genome.fa.s3112.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003112.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006507_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  642031

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--154	50	3.1	50	96	0	290	38	22	13	25	1.91
61--301	130	1.8	131	96	0	448	38	22	13	25	1.91
1406--1459	12	4.7	11	86	6	63	3	9	3	83	0.89
1437--1462	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
14392--14543	3	50.7	3	94	0	259	63	0	1	34	1.06
14876--14919	22	2.0	21	82	4	52	40	29	15	13	1.86
16213--16259	22	2.1	22	84	4	58	57	4	4	34	1.38
17589--17657	28	2.4	28	83	7	77	50	20	1	27	1.56
17730--17783	20	2.8	20	78	13	67	40	20	5	33	1.76
17874--18620	286	2.6	286	83	6	875	32	14	6	47	1.69
20394--20427	2	17.5	2	87	6	52	52	2	0	44	1.16
27350--27381	7	4.9	7	88	11	50	40	0	15	43	1.47
27339--27425	44	2.0	44	86	8	124	37	1	19	41	1.59
27389--27440	26	2.0	26	92	0	86	32	1	23	42	1.65
27416--27464	19	2.5	20	80	9	57	32	4	22	40	1.73
27520--27586	7	9.6	7	74	18	50	34	10	1	53	1.44
27519--27613	15	6.3	15	73	18	72	36	9	1	52	1.41
27547--27812	2	137.0	2	64	20	75	41	6	3	49	1.44
27520--27592	13	5.3	13	76	12	65	35	9	1	53	1.42
27530--27612	36	2.4	33	86	9	112	37	9	1	51	1.42
27721--27760	19	2.1	19	90	0	62	42	7	0	50	1.30
27854--27885	16	2.0	16	93	0	55	53	6	3	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27918--27955	20	1.9	20	84	10	51	42	21	5	31	1.75
27964--28017	11	5.0	11	72	18	51	50	0	3	46	1.19
29432--29461	15	2.1	14	93	6	51	60	0	0	40	0.97
29396--29490	37	2.6	38	89	3	140	53	3	1	42	1.23
29436--29486	15	3.4	15	81	7	50	54	1	0	43	1.11
29446--29489	22	2.0	23	86	4	63	56	2	0	40	1.11
29396--29556	38	4.3	37	79	8	148	50	5	2	41	1.39
32308--32336	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
32659--32706	24	2.0	24	87	0	69	25	20	14	39	1.91
32703--32841	40	3.4	40	72	9	127	23	17	33	24	1.96
33052--33123	36	1.9	37	83	13	94	43	6	18	31	1.76
33020--33210	102	1.9	99	81	5	231	38	10	17	33	1.84
33604--33637	16	2.1	16	94	0	59	23	0	26	50	1.50
38076--38108	13	2.5	13	95	0	57	33	18	15	33	1.92
39176--39279	3	36.0	3	86	9	137	31	0	0	66	1.05
40516--40568	20	2.5	22	76	11	58	32	5	5	56	1.46
41506--41551	2	22.5	2	95	4	83	47	2	0	50	1.13
44782--44813	15	2.1	15	94	0	55	21	18	9	50	1.75
58250--58298	20	2.5	20	100	0	98	38	32	0	28	1.57
58438--58490	28	1.9	28	92	3	90	20	3	15	60	1.50
58703--58759	27	2.1	27	87	6	80	47	1	5	45	1.35
58725--58830	40	2.7	39	78	11	117	41	3	6	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58824--58893	28	2.4	28	81	11	79	51	1	4	42	1.30
66204--66232	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
67746--67807	19	3.3	19	64	8	54	29	3	24	43	1.70
67727--67849	38	3.2	38	95	0	210	30	4	21	43	1.71
68979--69071	31	3.0	31	96	0	168	37	13	23	24	1.92
70248--70285	11	3.5	11	89	3	60	55	0	0	44	0.99
73378--73451	27	2.7	27	97	0	139	40	14	2	41	1.60
74801--74894	33	2.9	33	91	1	154	45	14	6	32	1.71
74889--74930	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
81495--81519	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
81591--81625	10	3.4	10	88	7	52	20	5	0	74	1.02
90878--90936	29	2.0	29	96	0	109	23	11	13	50	1.74
99586--99625	21	1.9	21	85	10	55	32	2	10	55	1.47
103287--103342	29	1.9	29	100	0	112	25	14	12	48	1.78
103392--103443	11	4.7	11	77	13	54	28	0	17	53	1.44
103387--103461	33	2.3	33	97	0	141	28	0	20	52	1.47
106583--106902	22	14.6	22	85	3	376	42	0	8	48	1.34
106926--106984	31	1.9	31	96	0	109	44	6	5	44	1.52
