genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002890.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005974_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5046466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100688--2100712	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2103825--2104042	95	2.3	93	81	3	249	38	15	8	37	1.79
2107033--2107147	30	3.3	35	75	18	116	43	20	6	29	1.76
2107076--2107135	30	2.0	30	100	0	120	50	23	6	20	1.71
2111652--2111736	37	2.3	37	86	6	120	41	20	5	32	1.76
2112592--2112686	17	5.5	17	92	1	109	36	9	25	28	1.87
2112592--2112686	34	2.7	35	86	3	120	36	9	25	28	1.87
2113257--2113377	33	3.5	33	82	11	163	38	36	10	14	1.80
2114591--2114737	75	2.0	75	84	0	195	39	12	12	34	1.82
2114877--2115166	153	1.9	153	91	2	476	41	8	10	38	1.71
2115346--2115638	108	2.7	106	79	4	316	36	10	11	40	1.77
2116379--2116430	24	2.2	24	92	0	86	13	11	21	53	1.70
2116372--2116427	14	4.3	14	73	17	57	12	14	23	50	1.77
2116392--2116447	24	2.3	24	87	0	76	12	10	17	58	1.61
2117522--2117582	16	3.8	16	86	0	95	11	13	19	55	1.67
2121663--2121692	15	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2127725--2127772	23	2.1	22	85	11	62	68	4	14	12	1.34
2127725--2127774	24	2.1	23	81	3	55	70	4	14	12	1.31
2132090--2132132	11	4.0	11	87	3	61	0	4	9	86	0.71
2135401--2135449	19	2.5	19	83	9	55	34	14	28	22	1.93
2135871--2136099	54	4.2	54	90	0	341	31	16	19	32	1.94
2135871--2136127	54	4.8	54	88	0	325	33	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136870--2136897	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
2144253--2144288	15	2.4	15	90	0	54	25	27	38	8	1.84
2144308--2144354	17	2.8	17	100	0	94	21	21	25	31	1.98
2145783--2145865	43	2.0	42	97	2	157	28	15	24	31	1.96
2145784--2145917	43	3.1	42	83	5	144	32	14	20	32	1.93
2147087--2147688	38	15.7	38	82	2	688	25	18	16	40	1.91
2147087--2147688	153	3.9	152	84	3	724	25	18	16	40	1.91
2156238--2156297	21	2.9	21	82	0	75	26	21	28	23	1.99
2157418--2157452	3	11.7	3	88	11	54	34	0	0	65	0.93
2157415--2157452	11	3.3	11	92	7	58	34	0	0	65	0.93
2157413--2157452	17	2.5	16	88	11	64	35	0	0	65	0.93
2161146--2161309	64	2.5	65	79	4	179	26	15	24	34	1.95
2161271--2161310	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2163863--2163917	21	2.6	21	82	5	67	29	21	25	23	1.99
2169732--2169780	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2169732--2169911	64	2.8	60	76	14	166	27	15	26	30	1.96
2169858--2169894	19	1.9	19	94	0	65	24	16	37	21	1.93
2169922--2169982	21	2.9	21	97	0	113	22	14	29	32	1.94
2170389--2170460	24	2.7	26	81	14	85	26	4	11	58	1.50
2171203--2171373	55	3.1	55	93	1	281	29	8	9	52	1.64
2171622--2171653	16	2.0	16	93	0	55	65	0	3	31	1.08
2172409--2172471	19	3.3	19	97	0	117	26	12	34	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173410--2173440	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2173691--2173763	18	3.9	18	82	7	92	27	28	21	21	1.99
2173690--2173766	38	2.0	38	89	0	118	27	27	22	23	1.99
2179070--2179117	23	2.1	23	100	0	96	22	8	27	41	1.82
2181406--2181448	20	2.0	21	83	16	54	39	6	2	51	1.42
2188291--2188648	83	4.3	82	78	7	341	27	18	20	33	1.96
2188373--2188648	124	2.2	124	83	3	351	27	18	19	34	1.96
2188291--2188648	40	8.7	41	81	6	332	27	18	20	33	1.96
2192671--2193020	43	8.2	42	82	4	405	24	24	18	32	1.97
2192671--2193013	128	2.7	127	87	3	481	25	24	17	32	1.97
2192672--2193002	171	1.9	171	84	4	445	25	24	17	32	1.97
2203944--2203977	16	2.1	16	94	0	59	41	26	0	32	1.56
2206959--2207023	22	3.0	22	83	0	85	30	24	18	26	1.98
2207904--2207958	20	2.8	20	100	0	110	25	34	16	23	1.95
