genome.fa.s3407.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003407.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007179_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  758105

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9801--9828	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10250--10407	21	7.8	20	72	7	86	39	24	17	18	1.92
10375--10426	20	2.6	20	90	0	77	44	26	17	11	1.83
10394--10623	20	11.5	20	82	4	250	36	26	17	19	1.94
11315--11361	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
13098--13142	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
13121--13425	149	2.0	149	97	0	574	33	21	17	27	1.96
14928--14972	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
18253--18557	149	2.0	149	96	0	556	33	20	17	28	1.95
19024--19111	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
20124--20168	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
21624--21866	33	6.9	34	70	17	147	47	16	21	13	1.82
21633--21869	53	4.5	53	93	1	404	47	17	21	13	1.82
21633--21875	19	13.7	19	75	18	247	46	17	21	14	1.83
21600--21798	86	2.3	84	82	10	217	47	18	20	14	1.82
21633--21869	105	2.2	106	93	0	404	47	17	21	13	1.82
22009--22045	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
23705--23747	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
23705--23877	67	2.6	67	86	4	215	27	27	27	18	1.98
24180--24251	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
24266--24324	30	1.9	31	89	3	93	35	6	23	33	1.82
24544--24610	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26170--26328	19	8.6	19	78	7	148	46	22	18	11	1.82
26170--26323	52	2.8	55	82	5	170	47	22	18	11	1.81
26340--26398	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
26324--26447	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
26324--26415	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
26373--26429	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
26495--26767	93	3.1	87	90	6	324	44	19	13	22	1.86
26545--26767	93	2.4	93	98	0	428	44	19	13	22	1.86
28454--28559	19	5.7	20	76	16	95	46	18	23	11	1.82
28452--28515	21	3.1	21	80	6	87	46	15	26	10	1.79
28576--28632	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
28560--28639	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
28620--28693	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
28773--28843	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
29223--29415	20	9.6	20	83	5	228	19	19	26	34	1.96
38779--38812	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
48366--48410	16	2.8	16	96	0	81	17	13	40	28	1.88
49161--49199	12	2.9	14	85	14	64	53	0	5	41	1.23
62881--62914	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
63678--63708	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
64951--65027	5	15.8	5	85	4	95	40	16	1	41	1.57
69366--69404	21	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81125--81157	16	2.1	15	94	5	57	33	0	0	66	0.92
83390--83454	19	3.4	19	74	19	71	38	4	7	49	1.52
83391--83469	22	3.8	22	74	17	78	40	6	10	43	1.64
83386--83467	39	2.1	39	95	0	146	41	7	8	42	1.63
83386--83444	17	3.2	17	74	21	64	44	6	6	42	1.57
94478--94644	73	2.3	73	91	3	266	34	18	13	34	1.89
94551--95520	113	8.7	112	86	5	1245	30	19	13	36	1.90
94777--94982	100	2.1	100	90	0	322	30	21	11	37	1.88
94550--95458	329	2.7	331	87	4	1316	30	19	12	37	1.89
94877--95520	112	5.7	112	86	2	826	30	19	13	36	1.91
95935--95989	22	2.5	22	96	0	101	36	14	14	34	1.87
98522--98783	82	3.2	82	93	2	447	37	22	14	26	1.92
102972--103028	26	2.2	26	87	0	78	57	8	12	21	1.61
103088--103129	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
106638--106735	3	31.7	3	79	10	99	60	0	2	37	1.09
106639--106735	31	3.2	30	80	9	110	60	0	2	37	1.08
120272--120299	12	2.3	12	100	0	56	21	60	10	7	1.53
122411--122445	18	2.0	17	88	5	52	48	20	5	25	1.71
132963--132999	13	2.8	13	100	0	74	48	0	0	51	1.00
138785--138832	17	2.8	17	78	12	53	68	0	8	22	1.16
139479--139647	63	2.7	63	87	3	234	55	15	0	28	1.40
139513--139638	19	6.2	19	69	12	72	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139452--139663	63	3.3	63	82	6	225	56	14	0	27	1.45
141844--142164	103	3.1	103	96	0	597	36	23	13	26	1.92
142883--143039	64	2.5	64	76	10	151	26	18	19	35	1.95
143074--143129	21	2.7	21	97	0	103	26	19	23	30	1.98
144309--144358	5	10.2	5	83	12	50	74	0	6	20	1.03
147285--147327	18	2.4	18	88	0	59	72	0	9	18	1.11
147981--148078	19	4.8	19	69	14	70	55	15	1	28	1.47
147910--148087	63	2.8	65	86	3	218	53	14	1	30	1.50
163424--163505	29	2.9	29	81	5	96	15	31	34	18	1.92
163515--163558	22	2.0	23	86	4	63	6	47	20	25	1.74
163589--163650	31	2.0	31	90	0	97	25	37	12	24	1.91
169882--169925	21	2.1	21	91	0	70	45	20	0	34	1.51
177915--177948	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
183044--183445	201	2.0	201	100	0	804	24	16	19	39	1.91
185976--186021	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
191095--191140	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
193226--193266	19	2.3	18	84	15	59	53	0	4	41	1.22
195036--195060	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
201163--201203	15	2.7	16	81	11	50	0	39	4	56	1.21
201167--201207	16	2.7	15	88	3	55	0	34	4	60	1.18
207592--207663	26	2.9	27	70	23	75	41	4	4	50	1.41
215709--215735	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220851--220878	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
227553--227597	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
242693--242900	65	3.2	62	79	12	215	26	17	24	31	1.97
252613--252646	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
258886--258932	21	2.3	21	82	13	55	34	10	2	53	1.48
264307--264462	31	5.0	31	92	1	233	21	17	21	39	1.93
264943--264985	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
268696--268851	31	5.0	31	92	1	251	19	18	23	38	1.93
269330--269372	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
269645--269690	24	1.9	24	86	0	65	34	21	23	19	1.96
269681--269772	23	4.1	23	74	5	89	34	26	20	18	1.96
271170--271226	30	1.9	30	100	0	114	42	15	3	38	1.65
291138--291200	24	2.7	24	76	11	76	25	20	9	44	1.82
296840--296932	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
296837--296932	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
296840--296932	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
296859--296993	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
296921--297014	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
297535--297600	19	3.4	19	82	2	78	48	24	16	10	1.78
297596--297646	19	2.7	19	96	0	93	11	21	21	45	1.84
297629--297716	33	2.6	33	92	1	140	13	27	20	38	1.90
299740--299862	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299796--299862	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
301220--301255	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
301438--301531	33	2.8	33	96	0	170	13	24	18	43	1.86
301434--301531	19	5.7	19	67	22	81	13	24	18	43	1.85
303738--303821	42	2.0	42	85	0	114	21	38	16	23	1.93
304075--304099	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
305857--305893	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
306259--306315	20	2.8	20	91	0	87	40	17	21	21	1.92
306339--306392	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
306321--306391	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93

Tables:   1   2   3   4