51	43	0	30	26	1.55
66575--66621	20	2.3	20	100	0	94	23	17	10	48	1.77
67135--67260	63	2.0	63	98	0	243	27	31	22	18	1.97
70826--70855	13	2.4	12	94	5	51	43	0	30	26	1.55
78547--78600	24	2.2	24	83	6	65	12	12	11	62	1.54
85709--85774	16	4.1	16	73	21	50	53	1	3	42	1.25
90296--90344	11	5.0	9	77	18	53	0	14	2	83	0.73
90296--90344	20	2.5	20	82	0	62	0	14	2	83	0.73
90644--90684	22	1.9	21	90	5	64	19	2	36	41	1.65
96910--96963	23	2.2	25	87	6	76	9	18	12	59	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96953--96992	13	3.0	14	82	14	57	5	15	7	72	1.24
101595--101637	14	2.9	15	82	10	61	11	13	4	69	1.33
101596--101662	30	2.3	30	82	12	77	7	14	5	71	1.28
101883--101935	23	2.5	21	75	21	56	60	0	18	20	1.36
101889--101922	11	3.0	11	83	8	50	61	0	20	17	1.34
103862--103945	2	45.0	2	86	13	126	50	0	0	50	1.00
105710--105739	13	2.4	12	94	5	51	43	0	30	26	1.55
108440--108497	25	2.3	26	87	3	82	62	15	15	6	1.53
120718--120781	32	2.0	32	100	0	128	34	21	18	25	1.96
121687--121716	12	2.5	12	94	0	51	53	10	23	13	1.69
121750--121792	23	1.9	23	90	4	70	60	18	13	6	1.55
121750--121812	23	3.0	20	76	17	65	65	14	15	4	1.44
123699--123755	25	2.3	25	100	0	114	26	24	24	24	2.00
128203--128270	35	1.9	36	90	3	111	30	35	2	30	1.73
132259--132326	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
133760--133789	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
142606--142651	14	3.1	15	75	18	51	73	6	19	0	1.04
146633--146678	14	3.1	15	75	18	51	73	6	19	0	1.04
153149--153203	24	2.3	25	81	6	60	29	21	16	32	1.95
153794--153909	36	3.2	36	88	2	162	26	4	38	30	1.76
156974--157013	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
161250--161289	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162184--162227	23	1.9	23	81	9	54	25	20	18	36	1.95
165602--165631	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
168359--168405	21	2.2	21	96	0	85	36	14	17	31	1.90
181184--181309	47	2.8	45	83	5	155	40	7	22	29	1.82
184128--184194	18	3.8	18	73	13	68	76	4	16	2	1.08
184163--184227	21	3.3	20	74	20	66	72	3	20	4	1.16
184144--184227	33	2.5	32	81	11	89	73	3	17	4	1.15
184167--184232	17	3.6	18	78	15	73	71	3	19	6	1.21
188307--188432	47	2.8	45	83	5	155	40	7	22	29	1.82
190133--190162	6	4.8	6	95	4	51	20	16	30	33	1.94
191244--191310	18	3.8	18	73	13	68	76	4	16	2	1.08
191279--191343	21	3.3	20	78	20	75	73	3	20	3	1.10
191281--191342	26	2.4	25	82	12	72	74	3	19	3	1.10
195420--195545	47	2.8	45	83	5	155	40	7	22	29	1.82
197377--197450	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
200265--200311	24	2.0	24	86	0	67	36	4	14	44	1.65
215587--215721	41	3.4	39	83	8	159	39	5	33	22	1.76
217601--217718	42	2.8	42	77	10	118	27	19	19	33	1.96
224065--224095	12	2.6	12	94	0	53	58	9	6	25	1.54
227250--227406	85	1.8	85	86	0	224	35	13	10	40	1.79
227386--227867	46	10.5	46	87	1	655	23	21	12	42	1.87
227386--227867	137	3.5	135	86	2	642	23	21	12	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231584--231633	20	2.4	21	83	12	68	28	12	6	54	1.60
