genome.fa.s3208.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006753_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1278004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687475--687578	37	2.8	37	86	5	140	22	20	19	38	1.94
688107--688305	7	26.9	7	69	23	54	8	17	0	73	1.07
688126--688178	27	1.9	28	92	3	90	5	16	0	77	0.96
688126--688305	14	12.9	14	70	19	92	8	17	0	73	1.07
688102--688207	44	2.4	44	77	14	121	8	17	0	73	1.07
688114--688218	27	4.0	25	75	21	67	9	17	0	73	1.09
699137--699234	41	2.4	41	82	1	115	29	33	16	20	1.94
699406--699455	21	2.4	21	80	6	57	20	12	38	30	1.88
699602--699654	24	2.2	24	83	6	63	18	1	11	67	1.30
699800--699869	21	3.4	21	88	3	99	21	40	18	20	1.92
701360--701400	20	2.0	20	85	0	55	17	19	17	46	1.85
701398--701426	14	2.1	14	100	0	58	41	31	13	13	1.84
701704--701739	18	2.0	18	88	0	54	19	2	22	55	1.56
704774--704825	22	2.3	23	86	6	70	17	42	23	17	1.89
704785--704818	17	2.0	17	100	0	68	17	47	23	11	1.81
704808--704838	7	4.4	7	91	0	53	16	25	29	29	1.96
704842--704885	21	2.0	21	86	4	61	34	27	11	27	1.91
704929--704963	13	2.6	13	86	4	52	25	37	8	28	1.85
712051--712100	22	2.3	22	96	0	91	20	48	20	12	1.80
713748--713815	32	2.1	33	94	2	120	20	7	32	39	1.80
717392--717505	60	1.9	60	80	7	133	37	14	11	35	1.83
724172--724233	24	2.6	24	78	0	61	33	20	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737171--737224	18	3.0	18	91	5	74	46	0	16	37	1.48
740818--740847	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
748789--748818	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
750414--750447	15	2.4	14	90	9	59	70	0	0	29	0.87
750630--751136	130	3.9	130	81	5	481	31	17	20	30	1.96
752425--752489	8	7.9	8	75	17	62	0	15	3	81	0.81
752426--752490	13	4.9	13	81	12	62	0	15	3	81	0.81
752426--752490	7	9.6	7	78	18	75	0	15	3	81	0.81
753544--753592	21	2.3	21	92	0	80	20	18	10	51	1.75
755098--755144	23	2.0	23	84	8	60	53	19	4	23	1.63
769492--769564	7	10.1	7	77	15	69	1	16	1	80	0.85
769504--769560	11	5.3	11	85	12	82	0	15	1	82	0.75
775764--775806	22	2.0	22	81	9	52	13	18	4	62	1.48
776502--776540	18	2.2	18	100	0	78	15	28	20	35	1.93
778793--778822	11	2.7	11	94	0	51	53	6	23	16	1.66
789232--789446	74	2.9	74	90	2	310	44	18	16	20	1.87
789827--789900	30	2.5	30	82	10	91	45	4	1	48	1.29
789827--789913	29	3.2	26	76	20	81	43	3	1	51	1.26
795904--796067	24	6.8	24	88	6	235	39	19	16	24	1.91
798548--798572	13	1.9	13	100	0	50	20	16	48	16	1.82
799772--799813	17	2.6	17	92	7	70	40	0	2	57	1.12
799863--799913	26	2.0	26	84	3	68	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801355--801390	18	2.0	18	88	0	54	52	22	11	13	1.72
801719--802649	20	42.9	22	67	20	104	40	6	3	49	1.47
801728--801857	34	3.8	35	72	11	108	38	6	1	53	1.37
801808--802047	6	35.8	6	69	17	50	37	7	2	53	1.40
801808--801860	7	7.4	7	76	4	52	33	5	0	60	1.20
801680--801988	165	1.9	168	90	2	498	36	8	2	52	1.47
801877--802090	34	6.4	34	68	19	85	39	7	1	50	1.42
801926--802063	54	2.6	54	80	5	154	39	6	2	51	1.40
802013--802050	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
802108--802163	16	3.7	15	79	13	62	39	3	5	51	1.42
802125--802233	2	55.0	2	66	18	50	44	4	3	47	1.41
802196--802240	18	2.4	18	88	7	63	48	4	0	46	1.22
802201--802240	18	2.2	18	91	8	64	50	5	0	45	1.23
802438--802651	11	19.6	11	65	27	68	42	4	4	48	1.43
802488--802651	22	7.8	20	73	14	127	42	3	3	50	1.37
802565--802651	11	8.2	11	73	22	71	43	2	3	50	1.31
