genome.fa.s3421.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003421.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007204_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  882701

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5739--5819	29	2.8	29	94	3	137	44	16	20	18	1.87
18236--18298	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
18238--18318	21	3.8	21	75	15	67	22	37	24	16	1.93
21060--21117	21	2.8	21	100	0	116	27	25	24	22	2.00
22209--22289	29	2.8	29	94	3	137	44	16	20	18	1.87
23244--23300	28	2.0	28	82	0	69	26	26	17	29	1.97
23825--23997	90	1.9	89	91	1	283	39	10	6	43	1.66
29245--29308	18	3.6	18	73	23	62	51	28	14	6	1.66
31365--31398	10	3.2	10	84	15	50	61	0	0	38	0.96
31364--31397	12	3.0	12	87	12	54	58	0	0	41	0.98
34242--34293	24	2.2	23	82	3	59	34	19	25	21	1.96
34287--34339	23	2.3	23	90	0	79	33	20	28	16	1.95
42662--42739	40	2.0	40	85	10	106	8	14	10	66	1.44
42862--42920	24	2.5	24	85	0	91	30	23	25	20	1.98
48906--48993	31	2.9	31	84	5	108	28	19	17	35	1.94
54443--54529	31	2.8	30	76	8	88	28	19	14	36	1.92
59184--59635	56	8.0	57	85	4	625	35	19	9	35	1.84
65991--66117	19	6.4	20	88	2	179	36	21	21	21	1.96
66308--66373	22	3.0	22	90	0	105	24	39	15	21	1.91
66690--66758	19	3.6	19	80	3	93	11	17	23	47	1.80
68644--68781	19	7.7	19	72	15	78	42	19	21	17	1.90
68678--68781	19	5.6	19	78	10	90	38	19	23	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68790--68876	20	4.3	20	95	0	120	21	19	22	35	1.96
69349--69453	21	5.0	21	76	3	104	21	35	19	23	1.96
69347--69456	42	2.6	42	80	5	125	21	35	19	23	1.96
70825--70860	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
70966--71019	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
70966--71041	33	2.3	34	97	2	145	44	19	23	11	1.84
70979--71046	20	3.8	19	72	21	74	47	19	22	11	1.81
71052--71152	20	5.7	19	69	24	87	13	22	18	44	1.85
71078--71165	14	5.5	14	68	25	50	13	23	19	43	1.87
71056--71165	34	3.3	34	97	1	204	13	23	19	43	1.86
71157--71231	20	3.8	20	89	0	114	18	21	24	36	1.95
73653--73706	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
74548--74590	20	2.2	20	86	0	59	23	18	25	32	1.97
74581--74654	20	3.7	20	85	0	94	22	17	20	39	1.92
81824--82006	60	3.1	58	76	7	152	34	17	4	42	1.71
84541--84597	28	2.0	28	100	0	114	28	14	31	26	1.94
87030--87065	17	2.2	17	90	5	56	27	11	13	47	1.77
93891--93936	16	2.7	18	83	12	62	63	6	0	30	1.20
110601--110733	66	2.0	66	98	0	257	38	15	15	30	1.89
118205--118276	35	2.1	35	89	0	108	44	23	0	31	1.54
123760--123936	90	2.0	89	92	1	291	37	9	6	45	1.63
134719--134914	37	5.3	36	70	6	122	32	21	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134723--134942	76	3.0	76	83	9	269	32	21	9	36	1.85
135505--135734	119	1.9	118	88	2	345	40	15	18	25	1.90
136432--136473	22	2.0	22	85	4	59	64	2	9	23	1.35
136795--136855	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
140319--140618	20	14.5	20	78	12	232	39	23	19	18	1.92
140338--140618	61	4.5	60	77	10	190	39	23	19	18	1.92
140480--140522	14	3.1	14	83	3	52	46	23	20	9	1.79
141473--141519	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
144072--144141	33	2.1	34	83	2	88	44	20	21	14	1.86
144081--144193	53	2.2	52	85	1	154	46	17	20	15	1.85
144135--144227	33	2.8	33	93	0	141	46	18	21	13	1.84
144233--144273	19	2.2	19	90	0	64	12	12	21	53	1.70
144243--144336	33	2.8	33	83	0	116	14	18	20	46	1.83
144443--144479	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
145831--145897	21	3.2	21	65	4	55	19	19	35	25	1.95
145870--145949	42	1.9	42	81	0	97	23	15	37	23	1.93