232549--232596	20	2.5	20	82	3	62	33	14	8	43	1.75
232951--232983	11	2.8	12	86	9	50	33	39	0	27	1.57
236391--236416	8	3.2	8	100	0	52	11	26	23	38	1.89
236674--236724	20	2.6	20	93	3	86	35	13	5	45	1.68
237095--237127	11	2.8	12	86	9	50	33	39	0	27	1.57
241099--241133	16	2.2	16	94	0	61	42	25	2	28	1.69
243279--243309	14	2.2	14	94	0	53	19	9	16	54	1.68
244343--244381	20	2.0	20	89	0	60	28	15	17	38	1.91
244520--244557	20	2.0	20	89	5	60	28	31	7	31	1.86
245028--245076	27	1.9	26	84	12	66	65	0	24	10	1.23
266813--266866	19	2.7	20	82	8	65	33	18	20	27	1.96
266813--266884	22	3.5	22	81	9	73	30	18	23	27	1.97
267208--267374	54	3.1	53	83	5	210	29	18	19	32	1.95
267210--267406	108	1.8	108	81	2	243	31	18	18	31	1.95
267208--267430	108	2.1	108	78	3	234	30	17	19	31	1.95
273719--274091	54	6.9	54	86	0	496	30	19	17	32	1.95
274223--274248	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
275645--275685	21	2.0	21	90	0	64	29	17	26	26	1.97
276809--277015	54	3.9	54	78	1	193	32	18	15	32	1.93
283422--283487	23	2.9	23	86	0	96	78	9	10	1	1.02
283435--283487	13	4.4	13	77	15	60	77	7	13	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289174--289289	54	2.1	54	79	3	135	33	17	16	32	1.92
289660--289713	22	2.6	21	78	18	60	31	16	14	37	1.89
291413--291459	19	2.5	19	96	0	85	23	19	12	44	1.85
295554--295693	54	2.6	54	77	2	147	31	20	17	30	1.95
296065--296120	19	2.8	20	81	10	69	32	17	14	35	1.90
310428--310458	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
311333--311378	24	1.9	24	100	0	92	36	32	13	17	1.88
317218--317301	38	2.2	38	81	12	100	57	7	4	30	1.47
317686--317723	5	7.8	5	88	5	60	81	0	0	18	0.69
317674--317723	20	2.5	20	83	9	66	78	2	0	20	0.86
319383--319458	21	3.5	21	77	8	64	27	11	25	35	1.91
319418--319469	21	2.5	21	90	0	77	25	11	30	32	1.91
323034--323112	39	2.0	39	97	0	149	20	24	18	36	1.95
323281--323345	33	2.0	33	93	0	112	47	13	10	27	1.76
325309--325334	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
326985--327047	28	2.2	28	88	2	90	17	14	20	47	1.82
331859--332111	127	2.0	126	96	0	470	39	9	7	42	1.67
332568--332600	17	1.9	17	93	0	57	39	0	12	48	1.40
346971--347120	49	3.0	50	85	5	216	25	20	15	38	1.92
353036--353225	49	3.8	50	85	2	267	26	20	15	37	1.92
353037--353225	98	1.9	100	89	4	294	25	20	15	38	1.92
364859--364927	10	7.5	10	69	18	60	84	10	5	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364858--364938	18	4.4	18	87	9	110	80	12	7	0	0.91
364883--364945	10	6.5	10	77	14	60	74	14	11	0	1.07
369018--369834	404	2.0	409	87	5	1183	23	25	13	37	1.92
382777--383290	108	4.6	109	77	14	486	33	17	15	32	1.92
382777--383058	54	5.2	54	84	5	374	33	16	16	33	1.91
383019--383133	38	3.0	38	75	14	146	33	18	16	31	1.93
383076--383290	54	4.0	54	90	1	324	33	18	15	32	1.92
382954--383188	130	1.8	130	88	5	368	34	17	15	32	1.92
382899--383235	184	1.8	184	91	3	554	34	17	15	32	1.91
382834--383289	238	1.9	238	89	2	711	33	17	15	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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