genome.fa.s3112.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003112.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006507_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  642031

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162420--162474	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
162956--163000	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
164621--164664	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
164835--164929	41	2.3	41	88	0	145	22	16	23	37	1.93
164838--164927	20	4.4	21	72	13	71	22	16	23	37	1.93
164852--164947	41	2.3	41	82	3	113	20	20	22	35	1.96
169275--169629	46	7.8	46	92	1	570	26	21	18	33	1.96
169275--169629	137	2.6	137	93	0	584	26	21	18	33	1.96
169888--169960	3	24.0	3	83	8	94	36	0	0	63	0.95
171684--171730	18	2.6	18	80	10	51	36	2	2	59	1.21
174325--174471	24	6.0	24	84	4	161	23	1	29	44	1.62
174568--174642	27	2.7	27	89	6	107	56	6	9	28	1.56
174550--174696	28	5.5	26	78	10	113	55	7	9	27	1.58
174568--174710	28	5.4	25	78	9	115	56	9	9	24	1.60
177426--177934	170	3.0	168	83	4	612	28	16	19	34	1.94
178061--178142	34	2.4	34	93	2	139	19	15	14	50	1.79
178061--178150	33	2.7	33	84	6	112	20	17	13	48	1.80
179217--179260	18	2.5	18	88	3	72	54	18	0	27	1.44
181063--181121	30	2.0	30	100	0	118	44	0	33	22	1.53
182170--182217	12	4.2	12	81	10	64	16	16	25	41	1.89
182172--182215	22	2.0	22	90	0	70	13	18	27	40	1.88
184302--184369	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186012--186055	22	2.0	22	86	4	61	47	4	0	47	1.22
192687--192734	20	2.4	20	96	0	87	22	18	22	35	1.96
193696--193736	20	2.0	20	100	0	82	36	14	9	39	1.79
196246--196280	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
196246--196307	28	2.3	25	81	13	70	38	0	9	51	1.35
196246--196296	19	2.8	18	84	3	57	37	0	9	52	1.34
196252--196308	26	2.1	28	87	6	82	42	0	8	49	1.34
196426--196554	31	4.2	31	82	2	118	53	13	17	15	1.73
196942--196979	20	1.9	20	89	10	60	13	10	39	36	1.79
198989--199013	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
200851--201414	110	5.1	110	87	2	729	29	16	22	31	1.95
202562--202595	12	2.9	12	91	4	52	8	5	0	85	0.75
202574--202624	18	2.9	18	80	11	61	9	11	1	76	1.10
209250--209295	24	1.9	24	82	8	58	8	28	4	58	1.47
223521--223623	40	2.6	40	98	0	197	30	16	11	41	1.84
224061--224141	2	40.5	2	100	0	162	49	0	0	50	1.00
227783--227889	24	4.5	24	71	10	94	19	15	16	47	1.82
227797--227888	12	7.8	12	68	11	55	19	14	17	48	1.80
227820--227889	19	3.2	19	68	30	50	18	12	17	51	1.76
227783--227892	48	2.3	48	85	4	143	20	15	16	48	1.82
232549--232641	12	7.8	12	72	13	66	18	12	18	50	1.78
232549--232643	24	4.0	24	82	8	104	18	12	17	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232552--232643	48	1.9	48	84	4	123	18	13	17	51	1.77
240082--240143	21	3.0	21	92	0	106	24	22	22	30	1.99
240825--240885	31	2.0	31	87	6	88	42	19	14	22	1.88
251009--251058	24	2.1	24	100	0	100	48	16	12	24	1.79
253222--253329	55	2.0	54	88	1	162	48	16	16	18	1.82
260898--260936	18	2.2	18	95	0	69	20	25	28	25	1.99
262445--262769	111	3.0	111	89	5	506	45	10	6	37	1.65
263594--263761	31	5.5	30	77	11	103	41	4	7	47	1.52
263705--263769	31	2.2	31	83	10	91	36	9	7	46	1.65
263619--263769	60	2.5	60	75	11	146	40	5	7	47	1.54
265333--265442	29	3.8	29	95	2	195	17	20	16	45	1.85
265813--265969	64	2.5	63	78	10	167	26	19	20	33	1.96
272231--272340	29	3.8	29	92	2	177	17	21	17	43	1.88
272715--272871	64	2.5	64	75	10	151	27	16	19	36	1.93
274594--274632	16	2.3	18	91	8	64	51	0	0	48	1.00
280730--280787	29	2.0	29	86	6	82	34	24	8	32	1.86
281924--281971	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
