genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002890.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005974_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5046466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661118--2661190	29	2.5	29	84	8	94	49	23	8	19	1.75
2662236--2662292	22	2.5	23	80	2	62	63	15	5	15	1.48
2663141--2663208	34	2.0	33	82	2	82	61	19	1	17	1.42
2663243--2663276	11	3.1	11	82	0	50	67	20	0	11	1.21
2663094--2663362	91	2.9	91	85	8	318	56	16	4	22	1.57
2663094--2663388	97	3.1	97	83	8	354	56	16	4	22	1.57
2663160--2663387	91	2.6	90	85	6	279	58	16	3	21	1.54
2664144--2664202	11	5.5	11	69	15	52	64	11	5	18	1.44
2665711--2665793	36	2.3	37	89	4	132	55	20	2	21	1.55
2665785--2665809	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
2668355--2668396	22	2.0	21	85	4	57	52	0	0	47	1.00
2668468--2668524	24	2.4	24	82	11	64	57	0	1	40	1.09
2668611--2668674	29	2.3	29	84	7	80	60	3	4	31	1.32
2670105--2670153	3	16.3	3	82	0	62	63	0	0	36	0.95
2670088--2670156	30	2.3	30	87	5	104	66	0	0	33	0.92
2670088--2670153	15	4.4	15	79	5	62	65	0	0	34	0.93
2670409--2670943	45	11.8	46	91	1	767	33	18	22	25	1.96
2670409--2670943	91	5.9	91	89	1	768	33	18	22	25	1.96
2671606--2671660	22	2.5	22	90	0	92	34	14	16	34	1.89
2675763--2675800	8	4.8	8	93	0	67	0	23	0	76	0.79
2678143--2678188	14	3.4	14	77	22	62	63	2	13	21	1.40
2680661--2680689	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681220--2681513	133	2.2	134	78	11	318	48	5	7	38	1.55
2681496--2681572	35	2.2	35	97	0	145	46	5	2	45	1.39
2683095--2683123	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2683079--2683167	20	5.1	17	73	21	60	55	0	0	44	0.99
2683121--2683167	3	15.7	3	81	0	58	57	0	0	42	0.98
2683116--2683152	12	3.0	12	96	4	65	56	0	0	43	0.99
2683130--2683167	15	2.5	15	95	0	67	57	0	0	42	0.98
2683092--2683167	27	2.8	27	82	15	70	55	0	0	44	0.99
2683438--2683506	23	3.0	23	71	0	66	30	23	23	23	1.99
2683917--2683976	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2687578--2687605	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2695053--2695108	24	2.2	25	81	6	60	30	5	14	50	1.65
2697457--2697506	19	2.7	17	77	17	55	60	0	0	40	0.97
2699167--2699207	21	2.0	20	85	9	55	43	0	9	46	1.36
2702043--2702088	24	1.9	24	81	0	56	34	6	26	32	1.82
2709023--2709051	14	2.0	15	93	6	51	41	13	24	20	1.89
2709508--2709554	19	2.5	19	100	0	94	21	25	10	42	1.85
2711142--2711167	10	2.6	10	100	0	52	73	7	0	19	1.07
2712457--2712508	21	2.5	21	100	0	104	34	25	15	25	1.95
2716091--2716162	37	1.9	37	88	5	110	36	6	26	30	1.83
2722588--2724527	8	244.8	8	88	2	2289	44	24	4	26	1.72
2722874--2722928	6	9.2	6	75	0	56	50	38	0	10	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2724826--2724886	27	2.4	25	84	12	88	59	11	0	29	1.33
2725396--2725468	20	3.7	20	90	0	119	42	19	17	20	1.89
2725665--2725729	22	3.0	22	90	0	103	24	40	13	21	1.90
2726089--2726197	20	5.5	20	82	2	112	15	16	23	44	1.86
2726089--2726200	59	1.9	59	86	0	161	15	16	23	45	1.84
2726058--2726197	39	3.7	39	81	8	157	14	17	23	45	1.85
2726106--2726200	20	4.8	20	82	2	120	12	16	22	48	1.80
2728076--2728233	20	7.5	20	80	12	156	43	22	16	17	1.88
2728119--2728162	14	3.1	15	84	12	58	52	25	13	9	1.70
2728147--2728257	40	2.9	37	83	11	122	42	20	18	18	1.90
2728279--2728461	20	9.4	20	83	11	218	18	20	23	37	1.94
2728265--2728462	96	2.1	94	92	1	324	17	21	22	38	1.93
2728945--2729041	21	4.6	21	74	3	79	23	36	17	22	1.95
2730438--2730473	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2730675--2730764	33	2.7	33	89	3	126	13	20	20	46	1.83