146581--146655	21	3.7	21	67	19	52	14	13	41	30	1.84
147915--147977	20	3.2	20	86	8	92	47	17	22	12	1.81
148033--148104	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
148584--148797	20	10.6	20	76	10	168	20	19	23	36	1.95
148586--148797	40	5.2	41	84	4	263	20	19	23	36	1.95
148586--148797	81	2.6	80	85	5	268	20	19	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148750--148858	42	2.6	42	74	8	100	24	18	22	33	1.96
149749--149804	14	4.1	13	72	19	51	37	3	5	53	1.41
149747--149812	28	2.3	28	78	2	78	40	3	4	51	1.38
156390--156882	56	8.9	56	89	1	688	37	12	17	33	1.87
156397--156882	111	4.4	111	88	1	679	37	11	17	33	1.86
156397--156882	223	2.2	222	88	1	713	37	11	17	33	1.86
159873--160531	54	12.2	54	84	2	743	34	17	18	29	1.94
165050--165096	20	2.3	20	85	7	60	31	10	36	21	1.88
165506--165594	45	2.0	44	95	2	160	41	10	13	34	1.78
165561--166094	56	9.6	55	88	1	726	36	11	17	34	1.86
165560--166100	111	4.9	111	88	2	746	36	11	17	34	1.85
173811--173857	20	2.2	20	85	7	58	31	17	21	29	1.96
174325--174357	11	2.8	12	86	13	50	51	0	15	33	1.43
180278--180361	23	3.7	24	76	17	99	22	22	26	28	1.99
190707--190767	23	2.7	23	94	0	104	29	26	26	18	1.98
197456--197516	23	2.7	23	78	0	77	29	26	22	21	1.99
198157--198319	64	2.6	65	84	5	199	25	19	20	33	1.97
198473--198566	47	2.0	47	100	0	188	44	17	2	36	1.60
199950--200000	18	2.8	18	90	0	66	31	9	13	45	1.76
200224--200273	26	1.9	26	95	0	91	30	20	14	36	1.91
205252--205321	29	2.4	31	77	18	78	28	17	7	47	1.74
203945--206502	850	3.0	851	91	1	4094	33	18	10	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206102--206174	29	2.4	31	81	4	87	28	15	8	47	1.73
217785--217864	14	5.6	15	76	10	69	22	20	30	27	1.98
227041--227079	14	2.8	14	88	0	60	51	23	10	15	1.73
227078--227232	14	10.9	14	85	2	130	22	20	31	25	1.98
227078--227234	42	3.7	42	83	1	170	22	19	32	25	1.97
227166--227232	29	2.3	30	86	2	91	26	20	22	29	1.99
242929--242991	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
244175--244210	19	1.9	18	88	5	54	58	2	2	36	1.27
248620--248729	21	5.3	21	85	5	134	42	19	21	16	1.89
253113--253200	12	7.2	12	68	24	51	72	0	19	7	1.08
253113--253201	24	3.6	25	71	14	69	71	0	19	8	1.11
253193--253222	16	1.9	16	93	6	53	66	0	20	13	1.24
255925--256159	36	6.5	37	83	7	218	37	23	19	19	1.94
255918--256116	108	1.8	108	89	2	310	36	25	18	19	1.94
255925--256116	72	2.7	70	83	4	258	36	25	19	18	1.94
256530--257268	51	14.3	51	83	6	855	32	18	24	24	1.97
257242--257545	55	5.6	55	87	3	454	28	15	27	29	1.96
257187--257545	108	3.3	108	91	2	551	28	15	26	28	1.96
262066--262223	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	18	1.93
262191--262419	20	11.4	20	81	5	230	37	25	17	19	1.94
263112--263158	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
265655--265888	72	3.3	71	81	8	284	47	17	21	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265641--265910	53	5.1	52	88	8	388	47	17	21	13	1.82
265622--265888	72	3.8	70	79	15	270	46	18	21	13	1.83
265641--265910	105	2.6	105	90	7	399	47	17	21	13	1.82
265893--266002	53	2.1	52	87	1	157	18	22	19	40	1.92
265925--266012	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
266103--266139	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
268138--268230	33	2.8	33	90	0	150	46	22	20	10	1.81
268063--268235	19	9.6	19	75	15	143	45	23	19	10	1.82
268247--268305	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
268231--268354	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78

Tables:   1   2   3   4   5