genome.fa.s3208.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006753_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1278004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010--1053	14	3.1	14	81	12	54	43	25	9	22	1.82
3545--3670	62	2.0	62	92	0	207	42	12	4	40	1.64
15019--15178	61	2.6	61	92	0	266	45	7	3	43	1.47
15163--15205	18	2.5	17	76	3	50	48	0	0	51	1.00
16295--16346	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
16335--16388	20	2.7	20	91	0	90	31	22	18	27	1.97
16365--16443	41	1.9	41	89	0	122	40	22	13	22	1.90
16375--16449	21	3.6	21	70	10	64	40	22	16	21	1.91
16617--16660	22	2.0	22	91	8	72	22	43	15	18	1.88
16904--16967	20	3.2	20	86	0	83	15	18	21	43	1.87
17104--17158	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
18287--18331	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
18819--18885	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
18874--18931	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
18858--18948	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
18966--19033	20	3.5	20	72	10	59	16	20	22	41	1.90
19395--19473	42	1.9	41	92	2	131	21	41	15	21	1.89
20898--20933	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
21070--21137	19	3.8	19	81	14	92	48	17	20	13	1.80
21164--21231	20	3.4	20	72	8	75	16	23	23	36	1.94
21142--21233	40	2.5	36	83	13	109	16	22	20	40	1.91
21445--21494	20	2.5	20	76	0	64	22	16	22	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21522--21572	20	2.5	20	87	3	66	21	23	17	37	1.94
21769--21802	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
22356--22409	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
22584--22610	12	2.2	12	100	0	54	74	0	25	0	0.83
24906--25036	19	7.7	19	61	23	67	41	19	20	18	1.91
24907--25039	33	4.0	33	91	1	196	39	19	20	20	1.92
25049--25100	14	3.4	14	72	23	50	7	25	23	44	1.79
25032--25121	33	2.7	33	87	0	126	14	21	18	45	1.85
25228--25261	14	2.4	14	95	0	59	44	23	0	32	1.54
26659--26812	42	3.7	41	76	5	164	23	18	36	22	1.95
26650--26824	84	2.1	84	95	0	314	25	17	36	21	1.95
27044--27228	91	2.0	91	87	8	268	48	18	10	22	1.78
28940--29038	33	3.0	33	90	1	153	40	23	25	11	1.87
28915--29060	19	8.1	19	71	17	105	43	20	23	12	1.86
29631--29683	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
29796--29836	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
37461--37502	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
37893--37939	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
38333--38432	39	2.6	39	85	1	130	29	25	27	19	1.98
39566--39596	16	2.0	16	93	6	55	35	12	12	38	1.82
41777--41854	24	3.2	24	90	0	84	17	15	17	48	1.81
41801--41853	12	4.4	12	80	0	61	15	16	18	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41810--41861	24	2.2	24	85	0	68	21	13	19	46	1.84
41827--41896	31	2.3	31	82	0	77	25	10	15	48	1.76
46533--46613	24	3.4	24	84	6	119	14	12	19	53	1.73
46514--46613	48	2.1	48	86	0	137	18	12	19	51	1.76
46533--46613	12	6.8	12	75	10	76	14	12	19	53	1.73
46533--46667	24	5.8	24	74	5	96	23	8	17	49	1.75
46997--47025	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
52201--52505	160	1.9	160	95	0	556	37	20	18	23	1.94
54096--54139	2	22.0	2	90	0	70	47	2	2	47	1.27
60219--60258	21	1.9	21	100	0	80	37	25	15	22	1.93
69553--69588	18	2.0	18	88	0	54	25	2	25	47	1.65
72423--72485	23	3.1	19	72	18	63	22	34	20	22	1.96
75811--75872	21	3.1	19	84	11	70	22	35	19	22	1.96