2217719--2217939	29	7.5	30	77	7	184	56	8	15	20	1.65
2217723--2217939	59	3.7	59	77	4	215	56	8	15	19	1.65
2219579--2219689	35	3.2	34	83	6	143	42	20	0	36	1.59
2220747--2220859	35	3.2	34	83	5	145	36	0	21	41	1.59
2220958--2221033	29	2.5	30	77	10	75	32	11	27	27	1.92
2222877--2222928	20	2.6	20	96	0	95	38	26	11	23	1.89
2224453--2224588	26	5.2	26	90	0	200	29	17	28	24	1.97
2225463--2225495	17	1.9	17	93	0	57	24	9	0	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240902--2240944	22	1.9	23	90	4	70	60	0	2	37	1.10
2242257--2242293	18	2.0	19	89	5	58	13	2	13	70	1.28
2244572--2244612	17	2.4	17	95	0	73	31	51	0	17	1.46
2244718--2244767	9	5.9	9	79	13	52	36	0	0	64	0.94
2244716--2244769	17	3.3	16	80	12	56	33	0	0	66	0.92
2262730--2262774	18	2.5	18	96	0	81	66	0	15	17	1.25
2263893--2263968	15	5.3	15	71	15	61	55	2	1	40	1.22
2263915--2263982	21	3.2	21	63	8	57	52	5	2	38	1.41
2263892--2263983	42	2.2	42	96	1	168	52	4	2	41	1.33
2273115--2273154	10	4.0	10	90	0	62	45	40	12	2	1.56
2277302--2277365	20	3.2	20	81	16	71	17	18	14	50	1.79
2278662--2278770	16	6.8	17	74	14	79	77	0	15	5	0.99
2278679--2278756	23	3.3	24	72	13	72	79	0	16	3	0.87
2278690--2278777	18	5.0	18	78	12	85	78	0	17	4	0.91
2278695--2278753	14	4.5	13	80	16	59	81	0	15	3	0.82
2278661--2278768	49	2.2	50	80	11	123	78	0	14	5	0.97
2280689--2280854	54	3.1	54	83	1	208	28	11	18	42	1.84
2281552--2282239	136	5.1	136	86	1	916	36	16	20	26	1.94
2286219--2286256	20	1.9	20	94	0	67	18	21	26	34	1.96
2286220--2286279	9	6.3	9	79	11	66	16	25	30	28	1.97
2286220--2286279	19	3.2	18	85	7	57	16	25	30	28	1.97
2286220--2286279	28	2.1	28	84	9	77	16	25	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286273--2286347	17	4.4	17	94	0	123	17	41	24	17	1.90
2287229--2287353	63	2.0	64	82	7	157	17	28	28	25	1.98
2293603--2293728	17	7.4	17	97	0	225	17	43	23	15	1.87
2293718--2293747	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
2293718--2293743	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
2294617--2294693	31	2.5	31	78	2	82	15	25	31	27	1.96
2295959--2296077	60	2.0	60	86	0	166	32	16	16	33	1.92
2300170--2300208	18	2.2	17	86	4	51	64	2	7	25	1.33
2302181--2302389	30	7.1	30	73	11	121	58	8	13	19	1.59
2303805--2303829	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2306271--2306362	21	4.5	21	86	1	89	35	26	15	22	1.94
2306307--2306365	21	2.8	21	94	0	100	33	28	13	23	1.93
2306287--2306365	41	1.9	42	81	2	97	35	26	13	24	1.93
2312689--2312757	18	3.6	18	74	20	59	34	20	15	28	1.94
2313664--2313793	66	2.0	66	84	0	170	36	21	21	20	1.96
2315562--2315662	14	7.2	14	77	6	82	30	12	27	28	1.93
2315562--2315662	28	3.6	28	88	5	143	30	12	27	28	1.93
2317726--2317830	31	3.3	31	68	15	86	40	23	15	20	1.91
2326464--2326551	22	3.9	22	79	8	79	19	27	28	25	1.99
2326486--2326530	23	1.9	24	95	4	83	22	26	26	24	2.00
2345560--2345645	32	2.7	32	94	0	145	15	26	30	27	1.96
2347549--2347633	15	5.7	15	77	5	64	27	32	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347551--2347657	30	3.7	29	75	7	83	26	28	22	22	1.99
2350071--2350139	31	2.2	31	82	5	77	24	14	17	43	1.86
2351782--2351858	38	2.0	38	100	0	154	32	10	12	44	1.77
2351798--2351861	19	3.4	19	64	23	53	29	9	14	46	1.75
2358256--2358321	26	2.6	25	78	9	71	59	3	0	37	1.13
2360500--2360547	16	2.9	16	90	6	78	47	0	10	41	1.37
2360500--2360546	17	2.8	17	93	3	78	48	0	8	42	1.33
2372933--2372971	19	2.1	19	95	0	69	82	0	10	7	0.86
2373130--2373168	14	2.9	14	84	3	53	48	10	25	15	1.76
2373123--2373211	35	2.5	35	80	7	108	48	10	24	16	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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