282353--282404	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
282363--282425	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
282826--282951	39	3.2	39	97	0	234	17	13	20	48	1.81
283210--283246	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
283494--283544	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283818--283880	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
284026--284090	29	2.2	29	81	10	71	41	0	4	53	1.21
284189--284230	22	1.9	22	90	9	68	42	14	11	30	1.81
284226--284918	183	3.8	183	96	1	1223	33	16	14	36	1.89
286109--286183	3	25.0	3	79	0	78	25	34	5	34	1.79
287645--289004	392	3.4	396	98	1	2628	30	16	16	36	1.91
287645--289004	198	6.9	198	98	1	2628	30	16	16	36	1.91
289120--289168	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
290954--291016	30	2.0	30	84	9	81	23	47	0	28	1.52
291050--291114	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
293335--293380	20	2.4	18	82	10	65	19	17	8	54	1.68
293500--293545	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
293611--294059	229	2.0	227	93	2	776	39	7	8	45	1.62
294389--294419	13	2.4	13	88	0	53	32	16	0	51	1.44
303359--303480	60	2.0	60	91	0	199	31	16	19	31	1.94
303366--303517	60	2.5	60	84	6	175	29	16	19	34	1.93
304336--304408	21	3.6	21	71	16	55	35	6	1	56	1.35
304434--304494	4	15.2	4	96	0	86	49	6	0	44	1.28
307779--307810	15	2.0	17	88	11	50	28	25	12	34	1.92
316961--317012	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
317001--317114	20	5.7	20	79	10	106	31	25	17	25	1.97
316998--317114	61	1.9	61	84	3	155	33	24	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317672--317713	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
317709--317873	19	9.1	19	74	15	134	13	23	20	43	1.86
317709--317873	33	4.6	38	77	13	125	13	23	20	43	1.86
317763--317848	33	2.6	33	88	1	136	13	25	22	38	1.91
317816--317873	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
319926--319992	21	3.2	21	70	6	64	23	37	20	17	1.94
319874--319953	42	1.9	42	84	0	106	21	37	17	23	1.94
321349--321384	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
321491--321580	33	2.7	33	89	0	135	43	18	22	15	1.88
321491--321551	19	3.5	19	70	21	60	44	19	22	13	1.85
321576--321706	19	7.7	19	65	23	85	14	22	20	42	1.88
321580--321706	33	3.9	32	86	8	184	14	22	20	42	1.88
321573--321705	66	2.0	66	95	0	239	16	21	20	41	1.90
323995--324019	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
324194--324247	24	2.2	24	86	0	72	42	20	12	24	1.87
325303--325360	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
325383--325455	14	4.5	15	74	22	60	13	19	19	47	1.82
325379--325444	18	3.8	18	83	15	86	13	19	18	48	1.81
325562--325598	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
327463--327530	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
327519--327608	14	5.9	14	76	19	90	47	25	17	8	1.77
327503--327613	32	3.4	32	97	1	204	46	24	18	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327642--327699	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
327625--327715	32	2.8	33	91	3	157	13	18	20	47	1.82
327700--327743	20	2.2	20	84	4	54	18	22	20	38	1.93
327709--327754	20	2.3	20	92	0	74	15	19	26	39	1.91
328236--328280	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
329906--329949	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
330137--330250	20	5.7	20	81	6	113	25	18	25	30	1.98
330117--330252	41	3.3	41	78	6	150	25	17	24	33	1.97
330240--330332	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
330179--330313	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5