genome.fa.s2890.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002890.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005974_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5046466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373261--2373692	183	2.3	184	86	5	595	42	3	23	30	1.71
2374149--2374217	13	5.3	13	76	13	61	36	13	0	50	1.41
2374158--2374234	39	2.0	39	89	5	120	40	11	0	48	1.40
2374357--2374406	26	2.0	24	88	7	73	54	0	6	40	1.25
2374349--2374414	13	5.1	12	77	17	53	56	0	9	34	1.31
2374332--2374425	39	2.4	39	82	7	102	50	0	11	38	1.39
2374821--2374888	2	34.5	2	97	2	129	50	0	0	50	1.00
2376424--2376571	44	3.3	44	80	7	140	18	23	25	31	1.98
2381995--2382051	29	1.9	30	89	3	89	36	8	19	35	1.83
2384892--2384937	16	2.9	15	84	12	65	15	2	6	76	1.09
2387945--2387978	13	2.6	13	100	0	68	20	32	5	41	1.76
2390420--2390450	16	2.0	16	93	6	55	74	6	0	19	1.03
2391671--2391729	17	3.5	17	100	0	118	54	16	18	10	1.70
2392372--2392459	3	29.3	3	100	0	176	34	0	0	65	0.93
2394517--2394775	7	36.3	7	74	18	196	54	3	1	40	1.26
2395662--2395703	16	2.7	16	81	3	50	11	11	11	64	1.51
2397337--2397368	15	2.1	15	94	0	55	59	9	6	25	1.52
2401443--2401554	24	4.8	23	79	9	113	33	23	21	21	1.97
2401465--2401565	47	2.1	47	85	3	132	34	23	21	19	1.96
2401489--2401565	23	3.3	23	87	3	109	32	24	23	19	1.97
2413554--2413625	24	3.0	24	79	2	83	33	20	20	25	1.97
2413715--2413908	57	3.4	57	76	10	182	37	17	5	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432173--2432219	22	2.1	22	88	0	67	44	12	21	21	1.85
2435073--2435422	2	184.5	2	69	24	160	54	6	0	38	1.29
2435062--2435409	7	48.0	7	72	16	232	54	6	0	38	1.29
2442575--2442621	20	2.3	20	100	0	94	23	31	12	31	1.92
2442571--2442623	20	2.3	23	75	24	67	24	32	11	32	1.91
2447730--2447765	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
2448063--2448103	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2452186--2452239	21	2.6	21	100	0	108	40	9	16	33	1.80
2452728--2452785	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
2453251--2453302	2	26.5	2	96	3	97	48	0	0	51	1.00
2453839--2453915	32	2.4	32	81	10	104	31	19	15	33	1.93
2453839--2453928	32	2.8	32	77	8	94	33	16	17	32	1.93
2453923--2453992	30	2.3	30	80	2	77	20	17	27	35	1.94
2456443--2456480	20	1.9	20	88	0	58	36	18	18	26	1.94
2458032--2458076	17	2.6	17	85	0	63	31	6	13	48	1.68
2466646--2466737	18	5.1	18	80	5	71	33	10	13	42	1.78
2469340--2469392	17	3.4	17	70	20	60	30	9	15	45	1.77
2469340--2469400	30	2.0	30	100	0	122	31	9	13	45	1.75
2469528--2469554	14	1.9	14	100	0	54	22	0	7	70	1.12
2471879--2471916	20	1.9	20	88	0	58	36	23	18	21	1.95
2478049--2478086	19	2.0	19	100	0	76	42	15	5	36	1.70
2478528--2478619	46	2.0	46	100	0	184	21	21	17	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490543--2490590	18	2.5	20	80	12	57	29	16	22	31	1.96
2490776--2490815	20	2.0	20	85	0	53	40	20	15	25	1.90
2495509--2495656	78	1.9	78	92	0	251	22	16	16	43	1.87
2498357--2498386	14	2.1	14	93	0	51	20	13	6	60	1.55
2501272--2501372	36	2.8	35	86	7	141	34	22	20	21	1.97
2504223--2504274	20	2.6	19	79	8	59	65	0	0	34	0.93
2504136--2504368	120	2.0	120	82	5	294	46	7	8	38	1.61
2504414--2504449	18	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
2504455--2504505	3	17.0	3	95	0	93	64	0	1	33	1.05
2505418--2505456	18	2.0	20	90	9	64	2	17	5	74	1.12
2505956--2506027	3	24.7	3	81	16	89	68	0	1	30	0.99
2505956--2506019	24	2.7	24	90	4	103	68	0	1	29	0.99
2505956--2506025	7	8.8	8	77	16	74	68	0	1	30	0.98
2506227--2506561	124	2.7	122	88	4	496	26	18	14	40	1.89
2506458--2507004	113	5.0	106	84	8	402	27	20	14	37	1.92
2506565--2507043	113	4.2	113	93	0	805	28	20	15	35	1.93
