genome.fa.s3696.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003696.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007902_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251402

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569--2602	12	2.8	12	87	12	52	11	2	0	85	0.71
5588--5630	21	2.0	22	86	4	61	69	13	0	16	1.19
10870--10997	57	2.2	57	81	10	143	35	5	22	35	1.78
14430--14469	21	1.9	21	89	0	62	15	27	25	32	1.95
21154--21182	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
24888--24996	44	2.5	44	92	4	157	50	20	7	22	1.72
24906--24996	44	2.1	44	100	0	182	49	19	6	24	1.72
26967--27042	35	2.2	35	87	0	107	39	23	1	35	1.63
27439--27686	130	1.9	130	91	0	406	36	15	12	35	1.86
27613--27659	23	2.1	21	84	7	58	36	14	14	34	1.88
27453--27717	130	2.0	129	80	4	291	39	13	13	33	1.83
28014--28076	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
28156--28189	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
37169--37262	48	2.0	48	97	0	179	34	12	20	32	1.90
51861--51894	16	2.1	16	100	0	68	29	8	26	35	1.87
52644--52676	15	2.1	16	88	5	50	51	15	24	9	1.72
57813--57894	29	2.8	29	90	1	119	32	14	12	40	1.83
61684--62050	30	12.2	30	99	0	725	23	19	23	33	1.97
65379--65421	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
66542--66848	30	10.2	30	97	0	578	24	18	23	33	1.97
69119--69200	29	2.8	29	94	1	137	32	14	12	40	1.83
75488--75541	10	5.4	10	79	0	54	72	5	1	20	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75494--75540	10	4.8	10	84	2	60	76	6	2	14	1.08
75488--75540	20	2.6	21	85	5	65	73	5	1	18	1.12
75576--75608	15	2.1	17	88	11	52	33	15	6	45	1.70
80424--80489	34	1.9	34	90	0	105	37	21	21	19	1.94
82654--82738	36	2.4	35	86	3	109	40	16	10	32	1.83
88768--88806	20	2.0	20	89	0	60	46	10	5	38	1.60
91611--91648	17	2.4	16	86	8	51	34	7	2	55	1.43
103754--103797	21	2.1	21	91	0	70	38	11	22	27	1.88
103859--103902	21	2.1	21	86	0	61	25	20	27	27	1.99
104464--104540	39	2.0	39	94	5	138	25	31	22	20	1.98
104464--104560	21	4.7	22	85	12	134	26	31	20	20	1.97
116312--116360	19	2.8	18	73	14	50	36	8	20	34	1.82
116451--116481	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
117768--117996	118	1.9	119	80	4	266	44	11	20	22	1.84
126480--126552	30	2.4	30	88	0	110	31	26	16	26	1.96
129059--129138	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
131731--131802	30	2.4	30	93	2	119	33	23	18	25	1.97
131788--131850	31	2.0	31	84	0	81	36	22	15	25	1.94
146004--146931	10	94.3	10	71	9	172	23	6	27	42	1.77
146009--146931	20	46.8	20	74	8	495	23	6	27	42	1.78
146009--146931	30	30.9	30	72	9	418	23	6	27	42	1.78
146246--146301	28	2.0	29	82	10	71	21	3	26	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146296--146343	17	2.6	17	84	15	69	18	12	27	41	1.86
146476--146585	38	2.8	39	81	10	109	23	3	27	45	1.69
146769--146952	10	18.6	10	73	10	67	25	7	24	42	1.79
154365--154785	214	2.0	214	94	0	743	37	19	14	27	1.91
158825--158899	21	3.7	20	81	3	78	28	25	17	29	1.97
158887--159039	20	7.7	20	88	3	75	33	27	19	18	1.96
158883--159038	40	3.9	40	87	3	136	33	28	19	19	1.96
158887--159039	60	2.6	59	86	3	207	33	27	19	18	1.96
159418--159488	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
159568--159674	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
159629--159685	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
159622--159701	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
159697--159824	19	7.1	19	71	19	87	11	25	17	45	1.82
159719--159775	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