108988--109031	18	2.2	21	84	11	58	20	18	18	43	1.89
110240--110293	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
110280--110435	20	7.6	20	69	15	86	37	23	19	19	1.94
110343--110577	20	11.6	20	75	9	201	38	24	18	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110343--110573	121	1.9	121	86	3	331	38	24	17	19	1.93
111085--111154	20	3.5	20	86	3	88	47	22	18	11	1.81
111094--111155	19	3.2	19	86	2	79	46	20	17	14	1.83
111102--111168	19	3.5	19	85	2	80	46	22	17	13	1.83
111207--111262	20	2.8	20	78	10	78	17	25	17	39	1.92
113156--113222	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
113113--113222	42	2.6	42	81	7	116	23	32	20	23	1.98
114576--114611	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
114738--114773	18	2.0	18	94	0	63	30	27	30	11	1.91
114825--114908	20	4.3	19	83	5	105	15	21	17	45	1.85
114825--114908	39	2.2	39	82	4	107	15	21	17	45	1.85
114918--114991	20	3.7	20	66	16	53	24	16	25	33	1.95
117442--117488	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
117446--117497	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
118344--118409	20	3.3	20	85	4	73	24	18	19	37	1.93
118399--118472	21	3.5	21	84	0	85	36	16	24	22	1.94
118998--119042	18	2.4	18	82	10	56	55	0	2	42	1.12
123296--123378	3	27.3	3	81	11	98	66	1	1	31	1.07
123299--123390	44	2.1	44	84	11	118	65	1	1	32	1.07
123433--123484	27	2.0	26	88	3	77	51	1	0	46	1.12
123375--123512	61	2.3	61	77	11	140	50	3	0	45	1.24
123495--123598	38	2.7	38	82	11	124	44	10	3	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123598--123637	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
123566--123614	25	1.9	26	88	12	75	42	8	2	46	1.45
123623--123714	37	2.4	37	83	10	105	43	6	4	45	1.49
135780--135813	18	1.9	18	94	5	61	41	0	2	55	1.15
136324--136370	18	2.7	17	83	3	58	36	8	27	27	1.86
136695--136720	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
136705--137453	256	2.9	257	88	7	1100	39	19	13	27	1.89
138788--138865	25	3.2	25	85	7	115	61	7	3	26	1.41
138789--138875	23	3.8	23	80	11	81	62	8	3	26	1.39
144467--144530	3	21.0	3	90	3	101	37	0	0	62	0.95
148602--148646	18	2.5	18	92	0	72	24	11	6	57	1.57
151968--152019	21	2.5	20	75	3	50	40	19	23	17	1.91
152008--152101	20	4.7	20	80	7	100	34	24	18	23	1.96
152655--152744	19	4.7	19	90	2	144	11	20	21	47	1.80
152655--152744	39	2.3	38	92	1	144	11	20	21	47	1.80
152674--152755	39	2.1	39	84	6	105	8	20	25	45	1.80
152727--152811	33	2.5	33	90	1	125	12	23	24	38	1.90
154780--154902	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
154836--154902	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
156261--156294	14	2.4	14	95	0	59	32	0	23	44	1.54
156423--156458	18	2.0	18	94	0	63	30	27	30	11	1.91
156529--156616	39	2.3	39	86	4	115	15	20	19	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156491--156616	19	6.8	20	75	12	117	13	19	21	46	1.84
158921--158945	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
159120--159173	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
160276--160329	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
160258--160328	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
160271--160348	33	2.4	33	91	0	120	14	21	21	42	1.88
160436--160472	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
162264--162314	19	2.6	20	71	3	59	41	21	23	13	1.89
162362--162419	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
162345--162435	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81

Tables:   1   2   3   4   5