2730736--2730809	20	3.7	20	87	3	105	17	18	25	37	1.93
2734075--2734138	20	3.2	20	93	0	110	21	20	28	29	1.98
2734128--2734203	20	3.8	20	89	1	107	19	19	19	40	1.91
2734115--2734200	40	2.1	41	81	10	106	19	19	22	38	1.94
2734128--2734206	40	2.0	40	89	0	122	20	20	20	39	1.93
2734197--2734242	21	2.2	21	88	0	65	39	19	23	17	1.92
2737835--2737880	21	2.1	22	84	4	58	67	0	8	23	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739532--2739581	21	2.5	19	81	15	64	8	14	6	72	1.27
2758195--2758242	25	1.9	25	100	0	96	41	14	20	22	1.89
2759924--2759970	20	2.3	21	92	3	78	48	0	0	51	1.00
2760223--2760254	15	2.1	16	88	11	50	31	0	0	68	0.90
2760336--2760391	25	2.4	22	79	8	58	62	0	0	37	0.95
2760440--2760536	38	2.5	37	80	9	106	45	0	16	38	1.48
2760538--2760578	20	2.0	22	90	9	68	70	0	0	29	0.87
2762803--2763151	47	7.5	48	82	10	271	23	19	12	44	1.84
2762816--2763151	94	3.6	94	85	2	417	22	19	11	45	1.83
2762816--2763151	141	2.4	140	86	2	433	22	19	11	45	1.83
2763064--2763352	74	4.0	74	77	10	276	20	20	13	46	1.84
2763139--2763352	47	4.6	47	77	15	253	20	21	12	46	1.83
2763288--2763339	20	2.6	20	100	0	104	19	30	9	40	1.83
2763017--2763319	121	2.5	121	91	0	489	20	20	13	45	1.85
2768753--2768801	22	2.3	22	79	10	57	18	18	4	59	1.53
2772022--2772056	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2773431--2773711	30	9.5	30	67	11	105	19	14	9	56	1.65
2777298--2777360	22	2.8	23	76	9	67	77	4	14	3	1.05
2778555--2778683	35	3.6	35	77	9	116	29	18	13	37	1.90
2778719--2778819	36	2.8	35	76	11	107	32	19	11	35	1.89
2778955--2779048	35	2.6	36	86	8	122	31	18	13	36	1.90
2779205--2779268	28	2.3	27	86	5	83	31	15	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779276--2779608	134	2.5	134	80	5	370	27	33	16	21	1.95
2779629--2779726	49	2.0	49	95	0	178	29	28	16	25	1.97
2779863--2779908	16	2.9	16	81	9	51	28	0	0	71	0.86
2784987--2785140	77	2.0	77	100	0	308	29	15	16	37	1.90
2785441--2785488	17	2.9	17	84	9	55	35	2	4	58	1.29
2791388--2791419	17	1.9	17	93	6	57	37	9	21	31	1.85
2795247--2795278	16	2.0	16	100	0	64	56	0	12	31	1.37
2801493--2801569	21	3.5	22	79	10	79	22	23	16	37	1.94
2802267--2802308	12	3.5	12	87	6	59	30	52	2	14	1.54
2802260--2802308	24	2.0	24	88	7	73	32	51	4	12	1.58
2806881--2806993	30	3.8	29	83	5	138	38	8	0	52	1.39
2806888--2807017	30	4.4	28	81	12	127	37	8	2	51	1.45
2807032--2807231	29	6.8	29	83	11	194	53	1	6	39	1.34
2807022--2807340	57	5.5	58	78	12	266	52	0	7	38	1.35
2807217--2807302	25	3.4	23	70	25	66	55	1	6	36	1.34
2807231--2807304	30	2.5	30	84	4	98	56	1	8	33	1.37
2807359--2807418	31	2.0	31	83	3	77	56	1	8	33	1.39
2807369--2807430	31	2.0	31	87	0	88	56	1	4	37	1.30
2809257--2809281	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
2817179--2817297	24	5.0	24	76	6	107	19	12	16	51	1.76
2817216--2817297	12	6.8	12	73	5	67	18	8	17	56	1.65
2817181--2817272	48	1.9	48	86	4	132	21	14	16	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819807--2819866	27	2.2	27	87	0	93	43	5	18	33	1.72
2822503--2822547	23	2.0	23	82	8	56	48	0	0	51	1.00
2832879--2832907	7	4.1	7	100	0	58	31	41	13	13	1.84
2832907--2833434	237	2.2	235	80	4	564	22	25	14	37	1.92
2834556--2834627	28	2.6	28	100	0	144	27	8	4	59	1.45
2834575--2834621	14	3.4	14	71	11	51	29	4	4	61	1.34
2835338--2835376	20	2.0	20	84	0	51	30	17	23	28	1.97
2837983--2838024	11	3.8	11	84	12	59	28	2	0	69	1.01
2837982--2838024	16	2.6	17	75	20	54	30	2	0	67	1.03
2838237--2838310	16	4.4	16	77	12	85	41	5	9	43	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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