2507759--2507982	115	2.0	114	93	0	385	29	21	16	32	1.95
2516066--2516097	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2520028--2520079	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
2519935--2520174	120	2.0	120	84	6	319	47	7	7	37	1.60
2520219--2520254	18	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
2520260--2520313	16	3.2	16	78	5	54	62	1	5	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521198--2521236	18	2.0	20	90	9	64	0	20	5	74	1.01
2521567--2521646	3	26.7	3	90	9	128	67	0	0	32	0.91
2521580--2521665	41	2.1	41	85	8	113	69	0	3	26	1.04
2533327--2533365	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2534811--2535324	133	3.9	133	87	3	725	28	17	14	39	1.88
2534802--2535322	66	7.9	66	85	4	665	28	17	14	39	1.88
2535114--2535220	30	3.4	30	65	18	83	28	14	13	43	1.82
2535208--2535328	36	3.5	36	69	17	103	28	17	13	40	1.87
2535323--2536372	139	7.6	139	82	1	1248	31	27	13	26	1.94
2535339--2536372	278	3.7	278	90	0	1536	31	27	13	26	1.94
2544015--2544400	200	1.9	200	96	0	709	24	23	17	34	1.95
2548808--2548846	17	2.3	17	86	0	51	35	2	0	61	1.10
2552708--2552766	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
2552766--2552851	2	43.5	2	97	2	165	0	0	48	51	1.00
2558307--2558426	46	2.7	41	94	5	150	33	22	7	36	1.82
2558294--2558446	44	3.4	45	93	4	256	32	24	5	37	1.79
2561701--2562314	255	2.4	255	84	5	838	30	17	18	34	1.94
2565313--2565355	20	2.2	20	86	0	59	18	4	18	58	1.56
2565352--2565463	49	2.4	46	81	12	131	38	6	21	33	1.79
2565810--2565835	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
2567565--2567671	42	2.6	41	83	1	124	28	21	17	31	1.96
2567586--2567671	41	2.1	42	84	2	111	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567304--2567955	260	2.5	261	85	2	873	29	17	20	32	1.95
2568140--2568517	121	3.1	121	83	2	454	39	16	17	25	1.91
2568651--2568705	3	18.7	3	84	3	76	36	1	0	61	1.06
2568637--2568704	32	2.1	32	88	0	100	38	1	0	60	1.06
2569975--2570072	19	4.8	19	69	16	63	26	5	0	68	1.10
2570390--2570420	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2579804--2579840	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
2604515--2604862	81	4.3	81	93	1	583	35	14	20	29	1.92
2604798--2604929	67	2.0	66	92	1	219	34	14	19	31	1.92
2604864--2605317	81	5.6	81	90	0	710	34	14	22	29	1.93
2604515--2605335	162	5.2	161	87	5	1134	34	14	21	29	1.93
2608367--2608400	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
2609390--2609419	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
2611988--2612036	25	2.0	25	91	0	80	48	14	14	22	1.79
2613207--2613276	28	2.5	27	82	13	79	7	21	0	71	1.09
2613274--2613315	22	1.9	22	85	9	59	7	23	7	61	1.47
2613979--2614080	11	9.4	11	79	8	95	1	16	0	81	0.78
2613981--2614080	23	4.4	22	83	11	114	2	16	0	82	0.77
2613982--2614068	28	3.1	28	85	9	106	2	14	0	82	0.76
2613979--2614084	37	3.0	35	82	12	110	1	17	0	80	0.81
2613979--2614083	6	17.7	6	73	20	87	1	17	0	80	0.79
2623137--2623238	47	2.1	49	85	8	138	46	12	12	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623158--2623243	25	3.5	25	79	19	101	46	13	12	26	1.80
2623231--2623265	18	1.9	18	94	0	61	51	8	5	34	1.56
2626534--2626588	22	2.6	21	80	13	51	23	12	40	23	1.89
2626931--2626973	20	2.2	19	83	4	50	41	20	6	30	1.79
2628850--2629001	29	5.3	29	70	7	112	23	23	13	40	1.90
2628820--2628992	58	3.0	58	80	4	172	23	23	12	40	1.89
2640859--2640900	20	2.1	20	90	0	66	19	30	9	40	1.83
2655290--2655324	13	2.7	13	90	0	52	22	17	11	48	1.79
2657746--2657845	34	2.9	34	81	3	110	44	20	1	35	1.58
2657842--2657916	35	2.1	35	82	4	89	37	0	18	44	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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