genome.fa.s3208.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006753_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1278004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176040--176088	23	2.1	23	92	0	80	32	20	8	38	1.82
175963--176125	87	1.9	87	90	0	263	33	12	11	42	1.80
176437--176531	48	2.0	48	93	0	163	27	13	26	32	1.94
177772--177826	28	2.0	28	88	0	83	34	20	16	29	1.94
185139--185187	16	3.2	16	71	23	52	46	0	0	53	1.00
185127--185168	17	2.7	15	82	17	50	45	0	0	54	0.99
190034--190083	25	2.0	25	96	0	91	34	28	6	32	1.81
199004--199043	20	2.0	21	90	5	64	37	2	0	60	1.11
202957--203029	35	2.1	34	85	7	94	58	15	9	16	1.61
206933--207059	60	2.1	61	82	8	152	32	18	14	34	1.91
209501--209589	31	2.9	31	80	11	103	40	8	7	42	1.65
210136--210183	22	2.1	23	85	11	64	54	4	6	35	1.45
215939--215978	20	1.9	21	85	10	55	40	7	10	42	1.67
216274--216351	35	2.2	35	83	0	93	42	20	1	35	1.61
216320--216362	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
216478--216511	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
220709--220739	16	1.9	16	93	0	53	16	9	6	67	1.39
224453--224521	33	2.1	33	97	0	129	44	10	20	24	1.82
227336--227535	111	1.8	111	88	0	310	35	16	19	28	1.94
229592--229828	102	2.3	103	82	2	280	42	10	18	29	1.83
231292--231377	41	2.0	43	95	4	158	39	11	11	37	1.78
231887--232025	25	5.9	24	74	14	78	7	13	0	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231885--231942	26	2.2	26	82	11	66	10	10	0	79	0.94
231913--232004	15	6.3	15	75	20	56	8	13	1	77	1.05
231886--232005	7	16.6	7	71	21	63	8	12	0	78	1.01
233460--233500	18	2.2	19	83	12	50	58	0	17	24	1.38
237490--237579	43	2.1	43	82	12	105	63	2	10	24	1.37
237492--237545	28	1.9	28	81	7	65	64	1	11	22	1.35
237662--237693	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
239305--239419	44	2.6	44	86	5	144	33	13	18	35	1.89
239586--239632	23	2.0	23	83	0	58	25	17	21	36	1.94
246170--246213	20	2.2	20	95	0	79	38	22	18	20	1.93
246207--246313	20	5.3	20	87	4	162	45	27	11	15	1.80
246207--246334	60	2.1	59	87	7	177	44	26	11	17	1.83
246207--246334	40	3.2	40	87	1	175	44	26	11	17	1.83
246301--246430	19	6.7	19	84	5	154	36	20	11	31	1.89
246183--246431	20	12.7	19	81	9	132	40	22	12	24	1.88
246587--246624	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
247219--247252	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
247378--247454	24	3.2	24	90	1	120	20	20	19	38	1.93
249712--249747	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
250232--250281	25	2.0	25	88	0	73	28	6	20	46	1.74
250665--250701	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
250660--250710	24	2.1	24	88	0	75	33	3	13	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251655--251690	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
251976--252025	20	2.5	20	93	0	82	44	26	18	12	1.84
252163--252337	66	2.6	65	88	8	246	52	17	2	27	1.57
253686--253763	21	3.7	21	75	5	68	21	21	32	24	1.98
253906--253946	4	10.2	4	83	0	55	68	4	0	26	1.10
255942--255987	14	3.3	14	84	0	65	50	26	17	6	1.70
256011--256049	20	2.0	20	84	0	51	15	12	17	53	1.72
256524--256704	20	8.9	20	76	7	168	21	15	23	39	1.92
256529--256621	41	2.3	40	90	1	141	23	13	22	39	1.90
256549--256642	21	4.6	21	79	10	104	25	11	22	40	1.88
256549--256720	61	2.9	61	86	5	235	20	13	24	40	1.89
256569--256736	40	4.2	40	81	6	144	20	15	25	39	1.91
257155--257210	16	3.3	17	75	22	55	32	3	1	62	1.23
258655--258679	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