77285--77403	63	1.9	63	91	0	193	22	21	14	42	1.89
79923--80065	2	71.5	2	100	0	286	50	49	0	0	1.00
82540--82608	32	2.2	32	91	0	111	30	14	23	31	1.94
82974--83146	40	4.2	40	67	12	100	26	35	16	21	1.94
83004--83202	43	4.7	42	67	14	131	28	34	16	20	1.95
82904--83422	126	4.0	126	85	3	655	27	31	17	23	1.97
85886--85932	16	2.9	16	75	9	51	42	4	0	53	1.20
87064--87404	9	35.9	9	69	22	102	16	8	1	73	1.15
87130--87399	5	54.4	5	68	22	83	16	8	1	73	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87336--87381	21	2.1	23	88	8	69	10	10	0	78	0.97
88370--88408	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
97878--97963	1	86.0	1	69	0	55	84	0	4	10	0.75
97881--97966	7	12.3	7	83	10	97	83	0	4	11	0.78
97878--97963	20	4.3	19	77	10	82	84	0	4	10	0.75
98552--98600	21	2.3	21	79	6	55	44	18	14	22	1.85
98794--98916	65	1.9	65	91	3	203	38	20	16	25	1.92
101599--101696	45	2.1	48	84	5	130	29	13	20	36	1.91
106630--106666	16	2.3	16	95	0	65	27	21	27	24	1.99
111076--111219	7	18.4	8	75	18	76	74	0	15	9	1.07
111099--111215	30	3.9	29	73	12	92	72	0	17	9	1.10
111093--111218	7	17.7	7	74	13	80	73	0	16	9	1.08
112432--112580	37	4.0	37	88	1	192	38	18	19	24	1.93
112589--112926	55	6.1	54	82	6	326	29	16	24	28	1.97
112643--112936	110	2.7	109	83	5	369	29	15	24	29	1.96
115270--115332	27	2.3	27	97	0	117	39	14	14	31	1.86
115806--115852	16	2.9	16	75	9	51	42	4	0	53	1.20
116877--117101	3	76.7	3	80	12	202	26	3	0	69	1.07
116939--117132	21	9.2	21	68	20	68	24	5	0	70	1.11
116883--117372	9	53.8	9	69	21	116	20	6	1	72	1.13
117075--117402	17	19.0	17	66	22	91	16	8	1	73	1.15
117121--117156	15	2.4	15	90	0	63	11	8	0	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117093--117201	40	2.7	40	76	12	91	14	10	0	75	1.05
117075--117251	72	2.5	69	76	14	162	15	7	1	75	1.11
117267--117402	66	2.1	64	84	6	170	14	11	0	73	1.10
117267--117403	9	13.9	10	73	18	85	14	12	0	72	1.11
117298--117405	21	5.1	22	71	22	79	15	13	0	70	1.17
117270--117418	80	1.9	80	81	9	187	15	12	0	72	1.12
117304--117459	80	2.0	80	80	2	179	12	13	1	71	1.22
118455--118519	27	2.4	27	76	5	69	46	1	6	46	1.37
119374--119447	32	2.3	32	84	9	89	28	22	17	31	1.97
119696--119738	22	2.0	21	86	4	59	11	11	11	65	1.49
122987--123078	40	2.3	42	83	5	109	45	11	6	35	1.67
123528--123578	18	2.8	18	93	0	84	29	25	25	19	1.99
132496--132537	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
133033--133083	18	2.8	18	90	0	84	29	29	17	23	1.97
133965--134041	22	3.5	22	89	6	113	24	28	15	31	1.96
134539--134574	14	2.6	14	100	0	72	63	13	0	22	1.29
134708--134749	22	1.9	22	85	9	59	30	33	0	35	1.58
137197--137247	18	2.8	18	81	0	66	27	31	17	23	1.97
146267--146310	23	1.9	23	86	9	63	20	22	25	31	1.98
155554--155606	22	2.4	22	87	0	79	33	5	18	41	1.74
160077--160142	31	2.1	31	85	0	87	27	13	18	40	1.88
164781--165170	185	2.1	185	95	1	694	41	3	9	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165776--165842	18	3.7	18	95	0	116	13	41	11	32	1.81
165752--165806	27	2.0	27	92	0	92	14	41	14	29	1.85
165812--165863	27	1.9	27	92	0	86	13	44	11	30	1.79
170757--171150	182	2.2	182	90	0	619	40	12	17	29	1.87
172016--172056	18	2.3	18	100	0	82	43	4	12	39	1.63
173185--173293	51	2.1	52	83	8	134	35	16	22	25	1.94
173002--173493	251	2.0	251	86	3	695	37	14	17	30	1.89
173255--173796	192	2.7	195	83	7	684	38	13	16	31	1.87
175241--175962	200	3.6	194	80	8	663	38	14	16	30	1.88
176047--176091	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7