159702--159824	33	3.5	33	88	10	165	11	24	17	46	1.81
159760--159824	21	3.1	21	82	4	96	12	26	13	47	1.78
161519--161926	93	4.4	93	99	0	800	21	13	19	45	1.84
162042--162098	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
162056--162147	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
162024--162147	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
162073--162131	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
162178--162313	19	7.4	19	80	8	156	8	18	27	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162164--162220	14	3.7	14	72	20	51	7	21	28	43	1.78
162148--162279	71	1.9	65	86	8	183	7	19	25	46	1.76
162159--162313	38	4.4	37	83	7	164	7	19	26	46	1.77
162178--162313	57	2.5	52	89	5	191	8	18	27	46	1.77
164239--164274	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
164365--164452	19	4.8	19	82	14	123	47	14	22	14	1.81
164365--164471	53	2.0	53	96	1	198	45	15	24	14	1.83
164461--164664	19	11.7	19	73	21	187	13	21	18	46	1.83
164505--164593	14	5.6	14	67	25	52	11	22	19	47	1.81
164485--164612	34	3.8	34	92	3	224	12	22	17	46	1.82
164485--164612	67	1.9	67	96	0	238	12	22	17	46	1.82
164552--164664	52	2.2	53	91	1	183	13	19	18	48	1.80
164605--164678	33	2.2	33	90	0	121	12	18	20	48	1.80
164467--164697	119	1.9	120	92	0	392	12	21	19	46	1.83
164467--164697	86	2.7	86	83	5	272	12	21	19	46	1.83
167155--167201	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
167890--168118	20	11.4	20	87	1	244	20	17	25	36	1.94
168112--168159	20	2.3	20	85	3	69	35	14	22	27	1.93
172400--172436	19	1.9	19	100	0	74	37	18	10	32	1.86
177980--178030	21	2.4	21	96	0	93	25	5	15	52	1.65
178015--178059	21	2.1	21	83	0	54	17	4	24	53	1.62
178022--178062	21	2.0	21	85	4	57	14	4	31	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178117--178153	14	2.6	14	86	0	56	18	5	32	43	1.73
178142--178311	35	4.9	35	71	5	110	17	8	24	50	1.72
178160--178221	21	3.0	20	74	9	61	14	6	25	53	1.65
178182--178290	28	3.9	28	72	0	92	15	8	24	51	1.71
178160--178318	42	3.8	42	73	3	131	17	7	23	50	1.71
178196--178243	14	3.4	14	76	0	51	16	8	22	52	1.71
178217--178339	49	2.5	48	82	2	111	18	8	22	50	1.73
178238--178374	28	5.1	28	72	12	117	16	6	24	52	1.67
178167--178318	21	7.2	21	78	0	97	18	7	23	50	1.72
178281--178360	14	5.7	14	74	0	61	18	7	22	51	1.71
178288--178327	21	1.9	21	84	0	53	27	10	12	50	1.72
178323--178409	7	12.4	7	65	4	50	9	4	29	56	1.51
178383--178437	21	2.6	21	85	5	67	14	5	29	50	1.65
178356--178417	28	2.2	28	80	8	72	8	6	30	54	1.55
178429--178479	21	2.4	21	83	0	66	21	5	21	50	1.69
178476--178563	21	4.2	21	75	5	88	11	10	29	48	1.72
178439--178570	35	3.8	35	77	4	104	16	9	25	48	1.76
178560--178606	21	2.2	21	81	7	60	14	2	25	57	1.49
178568--178661	35	2.7	35	80	11	122	11	3	27	57	1.49
178609--178760	21	7.6	21	69	10	75	15	7	26	50	1.71
178624--178654	7	4.4	7	91	0	53	3	0	35	61	1.12
178518--178641	28	4.4	28	73	4	106	14	4	25	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178652--178725	28	2.6	28	82	0	76	17	10	21	50	1.77
178686--178802	35	3.1	34	76	17	117	17	10	24	47	1.78
178693--178773	42	1.9	42	92	0	135	16	8	25	49	1.74
178756--178802	7	6.7	7	78	9	51	17	12	23	46	1.82
178694--178782	42	2.1	42	85	0	115	19	10	22	48	1.78
178755--178808	28	1.9	28	96	0	99	20	11	22	46	1.82
178778--178892	35	3.3	33	75	7	86	18	6	22	52	1.69
178825--178983	28	5.5	27	69	16	72	18	5	22	53	1.65
178841--179038	7	28.4	7	64	9	57	16	5	25	53	1.63
178876--178982	14	7.7	14	70	2	81	16	5	24	53	1.65

Tables:   1   2   3   4