263461--263490	14	2.1	14	93	0	51	43	3	6	46	1.46
266694--266761	18	3.8	18	96	0	118	14	19	35	30	1.92
283339--283377	18	2.2	18	86	9	53	46	12	12	28	1.79
283572--283623	20	2.7	20	81	3	70	7	19	40	32	1.80
285436--285563	51	2.5	51	96	0	229	30	19	17	32	1.95
290468--290540	29	2.4	30	84	4	94	43	6	17	31	1.75
294556--294589	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
294599--294662	18	3.6	18	78	6	58	40	18	1	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294790--294886	46	2.1	46	86	0	131	32	20	24	21	1.97
294777--294886	23	4.8	23	72	2	78	32	22	24	20	1.97
294991--295130	31	4.3	32	65	24	78	38	20	7	32	1.82
294990--295142	45	3.2	45	67	24	132	38	20	7	33	1.80
294972--295174	99	2.1	99	97	0	379	38	20	7	33	1.80
297360--297420	17	3.4	18	88	6	90	13	21	47	18	1.82
297419--297463	19	2.4	19	85	7	56	24	28	24	22	1.99
299823--299863	14	3.0	14	89	3	57	36	0	41	21	1.54
300164--300325	78	2.1	78	94	0	279	37	12	15	34	1.86
303257--303295	15	2.6	15	83	0	51	69	0	15	15	1.20
307884--307946	6	10.5	6	77	0	63	36	20	1	41	1.62
307871--307924	12	4.5	12	78	0	63	37	22	0	40	1.54
307874--307946	18	3.9	18	82	8	76	35	21	1	41	1.62
311947--312043	46	2.1	46	84	3	124	34	22	21	21	1.97
311947--312043	23	4.2	23	69	2	70	34	22	21	21	1.97
319563--319594	15	2.1	16	94	5	57	9	12	6	71	1.29
329462--329771	155	2.0	155	100	0	620	32	12	18	35	1.89
334243--334667	210	2.0	210	96	0	787	34	9	17	38	1.82
339899--340059	64	2.5	63	85	5	207	33	18	20	27	1.96
341098--341160	21	3.0	21	86	4	90	26	25	23	23	2.00
341097--341168	22	3.3	22	84	3	101	27	23	20	27	1.99
352878--352909	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352997--353056	3	19.7	3	96	3	111	66	0	0	33	0.92
353055--353090	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
359783--359862	24	3.3	24	94	0	133	32	26	21	20	1.97
359808--359851	13	3.5	13	75	12	56	29	29	22	18	1.97
359794--359862	11	5.9	11	70	12	57	28	27	21	21	1.99
361005--361040	19	1.9	19	88	5	56	22	5	8	63	1.43
365910--366016	42	2.6	41	83	4	117	22	21	22	33	1.97
365929--366016	41	2.1	42	82	2	106	21	21	25	31	1.98
365798--366524	247	2.9	251	90	3	1124	31	17	17	33	1.93
367950--367982	10	3.3	10	88	12	50	36	0	0	63	0.95
368953--369022	21	3.4	21	69	11	54	52	0	2	44	1.15
369910--369966	22	2.6	22	100	0	114	29	24	15	29	1.96
369988--370040	19	2.8	19	100	0	106	28	20	30	20	1.98
373089--373173	44	1.9	44	97	0	161	30	17	16	35	1.92
374232--374277	19	2.5	20	75	13	53	50	6	10	32	1.63
379076--379180	29	3.4	29	70	19	86	39	4	6	49	1.50
379714--379760	22	2.1	22	88	0	67	48	0	0	51	1.00
379746--379794	23	2.1	23	81	7	55	55	2	2	40	1.23
379840--379925	27	3.1	27	71	18	70	47	1	2	48	1.22
379911--379990	35	2.3	35	77	14	87	55	1	0	43	1.08
379810--379952	59	2.6	52	72	21	123	48	1	1	48	1.18
379912--379984	23	3.1	23	82	5	76	53	1	0	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
380014--380095	31	2.6	32	76	17	91	46	3	0	50	1.19
380058--380117	28	2.4	23	83	13	66	45	0	0	55	0.99
380403--380576	60	2.8	61	79	10	203	41	4	21	33	1.72
383104--383130	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
383336--383394	27	2.2	26	80	14	66	30	1	8	59	1.37
386935--387035	32	3.2	31	78	12	100	76	2	15	4	1.08
386926--387000	23	3.2	24	76	14	68	73	5	14	6	1.22
386962--387052	40	2.3	40	78	14	98	75	2	17	4	1.06
386991--387034	13	3.5	13	82	11	56	77	2	18	2	0.98
387697--387763	28	2.4	28	82	0	80	43	28	2	25	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7