803784--803887	33	3.2	33	94	1	174	44	18	7	29	1.77
803882--803923	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
810434--810514	24	3.6	22	77	14	85	23	25	22	28	1.99
810413--810535	44	2.8	44	76	6	110	27	26	20	25	1.99
812451--812499	18	2.8	17	79	14	55	12	0	24	63	1.29
814362--814386	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814512--814563	15	3.4	14	77	15	50	36	3	0	59	1.16
819340--819408	25	2.8	26	74	24	76	34	0	2	62	1.10
819486--819537	22	2.4	23	81	12	65	17	3	15	63	1.45
819487--819533	21	2.2	21	85	10	69	14	4	14	65	1.41
822931--822985	29	2.0	27	89	7	83	61	1	7	29	1.33
823416--823441	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
829739--829819	30	2.7	30	88	0	108	35	14	19	29	1.92
829737--829915	96	1.9	96	84	4	245	36	14	19	29	1.91
829868--830082	66	3.3	63	80	8	252	35	13	20	29	1.92
830024--830449	39	11.1	39	91	1	596	35	16	19	27	1.93
830450--830627	76	2.3	76	84	5	209	40	13	14	32	1.84
830512--830627	36	3.1	36	71	17	110	40	12	12	34	1.81
838042--838081	20	2.0	20	100	0	80	45	15	25	15	1.84
841387--841431	21	2.1	22	83	4	56	40	4	0	55	1.20
842456--842485	11	2.6	12	94	5	53	33	0	6	60	1.23
843575--843624	20	2.6	19	83	3	55	34	12	30	24	1.91
844041--844334	113	2.6	111	86	4	378	34	11	19	34	1.88
844041--844263	56	4.0	56	94	1	376	36	10	18	34	1.86
868648--868675	14	2.0	14	100	0	56	50	21	21	7	1.72
868726--868788	23	3.0	21	81	6	74	25	34	23	15	1.95
874984--875030	18	2.6	17	77	9	58	25	23	10	40	1.87
875930--875994	27	2.4	27	94	2	112	49	18	13	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876742--876796	28	2.0	26	83	13	67	18	9	12	60	1.58
889944--890028	24	3.5	24	91	0	143	37	14	28	20	1.91
891783--891829	24	2.0	24	82	0	58	19	8	12	59	1.58
895212--895250	20	2.0	20	100	0	78	30	5	15	48	1.66
895368--895492	44	2.8	44	91	0	205	40	13	16	29	1.87
895460--895511	14	3.6	14	71	7	50	32	7	21	38	1.82
895603--895687	23	3.9	22	77	10	93	17	24	24	32	1.97
897284--897344	24	2.7	22	72	20	54	50	3	0	45	1.17
901297--901385	44	2.0	44	97	0	169	57	7	16	17	1.63
906885--906982	20	4.9	20	77	10	76	38	22	14	24	1.91
906910--907022	20	5.7	20	78	9	106	38	23	11	26	1.89
906930--907021	19	4.7	19	80	8	87	34	23	11	29	1.91
907178--907216	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
907768--907801	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
909300--909336	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
909638--909724	39	2.2	39	93	0	156	45	21	14	17	1.84
912292--912352	20	3.0	20	83	11	81	19	19	22	37	1.94
912339--912392	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
913062--913100	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
914505--914535	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
915420--915521	53	1.9	54	90	6	163	46	6	0	47	1.29
915420--915521	27	3.8	27	93	3	163	46	6	0	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915423--915533	53	2.1	53	85	9	147	45	5	0	49	1.25
915749--915950	80	2.5	80	82	2	226	44	17	9	28	1.81
915782--915977	80	2.5	80	82	3	225	47	17	8	26	1.76
917780--917863	36	2.3	36	95	0	150	40	4	16	38	1.70
919675--919771	30	3.2	30	83	1	95	35	21	18	24	1.96
919731--919854	31	3.9	32	79	11	130	32	19	18	29	1.96
924466--924537	30	2.4	30	90	0	108	30	23	20	25	1.99
924524--924648	31	4.0	31	78	9	137	31	19	19	30	1.96
925349--925416	22	3.1	22	100	0	136	26	26	27	19	1.99
925633--925692	30	2.0	31	90	3	95	33	21	6	38	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7